More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_0408 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012918  GM21_0408  porphobilinogen deaminase  98.74 
 
 		 318 aa  636    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0408  porphobilinogen deaminase  100 
 
 		 318 aa  642    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0359  porphobilinogen deaminase  84.91 
 
 		 318 aa  558  1e-158  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3234  porphobilinogen deaminase  82.08 
 
 		 318 aa  541  1e-153  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00122468  normal  0.150053 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3285  porphobilinogen deaminase  82.7 
 
 		 318 aa  535  1e-151  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3375  porphobilinogen deaminase  74.52 
 
 		 310 aa  474  1e-132  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0502  porphobilinogen deaminase  73.08 
 
 		 312 aa  439  9.999999999999999e-123  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000513467  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3063  porphobilinogen deaminase  57.57 
 
 		 315 aa  340  2e-92  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0487  porphobilinogen deaminase  55.84 
 
 		 313 aa  326  3e-88  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6006  porphobilinogen deaminase  55.05 
 
 		 313 aa  325  6e-88  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.254392  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0211  porphobilinogen deaminase  54.72 
 
 		 313 aa  323  3e-87  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.204763  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47600  porphobilinogen deaminase  54.28 
 
 		 314 aa  321  9.000000000000001e-87  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0318  porphobilinogen deaminase  54.05 
 
 		 317 aa  321  9.999999999999999e-87  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0256  porphobilinogen deaminase  54.07 
 
 		 313 aa  320  1.9999999999999998e-86  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.874316 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69450  porphobilinogen deaminase  54.4 
 
 		 313 aa  320  1.9999999999999998e-86  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3642  porphobilinogen deaminase  52.26 
 
 		 310 aa  319  3e-86  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0388  porphobilinogen deaminase  54.05 
 
 		 310 aa  319  3.9999999999999996e-86  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.571998  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3638  porphobilinogen deaminase  54.05 
 
 		 310 aa  319  3.9999999999999996e-86  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.51216  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0386  porphobilinogen deaminase  54.05 
 
 		 310 aa  319  3.9999999999999996e-86  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00551577  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3254  porphobilinogen deaminase  55.66 
 
 		 326 aa  318  7.999999999999999e-86  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.290134 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0280  porphobilinogen deaminase  53.62 
 
 		 312 aa  318  9e-86  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4313  porphobilinogen deaminase  53.72 
 
 		 310 aa  317  2e-85  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4094  porphobilinogen deaminase  53.72 
 
 		 310 aa  317  2e-85  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.364632 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0483  porphobilinogen deaminase  53.75 
 
 		 309 aa  316  4e-85  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3901  porphobilinogen deaminase  53.4 
 
 		 310 aa  315  7e-85  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0373  porphobilinogen deaminase  54.72 
 
 		 310 aa  315  7e-85  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5487  porphobilinogen deaminase  54.07 
 
 		 313 aa  315  8e-85  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3587  porphobilinogen deaminase  53.07 
 
 		 310 aa  314  9.999999999999999e-85  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4000  porphobilinogen deaminase  53.4 
 
 		 310 aa  314  9.999999999999999e-85  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.799289  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3978  porphobilinogen deaminase  53.4 
 
 		 310 aa  314  9.999999999999999e-85  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1680  porphobilinogen deaminase  53.55 
 
 		 317 aa  313  2.9999999999999996e-84  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1515  porphobilinogen deaminase  50.49 
 
 		 313 aa  313  2.9999999999999996e-84  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0208  porphobilinogen deaminase  54.4 
 
 		 313 aa  313  2.9999999999999996e-84  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0186  porphobilinogen deaminase  54.4 
 
 		 313 aa  312  3.9999999999999997e-84  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0220b  porphobilinogen deaminase  53.31 
 
 		 311 aa  311  1e-83  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.824174  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4133  porphobilinogen deaminase  53.42 
 
 		 309 aa  310  2e-83  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1251  porphobilinogen deaminase  51.96 
 
 		 309 aa  310  2e-83  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0440  porphobilinogen deaminase  53.75 
 
 		 309 aa  310  2e-83  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0737  hydroxymethylbilane synthase  52.79 
 
 		 314 aa  309  5e-83  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.522263 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4171  porphobilinogen deaminase  53.47 
 
 		 313 aa  308  5.9999999999999995e-83  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00534991  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0128  porphobilinogen deaminase  51.47 
 
 		 313 aa  308  6.999999999999999e-83  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0062  porphobilinogen deaminase  51.79 
 
 		 313 aa  308  6.999999999999999e-83  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4170  porphobilinogen deaminase  52.15 
 
 		 318 aa  308  1.0000000000000001e-82  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.473943 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3667  hydroxymethylbilane synthase  53.9 
 
 		 308 aa  307  1.0000000000000001e-82  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.135779  normal  0.514748 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4174  porphobilinogen deaminase  52.15 
 
 		 320 aa  306  2.0000000000000002e-82  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.31528  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4166  porphobilinogen deaminase  52.79 
 
 		 320 aa  307  2.0000000000000002e-82  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000281942  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4202  porphobilinogen deaminase  52.15 
 
 		 320 aa  306  2.0000000000000002e-82  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0530592  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4151  porphobilinogen deaminase  52.79 
 
 		 313 aa  307  2.0000000000000002e-82  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4327  porphobilinogen deaminase  52.79 
 
 		 313 aa  307  2.0000000000000002e-82  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4220  porphobilinogen deaminase  52.79 
 
