More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_2966 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_2966  porphobilinogen deaminase  100 
 
 		 330 aa  666    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3699  porphobilinogen deaminase  73.05 
 
 		 309 aa  459  9.999999999999999e-129  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4020  porphobilinogen deaminase  71.75 
 
 		 309 aa  452  1.0000000000000001e-126  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.780867  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4145  porphobilinogen deaminase  73.14 
 
 		 309 aa  445  1.0000000000000001e-124  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.501795  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0975  porphobilinogen deaminase  64.94 
 
 		 314 aa  400  9.999999999999999e-111  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3202  porphobilinogen deaminase  65.7 
 
 		 309 aa  394  1e-108  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1887  porphobilinogen deaminase  63.58 
 
 		 314 aa  387  1e-106  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1815  porphobilinogen deaminase  64.36 
 
 		 304 aa  385  1e-106  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.187102  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0471  porphobilinogen deaminase  57.72 
 
 		 316 aa  317  2e-85  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.834743 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2704  porphobilinogen deaminase  54.4 
 
 		 347 aa  311  1e-83  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0562  porphobilinogen deaminase  57.05 
 
 		 316 aa  310  2.9999999999999997e-83  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.264968  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2334  porphobilinogen deaminase  54.1 
 
 		 322 aa  304  1.0000000000000001e-81  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.69155  normal  0.249742 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0551  porphobilinogen deaminase  53.77 
 
 		 322 aa  303  2.0000000000000002e-81  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0679  porphobilinogen deaminase  53.77 
 
 		 314 aa  301  1e-80  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0406  porphobilinogen deaminase  52.94 
 
 		 311 aa  300  2e-80  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.121842  normal  0.321807 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3630  porphobilinogen deaminase  53.92 
 
 		 313 aa  299  4e-80  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0881081  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1732  porphobilinogen deaminase  50.97 
 
 		 318 aa  297  2e-79  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0335479  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1349  porphobilinogen deaminase  54.49 
 
 		 308 aa  292  7e-78  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0751939 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3845  porphobilinogen deaminase  52.73 
 
 		 318 aa  291  9e-78  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011674  PHATRDRAFT_51811  hydroxymethylbilane synthase  50 
 
 		 329 aa  288  8e-77  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2529  porphobilinogen deaminase  52.94 
 
 		 318 aa  286  2.9999999999999996e-76  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5316  porphobilinogen deaminase  52.3 
 
 		 309 aa  286  4e-76  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4848  porphobilinogen deaminase  52.3 
 
 		 309 aa  286  4e-76  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5394  porphobilinogen deaminase  52.3 
 
 		 309 aa  285  5e-76  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.396186  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3568  porphobilinogen deaminase  49.84 
 
 		 321 aa  285  9e-76  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.133183  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1158  porphobilinogen deaminase  51.86 
 
 		 317 aa  278  1e-73  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.470671  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2839  porphobilinogen deaminase  51.55 
 
 		 307 aa  265  5.999999999999999e-70  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.748  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0007  porphobilinogen deaminase  50.49 
 
 		 337 aa  251  1e-65  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.000143071  normal  0.582224 
 
 
-
 
NC_009359  OSTLU_31592  predicted protein  46.71 
 
 		 325 aa  251  1e-65  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.784447 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0220b  porphobilinogen deaminase  47.97 
 
 		 311 aa  251  1e-65  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.824174  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0118  porphobilinogen deaminase  46.54 
 
 		 318 aa  246  3e-64  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.522497  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0737  hydroxymethylbilane synthase  44.59 
 
 		 314 aa  243  3e-63  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.522263 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00314  porphobilinogen deaminase  46.71 
 
 		 312 aa  239  2.9999999999999997e-62  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002106  porphobilinogen deaminase  46.71 
 
 		 312 aa  239  4e-62  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.632133  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1936  porphobilinogen deaminase  48.79 
 
 		 308 aa  237  2e-61  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0833928  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3202  porphobilinogen deaminase  45.39 
 
 		 309 aa  237  2e-61  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2030  porphobilinogen deaminase  45.85 
 
 		 303 aa  236  4e-61  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.550332  normal  0.807952 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2398  porphobilinogen deaminase  42.95 
 
 		 317 aa  232  5e-60  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0564467  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0029  Hydroxymethylbilane synthase  45.72 
 
 		 316 aa  233  5e-60  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.943678  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0012  porphobilinogen deaminase  46.76 
 
 		 315 aa  231  9e-60  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.625024 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3642  porphobilinogen deaminase  42.62 
 
 		 310 aa  231  2e-59  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3285  porphobilinogen deaminase  41.83 
 
 		 318 aa  229  3e-59  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA3060  porphobilinogen deaminase  45 
 
 		 351 aa  229  4e-59  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1375  porphobilinogen deaminase  45.85 
 
 		 313 aa  229  5e-59  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.192689  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0318  porphobilinogen deaminase  44.11 
 
 		 317 aa  228  8e-59  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0178  porphobilinogen deaminase  44.92 
 
 		 313 aa  228  9e-59  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0266595  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1025  porphobilinogen deaminase  43.79 
 
 		 310 aa  228  1e-58  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0857406  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3548  porphobilinogen deaminase  43.67 
 
 		 300 aa  228  2e-58  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3234  porphobilinogen deaminase  41.31 
 
 		 318 aa  226  4e-58  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00122468  normal  0.150053 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2492  porphobilinogen deaminase  44.74 
 
