More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mnod_1732 on replicon NC_011894
Organism: Methylobacterium nodulans ORS 2060



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011894  Mnod_1732  porphobilinogen deaminase  100 
 
 		 318 aa  626  1e-178  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0335479  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0406  porphobilinogen deaminase  90.68 
 
 		 311 aa  563  1.0000000000000001e-159  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.121842  normal  0.321807 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5394  porphobilinogen deaminase  74.6 
 
 		 309 aa  447  1.0000000000000001e-124  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.396186  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4848  porphobilinogen deaminase  73.95 
 
 		 309 aa  442  1e-123  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2839  porphobilinogen deaminase  75.56 
 
 		 307 aa  442  1e-123  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.748  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5316  porphobilinogen deaminase  73.63 
 
 		 309 aa  439  9.999999999999999e-123  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3568  porphobilinogen deaminase  52.61 
 
 		 321 aa  303  2.0000000000000002e-81  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.133183  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2966  porphobilinogen deaminase  50.97 
 
 		 330 aa  297  2e-79  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009359  OSTLU_31592  predicted protein  51.62 
 
 		 325 aa  295  9e-79  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.784447 
 
 
-
 
NC_011674  PHATRDRAFT_51811  hydroxymethylbilane synthase  47.9 
 
 		 329 aa  292  4e-78  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3202  porphobilinogen deaminase  50.5 
 
 		 309 aa  283  3.0000000000000004e-75  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4020  porphobilinogen deaminase  50.33 
 
 		 309 aa  281  8.000000000000001e-75  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.780867  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3630  porphobilinogen deaminase  52.96 
 
 		 313 aa  281  9e-75  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0881081  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3699  porphobilinogen deaminase  50.33 
 
 		 309 aa  281  1e-74  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1349  porphobilinogen deaminase  54.58 
 
 		 308 aa  280  2e-74  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0751939 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2529  porphobilinogen deaminase  50.65 
 
 		 318 aa  280  2e-74  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0975  porphobilinogen deaminase  51.16 
 
 		 314 aa  280  3e-74  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0471  porphobilinogen deaminase  52.17 
 
 		 316 aa  279  4e-74  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.834743 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0679  porphobilinogen deaminase  51.01 
 
 		 314 aa  276  3e-73  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0562  porphobilinogen deaminase  52.17 
 
 		 316 aa  276  4e-73  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.264968  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2334  porphobilinogen deaminase  51.01 
 
 		 322 aa  274  1.0000000000000001e-72  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.69155  normal  0.249742 
 
 
-
 
NC_004310  BR1887  porphobilinogen deaminase  48.69 
 
 		 314 aa  271  1e-71  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0551  porphobilinogen deaminase  49.67 
 
 		 322 aa  271  2e-71  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1815  porphobilinogen deaminase  48.37 
 
 		 304 aa  270  2e-71  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.187102  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1158  porphobilinogen deaminase  52.82 
 
 		 317 aa  267  1e-70  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.470671  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3845  porphobilinogen deaminase  49.67 
 
 		 318 aa  266  4e-70  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3234  porphobilinogen deaminase  48.45 
 
 		 318 aa  264  2e-69  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00122468  normal  0.150053 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2704  porphobilinogen deaminase  47.68 
 
 		 347 aa  263  4e-69  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3285  porphobilinogen deaminase  45.48 
 
 		 318 aa  262  4.999999999999999e-69  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0408  porphobilinogen deaminase  43.81 
 
 		 318 aa  260  3e-68  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0408  porphobilinogen deaminase  43.81 
 
 		 318 aa  259  4e-68  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0359  porphobilinogen deaminase  46.39 
 
 		 318 aa  258  1e-67  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA3060  porphobilinogen deaminase  48.16 
 
 		 351 aa  257  2e-67  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6006  porphobilinogen deaminase  50.33 
 
 		 313 aa  257  2e-67  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.254392  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1025  porphobilinogen deaminase  46.75 
 
 		 310 aa  257  2e-67  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0857406  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69450  porphobilinogen deaminase  50 
 
 		 313 aa  256  3e-67  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3063  porphobilinogen deaminase  46.71 
 
 		 315 aa  255  8e-67  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0178  porphobilinogen deaminase  48.84 
 
 		 313 aa  254  2.0000000000000002e-66  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0266595  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0502  porphobilinogen deaminase  49.15 
 
 		 310 aa  254  2.0000000000000002e-66  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0737  hydroxymethylbilane synthase  46.76 
 
 		 314 aa  254  2.0000000000000002e-66  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.522263 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3202  porphobilinogen deaminase  47.32 
 
 		 309 aa  253  3e-66  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4145  porphobilinogen deaminase  46.08 
 
 		 309 aa  252  5.000000000000001e-66  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.501795  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0211  porphobilinogen deaminase  48.39 
 
 		 313 aa  250  2e-65  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.204763  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4016  porphobilinogen deaminase  48.66 
 
 		 313 aa  249  4e-65  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.602391  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0536  porphobilinogen deaminase  48.66 
 
 		 313 aa  249  4e-65  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2563  porphobilinogen deaminase  46.2 
 
 		 311 aa  249  4e-65  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.659984  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0198  porphobilinogen deaminase  48.66 
 
 		 313 aa  249  4e-65  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00764984  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0690  porphobilinogen deaminase  42.76 
 
 		 310 aa  249  5e-65  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3375  porphobilinogen deaminase  45.43 
 
 		 310 aa  249  5e-65  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3980  porphobilinogen deaminase  47.51 
 
