More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_2166 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_2166  porphobilinogen deaminase  100 
 
 		 338 aa  663    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.600756 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2571  porphobilinogen deaminase  96.15 
 
 		 338 aa  623  1e-177  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.902801 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2357  porphobilinogen deaminase  86.69 
 
 		 334 aa  523  1e-147  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.206721  normal  0.217288 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2749  porphobilinogen deaminase  74.04 
 
 		 334 aa  452  1.0000000000000001e-126  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.319663  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0700  porphobilinogen deaminase  70.45 
 
 		 334 aa  435  1e-121  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2179  porphobilinogen deaminase  71.6 
 
 		 327 aa  418  1e-116  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.230446  hitchhiker  0.000767539 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1069  porphobilinogen deaminase  72.06 
 
 		 342 aa  414  1e-114  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5752  porphobilinogen deaminase  71.38 
 
 		 334 aa  405  1.0000000000000001e-112  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0656  porphobilinogen deaminase  65.62 
 
 		 325 aa  405  1.0000000000000001e-112  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2468  porphobilinogen deaminase  72.61 
 
 		 328 aa  406  1.0000000000000001e-112  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1200  porphobilinogen deaminase  64.58 
 
 		 321 aa  402  1e-111  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.580193  normal  0.533215 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2429  porphobilinogen deaminase  72.03 
 
 		 334 aa  400  9.999999999999999e-111  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.237637 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0869  porphobilinogen deaminase  70.46 
 
 		 402 aa  400  9.999999999999999e-111  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.326995  normal  0.554351 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1813  porphobilinogen deaminase  72.03 
 
 		 334 aa  400  9.999999999999999e-111  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.57316  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2425  porphobilinogen deaminase  72.03 
 
 		 403 aa  400  9.999999999999999e-111  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.495254  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0872  porphobilinogen deaminase  72.03 
 
 		 329 aa  390  1e-107  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0730  porphobilinogen deaminase  72.29 
 
 		 329 aa  384  1e-105  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1077  porphobilinogen deaminase  72.29 
 
 		 329 aa  384  1e-105  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.941716  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1229  porphobilinogen deaminase  72.29 
 
 		 329 aa  384  1e-105  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1597  porphobilinogen deaminase  72.29 
 
 		 329 aa  384  1e-105  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.588858  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2334  porphobilinogen deaminase  72.79 
 
 		 304 aa  382  1e-105  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.350686 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1071  porphobilinogen deaminase  72.29 
 
 		 329 aa  384  1e-105  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2284  porphobilinogen deaminase  72.29 
 
 		 329 aa  384  1e-105  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3000  porphobilinogen deaminase  72.29 
 
 		 329 aa  384  1e-105  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2568  porphobilinogen deaminase  64.4 
 
 		 306 aa  371  1e-102  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.0824843 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2890  porphobilinogen deaminase  65.05 
 
 		 320 aa  361  1e-98  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2690  porphobilinogen deaminase  61.2 
 
 		 321 aa  360  2e-98  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2377  porphobilinogen deaminase  64.72 
 
 		 310 aa  360  2e-98  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3090  porphobilinogen deaminase  64.63 
 
 		 331 aa  358  6e-98  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0764  porphobilinogen deaminase  65.16 
 
 		 322 aa  357  9.999999999999999e-98  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000120999 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3674  porphobilinogen deaminase  61.04 
 
 		 311 aa  353  2e-96  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1999  porphobilinogen deaminase  62.9 
 
 		 318 aa  350  2e-95  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.61051  decreased coverage  0.0000671123 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1715  porphobilinogen deaminase  63.58 
 
 		 315 aa  348  6e-95  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3664  porphobilinogen deaminase  61.78 
 
 		 334 aa  348  1e-94  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0035  porphobilinogen deaminase  62.9 
 
 		 310 aa  346  3e-94  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3411  porphobilinogen deaminase  71.91 
 
 		 285 aa  344  1e-93  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2232  porphobilinogen deaminase  64.51 
 
 		 312 aa  343  2.9999999999999997e-93  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.495959  normal  0.0113482 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1437  porphobilinogen deaminase  60.97 
 
 		 310 aa  339  5e-92  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69450  porphobilinogen deaminase  59.68 
 
 		 313 aa  338  9e-92  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1374  porphobilinogen deaminase  62.83 
 
 		 308 aa  337  9.999999999999999e-92  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.212718  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2161  porphobilinogen deaminase  55.73 
 
 		 319 aa  336  3.9999999999999995e-91  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6006  porphobilinogen deaminase  60 
 
 		 313 aa  336  3.9999999999999995e-91  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.254392  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0280  porphobilinogen deaminase  59.29 
 
 		 312 aa  335  9e-91  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0483  porphobilinogen deaminase  59.33 
 
 		 309 aa  333  3e-90  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3002  hydroxymethylbilane synthase  63.55 
 
 		 317 aa  331  1e-89  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  hitchhiker  0.00423817  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0373  porphobilinogen deaminase  57.33 
 
 		 310 aa  329  4e-89  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4171  porphobilinogen deaminase  57 
 
 		 313 aa  328  9e-89  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00534991  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00314  porphobilinogen deaminase  57.74 
 
 		 312 aa  328  1.0000000000000001e-88  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3254  porphobilinogen deaminase  60 
 
 		 326 aa  328  1.0000000000000001e-88  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.290134 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3591  porphobilinogen deaminase  54.77 
 
