More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SERP1234 on replicon NC_002976
Organism: Staphylococcus epidermidis RP62A



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002976  SERP1234  porphobilinogen deaminase  100 
 
 		 308 aa  626  1e-178  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0387484  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1762  porphobilinogen deaminase  82.35 
 
 		 308 aa  528  1e-149  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1728  porphobilinogen deaminase  82.35 
 
 		 308 aa  528  1e-149  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.446766  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4555  porphobilinogen deaminase  56.82 
 
 		 309 aa  369  1e-101  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4361  porphobilinogen deaminase  56.82 
 
 		 309 aa  369  1e-101  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.448902  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4197  porphobilinogen deaminase  56.82 
 
 		 309 aa  369  1e-101  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4208  porphobilinogen deaminase  56.49 
 
 		 309 aa  368  1e-101  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4696  porphobilinogen deaminase  56.82 
 
 		 309 aa  369  1e-101  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4551  porphobilinogen deaminase  56.82 
 
 		 309 aa  369  1e-101  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4582  porphobilinogen deaminase  56.17 
 
 		 309 aa  366  1e-100  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4600  porphobilinogen deaminase  56.17 
 
 		 309 aa  365  1e-100  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0652  porphobilinogen deaminase  56.49 
 
 		 309 aa  366  1e-100  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2580  porphobilinogen deaminase  56.86 
 
 		 311 aa  364  1e-99  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4309  porphobilinogen deaminase  55.84 
 
 		 309 aa  361  9e-99  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3180  porphobilinogen deaminase  54.87 
 
 		 309 aa  360  1e-98  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0872  porphobilinogen deaminase  53.27 
 
 		 310 aa  347  1e-94  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0280  porphobilinogen deaminase  46.56 
 
 		 312 aa  274  1.0000000000000001e-72  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3667  hydroxymethylbilane synthase  47.06 
 
 		 308 aa  274  2.0000000000000002e-72  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.135779  normal  0.514748 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4968  porphobilinogen deaminase  45.45 
 
 		 322 aa  268  7e-71  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3063  porphobilinogen deaminase  45.42 
 
 		 315 aa  268  8e-71  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_05521  porphobilinogen deaminase  47.23 
 
 		 316 aa  267  2e-70  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.132832  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2621  porphobilinogen deaminase  44.66 
 
 		 316 aa  267  2e-70  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.995581  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0496  porphobilinogen deaminase  47.25 
 
 		 316 aa  266  2.9999999999999995e-70  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_05221  porphobilinogen deaminase  46.93 
 
 		 316 aa  266  2.9999999999999995e-70  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1287  porphobilinogen deaminase  45.87 
 
 		 310 aa  265  8e-70  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.909327  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5487  porphobilinogen deaminase  46.56 
 
 		 313 aa  265  8e-70  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0062  porphobilinogen deaminase  45.9 
 
 		 313 aa  265  1e-69  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3202  porphobilinogen deaminase  45.78 
 
 		 309 aa  264  1e-69  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4621  porphobilinogen deaminase  45.72 
 
 		 320 aa  263  2e-69  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00150  porphobilinogen deaminase  46.56 
 
 		 312 aa  263  3e-69  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.413704  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0211  porphobilinogen deaminase  45.95 
 
 		 313 aa  262  6.999999999999999e-69  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.204763  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0342  porphobilinogen deaminase  44.26 
 
 		 309 aa  261  1e-68  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1237  porphobilinogen deaminase  47.93 
 
 		 285 aa  261  1e-68  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0128  porphobilinogen deaminase  45.25 
 
 		 313 aa  259  3e-68  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1680  porphobilinogen deaminase  44.87 
 
 		 317 aa  259  4e-68  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3285  porphobilinogen deaminase  44.52 
 
 		 318 aa  258  9e-68  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47600  porphobilinogen deaminase  45.03 
 
 		 314 aa  258  1e-67  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_05591  porphobilinogen deaminase  46.28 
 
 		 316 aa  258  1e-67  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0737  hydroxymethylbilane synthase  43.19 
 
 		 314 aa  258  1e-67  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.522263 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0256  porphobilinogen deaminase  44.92 
 
 		 313 aa  257  2e-67  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.874316 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4170  porphobilinogen deaminase  45.87 
 
 		 318 aa  256  5e-67  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.473943 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69450  porphobilinogen deaminase  44.26 
 
 		 313 aa  256  5e-67  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4174  porphobilinogen deaminase  45.87 
 
 		 320 aa  255  6e-67  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.31528  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1838  porphobilinogen deaminase  45.03 
 
 		 305 aa  255  6e-67  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5243  porphobilinogen deaminase  45.87 
 
 		 318 aa  255  6e-67  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4025  porphobilinogen deaminase  45.87 
 
 		 320 aa  255  6e-67  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.105851  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4202  porphobilinogen deaminase  45.87 
 
 		 320 aa  255  6e-67  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0530592  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4264  porphobilinogen deaminase  45.87 
 
 		 320 aa  255  7e-67  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3234  porphobilinogen deaminase  44.66 
 
 		 318 aa  255  7e-67  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00122468  normal  0.150053 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2163  porphobilinogen deaminase  41.88 
 
 		 309 aa  254  9e-67  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.138876  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03680  porphobilinogen deaminase  45.87 
 