 		 313 aa  248  7e-65  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.000129404  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0256  porphobilinogen deaminase  49.17 
 
 		 313 aa  248  8e-65  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.874316 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5487  porphobilinogen deaminase  49.03 
 
 		 313 aa  248  1e-64  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0483  porphobilinogen deaminase  45.25 
 
 		 309 aa  247  2e-64  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4171  porphobilinogen deaminase  48.11 
 
 		 313 aa  247  2e-64  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00534991  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0685  hydroxymethylbilane synthase  45.33 
 
 		 306 aa  246  3e-64  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.161676  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3254  porphobilinogen deaminase  46.23 
 
 		 326 aa  246  3e-64  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.290134 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0502  porphobilinogen deaminase  47.04 
 
 		 312 aa  245  6e-64  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000513467  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0062  porphobilinogen deaminase  48.84 
 
 		 313 aa  245  9e-64  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0899  porphobilinogen deaminase  45.14 
 
 		 308 aa  245  9e-64  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.28159  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0029  Hydroxymethylbilane synthase  49 
 
 		 316 aa  245  9e-64  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.943678  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0118  porphobilinogen deaminase  49.36 
 
 		 318 aa  244  9.999999999999999e-64  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.522497  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4220  porphobilinogen deaminase  47.65 
 
 		 320 aa  244  9.999999999999999e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.782422  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4166  porphobilinogen deaminase  47.65 
 
 		 320 aa  244  9.999999999999999e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000281942  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47600  porphobilinogen deaminase  49.17 
 
 		 314 aa  244  1.9999999999999999e-63  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0044  porphobilinogen deaminase  49.25 
 
 		 321 aa  244  1.9999999999999999e-63  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0280  porphobilinogen deaminase  48.2 
 
 		 312 aa  244  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4151  porphobilinogen deaminase  48.45 
 
 		 313 aa  243  3.9999999999999997e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2030  porphobilinogen deaminase  46.49 
 
 		 303 aa  243  3.9999999999999997e-63  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.550332  normal  0.807952 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4268  porphobilinogen deaminase  48.45 
 
 		 318 aa  243  3.9999999999999997e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4327  porphobilinogen deaminase  48.45 
 
 		 313 aa  243  3.9999999999999997e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0186  porphobilinogen deaminase  48.71 
 
 		 313 aa  242  5e-63  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0208  porphobilinogen deaminase  48.71 
 
 		 313 aa  242  6e-63  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3667  hydroxymethylbilane synthase  46.18 
 
 		 308 aa  241  7.999999999999999e-63  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.135779  normal  0.514748 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0584  porphobilinogen deaminase  48.49 
 
 		 317 aa  241  9e-63  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.415079 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0128  porphobilinogen deaminase  48.5 
 
 		 313 aa  241  1e-62  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0342  porphobilinogen deaminase  45.64 
 
 		 309 aa  241  1e-62  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0440  porphobilinogen deaminase  45.25 
 
 		 309 aa  241  1e-62  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4174  porphobilinogen deaminase  46.64 
 
 		 320 aa  241  2e-62  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.31528  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4025  porphobilinogen deaminase  46.64 
 
 		 320 aa  241  2e-62  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.105851  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1728  porphobilinogen deaminase  40.97 
 
 		 308 aa  240  2e-62  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.446766  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4202  porphobilinogen deaminase  46.64 
 
 		 320 aa  241  2e-62  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0530592  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1287  porphobilinogen deaminase  47.33 
 
 		 310 aa  240  2e-62  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.909327  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1762  porphobilinogen deaminase  40.97 
 
 		 308 aa  240  2e-62  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4320  porphobilinogen deaminase  46.64 
 
 		 320 aa  240  2.9999999999999997e-62  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.365174  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4170  porphobilinogen deaminase  47.42 
 
 		 318 aa  239  4e-62  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.473943 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0220b  porphobilinogen deaminase  46.37 
 
 		 311 aa  239  5e-62  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.824174  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0179  porphobilinogen deaminase  46.74 
 
 		 322 aa  239  5.999999999999999e-62  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.00121296  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4264  porphobilinogen deaminase  46.31 
 
 		 320 aa  238  6.999999999999999e-62  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3591  porphobilinogen deaminase  44.26 
 
 		 326 aa  239  6.999999999999999e-62  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00150  porphobilinogen deaminase  45.9 
 
 		 312 aa  238  8e-62  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.413704  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3642  porphobilinogen deaminase  43.64 
 
 		 310 aa  238  8e-62  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0007  porphobilinogen deaminase  52.88 
 
 		 337 aa  238  1e-61  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.000143071  normal  0.582224 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1347  porphobilinogen deaminase  47.08 
 
 		 309 aa  238  1e-61  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5243  porphobilinogen deaminase  47.42 
 
 		 318 aa  238  1e-61  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0388  porphobilinogen deaminase  45.36 
 
 		 310 aa  238  1e-61  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.571998  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3638  porphobilinogen deaminase  45.36 
 
 		 310 aa  238  1e-61  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.51216  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0386  porphobilinogen deaminase  45.36 
 
 		 310 aa  238  1e-61  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00551577  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4313  porphobilinogen deaminase  45.36 
 
 		 310 aa  237  2e-61  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4774  porphobilinogen deaminase  44.41 
 
 		 336 aa  237  2e-61  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0388  porphobilinogen deaminase  46.23 
 
 		 315 aa  237  2e-61  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.895145  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>