More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lferr_2898 on replicon NC_011206
Organism: Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011206  Lferr_2898  porphobilinogen deaminase  100 
 
 
306 aa  600  1.0000000000000001e-171  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.101786  normal  0.0803505 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3300  porphobilinogen deaminase  100 
 
 
306 aa  600  1.0000000000000001e-171  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.999911  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0179  porphobilinogen deaminase  57.48 
 
 
322 aa  319  3.9999999999999996e-86  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.00121296  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0128  porphobilinogen deaminase  57.48 
 
 
313 aa  318  7e-86  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0388  porphobilinogen deaminase  55.12 
 
 
315 aa  317  1e-85  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.895145  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0440  porphobilinogen deaminase  54.15 
 
 
309 aa  316  3e-85  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2398  porphobilinogen deaminase  55.18 
 
 
317 aa  315  7e-85  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0564467  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3254  porphobilinogen deaminase  54.82 
 
 
326 aa  314  9e-85  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.290134 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0373  porphobilinogen deaminase  53.82 
 
 
310 aa  313  1.9999999999999998e-84  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0062  porphobilinogen deaminase  56.48 
 
 
313 aa  313  1.9999999999999998e-84  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4133  porphobilinogen deaminase  53.49 
 
 
309 aa  312  3.9999999999999997e-84  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0318  porphobilinogen deaminase  53.47 
 
 
317 aa  312  3.9999999999999997e-84  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4171  porphobilinogen deaminase  54.75 
 
 
313 aa  312  4.999999999999999e-84  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00534991  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2568  porphobilinogen deaminase  55.48 
 
 
306 aa  311  7.999999999999999e-84  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.0824843 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0178  porphobilinogen deaminase  55.81 
 
 
313 aa  311  7.999999999999999e-84  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0266595  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0280  porphobilinogen deaminase  56.39 
 
 
312 aa  311  7.999999999999999e-84  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47600  porphobilinogen deaminase  56.39 
 
 
314 aa  311  9e-84  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0483  porphobilinogen deaminase  52.81 
 
 
309 aa  311  1e-83  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4313  porphobilinogen deaminase  52.81 
 
 
310 aa  310  2e-83  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0388  porphobilinogen deaminase  52.81 
 
 
310 aa  310  2e-83  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.571998  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3638  porphobilinogen deaminase  52.81 
 
 
310 aa  310  2e-83  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.51216  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0386  porphobilinogen deaminase  52.81 
 
 
310 aa  310  2e-83  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00551577  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4170  porphobilinogen deaminase  54.22 
 
 
318 aa  309  2.9999999999999997e-83  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.473943 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3587  porphobilinogen deaminase  52.81 
 
 
310 aa  310  2.9999999999999997e-83  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0228  porphobilinogen deaminase  56.81 
 
 
313 aa  309  2.9999999999999997e-83  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03680  porphobilinogen deaminase  54.22 
 
 
313 aa  309  4e-83  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.184348  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03629  hypothetical protein  54.22 
 
 
313 aa  309  4e-83  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.193331  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002106  porphobilinogen deaminase  54.7 
 
 
312 aa  309  4e-83  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.632133  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4025  porphobilinogen deaminase  54.58 
 
 
320 aa  309  5e-83  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.105851  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4174  porphobilinogen deaminase  54.58 
 
 
320 aa  309  5e-83  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.31528  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4268  porphobilinogen deaminase  54.9 
 
 
318 aa  309  5e-83  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5243  porphobilinogen deaminase  54.22 
 
 
318 aa  309  5e-83  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0211  porphobilinogen deaminase  56.15 
 
 
313 aa  308  5e-83  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.204763  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4264  porphobilinogen deaminase  54.58 
 
 
320 aa  308  5e-83  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4166  porphobilinogen deaminase  54.9 
 
 
320 aa  308  5e-83  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000281942  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4220  porphobilinogen deaminase  54.9 
 
 
320 aa  308  5e-83  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.782422  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4202  porphobilinogen deaminase  54.58 
 
 
320 aa  309  5e-83  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0530592  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4327  porphobilinogen deaminase  54.9 
 
 
313 aa  308  5.9999999999999995e-83  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4151  porphobilinogen deaminase  54.9 
 
 
313 aa  308  5.9999999999999995e-83  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4320  porphobilinogen deaminase  54.58 
 
 
320 aa  308  1.0000000000000001e-82  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.365174  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4094  porphobilinogen deaminase  53.14 
 
 
310 aa  307  1.0000000000000001e-82  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.364632 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0256  porphobilinogen deaminase  55.81 
 
 
313 aa  307  1.0000000000000001e-82  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.874316 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0220b  porphobilinogen deaminase  53.85 
 
 
311 aa  307  1.0000000000000001e-82  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.824174  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3642  porphobilinogen deaminase  51.82 
 
 
310 aa  307  1.0000000000000001e-82  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA3060  porphobilinogen deaminase  54.79 
 
 
351 aa  306  3e-82  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3978  porphobilinogen deaminase  52.81 
 
 
310 aa  305  4.0000000000000004e-82  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3901  porphobilinogen deaminase  52.81 
 
 
310 aa  306  4.0000000000000004e-82  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4000  porphobilinogen deaminase  52.81 
 
 
310 aa  305  4.0000000000000004e-82  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.799289  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5487  porphobilinogen deaminase  55.48 
 
 
313 aa  305  5.0000000000000004e-82  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00314  porphobilinogen deaminase  53.69 
 
