More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPS_0074 on replicon NC_003910
Organism: Colwellia psychrerythraea 34H



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003910  CPS_0074  porphobilinogen deaminase  100 
 
 		 317 aa  644    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4313  porphobilinogen deaminase  73.95 
 
 		 310 aa  459  9.999999999999999e-129  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4000  porphobilinogen deaminase  73.63 
 
 		 310 aa  454  1e-127  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.799289  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3978  porphobilinogen deaminase  73.63 
 
 		 310 aa  454  1e-127  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3901  porphobilinogen deaminase  73.63 
 
 		 310 aa  454  1e-127  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0373  porphobilinogen deaminase  72.26 
 
 		 310 aa  455  1e-127  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0388  porphobilinogen deaminase  73.63 
 
 		 310 aa  456  1e-127  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.571998  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3638  porphobilinogen deaminase  73.63 
 
 		 310 aa  456  1e-127  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.51216  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0386  porphobilinogen deaminase  73.63 
 
 		 310 aa  456  1e-127  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00551577  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3254  porphobilinogen deaminase  72.44 
 
 		 326 aa  456  1e-127  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.290134 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4133  porphobilinogen deaminase  72.82 
 
 		 309 aa  451  1.0000000000000001e-126  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4094  porphobilinogen deaminase  73.31 
 
 		 310 aa  452  1.0000000000000001e-126  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.364632 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0483  porphobilinogen deaminase  72.49 
 
 		 309 aa  453  1.0000000000000001e-126  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0440  porphobilinogen deaminase  71.29 
 
 		 309 aa  452  1.0000000000000001e-126  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3587  porphobilinogen deaminase  72.35 
 
 		 310 aa  449  1e-125  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0388  porphobilinogen deaminase  70.74 
 
 		 315 aa  446  1.0000000000000001e-124  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.895145  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0318  porphobilinogen deaminase  70.74 
 
 		 317 aa  447  1.0000000000000001e-124  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0342  porphobilinogen deaminase  66.88 
 
 		 309 aa  419  1e-116  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2398  porphobilinogen deaminase  67.09 
 
 		 317 aa  418  1e-116  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0564467  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002106  porphobilinogen deaminase  67.63 
 
 		 312 aa  413  1e-114  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.632133  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3642  porphobilinogen deaminase  66.45 
 
 		 310 aa  413  1e-114  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0178  porphobilinogen deaminase  67.63 
 
 		 313 aa  410  1e-113  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0266595  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00314  porphobilinogen deaminase  67.63 
 
 		 312 aa  409  1e-113  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0220b  porphobilinogen deaminase  68.3 
 
 		 311 aa  405  1.0000000000000001e-112  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.824174  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0179  porphobilinogen deaminase  66.34 
 
 		 322 aa  404  1.0000000000000001e-112  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.00121296  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4171  porphobilinogen deaminase  67.31 
 
 		 313 aa  404  1e-111  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00534991  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6006  porphobilinogen deaminase  64.95 
 
 		 313 aa  399  9.999999999999999e-111  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.254392  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3980  porphobilinogen deaminase  66.03 
 
 		 313 aa  398  9.999999999999999e-111  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.000129404  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69450  porphobilinogen deaminase  64.31 
 
 		 313 aa  399  9.999999999999999e-111  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0128  porphobilinogen deaminase  63.99 
 
 		 313 aa  395  1e-109  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0062  porphobilinogen deaminase  64.31 
 
 		 313 aa  396  1e-109  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0211  porphobilinogen deaminase  64.95 
 
 		 313 aa  396  1e-109  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.204763  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0044  porphobilinogen deaminase  63.21 
 
 		 321 aa  397  1e-109  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0280  porphobilinogen deaminase  65.69 
 
 		 312 aa  393  1e-108  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4166  porphobilinogen deaminase  66.77 
 
 		 320 aa  391  1e-108  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000281942  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4268  porphobilinogen deaminase  66.77 
 
 		 318 aa  391  1e-108  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4016  porphobilinogen deaminase  65.38 
 
 		 313 aa  393  1e-108  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.602391  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4220  porphobilinogen deaminase  66.77 
 
 		 320 aa  391  1e-108  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.782422  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0198  porphobilinogen deaminase  65.38 
 
 		 313 aa  392  1e-108  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00764984  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0256  porphobilinogen deaminase  64.31 
 
 		 313 aa  392  1e-108  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.874316 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0228  porphobilinogen deaminase  66.02 
 
 		 313 aa  392  1e-108  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00150  porphobilinogen deaminase  63.99 
 
 		 312 aa  389  1e-107  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.413704  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5487  porphobilinogen deaminase  64.95 
 
 		 313 aa  390  1e-107  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0536  porphobilinogen deaminase  65.06 
 
 		 313 aa  389  1e-107  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4151  porphobilinogen deaminase  66.77 
 
 		 313 aa  391  1e-107  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4327  porphobilinogen deaminase  66.77 
 
 		 313 aa  391  1e-107  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47600  porphobilinogen deaminase  64.94 
 
 		 314 aa  388  1e-107  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3987  porphobilinogen deaminase  66.24 
 
 		 313 aa  390  1e-107  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.293614  normal  0.143088 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4174  porphobilinogen deaminase  65.81 
 
 		 320 aa  386  1e-106  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.31528  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0186  porphobilinogen deaminase  64.63 
 
 		 313 aa  386  1e-106  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4202  porphobilinogen deaminase  65.81 
 
