More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ping_3642 on replicon NC_008709
Organism: Psychromonas ingrahamii 37



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008709  Ping_3642  porphobilinogen deaminase  100 
 
 		 310 aa  628  1e-179  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2398  porphobilinogen deaminase  69.38 
 
 		 317 aa  439  9.999999999999999e-123  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0564467  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0373  porphobilinogen deaminase  69.26 
 
 		 310 aa  438  9.999999999999999e-123  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0318  porphobilinogen deaminase  69.71 
 
 		 317 aa  438  9.999999999999999e-123  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0483  porphobilinogen deaminase  70.03 
 
 		 309 aa  435  1e-121  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4094  porphobilinogen deaminase  69.38 
 
 		 310 aa  434  1e-121  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.364632 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3254  porphobilinogen deaminase  69.71 
 
 		 326 aa  436  1e-121  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.290134 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4313  porphobilinogen deaminase  69.06 
 
 		 310 aa  434  1e-120  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4133  porphobilinogen deaminase  68.73 
 
 		 309 aa  431  1e-120  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00314  porphobilinogen deaminase  68.85 
 
 		 312 aa  433  1e-120  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002106  porphobilinogen deaminase  69.18 
 
 		 312 aa  432  1e-120  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.632133  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3587  porphobilinogen deaminase  69.38 
 
 		 310 aa  432  1e-120  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4000  porphobilinogen deaminase  69.06 
 
 		 310 aa  432  1e-120  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.799289  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3901  porphobilinogen deaminase  69.06 
 
 		 310 aa  432  1e-120  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3978  porphobilinogen deaminase  69.06 
 
 		 310 aa  432  1e-120  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0388  porphobilinogen deaminase  68.73 
 
 		 310 aa  431  1e-120  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.571998  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3638  porphobilinogen deaminase  68.73 
 
 		 310 aa  431  1e-120  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.51216  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0386  porphobilinogen deaminase  68.73 
 
 		 310 aa  431  1e-120  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00551577  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03680  porphobilinogen deaminase  67.86 
 
 		 313 aa  429  1e-119  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.184348  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4174  porphobilinogen deaminase  67.86 
 
 		 320 aa  429  1e-119  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.31528  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4025  porphobilinogen deaminase  67.86 
 
 		 320 aa  429  1e-119  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.105851  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03629  hypothetical protein  67.86 
 
 		 313 aa  429  1e-119  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.193331  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5243  porphobilinogen deaminase  67.86 
 
 		 318 aa  429  1e-119  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4202  porphobilinogen deaminase  67.86 
 
 		 320 aa  429  1e-119  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0530592  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4170  porphobilinogen deaminase  67.86 
 
 		 318 aa  430  1e-119  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.473943 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0388  porphobilinogen deaminase  69.06 
 
 		 315 aa  428  1e-119  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.895145  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0440  porphobilinogen deaminase  67.64 
 
 		 309 aa  428  1e-119  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4264  porphobilinogen deaminase  67.86 
 
 		 320 aa  429  1e-119  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4320  porphobilinogen deaminase  67.53 
 
 		 320 aa  427  1e-118  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.365174  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0342  porphobilinogen deaminase  66.67 
 
 		 309 aa  427  1e-118  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0179  porphobilinogen deaminase  66.12 
 
 		 322 aa  422  1e-117  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.00121296  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4171  porphobilinogen deaminase  65.81 
 
 		 313 aa  418  1e-116  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00534991  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0178  porphobilinogen deaminase  66.02 
 
 		 313 aa  417  9.999999999999999e-116  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0266595  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4268  porphobilinogen deaminase  64.84 
 
 		 318 aa  416  9.999999999999999e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3980  porphobilinogen deaminase  66.45 
 
 		 313 aa  416  9.999999999999999e-116  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.000129404  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4220  porphobilinogen deaminase  64.84 
 
 		 320 aa  417  9.999999999999999e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.782422  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4151  porphobilinogen deaminase  64.84 
 
 		 313 aa  416  9.999999999999999e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0228  porphobilinogen deaminase  65.47 
 
 		 313 aa  414  9.999999999999999e-116  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4166  porphobilinogen deaminase  64.84 
 
 		 320 aa  417  9.999999999999999e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000281942  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4327  porphobilinogen deaminase  64.84 
 
 		 313 aa  416  9.999999999999999e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0074  porphobilinogen deaminase  66.45 
 
 		 317 aa  413  1e-114  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00150  porphobilinogen deaminase  64.17 
 
 		 312 aa  411  1e-114  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.413704  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0220b  porphobilinogen deaminase  66.45 
 
 		 311 aa  412  1e-114  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.824174  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3987  porphobilinogen deaminase  65.16 
 
 		 313 aa  413  1e-114  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.293614  normal  0.143088 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3591  porphobilinogen deaminase  66.99 
 
 		 326 aa  411  1e-114  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0198  porphobilinogen deaminase  65.47 
 
 		 313 aa  410  1e-113  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00764984  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4016  porphobilinogen deaminase  65.47 
 
 		 313 aa  408  1e-113  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.602391  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0536  porphobilinogen deaminase  65.47 
 
 		 313 aa  410  1e-113  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6006  porphobilinogen deaminase  63.84 
 
 		 313 aa  396  1e-109  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.254392  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0280  porphobilinogen deaminase  64.47 
 
