More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mmc1_0737 on replicon NC_008576
Organism: Magnetococcus sp. MC-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008576  Mmc1_0737  hydroxymethylbilane synthase  100 
 
 
314 aa  629  1e-179  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.522263 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0373  porphobilinogen deaminase  60.2 
 
 
310 aa  362  4e-99  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0483  porphobilinogen deaminase  59.87 
 
 
309 aa  362  6e-99  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4133  porphobilinogen deaminase  59.87 
 
 
309 aa  361  9e-99  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0440  porphobilinogen deaminase  59.21 
 
 
309 aa  361  9e-99  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3254  porphobilinogen deaminase  59.93 
 
 
326 aa  361  9e-99  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.290134 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0388  porphobilinogen deaminase  59.8 
 
 
315 aa  359  3e-98  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.895145  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0318  porphobilinogen deaminase  59.21 
 
 
317 aa  358  5e-98  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4094  porphobilinogen deaminase  59.27 
 
 
310 aa  355  3.9999999999999996e-97  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.364632 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0388  porphobilinogen deaminase  58.61 
 
 
310 aa  355  6.999999999999999e-97  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.571998  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3638  porphobilinogen deaminase  58.61 
 
 
310 aa  355  6.999999999999999e-97  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.51216  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0386  porphobilinogen deaminase  58.61 
 
 
310 aa  355  6.999999999999999e-97  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00551577  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3901  porphobilinogen deaminase  58.94 
 
 
310 aa  354  1e-96  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4000  porphobilinogen deaminase  58.94 
 
 
310 aa  353  2e-96  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.799289  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3978  porphobilinogen deaminase  58.94 
 
 
310 aa  353  2e-96  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1287  porphobilinogen deaminase  61.39 
 
 
310 aa  352  5e-96  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.909327  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4313  porphobilinogen deaminase  58.28 
 
 
310 aa  351  8.999999999999999e-96  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0074  porphobilinogen deaminase  58.58 
 
 
317 aa  350  1e-95  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0179  porphobilinogen deaminase  59.08 
 
 
322 aa  350  2e-95  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.00121296  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00314  porphobilinogen deaminase  59.42 
 
 
312 aa  350  2e-95  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4171  porphobilinogen deaminase  58.39 
 
 
313 aa  350  3e-95  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00534991  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2398  porphobilinogen deaminase  59.27 
 
 
317 aa  349  3e-95  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0564467  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0342  porphobilinogen deaminase  58.44 
 
 
309 aa  347  1e-94  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002106  porphobilinogen deaminase  58.44 
 
 
312 aa  347  2e-94  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.632133  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0220b  porphobilinogen deaminase  59.09 
 
 
311 aa  346  3e-94  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.824174  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3587  porphobilinogen deaminase  56.95 
 
 
310 aa  344  1e-93  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA3060  porphobilinogen deaminase  57.62 
 
 
351 aa  342  4e-93  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3980  porphobilinogen deaminase  57.74 
 
 
313 aa  342  4e-93  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.000129404  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3642  porphobilinogen deaminase  57.19 
 
 
310 aa  342  4e-93  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0178  porphobilinogen deaminase  58.88 
 
 
313 aa  342  5e-93  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0266595  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0584  porphobilinogen deaminase  59.61 
 
 
317 aa  340  2e-92  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.415079 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0487  porphobilinogen deaminase  56.77 
 
 
313 aa  340  2e-92  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0280  porphobilinogen deaminase  56.35 
 
 
312 aa  338  5e-92  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4170  porphobilinogen deaminase  57.65 
 
 
318 aa  338  7e-92  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.473943 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4174  porphobilinogen deaminase  57.65 
 
 
320 aa  337  9.999999999999999e-92  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.31528  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4025  porphobilinogen deaminase  57.65 
 
 
320 aa  337  9.999999999999999e-92  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.105851  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4264  porphobilinogen deaminase  57.65 
 
 
320 aa  337  9.999999999999999e-92  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4202  porphobilinogen deaminase  57.65 
 
 
320 aa  337  9.999999999999999e-92  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0530592  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4016  porphobilinogen deaminase  57.89 
 
 
313 aa  337  1.9999999999999998e-91  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.602391  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5243  porphobilinogen deaminase  57.65 
 
 
318 aa  337  1.9999999999999998e-91  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0198  porphobilinogen deaminase  57.89 
 
 
313 aa  337  1.9999999999999998e-91  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00764984  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03680  porphobilinogen deaminase  57.33 
 
 
313 aa  336  2.9999999999999997e-91  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.184348  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0536  porphobilinogen deaminase  57.89 
 
 
313 aa  336  2.9999999999999997e-91  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03629  hypothetical protein  57.33 
 
 
313 aa  336  2.9999999999999997e-91  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.193331  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4320  porphobilinogen deaminase  57.33 
 
 
320 aa  336  3.9999999999999995e-91  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.365174  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4166  porphobilinogen deaminase  57.79 
 
 
320 aa  335  5.999999999999999e-91  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000281942  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0228  porphobilinogen deaminase  57.57 
 
 
313 aa  335  5.999999999999999e-91  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4268  porphobilinogen deaminase  57.79 
 
 
318 aa  335  5.999999999999999e-91  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4220  porphobilinogen deaminase  57.79 
 
 
320 aa  335  5.999999999999999e-91  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.782422  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4151  porphobilinogen deaminase  57.79 
 