 		 314 aa  225  7e-58  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.39329  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2786  porphobilinogen deaminase  46.44 
 
 		 312 aa  225  7e-58  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.50177  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0373  porphobilinogen deaminase  43.33 
 
 		 310 aa  224  1e-57  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0502  porphobilinogen deaminase  45.67 
 
 		 310 aa  224  2e-57  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0690  porphobilinogen deaminase  39.67 
 
 		 310 aa  223  2e-57  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3375  porphobilinogen deaminase  42.52 
 
 		 310 aa  223  3e-57  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1363  porphobilinogen deaminase  44.08 
 
 		 314 aa  223  4.9999999999999996e-57  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1460  porphobilinogen deaminase  44.08 
 
 		 314 aa  223  4.9999999999999996e-57  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1762  porphobilinogen deaminase  40.53 
 
 		 308 aa  222  6e-57  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2563  porphobilinogen deaminase  41.33 
 
 		 311 aa  222  6e-57  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.659984  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1728  porphobilinogen deaminase  40.53 
 
 		 308 aa  222  6e-57  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.446766  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1287  porphobilinogen deaminase  43.73 
 
 		 310 aa  222  6e-57  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.909327  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4171  porphobilinogen deaminase  43.28 
 
 		 313 aa  222  7e-57  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00534991  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0872  porphobilinogen deaminase  42.31 
 
 		 310 aa  222  8e-57  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3980  porphobilinogen deaminase  42.95 
 
 		 313 aa  222  8e-57  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.000129404  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1259  porphobilinogen deaminase  42.35 
 
 		 308 aa  221  9.999999999999999e-57  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.925729  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0359  porphobilinogen deaminase  39.54 
 
 		 318 aa  221  9.999999999999999e-57  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0502  porphobilinogen deaminase  43.61 
 
 		 312 aa  221  9.999999999999999e-57  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000513467  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3063  porphobilinogen deaminase  42.67 
 
 		 315 aa  219  3e-56  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1838  porphobilinogen deaminase  47.8 
 
 		 305 aa  219  3.9999999999999997e-56  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0685  hydroxymethylbilane synthase  40 
 
 		 306 aa  219  3.9999999999999997e-56  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.161676  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4133  porphobilinogen deaminase  42.67 
 
 		 309 aa  219  5e-56  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0584  porphobilinogen deaminase  43.1 
 
 		 317 aa  218  1e-55  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.415079 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2163  porphobilinogen deaminase  39.26 
 
 		 309 aa  218  1e-55  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.138876  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03680  porphobilinogen deaminase  42.3 
 
 		 313 aa  218  2e-55  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.184348  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4174  porphobilinogen deaminase  42.3 
 
 		 320 aa  217  2e-55  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.31528  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4202  porphobilinogen deaminase  42.3 
 
 		 320 aa  217  2e-55  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0530592  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1750  porphobilinogen deaminase  44.88 
 
 		 303 aa  218  2e-55  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.444396 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0074  porphobilinogen deaminase  41.23 
 
 		 317 aa  218  2e-55  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4361  porphobilinogen deaminase  42.38 
 
 		 309 aa  217  2e-55  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.448902  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4025  porphobilinogen deaminase  42.3 
 
 		 320 aa  217  2e-55  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.105851  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4696  porphobilinogen deaminase  42.38 
 
 		 309 aa  217  2e-55  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4551  porphobilinogen deaminase  42.38 
 
 		 309 aa  217  2e-55  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4170  porphobilinogen deaminase  42.3 
 
 		 318 aa  218  2e-55  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.473943 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0388  porphobilinogen deaminase  42.52 
 
 		 315 aa  217  2e-55  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.895145  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0342  porphobilinogen deaminase  40.98 
 
 		 309 aa  217  2e-55  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03629  hypothetical protein  42.3 
 
 		 313 aa  218  2e-55  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.193331  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5243  porphobilinogen deaminase  42.3 
 
 		 318 aa  217  2.9999999999999998e-55  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3180  porphobilinogen deaminase  42.33 
 
 		 309 aa  216  2.9999999999999998e-55  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3254  porphobilinogen deaminase  42.96 
 
 		 326 aa  216  2.9999999999999998e-55  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.290134 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3530  porphobilinogen deaminase  43.64 
 
 		 303 aa  216  5e-55  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4320  porphobilinogen deaminase  41.97 
 
 		 320 aa  215  7e-55  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.365174  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0440  porphobilinogen deaminase  43.05 
 
 		 309 aa  215  7e-55  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4197  porphobilinogen deaminase  42.38 
 
 		 309 aa  215  8e-55  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4600  porphobilinogen deaminase  42.05 
 
 		 309 aa  215  8e-55  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4208  porphobilinogen deaminase  42.38 
 
 		 309 aa  215  9e-55  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0179  porphobilinogen deaminase  44.91 
 
 		 322 aa  215  9e-55  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.00121296  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4264  porphobilinogen deaminase  41.97 
 
 		 320 aa  215  9e-55  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2580  porphobilinogen deaminase  43.33 
 
 		 311 aa  214  9.999999999999999e-55  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2670  porphobilinogen deaminase  44.22 
 
 		 308 aa  214  9.999999999999999e-55  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000635996 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0040  porphobilinogen deaminase  47.48 
 
 		 321 aa  214  9.999999999999999e-55  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>