More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bind_0007 on replicon NC_010581
Organism: Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010581  Bind_0007  porphobilinogen deaminase  100 
 
 		 337 aa  661    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.000143071  normal  0.582224 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0471  porphobilinogen deaminase  63.43 
 
 		 316 aa  342  4e-93  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.834743 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0562  porphobilinogen deaminase  61.57 
 
 		 316 aa  331  1e-89  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.264968  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1158  porphobilinogen deaminase  58.33 
 
 		 317 aa  306  4.0000000000000004e-82  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.470671  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0975  porphobilinogen deaminase  53.59 
 
 		 314 aa  295  5e-79  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3202  porphobilinogen deaminase  52.94 
 
 		 309 aa  288  1e-76  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1887  porphobilinogen deaminase  53.11 
 
 		 314 aa  286  2.9999999999999996e-76  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1815  porphobilinogen deaminase  52.79 
 
 		 304 aa  285  7e-76  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.187102  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2529  porphobilinogen deaminase  52.23 
 
 		 318 aa  282  7.000000000000001e-75  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3568  porphobilinogen deaminase  49.84 
 
 		 321 aa  278  1e-73  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.133183  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2966  porphobilinogen deaminase  50.49 
 
 		 330 aa  276  3e-73  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2704  porphobilinogen deaminase  48.28 
 
 		 347 aa  274  2.0000000000000002e-72  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0551  porphobilinogen deaminase  51.13 
 
 		 322 aa  273  3e-72  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4145  porphobilinogen deaminase  51.3 
 
 		 309 aa  273  4.0000000000000004e-72  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.501795  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4020  porphobilinogen deaminase  50.16 
 
 		 309 aa  271  9e-72  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.780867  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3699  porphobilinogen deaminase  49.51 
 
 		 309 aa  271  9e-72  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0679  porphobilinogen deaminase  50.16 
 
 		 314 aa  267  2e-70  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011674  PHATRDRAFT_51811  hydroxymethylbilane synthase  47.35 
 
 		 329 aa  267  2e-70  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2334  porphobilinogen deaminase  50.16 
 
 		 322 aa  265  5.999999999999999e-70  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.69155  normal  0.249742 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3630  porphobilinogen deaminase  50 
 
 		 313 aa  265  8.999999999999999e-70  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0881081  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1732  porphobilinogen deaminase  52.88 
 
 		 318 aa  261  1e-68  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0335479  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0406  porphobilinogen deaminase  52.88 
 
 		 311 aa  260  2e-68  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.121842  normal  0.321807 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3845  porphobilinogen deaminase  47.92 
 
 		 318 aa  258  1e-67  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5316  porphobilinogen deaminase  53.43 
 
 		 309 aa  256  4e-67  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4848  porphobilinogen deaminase  54.61 
 
 		 309 aa  255  8e-67  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2839  porphobilinogen deaminase  54.35 
 
 		 307 aa  254  1.0000000000000001e-66  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.748  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5394  porphobilinogen deaminase  53.24 
 
 		 309 aa  251  2e-65  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.396186  normal  1 
 
 
-
 
NC_009359  OSTLU_31592  predicted protein  45.95 
 
 		 325 aa  250  3e-65  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.784447 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3202  porphobilinogen deaminase  48 
 
 		 309 aa  244  1.9999999999999999e-63  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0074  porphobilinogen deaminase  45 
 
 		 317 aa  243  3e-63  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0318  porphobilinogen deaminase  46.51 
 
 		 317 aa  242  7e-63  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1349  porphobilinogen deaminase  48.53 
 
 		 308 aa  239  2.9999999999999997e-62  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0751939 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0198  porphobilinogen deaminase  47.68 
 
 		 313 aa  239  4e-62  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00764984  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0536  porphobilinogen deaminase  47.68 
 
 		 313 aa  239  4e-62  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4016  porphobilinogen deaminase  47.68 
 
 		 313 aa  239  4e-62  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.602391  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0373  porphobilinogen deaminase  46.18 
 
 		 310 aa  238  8e-62  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0178  porphobilinogen deaminase  46.91 
 
 		 313 aa  238  1e-61  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0266595  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4166  porphobilinogen deaminase  47.23 
 
 		 320 aa  236  4e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000281942  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4220  porphobilinogen deaminase  47.23 
 
 		 320 aa  236  4e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.782422  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4268  porphobilinogen deaminase  47.23 
 
 		 318 aa  236  5.0000000000000005e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4151  porphobilinogen deaminase  47.23 
 
 		 313 aa  236  5.0000000000000005e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4327  porphobilinogen deaminase  47.23 
 
 		 313 aa  236  5.0000000000000005e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0737  hydroxymethylbilane synthase  46.57 
 
 		 314 aa  235  7e-61  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.522263 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0690  porphobilinogen deaminase  40.6 
 
 		 310 aa  235  8e-61  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0044  porphobilinogen deaminase  43.04 
 
 		 321 aa  235  9e-61  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0388  porphobilinogen deaminase  46.67 
 
 		 315 aa  234  2.0000000000000002e-60  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.895145  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0220b  porphobilinogen deaminase  45.98 
 
 		 311 aa  233  3e-60  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.824174  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4133  porphobilinogen deaminase  45.85 
 
 		 309 aa  233  5e-60  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0483  porphobilinogen deaminase  45 
 
