More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_0440 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_0440  porphobilinogen deaminase  100 
 
 		 309 aa  622  1e-177  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3254  porphobilinogen deaminase  88.64 
 
 		 326 aa  558  1e-158  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.290134 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4313  porphobilinogen deaminase  87.34 
 
 		 310 aa  553  1e-156  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3901  porphobilinogen deaminase  87.34 
 
 		 310 aa  550  1e-156  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3978  porphobilinogen deaminase  87.66 
 
 		 310 aa  551  1e-156  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4094  porphobilinogen deaminase  87.66 
 
 		 310 aa  551  1e-156  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.364632 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0388  porphobilinogen deaminase  87.01 
 
 		 310 aa  553  1e-156  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.571998  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3638  porphobilinogen deaminase  87.01 
 
 		 310 aa  553  1e-156  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.51216  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0386  porphobilinogen deaminase  87.01 
 
 		 310 aa  553  1e-156  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00551577  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4000  porphobilinogen deaminase  87.66 
 
 		 310 aa  551  1e-156  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.799289  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3587  porphobilinogen deaminase  86.36 
 
 		 310 aa  548  1e-155  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0373  porphobilinogen deaminase  86.73 
 
 		 310 aa  548  1e-155  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0388  porphobilinogen deaminase  85.99 
 
 		 315 aa  547  1e-155  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.895145  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0318  porphobilinogen deaminase  85.71 
 
 		 317 aa  546  1e-154  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0483  porphobilinogen deaminase  86.64 
 
 		 309 aa  545  1e-154  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4133  porphobilinogen deaminase  85.34 
 
 		 309 aa  539  9.999999999999999e-153  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0179  porphobilinogen deaminase  71.66 
 
 		 322 aa  455  1e-127  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.00121296  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0074  porphobilinogen deaminase  71.29 
 
 		 317 aa  452  1.0000000000000001e-126  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4171  porphobilinogen deaminase  70.68 
 
 		 313 aa  449  1e-125  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00534991  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0228  porphobilinogen deaminase  71.01 
 
 		 313 aa  443  1e-123  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2398  porphobilinogen deaminase  69.81 
 
 		 317 aa  440  9.999999999999999e-123  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0564467  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3980  porphobilinogen deaminase  70.03 
 
 		 313 aa  441  9.999999999999999e-123  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.000129404  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002106  porphobilinogen deaminase  71.62 
 
 		 312 aa  439  9.999999999999999e-123  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.632133  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00314  porphobilinogen deaminase  71.29 
 
 		 312 aa  437  1e-121  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0220b  porphobilinogen deaminase  70.55 
 
 		 311 aa  437  1e-121  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.824174  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0342  porphobilinogen deaminase  69.38 
 
 		 309 aa  434  1e-121  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0198  porphobilinogen deaminase  69.06 
 
 		 313 aa  431  1e-120  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00764984  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4264  porphobilinogen deaminase  70.03 
 
 		 320 aa  431  1e-120  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0178  porphobilinogen deaminase  68.73 
 
 		 313 aa  431  1e-120  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0266595  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4016  porphobilinogen deaminase  69.06 
 
 		 313 aa  432  1e-120  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.602391  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03680  porphobilinogen deaminase  69.38 
 
 		 313 aa  428  1e-119  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.184348  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4174  porphobilinogen deaminase  69.71 
 
 		 320 aa  430  1e-119  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.31528  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4025  porphobilinogen deaminase  69.71 
 
 		 320 aa  430  1e-119  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.105851  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4170  porphobilinogen deaminase  69.71 
 
 		 318 aa  430  1e-119  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.473943 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03629  hypothetical protein  69.38 
 
 		 313 aa  428  1e-119  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.193331  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4320  porphobilinogen deaminase  69.38 
 
 		 320 aa  427  1e-119  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.365174  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0536  porphobilinogen deaminase  68.73 
 
 		 313 aa  429  1e-119  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5243  porphobilinogen deaminase  69.71 
 
 		 318 aa  429  1e-119  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4202  porphobilinogen deaminase  69.71 
 
 		 320 aa  430  1e-119  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0530592  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3642  porphobilinogen deaminase  67.64 
 
 		 310 aa  428  1e-119  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3987  porphobilinogen deaminase  69.71 
 
 		 313 aa  426  1e-118  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.293614  normal  0.143088 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4220  porphobilinogen deaminase  68.73 
 
 		 320 aa  427  1e-118  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.782422  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4166  porphobilinogen deaminase  68.73 
 
 		 320 aa  427  1e-118  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000281942  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4268  porphobilinogen deaminase  68.73 
 
 		 318 aa  427  1e-118  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4151  porphobilinogen deaminase  68.73 
 
 		 313 aa  426  1e-118  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4327  porphobilinogen deaminase  68.73 
 
 		 313 aa  426  1e-118  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00150  porphobilinogen deaminase  67.99 
 
 		 312 aa  424  1e-117  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.413704  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0280  porphobilinogen deaminase  68.54 
 
 		 312 aa  414  1e-114  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6006  porphobilinogen deaminase  67.75 
 
 		 313 aa  412  1e-114  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.254392  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69450  porphobilinogen deaminase  67.43 
 
 		 313 aa  413  1e-114  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0211  porphobilinogen deaminase  65.47 
 
