More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_2334 on replicon NC_010551
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008390  Bamb_2468  porphobilinogen deaminase  99.01 
 
 
328 aa  598  1e-170  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2334  porphobilinogen deaminase  100 
 
 
304 aa  598  1e-170  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.350686 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1813  porphobilinogen deaminase  94.75 
 
 
334 aa  550  1e-156  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.57316  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2425  porphobilinogen deaminase  94.75 
 
 
403 aa  551  1e-156  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.495254  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2429  porphobilinogen deaminase  94.75 
 
 
334 aa  550  1e-155  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.237637 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0869  porphobilinogen deaminase  92.76 
 
 
402 aa  541  1e-153  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.326995  normal  0.554351 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5752  porphobilinogen deaminase  93.11 
 
 
334 aa  542  1e-153  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0872  porphobilinogen deaminase  87.21 
 
 
329 aa  470  1.0000000000000001e-131  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2284  porphobilinogen deaminase  86.23 
 
 
329 aa  463  1e-129  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0730  porphobilinogen deaminase  86.23 
 
 
329 aa  463  1e-129  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3000  porphobilinogen deaminase  86.23 
 
 
329 aa  463  1e-129  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1229  porphobilinogen deaminase  86.23 
 
 
329 aa  463  1e-129  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1077  porphobilinogen deaminase  86.23 
 
 
329 aa  463  1e-129  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.941716  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1071  porphobilinogen deaminase  85.9 
 
 
329 aa  461  1e-129  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1597  porphobilinogen deaminase  86.23 
 
 
329 aa  463  1e-129  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.588858  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1069  porphobilinogen deaminase  79.8 
 
 
342 aa  436  1e-121  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2179  porphobilinogen deaminase  79.12 
 
 
327 aa  431  1e-120  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.230446  hitchhiker  0.000767539 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0656  porphobilinogen deaminase  68.97 
 
 
325 aa  401  1e-111  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2749  porphobilinogen deaminase  70.33 
 
 
334 aa  400  9.999999999999999e-111  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.319663  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1200  porphobilinogen deaminase  66.55 
 
 
321 aa  394  1e-109  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.580193  normal  0.533215 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0700  porphobilinogen deaminase  71.67 
 
 
334 aa  389  1e-107  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2166  porphobilinogen deaminase  72.79 
 
 
338 aa  382  1e-105  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.600756 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2571  porphobilinogen deaminase  72.45 
 
 
338 aa  380  1e-104  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.902801 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3411  porphobilinogen deaminase  77.9 
 
 
285 aa  380  1e-104  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2568  porphobilinogen deaminase  67.46 
 
 
306 aa  375  1e-103  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.0824843 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2357  porphobilinogen deaminase  72.79 
 
 
334 aa  369  1e-101  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.206721  normal  0.217288 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3674  porphobilinogen deaminase  61.09 
 
 
311 aa  341  9e-93  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1437  porphobilinogen deaminase  62.46 
 
 
310 aa  334  1e-90  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2690  porphobilinogen deaminase  61.77 
 
 
321 aa  322  5e-87  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0035  porphobilinogen deaminase  62.12 
 
 
310 aa  321  9.999999999999999e-87  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2890  porphobilinogen deaminase  63.45 
 
 
320 aa  318  9e-86  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1715  porphobilinogen deaminase  63.73 
 
 
315 aa  317  2e-85  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2377  porphobilinogen deaminase  63.1 
 
 
310 aa  316  3e-85  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6006  porphobilinogen deaminase  57.68 
 
 
313 aa  311  1e-83  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.254392  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1999  porphobilinogen deaminase  61.81 
 
 
318 aa  309  2.9999999999999997e-83  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.61051  decreased coverage  0.0000671123 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3090  porphobilinogen deaminase  60 
 
 
331 aa  308  5.9999999999999995e-83  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69450  porphobilinogen deaminase  56.31 
 
 
313 aa  307  1.0000000000000001e-82  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3664  porphobilinogen deaminase  59.54 
 
 
334 aa  307  2.0000000000000002e-82  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0764  porphobilinogen deaminase  59.2 
 
 
322 aa  302  6.000000000000001e-81  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000120999 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1374  porphobilinogen deaminase  67.65 
 
 
308 aa  300  2e-80  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.212718  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0280  porphobilinogen deaminase  55.97 
 
 
312 aa  299  3e-80  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2161  porphobilinogen deaminase  55.67 
 
 
319 aa  298  6e-80  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2232  porphobilinogen deaminase  60.07 
 
 
312 aa  296  4e-79  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.495959  normal  0.0113482 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3254  porphobilinogen deaminase  55.25 
 
 
326 aa  295  5e-79  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.290134 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3002  hydroxymethylbilane synthase  61.44 
 
 
317 aa  295  6e-79  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  hitchhiker  0.00423817  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3980  porphobilinogen deaminase  53.18 
 
 
313 aa  295  9e-79  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.000129404  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0128  porphobilinogen deaminase  54.95 
 
 
313 aa  293  3e-78  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0062  porphobilinogen deaminase  54.27 
 
 
313 aa  293  3e-78  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5487  porphobilinogen deaminase  53.92 
 
 
313 aa  293  3e-78  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1040  porphobilinogen deaminase  60.14 
 
