More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_2571 on replicon NC_010682
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010682  Rpic_2571  porphobilinogen deaminase  100 
 
 		 338 aa  664    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.902801 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2166  porphobilinogen deaminase  96.15 
 
 		 338 aa  623  1e-177  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.600756 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2357  porphobilinogen deaminase  87.57 
 
 		 334 aa  527  1e-148  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.206721  normal  0.217288 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2749  porphobilinogen deaminase  74.04 
 
 		 334 aa  452  1.0000000000000001e-126  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.319663  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0700  porphobilinogen deaminase  71.34 
 
 		 334 aa  441  9.999999999999999e-123  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2179  porphobilinogen deaminase  72.22 
 
 		 327 aa  421  1e-117  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.230446  hitchhiker  0.000767539 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1069  porphobilinogen deaminase  72.7 
 
 		 342 aa  420  1e-116  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0656  porphobilinogen deaminase  65.94 
 
 		 325 aa  407  1.0000000000000001e-112  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2468  porphobilinogen deaminase  72.29 
 
 		 328 aa  404  1.0000000000000001e-112  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5752  porphobilinogen deaminase  71.07 
 
 		 334 aa  404  1e-111  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1200  porphobilinogen deaminase  64.26 
 
 		 321 aa  402  1e-111  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.580193  normal  0.533215 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0869  porphobilinogen deaminase  69.85 
 
 		 402 aa  396  1e-109  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.326995  normal  0.554351 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0872  porphobilinogen deaminase  72.35 
 
 		 329 aa  395  1e-109  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1813  porphobilinogen deaminase  71.7 
 
 		 334 aa  397  1e-109  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.57316  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2429  porphobilinogen deaminase  71.7 
 
 		 334 aa  397  1e-109  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.237637 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2425  porphobilinogen deaminase  71.7 
 
 		 403 aa  397  1e-109  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.495254  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2284  porphobilinogen deaminase  72.29 
 
 		 329 aa  388  1e-107  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0730  porphobilinogen deaminase  72.29 
 
 		 329 aa  388  1e-107  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1229  porphobilinogen deaminase  72.29 
 
 		 329 aa  388  1e-107  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3000  porphobilinogen deaminase  72.29 
 
 		 329 aa  388  1e-107  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1597  porphobilinogen deaminase  72.29 
 
 		 329 aa  388  1e-107  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.588858  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1077  porphobilinogen deaminase  72.29 
 
 		 329 aa  388  1e-107  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.941716  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1071  porphobilinogen deaminase  72.29 
 
 		 329 aa  387  1e-106  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2334  porphobilinogen deaminase  72.45 
 
 		 304 aa  380  1e-104  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.350686 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2568  porphobilinogen deaminase  64.01 
 
 		 306 aa  371  1e-102  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.0824843 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2890  porphobilinogen deaminase  66.02 
 
 		 320 aa  369  1e-101  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2690  porphobilinogen deaminase  61.83 
 
 		 321 aa  364  1e-100  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2377  porphobilinogen deaminase  65.7 
 
 		 310 aa  367  1e-100  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3090  porphobilinogen deaminase  65.27 
 
 		 331 aa  365  1e-100  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3674  porphobilinogen deaminase  61.69 
 
 		 311 aa  358  9.999999999999999e-98  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1999  porphobilinogen deaminase  63.55 
 
 		 318 aa  356  2.9999999999999997e-97  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.61051  decreased coverage  0.0000671123 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0764  porphobilinogen deaminase  64.84 
 
 		 322 aa  356  3.9999999999999996e-97  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000120999 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3664  porphobilinogen deaminase  61.83 
 
 		 334 aa  351  1e-95  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0035  porphobilinogen deaminase  63.23 
 
 		 310 aa  349  3e-95  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1715  porphobilinogen deaminase  63.58 
 
 		 315 aa  348  1e-94  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3411  porphobilinogen deaminase  71.91 
 
 		 285 aa  347  1e-94  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2232  porphobilinogen deaminase  64.51 
 
 		 312 aa  345  8e-94  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.495959  normal  0.0113482 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1437  porphobilinogen deaminase  61.29 
 
 		 310 aa  341  1e-92  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2161  porphobilinogen deaminase  56.97 
 
 		 319 aa  341  1e-92  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69450  porphobilinogen deaminase  59.68 
 
 		 313 aa  340  2e-92  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1374  porphobilinogen deaminase  62.83 
 
 		 308 aa  339  2.9999999999999998e-92  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.212718  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6006  porphobilinogen deaminase  60.59 
 
 		 313 aa  339  5e-92  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.254392  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0280  porphobilinogen deaminase  58.65 
 
 		 312 aa  333  2e-90  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3002  hydroxymethylbilane synthase  63.55 
 
 		 317 aa  333  2e-90  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  hitchhiker  0.00423817  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0179  porphobilinogen deaminase  58.22 
 
 		 322 aa  330  3e-89  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.00121296  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47600  porphobilinogen deaminase  59.15 
 
 		 314 aa  328  5.0000000000000004e-89  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0483  porphobilinogen deaminase  58.33 
 
 		 309 aa  328  1.0000000000000001e-88  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0373  porphobilinogen deaminase  57 
 
 		 310 aa  327  2.0000000000000001e-88  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3591  porphobilinogen deaminase  54.46 
 
 		 326 aa  327  2.0000000000000001e-88  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0198  porphobilinogen deaminase  57.14 
 