 		 320 aa  307  2.0000000000000002e-82  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.782422  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4025  porphobilinogen deaminase  52.15 
 
 		 320 aa  306  2.0000000000000002e-82  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.105851  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4268  porphobilinogen deaminase  52.79 
 
 		 318 aa  307  2.0000000000000002e-82  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03680  porphobilinogen deaminase  52.15 
 
 		 313 aa  306  3e-82  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.184348  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4264  porphobilinogen deaminase  52.15 
 
 		 320 aa  306  3e-82  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5243  porphobilinogen deaminase  52.15 
 
 		 318 aa  306  3e-82  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03629  hypothetical protein  52.15 
 
 		 313 aa  306  3e-82  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.193331  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3980  porphobilinogen deaminase  52.12 
 
 		 313 aa  305  5.0000000000000004e-82  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.000129404  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00150  porphobilinogen deaminase  51.48 
 
 		 312 aa  305  6e-82  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.413704  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4320  porphobilinogen deaminase  51.82 
 
 		 320 aa  305  8.000000000000001e-82  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.365174  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2398  porphobilinogen deaminase  52.12 
 
 		 317 aa  305  8.000000000000001e-82  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0564467  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3987  porphobilinogen deaminase  53.11 
 
 		 313 aa  304  1.0000000000000001e-81  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.293614  normal  0.143088 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0933  porphobilinogen deaminase  48.22 
 
 		 313 aa  304  1.0000000000000001e-81  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0679  porphobilinogen deaminase  51.45 
 
 		 317 aa  303  2.0000000000000002e-81  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.451406  normal  0.332479 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0178  porphobilinogen deaminase  52.6 
 
 		 313 aa  303  2.0000000000000002e-81  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0266595  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0685  hydroxymethylbilane synthase  51.63 
 
 		 306 aa  303  3.0000000000000004e-81  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.161676  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0502  porphobilinogen deaminase  50.66 
 
 		 310 aa  302  5.000000000000001e-81  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_07271  porphobilinogen deaminase  50.32 
 
 		 317 aa  302  6.000000000000001e-81  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1025  porphobilinogen deaminase  48.06 
 
 		 310 aa  301  7.000000000000001e-81  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0857406  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0950  porphobilinogen deaminase  47.56 
 
 		 313 aa  301  8.000000000000001e-81  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0388  porphobilinogen deaminase  52.44 
 
 		 315 aa  300  1e-80  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.895145  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1796  porphobilinogen deaminase  47.88 
 
 		 313 aa  301  1e-80  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.160972  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_05521  porphobilinogen deaminase  49.2 
 
 		 315 aa  300  2e-80  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  0.276961 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1539  porphobilinogen deaminase  49.03 
 
 		 312 aa  300  3e-80  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0899347  hitchhiker  0.00290857 
 
 
-
 
NC_002977  MCA3060  porphobilinogen deaminase  50.81 
 
 		 351 aa  299  4e-80  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0893  porphobilinogen deaminase  47.56 
 
 		 313 aa  298  7e-80  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1828  porphobilinogen deaminase  48.55 
 
 		 315 aa  298  1e-79  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00314  porphobilinogen deaminase  51.66 
 
 		 312 aa  298  1e-79  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0198  porphobilinogen deaminase  51.32 
 
 		 313 aa  298  1e-79  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00764984  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3591  porphobilinogen deaminase  52.15 
 
 		 326 aa  297  1e-79  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4016  porphobilinogen deaminase  51.32 
 
 		 313 aa  297  2e-79  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.602391  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0536  porphobilinogen deaminase  51.32 
 
 		 313 aa  297  2e-79  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4621  porphobilinogen deaminase  48.87 
 
 		 320 aa  297  2e-79  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0179  porphobilinogen deaminase  51.99 
 
 		 322 aa  296  3e-79  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.00121296  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0342  porphobilinogen deaminase  48.7 
 
 		 309 aa  296  4e-79  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0074  porphobilinogen deaminase  51.64 
 
 		 317 aa  295  6e-79  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0044  porphobilinogen deaminase  50.63 
 
 		 321 aa  295  6e-79  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2163  porphobilinogen deaminase  48.68 
 
 		 309 aa  295  7e-79  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.138876  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0029  Hydroxymethylbilane synthase  51.79 
 
 		 316 aa  295  8e-79  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.943678  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0228  porphobilinogen deaminase  51.99 
 
 		 313 aa  295  1e-78  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0112  porphobilinogen deaminase  50.98 
 
 		 309 aa  294  1e-78  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1249  porphobilinogen deaminase  50.66 
 
 		 313 aa  294  1e-78  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.280442 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4968  porphobilinogen deaminase  49.68 
 
 		 322 aa  294  1e-78  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0012  porphobilinogen deaminase  52.92 
 
 		 315 aa  293  2e-78  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.625024 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1427  porphobilinogen deaminase  45.93 
 
 		 313 aa  291  9e-78  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3109  hydroxymethylbilane synthase  51.13 
 
 		 311 aa  291  1e-77  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.324742  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002106  porphobilinogen deaminase  51.32 
 
 		 312 aa  290  3e-77  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.632133  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3354  porphobilinogen deaminase  49.17 
 
 		 308 aa  290  3e-77  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3202  porphobilinogen deaminase  48.87 
 
 		 309 aa  290  3e-77  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4774  porphobilinogen deaminase  49.03 
 
 		 336 aa  288  1e-76  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1375  porphobilinogen deaminase  49.67 
 
 		 313 aa  287  2e-76  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.192689  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>