More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphyt_1069 on replicon NC_010681
Organism: Burkholderia phytofirmans PsJN



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010681  Bphyt_1069  porphobilinogen deaminase  100 
 
 
342 aa  675    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2179  porphobilinogen deaminase  88.65 
 
 
327 aa  550  1e-155  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.230446  hitchhiker  0.000767539 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3411  porphobilinogen deaminase  95.13 
 
 
285 aa  480  1e-134  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2468  porphobilinogen deaminase  79.13 
 
 
328 aa  464  9.999999999999999e-131  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1813  porphobilinogen deaminase  78.22 
 
 
334 aa  461  1e-129  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.57316  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2429  porphobilinogen deaminase  78.22 
 
 
334 aa  461  1e-129  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.237637 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2425  porphobilinogen deaminase  78.22 
 
 
403 aa  461  1e-129  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.495254  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5752  porphobilinogen deaminase  77.51 
 
 
334 aa  461  9.999999999999999e-129  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0869  porphobilinogen deaminase  77.61 
 
 
402 aa  459  9.999999999999999e-129  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.326995  normal  0.554351 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0872  porphobilinogen deaminase  78.55 
 
 
329 aa  457  1e-127  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2284  porphobilinogen deaminase  77.95 
 
 
329 aa  445  1.0000000000000001e-124  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1597  porphobilinogen deaminase  77.95 
 
 
329 aa  445  1.0000000000000001e-124  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.588858  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0730  porphobilinogen deaminase  77.95 
 
 
329 aa  445  1.0000000000000001e-124  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3000  porphobilinogen deaminase  77.95 
 
 
329 aa  445  1.0000000000000001e-124  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1229  porphobilinogen deaminase  77.95 
 
 
329 aa  445  1.0000000000000001e-124  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1071  porphobilinogen deaminase  77.95 
 
 
329 aa  445  1.0000000000000001e-124  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2749  porphobilinogen deaminase  73.1 
 
 
334 aa  446  1.0000000000000001e-124  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.319663  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1077  porphobilinogen deaminase  77.95 
 
 
329 aa  445  1.0000000000000001e-124  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.941716  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2334  porphobilinogen deaminase  79.8 
 
 
304 aa  436  1e-121  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.350686 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2357  porphobilinogen deaminase  74.92 
 
 
334 aa  424  1e-117  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.206721  normal  0.217288 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0700  porphobilinogen deaminase  69.78 
 
 
334 aa  420  1e-116  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2571  porphobilinogen deaminase  72.7 
 
 
338 aa  419  1e-116  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.902801 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2166  porphobilinogen deaminase  72.06 
 
 
338 aa  414  1e-114  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.600756 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1200  porphobilinogen deaminase  65.2 
 
 
321 aa  395  1e-109  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.580193  normal  0.533215 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0656  porphobilinogen deaminase  65.61 
 
 
325 aa  394  1e-108  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2568  porphobilinogen deaminase  66.88 
 
 
306 aa  388  1e-107  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.0824843 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2690  porphobilinogen deaminase  62.82 
 
 
321 aa  362  6e-99  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0035  porphobilinogen deaminase  63.84 
 
 
310 aa  357  1.9999999999999998e-97  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1437  porphobilinogen deaminase  62.38 
 
 
310 aa  354  1e-96  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2890  porphobilinogen deaminase  63.17 
 
 
320 aa  349  4e-95  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3674  porphobilinogen deaminase  60.06 
 
 
311 aa  348  5e-95  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1715  porphobilinogen deaminase  65.65 
 
 
315 aa  348  7e-95  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2377  porphobilinogen deaminase  62.86 
 
 
310 aa  347  1e-94  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3090  porphobilinogen deaminase  62.81 
 
 
331 aa  345  4e-94  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1999  porphobilinogen deaminase  61.66 
 
 
318 aa  340  2e-92  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.61051  decreased coverage  0.0000671123 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2232  porphobilinogen deaminase  61.13 
 
 
312 aa  337  9.999999999999999e-92  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.495959  normal  0.0113482 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1374  porphobilinogen deaminase  62.33 
 
 
308 aa  337  1.9999999999999998e-91  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.212718  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3664  porphobilinogen deaminase  59.25 
 
 
334 aa  334  1e-90  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0764  porphobilinogen deaminase  59.31 
 
 
322 aa  332  6e-90  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000120999 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6006  porphobilinogen deaminase  57.33 
 
 
313 aa  326  3e-88  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.254392  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69450  porphobilinogen deaminase  56.68 
 
 
313 aa  326  4.0000000000000003e-88  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2161  porphobilinogen deaminase  56.77 
 
 
319 aa  324  1e-87  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0280  porphobilinogen deaminase  55.45 
 
 
312 aa  323  2e-87  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0128  porphobilinogen deaminase  55.63 
 
 
313 aa  321  9.000000000000001e-87  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0062  porphobilinogen deaminase  55.63 
 
 
313 aa  321  9.999999999999999e-87  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3002  hydroxymethylbilane synthase  61.61 
 
 
317 aa  318  7.999999999999999e-86  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  hitchhiker  0.00423817  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0342  porphobilinogen deaminase  52.65 
 
 
309 aa  317  1e-85  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1040  porphobilinogen deaminase  61.27 
 
 
345 aa  317  2e-85  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.866098  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4171  porphobilinogen deaminase  55.16 
 
 
313 aa  317  2e-85  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00534991  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0211  porphobilinogen deaminase  54.4 
 