 		 313 aa  254  1.0000000000000001e-66  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.184348  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03629  hypothetical protein  45.87 
 
 		 313 aa  254  1.0000000000000001e-66  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.193331  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0186  porphobilinogen deaminase  45.25 
 
 		 313 aa  253  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0208  porphobilinogen deaminase  45.25 
 
 		 313 aa  253  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6006  porphobilinogen deaminase  44.26 
 
 		 313 aa  253  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.254392  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0679  porphobilinogen deaminase  45.02 
 
 		 317 aa  254  2.0000000000000002e-66  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.451406  normal  0.332479 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4320  porphobilinogen deaminase  45.54 
 
 		 320 aa  253  2.0000000000000002e-66  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.365174  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4774  porphobilinogen deaminase  42.53 
 
 		 336 aa  253  3e-66  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2161  porphobilinogen deaminase  43.71 
 
 		 319 aa  253  3e-66  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_05521  porphobilinogen deaminase  44.3 
 
 		 315 aa  251  9.000000000000001e-66  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  0.276961 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4327  porphobilinogen deaminase  45.6 
 
 		 313 aa  251  1e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4220  porphobilinogen deaminase  45.6 
 
 		 320 aa  251  1e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.782422  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0359  porphobilinogen deaminase  44.19 
 
 		 318 aa  251  1e-65  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3109  hydroxymethylbilane synthase  43.32 
 
 		 311 aa  251  1e-65  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.324742  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1251  porphobilinogen deaminase  41.23 
 
 		 309 aa  251  1e-65  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4151  porphobilinogen deaminase  45.6 
 
 		 313 aa  251  1e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4268  porphobilinogen deaminase  45.6 
 
 		 318 aa  251  1e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4166  porphobilinogen deaminase  45.6 
 
 		 320 aa  251  1e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000281942  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3674  porphobilinogen deaminase  42.76 
 
 		 311 aa  251  2e-65  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1828  porphobilinogen deaminase  44.63 
 
 		 315 aa  250  2e-65  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_5131  porphobilinogen deaminase  44.16 
 
 		 322 aa  250  2e-65  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1437  porphobilinogen deaminase  40.33 
 
 		 310 aa  249  3e-65  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0408  porphobilinogen deaminase  43.55 
 
 		 318 aa  249  3e-65  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0487  porphobilinogen deaminase  42.95 
 
 		 313 aa  249  3e-65  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2898  porphobilinogen deaminase  44.74 
 
 		 306 aa  249  3e-65  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.101786  normal  0.0803505 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3300  porphobilinogen deaminase  44.74 
 
 		 306 aa  249  3e-65  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.999911  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0408  porphobilinogen deaminase  43.87 
 
 		 318 aa  249  3e-65  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2568  porphobilinogen deaminase  43.14 
 
 		 306 aa  249  4e-65  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.0824843 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1702  porphobilinogen deaminase  44.74 
 
 		 305 aa  248  7e-65  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1069  porphobilinogen deaminase  45.31 
 
 		 342 aa  248  8e-65  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0208  porphobilinogen deaminase  43.18 
 
 		 320 aa  248  9e-65  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.492293 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_04951  porphobilinogen deaminase  42.67 
 
 		 316 aa  248  1e-64  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.334606  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2749  porphobilinogen deaminase  43.18 
 
 		 334 aa  246  3e-64  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.319663  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0685  hydroxymethylbilane synthase  42.9 
 
 		 306 aa  246  3e-64  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.161676  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0967  porphobilinogen deaminase  44.01 
 
 		 320 aa  246  4.9999999999999997e-64  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.219304  normal  0.534039 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0483  porphobilinogen deaminase  44.63 
 
 		 309 aa  245  6.999999999999999e-64  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00314  porphobilinogen deaminase  44.85 
 
 		 312 aa  244  9.999999999999999e-64  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2839  porphobilinogen deaminase  43.68 
 
 		 307 aa  244  9.999999999999999e-64  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.748  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1750  porphobilinogen deaminase  42.14 
 
 		 303 aa  244  9.999999999999999e-64  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.444396 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2563  porphobilinogen deaminase  43.05 
 
 		 311 aa  243  3e-63  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.659984  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0044  porphobilinogen deaminase  42.32 
 
 		 321 aa  243  3e-63  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_07271  porphobilinogen deaminase  43.31 
 
 		 317 aa  243  3e-63  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0656  porphobilinogen deaminase  42.02 
 
 		 325 aa  242  3.9999999999999997e-63  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2179  porphobilinogen deaminase  45.63 
 
 		 327 aa  243  3.9999999999999997e-63  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.230446  hitchhiker  0.000767539 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0179  porphobilinogen deaminase  43.56 
 
 		 322 aa  243  3.9999999999999997e-63  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.00121296  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0690  porphobilinogen deaminase  46.32 
 
 		 310 aa  242  5e-63  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1124  porphobilinogen deaminase  43.59 
 
 		 311 aa  242  6e-63  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.417261 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002106  porphobilinogen deaminase  44.52 
 
 		 312 aa  241  7.999999999999999e-63  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.632133  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA3060  porphobilinogen deaminase  42.57 
 
 		 351 aa  241  9e-63  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4133  porphobilinogen deaminase  43.96 
 
 		 309 aa  241  9e-63  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>