 		 326 aa  327  2.0000000000000001e-88  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4133  porphobilinogen deaminase  57.67 
 
 		 309 aa  326  3e-88  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47600  porphobilinogen deaminase  58.82 
 
 		 314 aa  326  3e-88  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0220b  porphobilinogen deaminase  55.38 
 
 		 311 aa  326  4.0000000000000003e-88  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.824174  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0179  porphobilinogen deaminase  57.57 
 
 		 322 aa  326  4.0000000000000003e-88  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.00121296  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0198  porphobilinogen deaminase  56.49 
 
 		 313 aa  325  6e-88  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00764984  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3980  porphobilinogen deaminase  56.67 
 
 		 313 aa  325  7e-88  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.000129404  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0536  porphobilinogen deaminase  56.49 
 
 		 313 aa  325  8.000000000000001e-88  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2398  porphobilinogen deaminase  56.77 
 
 		 317 aa  325  8.000000000000001e-88  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0564467  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3987  porphobilinogen deaminase  56.09 
 
 		 313 aa  323  2e-87  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.293614  normal  0.143088 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1040  porphobilinogen deaminase  63.07 
 
 		 345 aa  323  2e-87  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.866098  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0228  porphobilinogen deaminase  58.75 
 
 		 313 aa  323  3e-87  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4016  porphobilinogen deaminase  56.17 
 
 		 313 aa  323  4e-87  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.602391  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA3060  porphobilinogen deaminase  54.09 
 
 		 351 aa  322  5e-87  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4220  porphobilinogen deaminase  55.13 
 
 		 320 aa  322  5e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.782422  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4166  porphobilinogen deaminase  55.13 
 
 		 320 aa  322  5e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000281942  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4268  porphobilinogen deaminase  55.13 
 
 		 318 aa  322  7e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0178  porphobilinogen deaminase  55.81 
 
 		 313 aa  322  7e-87  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0266595  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0388  porphobilinogen deaminase  57.67 
 
 		 315 aa  322  8e-87  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.895145  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03680  porphobilinogen deaminase  55.31 
 
 		 313 aa  321  9.000000000000001e-87  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.184348  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03629  hypothetical protein  55.31 
 
 		 313 aa  321  9.000000000000001e-87  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.193331  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4151  porphobilinogen deaminase  55.13 
 
 		 313 aa  321  9.000000000000001e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4170  porphobilinogen deaminase  55.31 
 
 		 318 aa  321  9.000000000000001e-87  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.473943 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4327  porphobilinogen deaminase  55.13 
 
 		 313 aa  321  9.000000000000001e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4174  porphobilinogen deaminase  55.31 
 
 		 320 aa  321  9.999999999999999e-87  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.31528  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002106  porphobilinogen deaminase  55.48 
 
 		 312 aa  321  9.999999999999999e-87  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.632133  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4025  porphobilinogen deaminase  55.31 
 
 		 320 aa  321  9.999999999999999e-87  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.105851  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5243  porphobilinogen deaminase  55.31 
 
 		 318 aa  321  9.999999999999999e-87  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4202  porphobilinogen deaminase  55.31 
 
 		 320 aa  321  9.999999999999999e-87  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0530592  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4264  porphobilinogen deaminase  55.31 
 
 		 320 aa  321  9.999999999999999e-87  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4320  porphobilinogen deaminase  54.98 
 
 		 320 aa  320  3e-86  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.365174  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0318  porphobilinogen deaminase  56.67 
 
 		 317 aa  318  7e-86  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0440  porphobilinogen deaminase  56.33 
 
 		 309 aa  318  9e-86  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0029  Hydroxymethylbilane synthase  57.19 
 
 		 316 aa  317  2e-85  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.943678  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0062  porphobilinogen deaminase  56.35 
 
 		 313 aa  317  3e-85  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4313  porphobilinogen deaminase  55.45 
 
 		 310 aa  315  5e-85  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0211  porphobilinogen deaminase  57 
 
 		 313 aa  315  6e-85  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.204763  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0388  porphobilinogen deaminase  55.45 
 
 		 310 aa  315  6e-85  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.571998  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3638  porphobilinogen deaminase  55.45 
 
 		 310 aa  315  6e-85  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.51216  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0386  porphobilinogen deaminase  55.45 
 
 		 310 aa  315  6e-85  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00551577  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3642  porphobilinogen deaminase  54.61 
 
 		 310 aa  314  9.999999999999999e-85  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0128  porphobilinogen deaminase  56.03 
 
 		 313 aa  313  1.9999999999999998e-84  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5487  porphobilinogen deaminase  56.03 
 
 		 313 aa  313  1.9999999999999998e-84  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3587  porphobilinogen deaminase  55.13 
 
 		 310 aa  313  2.9999999999999996e-84  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4094  porphobilinogen deaminase  55.13 
 
 		 310 aa  311  6.999999999999999e-84  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.364632 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0342  porphobilinogen deaminase  54.25 
 
 		 309 aa  311  7.999999999999999e-84  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3667  hydroxymethylbilane synthase  54.61 
 
 		 308 aa  311  1e-83  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.135779  normal  0.514748 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3109  hydroxymethylbilane synthase  56.86 
 
 		 311 aa  311  1e-83  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.324742  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3901  porphobilinogen deaminase  54.81 
 
 		 310 aa  310  2e-83  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3978  porphobilinogen deaminase  54.81 
 
 		 310 aa  310  2e-83  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4000  porphobilinogen deaminase  54.81 
 
 		 310 aa  310  2e-83  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.799289  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>