 
313 aa  315  7e-85  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.204763  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3591  porphobilinogen deaminase  53.29 
 
 
326 aa  315  8e-85  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00150  porphobilinogen deaminase  54.1 
 
 
312 aa  315  9.999999999999999e-85  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.413704  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0256  porphobilinogen deaminase  55.05 
 
 
313 aa  315  9.999999999999999e-85  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.874316 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5487  porphobilinogen deaminase  55.7 
 
 
313 aa  314  1.9999999999999998e-84  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0483  porphobilinogen deaminase  53.59 
 
 
309 aa  314  1.9999999999999998e-84  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0179  porphobilinogen deaminase  55.59 
 
 
322 aa  313  1.9999999999999998e-84  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.00121296  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3109  hydroxymethylbilane synthase  57.38 
 
 
311 aa  313  1.9999999999999998e-84  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.324742  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47600  porphobilinogen deaminase  55.37 
 
 
314 aa  313  1.9999999999999998e-84  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3980  porphobilinogen deaminase  54.19 
 
 
313 aa  313  1.9999999999999998e-84  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.000129404  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA3060  porphobilinogen deaminase  53.9 
 
 
351 aa  313  3.9999999999999997e-84  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0178  porphobilinogen deaminase  54.69 
 
 
313 aa  312  3.9999999999999997e-84  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0266595  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0388  porphobilinogen deaminase  52.4 
 
 
315 aa  311  7.999999999999999e-84  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.895145  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0440  porphobilinogen deaminase  53.07 
 
 
309 aa  311  7.999999999999999e-84  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4264  porphobilinogen deaminase  54.14 
 
 
320 aa  311  1e-83  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3667  hydroxymethylbilane synthase  53.97 
 
 
308 aa  311  1e-83  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.135779  normal  0.514748 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3254  porphobilinogen deaminase  53.95 
 
 
326 aa  311  1e-83  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.290134 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4174  porphobilinogen deaminase  53.82 
 
 
320 aa  310  2e-83  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.31528  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4320  porphobilinogen deaminase  53.67 
 
 
320 aa  310  2e-83  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.365174  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4025  porphobilinogen deaminase  53.82 
 
 
320 aa  310  2e-83  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.105851  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4202  porphobilinogen deaminase  53.82 
 
 
320 aa  310  2e-83  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0530592  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5243  porphobilinogen deaminase  53.82 
 
 
318 aa  309  4e-83  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03680  porphobilinogen deaminase  53.5 
 
 
313 aa  308  6.999999999999999e-83  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.184348  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03629  hypothetical protein  53.5 
 
 
313 aa  308  6.999999999999999e-83  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.193331  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4170  porphobilinogen deaminase  53.5 
 
 
318 aa  308  9e-83  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.473943 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0373  porphobilinogen deaminase  53.62 
 
 
310 aa  308  1.0000000000000001e-82  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0228  porphobilinogen deaminase  54.9 
 
 
313 aa  308  1.0000000000000001e-82  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0318  porphobilinogen deaminase  52.56 
 
 
317 aa  306  4.0000000000000004e-82  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0487  porphobilinogen deaminase  54.18 
 
 
313 aa  305  6e-82  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4268  porphobilinogen deaminase  53.67 
 
 
318 aa  305  9.000000000000001e-82  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4166  porphobilinogen deaminase  53.67 
 
 
320 aa  305  1.0000000000000001e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000281942  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0044  porphobilinogen deaminase  50.8 
 
 
321 aa  304  1.0000000000000001e-81  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4220  porphobilinogen deaminase  53.67 
 
 
320 aa  305  1.0000000000000001e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.782422  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4327  porphobilinogen deaminase  53.67 
 
 
313 aa  304  2.0000000000000002e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00314  porphobilinogen deaminase  51.91 
 
 
312 aa  304  2.0000000000000002e-81  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4133  porphobilinogen deaminase  52.61 
 
 
309 aa  303  2.0000000000000002e-81  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4151  porphobilinogen deaminase  53.67 
 
 
313 aa  304  2.0000000000000002e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4016  porphobilinogen deaminase  54.3 
 
 
313 aa  303  3.0000000000000004e-81  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.602391  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2398  porphobilinogen deaminase  52.65 
 
 
317 aa  302  5.000000000000001e-81  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0564467  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0186  porphobilinogen deaminase  54.07 
 
 
313 aa  302  6.000000000000001e-81  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0029  Hydroxymethylbilane synthase  53.72 
 
 
316 aa  301  8.000000000000001e-81  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.943678  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0198  porphobilinogen deaminase  54.3 
 
 
313 aa  301  1e-80  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00764984  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0074  porphobilinogen deaminase  50.8 
 
 
317 aa  300  2e-80  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0208  porphobilinogen deaminase  53.75 
 
 
313 aa  301  2e-80  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0536  porphobilinogen deaminase  54.3 
 
 
313 aa  300  2e-80  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3987  porphobilinogen deaminase  52.72 
 
 
313 aa  298  8e-80  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.293614  normal  0.143088 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4313  porphobilinogen deaminase  51.64 
 
 
310 aa  296  3e-79  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002106  porphobilinogen deaminase  51.27 
 
 
312 aa  296  3e-79  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.632133  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0388  porphobilinogen deaminase  51.64 
 
 
310 aa  296  3e-79  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.571998  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3638  porphobilinogen deaminase  51.64 
 
 
310 aa  296  3e-79  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.51216  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0386  porphobilinogen deaminase  51.64 
 
 
310 aa  296  3e-79  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00551577  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>