 		 309 aa  232  6e-60  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002106  porphobilinogen deaminase  45.72 
 
 		 312 aa  232  8.000000000000001e-60  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.632133  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0179  porphobilinogen deaminase  46.91 
 
 		 322 aa  232  8.000000000000001e-60  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.00121296  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4313  porphobilinogen deaminase  45.7 
 
 		 310 aa  231  1e-59  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6006  porphobilinogen deaminase  47.18 
 
 		 313 aa  231  1e-59  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.254392  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2786  porphobilinogen deaminase  50.73 
 
 		 312 aa  231  1e-59  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.50177  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0388  porphobilinogen deaminase  45.7 
 
 		 310 aa  231  1e-59  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.571998  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3638  porphobilinogen deaminase  45.7 
 
 		 310 aa  231  1e-59  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.51216  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0386  porphobilinogen deaminase  45.7 
 
 		 310 aa  231  1e-59  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00551577  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00314  porphobilinogen deaminase  46.05 
 
 		 312 aa  230  2e-59  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0440  porphobilinogen deaminase  46.33 
 
 		 309 aa  231  2e-59  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2398  porphobilinogen deaminase  44.72 
 
 		 317 aa  230  3e-59  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0564467  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0062  porphobilinogen deaminase  47.32 
 
 		 313 aa  230  3e-59  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2568  porphobilinogen deaminase  47.54 
 
 		 306 aa  229  5e-59  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.0824843 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4264  porphobilinogen deaminase  46.25 
 
 		 320 aa  229  6e-59  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69450  porphobilinogen deaminase  46.51 
 
 		 313 aa  229  6e-59  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3254  porphobilinogen deaminase  46.82 
 
 		 326 aa  229  6e-59  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.290134 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4094  porphobilinogen deaminase  45.03 
 
 		 310 aa  229  7e-59  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.364632 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3901  porphobilinogen deaminase  45.03 
 
 		 310 aa  229  7e-59  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3587  porphobilinogen deaminase  45.7 
 
 		 310 aa  228  8e-59  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3978  porphobilinogen deaminase  45.03 
 
 		 310 aa  228  9e-59  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4000  porphobilinogen deaminase  45.03 
 
 		 310 aa  228  9e-59  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.799289  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03680  porphobilinogen deaminase  45.93 
 
 		 313 aa  228  1e-58  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.184348  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4174  porphobilinogen deaminase  45.93 
 
 		 320 aa  228  1e-58  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.31528  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03629  hypothetical protein  45.93 
 
 		 313 aa  228  1e-58  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.193331  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4202  porphobilinogen deaminase  45.93 
 
 		 320 aa  228  1e-58  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0530592  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4025  porphobilinogen deaminase  45.93 
 
 		 320 aa  228  1e-58  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.105851  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3987  porphobilinogen deaminase  46.25 
 
 		 313 aa  227  2e-58  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.293614  normal  0.143088 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4320  porphobilinogen deaminase  45.93 
 
 		 320 aa  227  2e-58  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.365174  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4170  porphobilinogen deaminase  45.93 
 
 		 318 aa  227  2e-58  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.473943 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3642  porphobilinogen deaminase  43.48 
 
 		 310 aa  228  2e-58  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3980  porphobilinogen deaminase  43.77 
 
 		 313 aa  226  3e-58  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.000129404  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5243  porphobilinogen deaminase  45.93 
 
 		 318 aa  226  3e-58  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0128  porphobilinogen deaminase  46.67 
 
 		 313 aa  226  6e-58  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0228  porphobilinogen deaminase  45.6 
 
 		 313 aa  226  6e-58  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0280  porphobilinogen deaminase  49.26 
 
 		 312 aa  224  1e-57  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3063  porphobilinogen deaminase  45 
 
 		 315 aa  224  2e-57  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2563  porphobilinogen deaminase  43.77 
 
 		 311 aa  224  2e-57  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.659984  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5487  porphobilinogen deaminase  48.88 
 
 		 313 aa  223  3e-57  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2898  porphobilinogen deaminase  48.91 
 
 		 306 aa  223  3e-57  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.101786  normal  0.0803505 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0211  porphobilinogen deaminase  44.55 
 
 		 313 aa  223  3e-57  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.204763  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3300  porphobilinogen deaminase  48.91 
 
 		 306 aa  223  3e-57  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.999911  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1287  porphobilinogen deaminase  45.07 
 
 		 310 aa  223  4.9999999999999996e-57  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.909327  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47600  porphobilinogen deaminase  45.9 
 
 		 314 aa  222  6e-57  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4171  porphobilinogen deaminase  44.77 
 
 		 313 aa  222  6e-57  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00534991  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1460  porphobilinogen deaminase  44.98 
 
 		 314 aa  222  7e-57  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1363  porphobilinogen deaminase  44.98 
 
 		 314 aa  222  7e-57  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2492  porphobilinogen deaminase  44.66 
 
 		 314 aa  222  9e-57  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.39329  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0208  porphobilinogen deaminase  47.92 
 
 		 313 aa  221  9.999999999999999e-57  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3591  porphobilinogen deaminase  44.26 
 
 		 326 aa  221  9.999999999999999e-57  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1728  porphobilinogen deaminase  40.45 
 
 		 308 aa  221  1.9999999999999999e-56  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.446766  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1762  porphobilinogen deaminase  40.45 
 
 		 308 aa  221  1.9999999999999999e-56  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>