More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Glov_0502 on replicon NC_010814
Organism: Geobacter lovleyi SZ



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010814  Glov_0502  porphobilinogen deaminase  100 
 
 
312 aa  624  1e-178  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000513467  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3285  porphobilinogen deaminase  80.06 
 
 
318 aa  500  1e-140  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3234  porphobilinogen deaminase  76.85 
 
 
318 aa  486  1e-136  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00122468  normal  0.150053 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3375  porphobilinogen deaminase  75.81 
 
 
310 aa  477  1e-133  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0408  porphobilinogen deaminase  73.72 
 
 
318 aa  463  1e-129  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0408  porphobilinogen deaminase  73.08 
 
 
318 aa  458  9.999999999999999e-129  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0359  porphobilinogen deaminase  73.63 
 
 
318 aa  457  9.999999999999999e-129  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3063  porphobilinogen deaminase  60.07 
 
 
315 aa  359  3e-98  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0737  hydroxymethylbilane synthase  57.79 
 
 
314 aa  346  3e-94  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.522263 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0487  porphobilinogen deaminase  55.19 
 
 
313 aa  331  8e-90  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0318  porphobilinogen deaminase  55.34 
 
 
317 aa  330  2e-89  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0373  porphobilinogen deaminase  55.7 
 
 
310 aa  327  2.0000000000000001e-88  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0178  porphobilinogen deaminase  54.87 
 
 
313 aa  323  3e-87  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0266595  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3642  porphobilinogen deaminase  52.58 
 
 
310 aa  323  3e-87  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0440  porphobilinogen deaminase  54.4 
 
 
309 aa  321  9.000000000000001e-87  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3254  porphobilinogen deaminase  54.37 
 
 
326 aa  320  1.9999999999999998e-86  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.290134 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3667  hydroxymethylbilane synthase  53.42 
 
 
308 aa  318  1e-85  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.135779  normal  0.514748 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4171  porphobilinogen deaminase  54.13 
 
 
313 aa  317  2e-85  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00534991  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0388  porphobilinogen deaminase  53.07 
 
 
310 aa  316  3e-85  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.571998  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3638  porphobilinogen deaminase  53.07 
 
 
310 aa  316  3e-85  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.51216  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0386  porphobilinogen deaminase  53.07 
 
 
310 aa  316  3e-85  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00551577  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0220b  porphobilinogen deaminase  53.97 
 
 
311 aa  316  4e-85  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.824174  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4016  porphobilinogen deaminase  53.42 
 
 
313 aa  315  6e-85  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.602391  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4313  porphobilinogen deaminase  52.75 
 
 
310 aa  315  8e-85  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0228  porphobilinogen deaminase  54.64 
 
 
313 aa  314  9e-85  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3587  porphobilinogen deaminase  52.75 
 
 
310 aa  313  1.9999999999999998e-84  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0198  porphobilinogen deaminase  53.09 
 
 
313 aa  313  1.9999999999999998e-84  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00764984  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4094  porphobilinogen deaminase  52.75 
 
 
310 aa  314  1.9999999999999998e-84  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.364632 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2398  porphobilinogen deaminase  53.75 
 
 
317 aa  314  1.9999999999999998e-84  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0564467  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0536  porphobilinogen deaminase  53.09 
 
 
313 aa  313  1.9999999999999998e-84  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0483  porphobilinogen deaminase  53.42 
 
 
309 aa  313  2.9999999999999996e-84  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0179  porphobilinogen deaminase  54.64 
 
 
322 aa  313  2.9999999999999996e-84  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.00121296  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4133  porphobilinogen deaminase  53.42 
 
 
309 aa  313  2.9999999999999996e-84  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3901  porphobilinogen deaminase  52.43 
 
 
310 aa  312  4.999999999999999e-84  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6006  porphobilinogen deaminase  53.42 
 
 
313 aa  311  6.999999999999999e-84  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.254392  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3978  porphobilinogen deaminase  52.43 
 
 
310 aa  311  9e-84  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4000  porphobilinogen deaminase  52.43 
 
 
310 aa  311  9e-84  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.799289  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0388  porphobilinogen deaminase  52.77 
 
 
315 aa  311  1e-83  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.895145  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69450  porphobilinogen deaminase  53.07 
 
 
313 aa  311  1e-83  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3987  porphobilinogen deaminase  53.77 
 
 
313 aa  310  2e-83  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.293614  normal  0.143088 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1025  porphobilinogen deaminase  49.68 
 
 
310 aa  310  2e-83  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0857406  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3202  porphobilinogen deaminase  52.92 
 
 
309 aa  310  2e-83  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4174  porphobilinogen deaminase  52.81 
 
 
320 aa  308  5e-83  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.31528  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4025  porphobilinogen deaminase  52.81 
 
 
320 aa  308  5e-83  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.105851  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4202  porphobilinogen deaminase  52.81 
 
 
320 aa  308  5e-83  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0530592  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00314  porphobilinogen deaminase  53.31 
 
 
312 aa  308  5e-83  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4170  porphobilinogen deaminase  52.81 
 
 
318 aa  309  5e-83  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.473943 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2563  porphobilinogen deaminase  55.05 
 
 
311 aa  308  5e-83  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.659984  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0280  porphobilinogen deaminase  52.79 
 