 		 312 aa  394  1e-108  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69450  porphobilinogen deaminase  63.19 
 
 		 313 aa  392  1e-108  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0044  porphobilinogen deaminase  60.88 
 
 		 321 aa  387  1e-106  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0487  porphobilinogen deaminase  61.04 
 
 		 313 aa  384  1e-106  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3667  hydroxymethylbilane synthase  62.87 
 
 		 308 aa  384  1e-105  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.135779  normal  0.514748 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2263  porphobilinogen deaminase  59.2 
 
 		 339 aa  379  1e-104  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47600  porphobilinogen deaminase  62.17 
 
 		 314 aa  378  1e-104  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1025  porphobilinogen deaminase  60.32 
 
 		 310 aa  379  1e-104  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0857406  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0128  porphobilinogen deaminase  60.26 
 
 		 313 aa  377  1e-103  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0062  porphobilinogen deaminase  59.93 
 
 		 313 aa  376  1e-103  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5487  porphobilinogen deaminase  60.91 
 
 		 313 aa  376  1e-103  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0256  porphobilinogen deaminase  60.91 
 
 		 313 aa  377  1e-103  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.874316 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0211  porphobilinogen deaminase  60.91 
 
 		 313 aa  375  1e-103  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.204763  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0502  porphobilinogen deaminase  60.84 
 
 		 310 aa  371  1e-102  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0112  porphobilinogen deaminase  59.54 
 
 		 309 aa  372  1e-102  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3109  hydroxymethylbilane synthase  61.44 
 
 		 311 aa  372  1e-102  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.324742  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0061  porphobilinogen deaminase  56.82 
 
 		 311 aa  372  1e-102  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0186  porphobilinogen deaminase  60.59 
 
 		 313 aa  364  1e-99  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0208  porphobilinogen deaminase  60.59 
 
 		 313 aa  364  1e-99  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA3060  porphobilinogen deaminase  59.61 
 
 		 351 aa  360  2e-98  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0012  porphobilinogen deaminase  60.34 
 
 		 315 aa  357  9.999999999999999e-98  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.625024 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2161  porphobilinogen deaminase  58.61 
 
 		 319 aa  357  9.999999999999999e-98  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0029  Hydroxymethylbilane synthase  60.26 
 
 		 316 aa  355  7.999999999999999e-97  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.943678  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0089  hydroxymethylbilane synthase  55.29 
 
 		 345 aa  353  2.9999999999999997e-96  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2670  porphobilinogen deaminase  57.19 
 
 		 308 aa  352  2.9999999999999997e-96  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000635996 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0098  porphobilinogen deaminase  55.29 
 
 		 345 aa  350  1e-95  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0737  hydroxymethylbilane synthase  57.19 
 
 		 314 aa  342  4e-93  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.522263 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0359  porphobilinogen deaminase  53.23 
 
 		 318 aa  325  6e-88  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3285  porphobilinogen deaminase  52.9 
 
 		 318 aa  325  7e-88  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3234  porphobilinogen deaminase  53.55 
 
 		 318 aa  324  1e-87  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00122468  normal  0.150053 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0584  porphobilinogen deaminase  54.98 
 
 		 317 aa  323  2e-87  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.415079 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3674  porphobilinogen deaminase  55 
 
 		 311 aa  323  2e-87  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2621  porphobilinogen deaminase  54.55 
 
 		 316 aa  322  3e-87  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.995581  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0408  porphobilinogen deaminase  52.26 
 
 		 318 aa  319  3e-86  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0408  porphobilinogen deaminase  52.26 
 
 		 318 aa  318  5e-86  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1437  porphobilinogen deaminase  55.41 
 
 		 310 aa  318  6e-86  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2690  porphobilinogen deaminase  55.3 
 
 		 321 aa  313  2.9999999999999996e-84  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3375  porphobilinogen deaminase  51.94 
 
 		 310 aa  311  7.999999999999999e-84  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0502  porphobilinogen deaminase  52.58 
 
 		 312 aa  308  5e-83  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000513467  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3063  porphobilinogen deaminase  51.32 
 
 		 315 aa  307  1.0000000000000001e-82  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1322  porphobilinogen deaminase  53.09 
 
 		 314 aa  306  2.0000000000000002e-82  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00000625497  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1287  porphobilinogen deaminase  53.59 
 
 		 310 aa  305  4.0000000000000004e-82  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.909327  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_05521  porphobilinogen deaminase  53.21 
 
 		 316 aa  305  6e-82  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.132832  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0933  porphobilinogen deaminase  49.51 
 
 		 313 aa  304  1.0000000000000001e-81  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3202  porphobilinogen deaminase  52.6 
 
 		 309 aa  303  2.0000000000000002e-81  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0208  porphobilinogen deaminase  51.62 
 
 		 320 aa  302  5.000000000000001e-81  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.492293 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2749  porphobilinogen deaminase  50.97 
 
 		 334 aa  302  5.000000000000001e-81  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.319663  normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_05221  porphobilinogen deaminase  52.24 
 
 		 316 aa  301  7.000000000000001e-81  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1828  porphobilinogen deaminase  50.96 
 
 		 315 aa  301  9e-81  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2032  porphobilinogen deaminase  51.79 
 
 		 320 aa  301  9e-81  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.759518 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2568  porphobilinogen deaminase  51 
 
 		 306 aa  301  1e-80  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.0824843 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>