More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Acry_0128 on replicon NC_009484
Organism: Acidiphilium cryptum JF-5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009484  Acry_0128  porphobilinogen deaminase  100 
 
 		 333 aa  650    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0291  porphobilinogen deaminase  64.02 
 
 		 367 aa  348  9e-95  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.88458  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1158  porphobilinogen deaminase  52.6 
 
 		 317 aa  254  1.0000000000000001e-66  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.470671  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2704  porphobilinogen deaminase  49.36 
 
 		 347 aa  254  2.0000000000000002e-66  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009359  OSTLU_31592  predicted protein  46.18 
 
 		 325 aa  251  9.000000000000001e-66  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.784447 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3568  porphobilinogen deaminase  47.71 
 
 		 321 aa  251  1e-65  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.133183  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2563  porphobilinogen deaminase  47.68 
 
 		 311 aa  248  1e-64  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.659984  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0551  porphobilinogen deaminase  47.44 
 
 		 322 aa  242  7e-63  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2334  porphobilinogen deaminase  47.6 
 
 		 322 aa  240  2e-62  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.69155  normal  0.249742 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0406  porphobilinogen deaminase  49.02 
 
 		 311 aa  241  2e-62  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.121842  normal  0.321807 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3845  porphobilinogen deaminase  48.38 
 
 		 318 aa  240  2.9999999999999997e-62  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5316  porphobilinogen deaminase  47.76 
 
 		 309 aa  239  2.9999999999999997e-62  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3630  porphobilinogen deaminase  48.73 
 
 		 313 aa  239  4e-62  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0881081  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2529  porphobilinogen deaminase  47.95 
 
 		 318 aa  239  5.999999999999999e-62  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0737  hydroxymethylbilane synthase  44.37 
 
 		 314 aa  239  6.999999999999999e-62  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.522263 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1287  porphobilinogen deaminase  46.23 
 
 		 310 aa  238  1e-61  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.909327  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5394  porphobilinogen deaminase  47.92 
 
 		 309 aa  237  2e-61  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.396186  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0679  porphobilinogen deaminase  47.12 
 
 		 314 aa  237  2e-61  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4848  porphobilinogen deaminase  47.44 
 
 		 309 aa  237  2e-61  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2839  porphobilinogen deaminase  48.32 
 
 		 307 aa  236  3e-61  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.748  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1732  porphobilinogen deaminase  47.37 
 
 		 318 aa  236  4e-61  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0335479  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3202  porphobilinogen deaminase  43.38 
 
 		 309 aa  236  6e-61  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011674  PHATRDRAFT_51811  hydroxymethylbilane synthase  42.49 
 
 		 329 aa  231  1e-59  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2966  porphobilinogen deaminase  43.63 
 
 		 330 aa  229  5e-59  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3063  porphobilinogen deaminase  44.37 
 
 		 315 aa  229  5e-59  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3202  porphobilinogen deaminase  45.83 
 
 		 309 aa  228  1e-58  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0483  porphobilinogen deaminase  45.03 
 
 		 309 aa  226  3e-58  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0975  porphobilinogen deaminase  44.9 
 
 		 314 aa  226  4e-58  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0471  porphobilinogen deaminase  48.55 
 
 		 316 aa  225  8e-58  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.834743 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4145  porphobilinogen deaminase  44.73 
 
 		 309 aa  224  1e-57  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.501795  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1234  porphobilinogen deaminase  40.58 
 
 		 308 aa  224  2e-57  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0387484  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4174  porphobilinogen deaminase  44.05 
 
 		 320 aa  223  4e-57  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.31528  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4025  porphobilinogen deaminase  44.05 
 
 		 320 aa  223  4e-57  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.105851  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4202  porphobilinogen deaminase  44.05 
 
 		 320 aa  223  4e-57  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0530592  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03680  porphobilinogen deaminase  44.05 
 
 		 313 aa  223  4.9999999999999996e-57  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.184348  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03629  hypothetical protein  44.05 
 
 		 313 aa  223  4.9999999999999996e-57  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.193331  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0342  porphobilinogen deaminase  43.09 
 
 		 309 aa  222  8e-57  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5243  porphobilinogen deaminase  43.73 
 
 		 318 aa  222  8e-57  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4264  porphobilinogen deaminase  43.73 
 
 		 320 aa  222  8e-57  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4170  porphobilinogen deaminase  43.73 
 
 		 318 aa  221  9.999999999999999e-57  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.473943 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0118  porphobilinogen deaminase  47.73 
 
 		 318 aa  220  1.9999999999999999e-56  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.522497  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0280  porphobilinogen deaminase  44.37 
 
 		 312 aa  220  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0562  porphobilinogen deaminase  47.64 
 
 		 316 aa  221  1.9999999999999999e-56  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.264968  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0373  porphobilinogen deaminase  44.55 
 
 		 310 aa  220  1.9999999999999999e-56  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4320  porphobilinogen deaminase  43.41 
 
 		 320 aa  220  1.9999999999999999e-56  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.365174  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3375  porphobilinogen deaminase  44.55 
 
 		 310 aa  220  1.9999999999999999e-56  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1887  porphobilinogen deaminase  44.55 
 
 		 314 aa  220  3e-56  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1815  porphobilinogen deaminase  44.22 
 
 		 304 aa  219  6e-56  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.187102  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0220b  porphobilinogen deaminase  42.14 
 
 		 311 aa  219  7e-56  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.824174  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0440  porphobilinogen deaminase  45.36 
 