 
312 aa  308  5e-83  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5243  porphobilinogen deaminase  52.81 
 
 
318 aa  308  5.9999999999999995e-83  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3591  porphobilinogen deaminase  52.61 
 
 
326 aa  308  5.9999999999999995e-83  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3980  porphobilinogen deaminase  52.48 
 
 
313 aa  308  6.999999999999999e-83  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.000129404  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03680  porphobilinogen deaminase  52.81 
 
 
313 aa  308  8e-83  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.184348  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03629  hypothetical protein  52.81 
 
 
313 aa  308  8e-83  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.193331  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002106  porphobilinogen deaminase  52.65 
 
 
312 aa  307  1.0000000000000001e-82  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.632133  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4320  porphobilinogen deaminase  52.48 
 
 
320 aa  307  2.0000000000000002e-82  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.365174  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4264  porphobilinogen deaminase  52.48 
 
 
320 aa  306  3e-82  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4268  porphobilinogen deaminase  53.11 
 
 
318 aa  306  3e-82  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4166  porphobilinogen deaminase  53.11 
 
 
320 aa  306  3e-82  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000281942  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4220  porphobilinogen deaminase  53.11 
 
 
320 aa  306  3e-82  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.782422  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0074  porphobilinogen deaminase  52.58 
 
 
317 aa  305  4.0000000000000004e-82  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5487  porphobilinogen deaminase  52.77 
 
 
313 aa  305  5.0000000000000004e-82  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4151  porphobilinogen deaminase  53.11 
 
 
313 aa  305  5.0000000000000004e-82  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4327  porphobilinogen deaminase  53.11 
 
 
313 aa  305  5.0000000000000004e-82  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0211  porphobilinogen deaminase  52.44 
 
 
313 aa  305  8.000000000000001e-82  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.204763  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0186  porphobilinogen deaminase  52.77 
 
 
313 aa  303  2.0000000000000002e-81  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0690  porphobilinogen deaminase  50.97 
 
 
310 aa  304  2.0000000000000002e-81  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0256  porphobilinogen deaminase  51.79 
 
 
313 aa  304  2.0000000000000002e-81  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.874316 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0208  porphobilinogen deaminase  52.77 
 
 
313 aa  303  2.0000000000000002e-81  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00150  porphobilinogen deaminase  51.32 
 
 
312 aa  302  6.000000000000001e-81  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.413704  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0342  porphobilinogen deaminase  48.7 
 
 
309 aa  301  8.000000000000001e-81  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2163  porphobilinogen deaminase  49.01 
 
 
309 aa  301  1e-80  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.138876  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0584  porphobilinogen deaminase  52.1 
 
 
317 aa  300  2e-80  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.415079 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0688  porphobilinogen deaminase  54.25 
 
 
311 aa  300  2e-80  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.427677  normal  0.256859 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0933  porphobilinogen deaminase  47.88 
 
 
313 aa  300  2e-80  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1249  porphobilinogen deaminase  53.16 
 
 
313 aa  300  2e-80  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.280442 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1287  porphobilinogen deaminase  54.1 
 
 
310 aa  300  3e-80  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.909327  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47600  porphobilinogen deaminase  52.46 
 
 
314 aa  299  4e-80  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1251  porphobilinogen deaminase  51.16 
 
 
309 aa  298  7e-80  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA3060  porphobilinogen deaminase  50.81 
 
 
351 aa  297  2e-79  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0062  porphobilinogen deaminase  50.81 
 
 
313 aa  296  2e-79  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4551  porphobilinogen deaminase  51.66 
 
 
309 aa  296  4e-79  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0128  porphobilinogen deaminase  50.16 
 
 
313 aa  295  6e-79  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4197  porphobilinogen deaminase  51.99 
 
 
309 aa  295  6e-79  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4208  porphobilinogen deaminase  51.99 
 
 
309 aa  295  6e-79  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4361  porphobilinogen deaminase  51.32 
 
 
309 aa  295  7e-79  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.448902  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4600  porphobilinogen deaminase  51.32 
 
 
309 aa  295  7e-79  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4696  porphobilinogen deaminase  51.32 
 
 
309 aa  295  7e-79  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4555  porphobilinogen deaminase  51.32 
 
 
309 aa  294  2e-78  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0652  porphobilinogen deaminase  51.66 
 
 
309 aa  293  2e-78  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0044  porphobilinogen deaminase  50.32 
 
 
321 aa  293  2e-78  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4582  porphobilinogen deaminase  51.32 
 
 
309 aa  293  2e-78  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1515  porphobilinogen deaminase  49.51 
 
 
313 aa  292  4e-78  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0525  porphobilinogen deaminase  50.83 
 
 
311 aa  293  4e-78  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1539  porphobilinogen deaminase  48.21 
 
 
312 aa  292  6e-78  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0899347  hitchhiker  0.00290857 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4621  porphobilinogen deaminase  49.84 
 
 
320 aa  291  7e-78  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0502  porphobilinogen deaminase  49.01 
 
 
310 aa  291  8e-78  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0685  hydroxymethylbilane synthase  50.33 
 
 
306 aa  290  2e-77  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.161676  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1796  porphobilinogen deaminase  49.19 
 
 
313 aa  290  3e-77  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.160972  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0899  porphobilinogen deaminase  47.68 
 
 
308 aa  289  4e-77  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.28159  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>