More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_0562 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007964  Nham_0562  porphobilinogen deaminase  100 
 
 		 316 aa  622  1e-177  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.264968  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0471  porphobilinogen deaminase  92.72 
 
 		 316 aa  551  1e-156  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.834743 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3202  porphobilinogen deaminase  61.97 
 
 		 309 aa  345  4e-94  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2966  porphobilinogen deaminase  57.05 
 
 		 330 aa  329  5.0000000000000004e-89  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0975  porphobilinogen deaminase  55.48 
 
 		 314 aa  327  1.0000000000000001e-88  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1887  porphobilinogen deaminase  56.45 
 
 		 314 aa  326  4.0000000000000003e-88  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1815  porphobilinogen deaminase  58.05 
 
 		 304 aa  324  1e-87  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.187102  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3568  porphobilinogen deaminase  55.02 
 
 		 321 aa  318  7e-86  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.133183  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4020  porphobilinogen deaminase  56.71 
 
 		 309 aa  317  2e-85  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.780867  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3699  porphobilinogen deaminase  56.38 
 
 		 309 aa  317  2e-85  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0007  porphobilinogen deaminase  58.09 
 
 		 337 aa  314  9.999999999999999e-85  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.000143071  normal  0.582224 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4145  porphobilinogen deaminase  55.03 
 
 		 309 aa  308  5.9999999999999995e-83  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.501795  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1158  porphobilinogen deaminase  57.67 
 
 		 317 aa  302  4.0000000000000003e-81  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.470671  normal  1 
 
 
-
 
NC_009359  OSTLU_31592  predicted protein  53.27 
 
 		 325 aa  296  3e-79  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.784447 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3630  porphobilinogen deaminase  54.36 
 
 		 313 aa  296  3e-79  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0881081  normal  1 
 
 
-
 
NC_011674  PHATRDRAFT_51811  hydroxymethylbilane synthase  51.99 
 
 		 329 aa  295  9e-79  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5316  porphobilinogen deaminase  54.18 
 
 		 309 aa  294  1e-78  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5394  porphobilinogen deaminase  53.85 
 
 		 309 aa  293  4e-78  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.396186  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2529  porphobilinogen deaminase  54.28 
 
 		 318 aa  292  4e-78  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0679  porphobilinogen deaminase  53.85 
 
 		 314 aa  292  5e-78  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1732  porphobilinogen deaminase  52.17 
 
 		 318 aa  291  9e-78  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0335479  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0551  porphobilinogen deaminase  54.18 
 
 		 322 aa  291  9e-78  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2334  porphobilinogen deaminase  53.85 
 
 		 322 aa  291  1e-77  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.69155  normal  0.249742 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4848  porphobilinogen deaminase  53.51 
 
 		 309 aa  289  4e-77  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0406  porphobilinogen deaminase  51.84 
 
 		 311 aa  287  1e-76  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.121842  normal  0.321807 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1349  porphobilinogen deaminase  53.51 
 
 		 308 aa  282  6.000000000000001e-75  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0751939 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3845  porphobilinogen deaminase  52.13 
 
 		 318 aa  281  9e-75  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2704  porphobilinogen deaminase  49.17 
 
 		 347 aa  278  7e-74  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2839  porphobilinogen deaminase  53.55 
 
 		 307 aa  276  2e-73  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.748  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0737  hydroxymethylbilane synthase  47.65 
 
 		 314 aa  264  2e-69  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.522263 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0690  porphobilinogen deaminase  44.48 
 
 		 310 aa  263  3e-69  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3202  porphobilinogen deaminase  45.25 
 
 		 309 aa  256  4e-67  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3234  porphobilinogen deaminase  48.62 
 
 		 318 aa  248  1e-64  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00122468  normal  0.150053 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0342  porphobilinogen deaminase  44.98 
 
 		 309 aa  246  3e-64  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3285  porphobilinogen deaminase  46.82 
 
 		 318 aa  246  4e-64  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0318  porphobilinogen deaminase  45.33 
 
 		 317 aa  245  6e-64  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69450  porphobilinogen deaminase  46.86 
 
 		 313 aa  245  9e-64  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3987  porphobilinogen deaminase  47.62 
 
 		 313 aa  244  1.9999999999999999e-63  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.293614  normal  0.143088 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0483  porphobilinogen deaminase  45.48 
 
 		 309 aa  243  1.9999999999999999e-63  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3063  porphobilinogen deaminase  45.97 
 
 		 315 aa  243  3.9999999999999997e-63  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0373  porphobilinogen deaminase  43.51 
 
 		 310 aa  243  3.9999999999999997e-63  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3642  porphobilinogen deaminase  45.15 
 
 		 310 aa  243  3.9999999999999997e-63  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2398  porphobilinogen deaminase  46.31 
 
 		 317 aa  242  5e-63  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0564467  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00314  porphobilinogen deaminase  45.87 
 
 		 312 aa  242  7e-63  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2580  porphobilinogen deaminase  45.85 
 
 		 311 aa  242  7e-63  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4220  porphobilinogen deaminase  45.66 
 
 		 320 aa  241  1e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.782422  normal  1 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0899  porphobilinogen deaminase  44.22 
 
 		 308 aa  241  1e-62  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.28159  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1287  porphobilinogen deaminase  46.23 
 
 		 310 aa  241  1e-62  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.909327  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0198  porphobilinogen deaminase  45.54 
 
 		 313 aa  241  1e-62  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00764984  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4268  porphobilinogen deaminase  45.66 
 