 
312 aa  305  6e-82  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0342  porphobilinogen deaminase  52.17 
 
 
309 aa  303  3.0000000000000004e-81  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3980  porphobilinogen deaminase  53.44 
 
 
313 aa  301  7.000000000000001e-81  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.000129404  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69450  porphobilinogen deaminase  54.82 
 
 
313 aa  300  1e-80  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0198  porphobilinogen deaminase  53.16 
 
 
313 aa  300  3e-80  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00764984  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6006  porphobilinogen deaminase  55.48 
 
 
313 aa  300  3e-80  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.254392  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4016  porphobilinogen deaminase  53.16 
 
 
313 aa  300  3e-80  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.602391  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0186  porphobilinogen deaminase  55.48 
 
 
313 aa  298  6e-80  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0112  porphobilinogen deaminase  51.14 
 
 
309 aa  298  7e-80  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0536  porphobilinogen deaminase  53.16 
 
 
313 aa  298  8e-80  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2161  porphobilinogen deaminase  54.3 
 
 
319 aa  298  8e-80  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0029  Hydroxymethylbilane synthase  55.12 
 
 
316 aa  298  9e-80  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.943678  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3987  porphobilinogen deaminase  53.27 
 
 
313 aa  297  1e-79  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.293614  normal  0.143088 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0044  porphobilinogen deaminase  49.53 
 
 
321 aa  298  1e-79  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0208  porphobilinogen deaminase  55.15 
 
 
313 aa  297  2e-79  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2670  porphobilinogen deaminase  51.62 
 
 
308 aa  295  5e-79  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000635996 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3109  hydroxymethylbilane synthase  54.72 
 
 
311 aa  293  3e-78  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.324742  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00150  porphobilinogen deaminase  52.67 
 
 
312 aa  293  4e-78  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.413704  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0074  porphobilinogen deaminase  51.96 
 
 
317 aa  292  5e-78  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2749  porphobilinogen deaminase  54.15 
 
 
334 aa  290  2e-77  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.319663  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3674  porphobilinogen deaminase  51.32 
 
 
311 aa  288  5.0000000000000004e-77  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3591  porphobilinogen deaminase  51.5 
 
 
326 aa  288  6e-77  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3667  hydroxymethylbilane synthase  51.8 
 
 
308 aa  288  9e-77  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.135779  normal  0.514748 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0737  hydroxymethylbilane synthase  50.65 
 
 
314 aa  287  2e-76  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.522263 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0656  porphobilinogen deaminase  51.47 
 
 
325 aa  286  4e-76  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0012  porphobilinogen deaminase  55.94 
 
 
315 aa  285  5.999999999999999e-76  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.625024 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2690  porphobilinogen deaminase  54.15 
 
 
321 aa  285  5.999999999999999e-76  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5752  porphobilinogen deaminase  55.88 
 
 
334 aa  285  7e-76  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1069  porphobilinogen deaminase  56.58 
 
 
342 aa  284  1.0000000000000001e-75  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1025  porphobilinogen deaminase  50.83 
 
 
310 aa  283  3.0000000000000004e-75  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0857406  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0487  porphobilinogen deaminase  51.49 
 
 
313 aa  283  3.0000000000000004e-75  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0061  porphobilinogen deaminase  49.33 
 
 
311 aa  282  4.0000000000000003e-75  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2425  porphobilinogen deaminase  55.74 
 
 
403 aa  281  7.000000000000001e-75  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.495254  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2429  porphobilinogen deaminase  55.74 
 
 
334 aa  281  8.000000000000001e-75  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.237637 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1813  porphobilinogen deaminase  55.74 
 
 
334 aa  281  8.000000000000001e-75  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.57316  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1200  porphobilinogen deaminase  50.66 
 
 
321 aa  280  1e-74  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.580193  normal  0.533215 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0700  porphobilinogen deaminase  53.11 
 
 
334 aa  281  1e-74  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2468  porphobilinogen deaminase  55.41 
 
 
328 aa  280  1e-74  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0869  porphobilinogen deaminase  55.92 
 
 
402 aa  280  2e-74  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.326995  normal  0.554351 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04137  porphobilinogen deaminase  52.84 
 
 
304 aa  280  3e-74  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.870517  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3285  porphobilinogen deaminase  49.51 
 
 
318 aa  278  6e-74  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1437  porphobilinogen deaminase  51.97 
 
 
310 aa  278  9e-74  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0035  porphobilinogen deaminase  52.16 
 
 
310 aa  276  2e-73  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2263  porphobilinogen deaminase  47.22 
 
 
339 aa  275  8e-73  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2166  porphobilinogen deaminase  52.94 
 
 
338 aa  273  2.0000000000000002e-72  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.600756 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0502  porphobilinogen deaminase  50 
 
 
310 aa  273  3e-72  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3202  porphobilinogen deaminase  51.64 
 
 
309 aa  273  3e-72  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2179  porphobilinogen deaminase  54.49 
 
 
327 aa  272  5.000000000000001e-72  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.230446  hitchhiker  0.000767539 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3234  porphobilinogen deaminase  48.03 
 
 
318 aa  272  5.000000000000001e-72  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00122468  normal  0.150053 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3530  porphobilinogen deaminase  50.83 
 
 
303 aa  271  9e-72  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3063  porphobilinogen deaminase  51.84 
 
 
315 aa  270  2e-71  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>