 		 309 aa  218  8.999999999999998e-56  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4133  porphobilinogen deaminase  43.38 
 
 		 309 aa  218  1e-55  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3699  porphobilinogen deaminase  43.49 
 
 		 309 aa  218  1e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4208  porphobilinogen deaminase  44.07 
 
 		 309 aa  217  2e-55  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4020  porphobilinogen deaminase  43.49 
 
 		 309 aa  218  2e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.780867  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0029  Hydroxymethylbilane synthase  43.43 
 
 		 316 aa  217  2e-55  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.943678  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4309  porphobilinogen deaminase  42.77 
 
 		 309 aa  217  2e-55  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0652  porphobilinogen deaminase  43.73 
 
 		 309 aa  217  2.9999999999999998e-55  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4361  porphobilinogen deaminase  43.73 
 
 		 309 aa  217  2.9999999999999998e-55  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.448902  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4197  porphobilinogen deaminase  44.07 
 
 		 309 aa  216  2.9999999999999998e-55  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1762  porphobilinogen deaminase  39.62 
 
 		 308 aa  216  2.9999999999999998e-55  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3234  porphobilinogen deaminase  41.48 
 
 		 318 aa  216  2.9999999999999998e-55  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00122468  normal  0.150053 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4696  porphobilinogen deaminase  43.73 
 
 		 309 aa  217  2.9999999999999998e-55  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3980  porphobilinogen deaminase  43.71 
 
 		 313 aa  216  2.9999999999999998e-55  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.000129404  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1728  porphobilinogen deaminase  39.62 
 
 		 308 aa  216  2.9999999999999998e-55  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.446766  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00314  porphobilinogen deaminase  41.72 
 
 		 312 aa  217  2.9999999999999998e-55  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4555  porphobilinogen deaminase  43.73 
 
 		 309 aa  216  4e-55  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0408  porphobilinogen deaminase  40.4 
 
 		 318 aa  216  4e-55  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6800  porphobilinogen deaminase  44.73 
 
 		 320 aa  216  5e-55  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.25436 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4551  porphobilinogen deaminase  43.73 
 
 		 309 aa  216  5e-55  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0359  porphobilinogen deaminase  42.36 
 
 		 318 aa  216  5e-55  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4600  porphobilinogen deaminase  43.73 
 
 		 309 aa  216  5e-55  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2621  porphobilinogen deaminase  41.31 
 
 		 316 aa  215  7e-55  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.995581  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4582  porphobilinogen deaminase  43.73 
 
 		 309 aa  215  7e-55  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0012  porphobilinogen deaminase  44.85 
 
 		 315 aa  215  8e-55  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.625024 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3180  porphobilinogen deaminase  43.39 
 
 		 309 aa  215  8e-55  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2161  porphobilinogen deaminase  41.45 
 
 		 319 aa  215  9e-55  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4171  porphobilinogen deaminase  43.56 
 
 		 313 aa  215  9e-55  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00534991  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1025  porphobilinogen deaminase  43.89 
 
 		 310 aa  214  9.999999999999999e-55  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0857406  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3254  porphobilinogen deaminase  44.7 
 
 		 326 aa  214  9.999999999999999e-55  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.290134 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3285  porphobilinogen deaminase  40.51 
 
 		 318 aa  214  1.9999999999999998e-54  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4968  porphobilinogen deaminase  41.64 
 
 		 322 aa  214  1.9999999999999998e-54  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0690  porphobilinogen deaminase  38.36 
 
 		 310 aa  214  1.9999999999999998e-54  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2163  porphobilinogen deaminase  41.39 
 
 		 309 aa  213  2.9999999999999995e-54  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.138876  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0408  porphobilinogen deaminase  40.07 
 
 		 318 aa  213  3.9999999999999995e-54  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2030  porphobilinogen deaminase  45.25 
 
 		 303 aa  213  4.9999999999999996e-54  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.550332  normal  0.807952 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1349  porphobilinogen deaminase  47.37 
 
 		 308 aa  213  4.9999999999999996e-54  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0751939 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0584  porphobilinogen deaminase  41.27 
 
 		 317 aa  212  7e-54  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.415079 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1237  porphobilinogen deaminase  41.64 
 
 		 285 aa  212  7e-54  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0318  porphobilinogen deaminase  42.95 
 
 		 317 aa  212  9e-54  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0863  porphobilinogen deaminase  40.79 
 
 		 313 aa  211  1e-53  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0113254  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0256  porphobilinogen deaminase  44.7 
 
 		 313 aa  211  2e-53  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.874316 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0502  porphobilinogen deaminase  43.71 
 
 		 312 aa  211  2e-53  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000513467  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4621  porphobilinogen deaminase  41.16 
 
 		 320 aa  209  4e-53  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0933  porphobilinogen deaminase  38.92 
 
 		 313 aa  209  6e-53  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0388  porphobilinogen deaminase  43.09 
 
 		 315 aa  209  7e-53  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.895145  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA3060  porphobilinogen deaminase  41.14 
 
 		 351 aa  208  1e-52  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4220  porphobilinogen deaminase  42.38 
 
 		 320 aa  208  1e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.782422  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0062  porphobilinogen deaminase  42.44 
 
 		 313 aa  208  1e-52  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4268  porphobilinogen deaminase  42.38 
 
 		 318 aa  208  1e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4327  porphobilinogen deaminase  42.38 
 
 		 313 aa  208  1e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>