 		 318 aa  241  1e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4166  porphobilinogen deaminase  45.66 
 
 		 320 aa  241  1e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000281942  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4327  porphobilinogen deaminase  46.38 
 
 		 313 aa  240  2e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0074  porphobilinogen deaminase  47 
 
 		 317 aa  241  2e-62  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6006  porphobilinogen deaminase  46.38 
 
 		 313 aa  240  2e-62  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.254392  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4151  porphobilinogen deaminase  46.38 
 
 		 313 aa  240  2e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002106  porphobilinogen deaminase  44.88 
 
 		 312 aa  240  2e-62  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.632133  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0536  porphobilinogen deaminase  46.6 
 
 		 313 aa  239  2.9999999999999997e-62  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0359  porphobilinogen deaminase  44.63 
 
 		 318 aa  239  2.9999999999999997e-62  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4170  porphobilinogen deaminase  47.02 
 
 		 318 aa  239  4e-62  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.473943 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0062  porphobilinogen deaminase  46.38 
 
 		 313 aa  239  4e-62  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4174  porphobilinogen deaminase  47.02 
 
 		 320 aa  239  5e-62  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.31528  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4171  porphobilinogen deaminase  47.75 
 
 		 313 aa  239  5e-62  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00534991  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4202  porphobilinogen deaminase  47.02 
 
 		 320 aa  239  5e-62  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0530592  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4025  porphobilinogen deaminase  47.02 
 
 		 320 aa  239  5e-62  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.105851  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4264  porphobilinogen deaminase  47.02 
 
 		 320 aa  239  5.999999999999999e-62  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0178  porphobilinogen deaminase  47.62 
 
 		 313 aa  239  5.999999999999999e-62  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0266595  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0280  porphobilinogen deaminase  46.05 
 
 		 312 aa  238  6.999999999999999e-62  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1237  porphobilinogen deaminase  45.67 
 
 		 285 aa  238  8e-62  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5243  porphobilinogen deaminase  47.02 
 
 		 318 aa  238  8e-62  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2492  porphobilinogen deaminase  48.32 
 
 		 314 aa  238  1e-61  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.39329  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03680  porphobilinogen deaminase  47.46 
 
 		 313 aa  237  2e-61  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.184348  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4133  porphobilinogen deaminase  43.62 
 
 		 309 aa  237  2e-61  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4320  porphobilinogen deaminase  46.69 
 
 		 320 aa  237  2e-61  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.365174  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0012  porphobilinogen deaminase  48.61 
 
 		 315 aa  237  2e-61  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.625024 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03629  hypothetical protein  47.46 
 
 		 313 aa  237  2e-61  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.193331  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4016  porphobilinogen deaminase  44.88 
 
 		 313 aa  237  2e-61  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.602391  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0440  porphobilinogen deaminase  44.48 
 
 		 309 aa  236  3e-61  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1025  porphobilinogen deaminase  43.71 
 
 		 310 aa  236  5.0000000000000005e-61  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0857406  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0872  porphobilinogen deaminase  44.67 
 
 		 310 aa  236  5.0000000000000005e-61  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3254  porphobilinogen deaminase  44.3 
 
 		 326 aa  236  5.0000000000000005e-61  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.290134 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0220b  porphobilinogen deaminase  46.02 
 
 		 311 aa  235  6e-61  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.824174  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2563  porphobilinogen deaminase  44.48 
 
 		 311 aa  235  6e-61  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.659984  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0179  porphobilinogen deaminase  44.05 
 
 		 322 aa  235  6e-61  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.00121296  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3980  porphobilinogen deaminase  47.75 
 
 		 313 aa  235  7e-61  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.000129404  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0408  porphobilinogen deaminase  45.48 
 
 		 318 aa  235  7e-61  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2898  porphobilinogen deaminase  47.87 
 
 		 306 aa  234  1.0000000000000001e-60  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.101786  normal  0.0803505 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1048  porphobilinogen deaminase  41.64 
 
 		 309 aa  234  1.0000000000000001e-60  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.0191591  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0408  porphobilinogen deaminase  45.48 
 
 		 318 aa  234  1.0000000000000001e-60  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3300  porphobilinogen deaminase  47.87 
 
 		 306 aa  234  1.0000000000000001e-60  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.999911  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0228  porphobilinogen deaminase  46.44 
 
 		 313 aa  234  2.0000000000000002e-60  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0256  porphobilinogen deaminase  46.9 
 
 		 313 aa  233  3e-60  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.874316 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1375  porphobilinogen deaminase  49.66 
 
 		 313 aa  233  3e-60  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.192689  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1460  porphobilinogen deaminase  47.32 
 
 		 314 aa  233  3e-60  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0767  porphobilinogen deaminase  42 
 
 		 311 aa  233  3e-60  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1363  porphobilinogen deaminase  47.32 
 
 		 314 aa  233  3e-60  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2030  porphobilinogen deaminase  45.7 
 
 		 303 aa  233  4.0000000000000004e-60  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.550332  normal  0.807952 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1762  porphobilinogen deaminase  43.39 
 
 		 308 aa  232  8.000000000000001e-60  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1728  porphobilinogen deaminase  43.39 
 
 		 308 aa  232  8.000000000000001e-60  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.446766  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5487  porphobilinogen deaminase  45.39 
 
 		 313 aa  232  8.000000000000001e-60  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0128  porphobilinogen deaminase  45.39 
 
 		 313 aa  231  9e-60  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>