 
313 aa  335  9e-91  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4327  porphobilinogen deaminase  57.79 
 
 
313 aa  335  9e-91  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00150  porphobilinogen deaminase  55.02 
 
 
312 aa  333  2e-90  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.413704  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0256  porphobilinogen deaminase  55.92 
 
 
313 aa  333  2e-90  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.874316 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2621  porphobilinogen deaminase  57.52 
 
 
316 aa  332  5e-90  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.995581  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3063  porphobilinogen deaminase  58.14 
 
 
315 aa  332  6e-90  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3285  porphobilinogen deaminase  56.39 
 
 
318 aa  331  8e-90  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0211  porphobilinogen deaminase  55.59 
 
 
313 aa  330  1e-89  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.204763  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3234  porphobilinogen deaminase  56.49 
 
 
318 aa  331  1e-89  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00122468  normal  0.150053 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0044  porphobilinogen deaminase  54.55 
 
 
321 aa  330  1e-89  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0502  porphobilinogen deaminase  57.79 
 
 
312 aa  331  1e-89  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000513467  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1273  porphobilinogen deaminase  58.28 
 
 
315 aa  330  3e-89  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3667  hydroxymethylbilane synthase  56.91 
 
 
308 aa  329  3e-89  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.135779  normal  0.514748 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3202  porphobilinogen deaminase  54.37 
 
 
309 aa  329  3e-89  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69450  porphobilinogen deaminase  55.26 
 
 
313 aa  328  5.0000000000000004e-89  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6006  porphobilinogen deaminase  55.59 
 
 
313 aa  327  2.0000000000000001e-88  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.254392  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3987  porphobilinogen deaminase  57.38 
 
 
313 aa  327  2.0000000000000001e-88  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.293614  normal  0.143088 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0062  porphobilinogen deaminase  54.28 
 
 
313 aa  326  4.0000000000000003e-88  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0029  Hydroxymethylbilane synthase  56.86 
 
 
316 aa  324  2e-87  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.943678  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5487  porphobilinogen deaminase  56.58 
 
 
313 aa  323  2e-87  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2670  porphobilinogen deaminase  55.03 
 
 
308 aa  322  4e-87  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000635996 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0012  porphobilinogen deaminase  57.99 
 
 
315 aa  322  5e-87  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.625024 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0690  porphobilinogen deaminase  52.75 
 
 
310 aa  322  5e-87  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3375  porphobilinogen deaminase  54.22 
 
 
310 aa  322  6e-87  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0128  porphobilinogen deaminase  53.62 
 
 
313 aa  320  9.999999999999999e-87  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0112  porphobilinogen deaminase  53.27 
 
 
309 aa  321  9.999999999999999e-87  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2161  porphobilinogen deaminase  54.61 
 
 
319 aa  320  1.9999999999999998e-86  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0688  porphobilinogen deaminase  54.93 
 
 
311 aa  319  3.9999999999999996e-86  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.427677  normal  0.256859 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0525  porphobilinogen deaminase  54.93 
 
 
311 aa  319  5e-86  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0359  porphobilinogen deaminase  53.57 
 
 
318 aa  318  5e-86  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47600  porphobilinogen deaminase  54.84 
 
 
314 aa  318  7.999999999999999e-86  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1025  porphobilinogen deaminase  53.62 
 
 
310 aa  317  1e-85  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0857406  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0502  porphobilinogen deaminase  52.1 
 
 
310 aa  316  3e-85  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0061  porphobilinogen deaminase  49.68 
 
 
311 aa  316  3e-85  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3591  porphobilinogen deaminase  53.11 
 
 
326 aa  315  5e-85  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0408  porphobilinogen deaminase  53.11 
 
 
318 aa  313  1.9999999999999998e-84  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3109  hydroxymethylbilane synthase  56.17 
 
 
311 aa  313  1.9999999999999998e-84  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.324742  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0208  porphobilinogen deaminase  55.59 
 
 
313 aa  313  1.9999999999999998e-84  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0186  porphobilinogen deaminase  55.59 
 
 
313 aa  313  2.9999999999999996e-84  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0408  porphobilinogen deaminase  52.79 
 
 
318 aa  309  5e-83  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1375  porphobilinogen deaminase  53.33 
 
 
313 aa  306  3e-82  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.192689  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1460  porphobilinogen deaminase  53 
 
 
314 aa  303  2.0000000000000002e-81  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1363  porphobilinogen deaminase  53 
 
 
314 aa  303  2.0000000000000002e-81  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2492  porphobilinogen deaminase  53 
 
 
314 aa  302  5.000000000000001e-81  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.39329  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0685  hydroxymethylbilane synthase  52.35 
 
 
306 aa  295  1e-78  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.161676  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2263  porphobilinogen deaminase  48.92 
 
 
339 aa  293  4e-78  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2030  porphobilinogen deaminase  52.03 
 
 
303 aa  291  1e-77  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.550332  normal  0.807952 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0035  porphobilinogen deaminase  49.84 
 
 
310 aa  290  3e-77  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2563  porphobilinogen deaminase  49.84 
 
 
311 aa  290  3e-77  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.659984  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1437  porphobilinogen deaminase  52.81 
 
 
310 aa  289  4e-77  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0098  porphobilinogen deaminase  48.53 
 
 
345 aa  289  4e-77  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>