 		 313 aa  408  1e-113  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.204763  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0062  porphobilinogen deaminase  65.15 
 
 		 313 aa  407  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0186  porphobilinogen deaminase  65.15 
 
 		 313 aa  401  1e-111  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0128  porphobilinogen deaminase  64.17 
 
 		 313 aa  401  1e-111  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5487  porphobilinogen deaminase  65.47 
 
 		 313 aa  401  1e-111  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3591  porphobilinogen deaminase  65.89 
 
 		 326 aa  403  1e-111  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0208  porphobilinogen deaminase  65.15 
 
 		 313 aa  401  1e-111  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0256  porphobilinogen deaminase  64.82 
 
 		 313 aa  403  1e-111  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.874316 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47600  porphobilinogen deaminase  66.23 
 
 		 314 aa  396  1e-109  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA3060  porphobilinogen deaminase  62.46 
 
 		 351 aa  390  1e-107  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0112  porphobilinogen deaminase  64.92 
 
 		 309 aa  388  1e-107  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0044  porphobilinogen deaminase  62.93 
 
 		 321 aa  390  1e-107  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3667  hydroxymethylbilane synthase  64.9 
 
 		 308 aa  385  1e-106  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.135779  normal  0.514748 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1025  porphobilinogen deaminase  62.75 
 
 		 310 aa  381  1e-105  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0857406  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2161  porphobilinogen deaminase  63.73 
 
 		 319 aa  383  1e-105  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0061  porphobilinogen deaminase  62.05 
 
 		 311 aa  382  1e-105  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0029  Hydroxymethylbilane synthase  63.82 
 
 		 316 aa  374  1e-103  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.943678  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0487  porphobilinogen deaminase  62.66 
 
 		 313 aa  376  1e-103  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2670  porphobilinogen deaminase  60.4 
 
 		 308 aa  369  1e-101  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000635996 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0012  porphobilinogen deaminase  65.16 
 
 		 315 aa  365  1e-100  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.625024 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0502  porphobilinogen deaminase  59.28 
 
 		 310 aa  362  5.0000000000000005e-99  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0737  hydroxymethylbilane synthase  59.21 
 
 		 314 aa  361  9e-99  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.522263 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3109  hydroxymethylbilane synthase  61.76 
 
 		 311 aa  361  1e-98  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.324742  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2263  porphobilinogen deaminase  57.54 
 
 		 339 aa  355  5e-97  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0089  hydroxymethylbilane synthase  55.59 
 
 		 345 aa  345  5e-94  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0098  porphobilinogen deaminase  54.98 
 
 		 345 aa  342  5.999999999999999e-93  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2568  porphobilinogen deaminase  55.74 
 
 		 306 aa  331  1e-89  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.0824843 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3234  porphobilinogen deaminase  55.37 
 
 		 318 aa  328  8e-89  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00122468  normal  0.150053 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04137  porphobilinogen deaminase  57.1 
 
 		 304 aa  325  5e-88  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.870517  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0359  porphobilinogen deaminase  54.07 
 
 		 318 aa  323  2e-87  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3285  porphobilinogen deaminase  54.07 
 
 		 318 aa  323  3e-87  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1437  porphobilinogen deaminase  57.62 
 
 		 310 aa  322  6e-87  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3063  porphobilinogen deaminase  55.23 
 
 		 315 aa  319  3e-86  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0408  porphobilinogen deaminase  54.4 
 
 		 318 aa  316  3e-85  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1322  porphobilinogen deaminase  55.7 
 
 		 314 aa  316  3e-85  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00000625497  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2749  porphobilinogen deaminase  55.63 
 
 		 334 aa  315  5e-85  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.319663  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3375  porphobilinogen deaminase  54.72 
 
 		 310 aa  315  6e-85  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3674  porphobilinogen deaminase  55.52 
 
 		 311 aa  315  7e-85  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0690  porphobilinogen deaminase  52.1 
 
 		 310 aa  314  1.9999999999999998e-84  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0208  porphobilinogen deaminase  53.75 
 
 		 320 aa  312  4.999999999999999e-84  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.492293 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3530  porphobilinogen deaminase  55.18 
 
 		 303 aa  312  4.999999999999999e-84  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4774  porphobilinogen deaminase  54.25 
 
 		 336 aa  311  7.999999999999999e-84  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0408  porphobilinogen deaminase  53.75 
 
 		 318 aa  310  2e-83  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2007  porphobilinogen deaminase  55.05 
 
 		 320 aa  310  2.9999999999999997e-83  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2032  porphobilinogen deaminase  55.05 
 
 		 320 aa  310  2.9999999999999997e-83  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.759518 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0502  porphobilinogen deaminase  54.4 
 
 		 312 aa  308  6.999999999999999e-83  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000513467  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3300  porphobilinogen deaminase  55.67 
 
 		 306 aa  307  1.0000000000000001e-82  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.999911  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4968  porphobilinogen deaminase  52.26 
 
 		 322 aa  308  1.0000000000000001e-82  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2898  porphobilinogen deaminase  55.67 
 
 		 306 aa  307  1.0000000000000001e-82  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.101786  normal  0.0803505 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0700  porphobilinogen deaminase  55.96 
 
 		 334 aa  306  3e-82  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>