 		 320 aa  386  1e-106  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0530592  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5243  porphobilinogen deaminase  65.81 
 
 		 318 aa  385  1e-106  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4170  porphobilinogen deaminase  65.81 
 
 		 318 aa  386  1e-106  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.473943 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4025  porphobilinogen deaminase  65.81 
 
 		 320 aa  386  1e-106  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.105851  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4264  porphobilinogen deaminase  66.13 
 
 		 320 aa  387  1e-106  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4320  porphobilinogen deaminase  65.81 
 
 		 320 aa  385  1e-106  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.365174  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0208  porphobilinogen deaminase  64.63 
 
 		 313 aa  385  1e-106  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03680  porphobilinogen deaminase  65.48 
 
 		 313 aa  384  1e-105  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.184348  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3591  porphobilinogen deaminase  64.14 
 
 		 326 aa  384  1e-105  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03629  hypothetical protein  65.48 
 
 		 313 aa  384  1e-105  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.193331  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0487  porphobilinogen deaminase  59.29 
 
 		 313 aa  372  1e-102  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0061  porphobilinogen deaminase  59.22 
 
 		 311 aa  369  1e-101  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3667  hydroxymethylbilane synthase  61.84 
 
 		 308 aa  365  1e-100  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.135779  normal  0.514748 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1025  porphobilinogen deaminase  58.65 
 
 		 310 aa  367  1e-100  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0857406  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0029  Hydroxymethylbilane synthase  62.34 
 
 		 316 aa  364  1e-99  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.943678  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3109  hydroxymethylbilane synthase  61.17 
 
 		 311 aa  362  5.0000000000000005e-99  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.324742  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2161  porphobilinogen deaminase  60.4 
 
 		 319 aa  362  5.0000000000000005e-99  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA3060  porphobilinogen deaminase  60.06 
 
 		 351 aa  361  8e-99  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0502  porphobilinogen deaminase  59.09 
 
 		 310 aa  354  1e-96  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0012  porphobilinogen deaminase  62.41 
 
 		 315 aa  353  2.9999999999999997e-96  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.625024 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2263  porphobilinogen deaminase  56.75 
 
 		 339 aa  352  7e-96  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0112  porphobilinogen deaminase  58.31 
 
 		 309 aa  351  8e-96  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0737  hydroxymethylbilane synthase  58.58 
 
 		 314 aa  350  1e-95  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.522263 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2670  porphobilinogen deaminase  58.03 
 
 		 308 aa  349  3e-95  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000635996 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0098  porphobilinogen deaminase  54.05 
 
 		 345 aa  337  1.9999999999999998e-91  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0089  hydroxymethylbilane synthase  53.75 
 
 		 345 aa  333  2e-90  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3063  porphobilinogen deaminase  55.74 
 
 		 315 aa  332  7.000000000000001e-90  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3530  porphobilinogen deaminase  55.15 
 
 		 303 aa  320  1.9999999999999998e-86  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1437  porphobilinogen deaminase  57.48 
 
 		 310 aa  320  3e-86  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3375  porphobilinogen deaminase  54.69 
 
 		 310 aa  318  1e-85  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04137  porphobilinogen deaminase  54.97 
 
 		 304 aa  316  3e-85  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.870517  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3234  porphobilinogen deaminase  54.69 
 
 		 318 aa  315  4e-85  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00122468  normal  0.150053 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3674  porphobilinogen deaminase  54.43 
 
 		 311 aa  314  9.999999999999999e-85  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0584  porphobilinogen deaminase  53.99 
 
 		 317 aa  313  2.9999999999999996e-84  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.415079 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3285  porphobilinogen deaminase  52.43 
 
 		 318 aa  310  2.9999999999999997e-83  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2568  porphobilinogen deaminase  53.49 
 
 		 306 aa  306  2.0000000000000002e-82  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.0824843 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0690  porphobilinogen deaminase  51.13 
 
 		 310 aa  305  7e-82  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0359  porphobilinogen deaminase  51.13 
 
 		 318 aa  305  1.0000000000000001e-81  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1287  porphobilinogen deaminase  52.88 
 
 		 310 aa  304  1.0000000000000001e-81  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.909327  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0035  porphobilinogen deaminase  53.42 
 
 		 310 aa  303  2.0000000000000002e-81  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3202  porphobilinogen deaminase  51.46 
 
 		 309 aa  301  6.000000000000001e-81  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2377  porphobilinogen deaminase  54.82 
 
 		 310 aa  300  3e-80  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2890  porphobilinogen deaminase  54.82 
 
 		 320 aa  300  3e-80  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2749  porphobilinogen deaminase  50.97 
 
 		 334 aa  299  4e-80  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.319663  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1225  porphobilinogen deaminase  53 
 
 		 305 aa  298  7e-80  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1322  porphobilinogen deaminase  53.33 
 
 		 314 aa  297  1e-79  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00000625497  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1999  porphobilinogen deaminase  55.7 
 
 		 318 aa  296  2e-79  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.61051  decreased coverage  0.0000671123 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2690  porphobilinogen deaminase  53.04 
 
 		 321 aa  296  2e-79  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2571  porphobilinogen deaminase  54.43 
 
 		 338 aa  295  5e-79  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.902801 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2232  porphobilinogen deaminase  59.02 
 
 		 312 aa  295  6e-79  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.495959  normal  0.0113482 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>