 		 313 aa  326  3e-88  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00764984  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1040  porphobilinogen deaminase  63.07 
 
 		 345 aa  325  5e-88  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.866098  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0536  porphobilinogen deaminase  57.14 
 
 		 313 aa  325  5e-88  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA3060  porphobilinogen deaminase  54.72 
 
 		 351 aa  325  6e-88  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4264  porphobilinogen deaminase  56.27 
 
 		 320 aa  325  6e-88  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4016  porphobilinogen deaminase  56.82 
 
 		 313 aa  325  6e-88  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.602391  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03680  porphobilinogen deaminase  55.95 
 
 		 313 aa  325  8.000000000000001e-88  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.184348  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03629  hypothetical protein  55.95 
 
 		 313 aa  325  8.000000000000001e-88  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.193331  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00314  porphobilinogen deaminase  57.42 
 
 		 312 aa  325  9e-88  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4170  porphobilinogen deaminase  55.95 
 
 		 318 aa  325  9e-88  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.473943 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0388  porphobilinogen deaminase  57.67 
 
 		 315 aa  324  1e-87  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.895145  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4320  porphobilinogen deaminase  55.95 
 
 		 320 aa  324  1e-87  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.365174  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4171  porphobilinogen deaminase  57 
 
 		 313 aa  324  1e-87  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00534991  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4174  porphobilinogen deaminase  55.95 
 
 		 320 aa  324  2e-87  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.31528  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5243  porphobilinogen deaminase  55.95 
 
 		 318 aa  323  2e-87  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4202  porphobilinogen deaminase  55.95 
 
 		 320 aa  324  2e-87  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0530592  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4025  porphobilinogen deaminase  55.95 
 
 		 320 aa  324  2e-87  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.105851  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4133  porphobilinogen deaminase  57 
 
 		 309 aa  323  3e-87  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4166  porphobilinogen deaminase  55.45 
 
 		 320 aa  323  3e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000281942  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0220b  porphobilinogen deaminase  55.38 
 
 		 311 aa  323  3e-87  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.824174  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3987  porphobilinogen deaminase  56.41 
 
 		 313 aa  323  3e-87  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.293614  normal  0.143088 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4220  porphobilinogen deaminase  55.45 
 
 		 320 aa  323  3e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.782422  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2398  porphobilinogen deaminase  56.45 
 
 		 317 aa  322  4e-87  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0564467  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4268  porphobilinogen deaminase  55.45 
 
 		 318 aa  322  4e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4151  porphobilinogen deaminase  55.45 
 
 		 313 aa  322  4e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4327  porphobilinogen deaminase  55.45 
 
 		 313 aa  322  4e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3980  porphobilinogen deaminase  56.67 
 
 		 313 aa  322  5e-87  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.000129404  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0228  porphobilinogen deaminase  58.61 
 
 		 313 aa  322  7e-87  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0178  porphobilinogen deaminase  55.81 
 
 		 313 aa  320  1.9999999999999998e-86  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0266595  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0029  Hydroxymethylbilane synthase  57.84 
 
 		 316 aa  320  3e-86  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.943678  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0062  porphobilinogen deaminase  56.35 
 
 		 313 aa  319  3.9999999999999996e-86  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3254  porphobilinogen deaminase  58 
 
 		 326 aa  319  5e-86  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.290134 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002106  porphobilinogen deaminase  55.16 
 
 		 312 aa  318  7.999999999999999e-86  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.632133  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0128  porphobilinogen deaminase  56.03 
 
 		 313 aa  316  3e-85  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0440  porphobilinogen deaminase  56 
 
 		 309 aa  315  5e-85  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0318  porphobilinogen deaminase  56 
 
 		 317 aa  314  9.999999999999999e-85  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0211  porphobilinogen deaminase  57.33 
 
 		 313 aa  315  9.999999999999999e-85  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.204763  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0074  porphobilinogen deaminase  54.43 
 
 		 317 aa  313  1.9999999999999998e-84  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0487  porphobilinogen deaminase  54.19 
 
 		 313 aa  312  4.999999999999999e-84  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4313  porphobilinogen deaminase  55.13 
 
 		 310 aa  312  5.999999999999999e-84  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3109  hydroxymethylbilane synthase  57.19 
 
 		 311 aa  312  5.999999999999999e-84  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.324742  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0342  porphobilinogen deaminase  53.92 
 
 		 309 aa  310  2e-83  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5487  porphobilinogen deaminase  55.05 
 
 		 313 aa  310  2.9999999999999997e-83  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0388  porphobilinogen deaminase  54.81 
 
 		 310 aa  309  4e-83  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.571998  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3638  porphobilinogen deaminase  54.81 
 
 		 310 aa  309  4e-83  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.51216  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0386  porphobilinogen deaminase  54.81 
 
 		 310 aa  309  4e-83  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00551577  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3642  porphobilinogen deaminase  53.95 
 
 		 310 aa  308  5.9999999999999995e-83  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3667  hydroxymethylbilane synthase  54.46 
 
 		 308 aa  308  6.999999999999999e-83  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.135779  normal  0.514748 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3587  porphobilinogen deaminase  54.49 
 
 		 310 aa  307  1.0000000000000001e-82  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0256  porphobilinogen deaminase  55.67 
 
 		 313 aa  308  1.0000000000000001e-82  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.874316 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3978  porphobilinogen deaminase  54.49 
 
 		 310 aa  307  2.0000000000000002e-82  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>