 
345 aa  292  4e-78  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.866098  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3591  porphobilinogen deaminase  53.58 
 
 
326 aa  293  4e-78  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4171  porphobilinogen deaminase  53.18 
 
 
313 aa  291  9e-78  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00534991  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47600  porphobilinogen deaminase  54.61 
 
 
314 aa  291  1e-77  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0029  Hydroxymethylbilane synthase  55.1 
 
 
316 aa  289  4e-77  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.943678  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0256  porphobilinogen deaminase  54.3 
 
 
313 aa  289  4e-77  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.874316 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0373  porphobilinogen deaminase  53.56 
 
 
310 aa  288  6e-77  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0342  porphobilinogen deaminase  51.54 
 
 
309 aa  288  8e-77  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0211  porphobilinogen deaminase  53.95 
 
 
313 aa  285  5.999999999999999e-76  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.204763  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0318  porphobilinogen deaminase  53.56 
 
 
317 aa  284  1.0000000000000001e-75  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0044  porphobilinogen deaminase  48.68 
 
 
321 aa  283  2.0000000000000002e-75  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0179  porphobilinogen deaminase  52.51 
 
 
322 aa  283  3.0000000000000004e-75  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.00121296  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4166  porphobilinogen deaminase  53.61 
 
 
320 aa  283  3.0000000000000004e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000281942  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4220  porphobilinogen deaminase  53.61 
 
 
320 aa  283  3.0000000000000004e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.782422  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4268  porphobilinogen deaminase  53.61 
 
 
318 aa  283  4.0000000000000003e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0483  porphobilinogen deaminase  52.56 
 
 
309 aa  282  5.000000000000001e-75  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4327  porphobilinogen deaminase  53.61 
 
 
313 aa  282  5.000000000000001e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2398  porphobilinogen deaminase  51.88 
 
 
317 aa  282  5.000000000000001e-75  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0564467  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4151  porphobilinogen deaminase  53.61 
 
 
313 aa  282  5.000000000000001e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0198  porphobilinogen deaminase  53.24 
 
 
313 aa  282  6.000000000000001e-75  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00764984  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0440  porphobilinogen deaminase  51.35 
 
 
309 aa  281  7.000000000000001e-75  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4133  porphobilinogen deaminase  52.22 
 
 
309 aa  281  1e-74  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0186  porphobilinogen deaminase  54.55 
 
 
313 aa  280  2e-74  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0536  porphobilinogen deaminase  53.24 
 
 
313 aa  280  2e-74  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2263  porphobilinogen deaminase  51.99 
 
 
339 aa  280  2e-74  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5243  porphobilinogen deaminase  53.1 
 
 
318 aa  280  2e-74  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4016  porphobilinogen deaminase  52.9 
 
 
313 aa  280  2e-74  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.602391  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4174  porphobilinogen deaminase  52.76 
 
 
320 aa  280  3e-74  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.31528  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4202  porphobilinogen deaminase  52.76 
 
 
320 aa  280  3e-74  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0530592  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4320  porphobilinogen deaminase  52.76 
 
 
320 aa  280  3e-74  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.365174  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4025  porphobilinogen deaminase  52.76 
 
 
320 aa  280  3e-74  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.105851  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4170  porphobilinogen deaminase  52.76 
 
 
318 aa  280  3e-74  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.473943 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0228  porphobilinogen deaminase  52.9 
 
 
313 aa  279  4e-74  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4264  porphobilinogen deaminase  52.76 
 
 
320 aa  279  4e-74  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2670  porphobilinogen deaminase  51.72 
 
 
308 aa  278  6e-74  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000635996 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0208  porphobilinogen deaminase  54.2 
 
 
313 aa  278  7e-74  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03680  porphobilinogen deaminase  52.41 
 
 
313 aa  278  1e-73  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.184348  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA3060  porphobilinogen deaminase  50.85 
 
 
351 aa  278  1e-73  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3667  hydroxymethylbilane synthase  51.88 
 
 
308 aa  277  1e-73  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.135779  normal  0.514748 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03629  hypothetical protein  52.41 
 
 
313 aa  278  1e-73  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.193331  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0388  porphobilinogen deaminase  52.22 
 
 
315 aa  276  3e-73  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.895145  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0220b  porphobilinogen deaminase  49.83 
 
 
311 aa  275  5e-73  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.824174  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2898  porphobilinogen deaminase  56.2 
 
 
306 aa  275  7e-73  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.101786  normal  0.0803505 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3300  porphobilinogen deaminase  56.2 
 
 
306 aa  275  7e-73  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.999911  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3109  hydroxymethylbilane synthase  53.77 
 
 
311 aa  275  7e-73  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.324742  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3987  porphobilinogen deaminase  53.15 
 
 
313 aa  274  1.0000000000000001e-72  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.293614  normal  0.143088 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0012  porphobilinogen deaminase  53.21 
 
 
315 aa  274  1.0000000000000001e-72  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.625024 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3642  porphobilinogen deaminase  49.66 
 
 
310 aa  274  1.0000000000000001e-72  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00314  porphobilinogen deaminase  50.85 
 
 
312 aa  274  2.0000000000000002e-72  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4313  porphobilinogen deaminase  51.53 
 
 
310 aa  273  3e-72  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0386  porphobilinogen deaminase  51.53 
 
 
310 aa  273  3e-72  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00551577  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>