More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_1715 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_1715  porphobilinogen deaminase  100 
 
 		 315 aa  619  1e-176  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2232  porphobilinogen deaminase  79.17 
 
 		 312 aa  453  1.0000000000000001e-126  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.495959  normal  0.0113482 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3090  porphobilinogen deaminase  71.34 
 
 		 331 aa  425  1e-118  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2377  porphobilinogen deaminase  73.4 
 
 		 310 aa  425  1e-118  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2890  porphobilinogen deaminase  73.74 
 
 		 320 aa  427  1e-118  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1999  porphobilinogen deaminase  74.07 
 
 		 318 aa  423  1e-117  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.61051  decreased coverage  0.0000671123 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1374  porphobilinogen deaminase  73.83 
 
 		 308 aa  423  1e-117  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.212718  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3664  porphobilinogen deaminase  69.78 
 
 		 334 aa  414  9.999999999999999e-116  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1040  porphobilinogen deaminase  73.9 
 
 		 345 aa  391  1e-108  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.866098  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0764  porphobilinogen deaminase  68.14 
 
 		 322 aa  382  1e-105  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000120999 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3002  hydroxymethylbilane synthase  69.13 
 
 		 317 aa  345  6e-94  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  hitchhiker  0.00423817  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2749  porphobilinogen deaminase  64.41 
 
 		 334 aa  340  2e-92  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.319663  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0700  porphobilinogen deaminase  67.27 
 
 		 334 aa  337  1.9999999999999998e-91  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1200  porphobilinogen deaminase  61.86 
 
 		 321 aa  335  5.999999999999999e-91  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.580193  normal  0.533215 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2179  porphobilinogen deaminase  64.65 
 
 		 327 aa  332  5e-90  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.230446  hitchhiker  0.000767539 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0656  porphobilinogen deaminase  61.09 
 
 		 325 aa  332  7.000000000000001e-90  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1069  porphobilinogen deaminase  65.65 
 
 		 342 aa  330  1e-89  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2166  porphobilinogen deaminase  63.58 
 
 		 338 aa  330  2e-89  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.600756 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2571  porphobilinogen deaminase  63.58 
 
 		 338 aa  330  3e-89  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.902801 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0872  porphobilinogen deaminase  70.19 
 
 		 329 aa  325  7e-88  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2357  porphobilinogen deaminase  66.55 
 
 		 334 aa  324  1e-87  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.206721  normal  0.217288 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5752  porphobilinogen deaminase  64.98 
 
 		 334 aa  323  3e-87  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0730  porphobilinogen deaminase  69.06 
 
 		 329 aa  321  9.999999999999999e-87  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1229  porphobilinogen deaminase  69.06 
 
 		 329 aa  321  9.999999999999999e-87  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1077  porphobilinogen deaminase  69.06 
 
 		 329 aa  321  9.999999999999999e-87  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.941716  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3000  porphobilinogen deaminase  69.06 
 
 		 329 aa  321  9.999999999999999e-87  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1597  porphobilinogen deaminase  69.06 
 
 		 329 aa  321  9.999999999999999e-87  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.588858  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2284  porphobilinogen deaminase  69.06 
 
 		 329 aa  321  9.999999999999999e-87  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1071  porphobilinogen deaminase  69.06 
 
 		 329 aa  320  1.9999999999999998e-86  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2425  porphobilinogen deaminase  64.65 
 
 		 403 aa  320  1.9999999999999998e-86  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.495254  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0869  porphobilinogen deaminase  64.65 
 
 		 402 aa  319  3e-86  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.326995  normal  0.554351 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1813  porphobilinogen deaminase  64.65 
 
 		 334 aa  320  3e-86  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.57316  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2429  porphobilinogen deaminase  64.65 
 
 		 334 aa  320  3e-86  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.237637 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2468  porphobilinogen deaminase  64.65 
 
 		 328 aa  319  5e-86  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2568  porphobilinogen deaminase  60.99 
 
 		 306 aa  313  1.9999999999999998e-84  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.0824843 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0035  porphobilinogen deaminase  58.7 
 
 		 310 aa  307  1.0000000000000001e-82  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2690  porphobilinogen deaminase  57.24 
 
 		 321 aa  303  3.0000000000000004e-81  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0342  porphobilinogen deaminase  53.4 
 
 		 309 aa  301  1e-80  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3411  porphobilinogen deaminase  66.67 
 
 		 285 aa  300  3e-80  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2334  porphobilinogen deaminase  63.73 
 
 		 304 aa  298  7e-80  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.350686 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1437  porphobilinogen deaminase  57.84 
 
 		 310 aa  298  7e-80  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3674  porphobilinogen deaminase  54.55 
 
 		 311 aa  297  2e-79  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0280  porphobilinogen deaminase  56.15 
 
 		 312 aa  297  2e-79  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69450  porphobilinogen deaminase  56.66 
 
 		 313 aa  294  2e-78  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4133  porphobilinogen deaminase  53.9 
 
 		 309 aa  293  2e-78  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0483  porphobilinogen deaminase  53.72 
 
 		 309 aa  292  6e-78  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2398  porphobilinogen deaminase  58.11 
 
 		 317 aa  291  8e-78  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0564467  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0178  porphobilinogen deaminase  52.4 
 
 		 313 aa  291  1e-77  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0266595  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3254  porphobilinogen deaminase  54.95 
 
 		 326 aa  291  1e-77  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.290134 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00314  porphobilinogen deaminase  53.14 
 
 		 312 aa  289  3e-77  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6006  porphobilinogen deaminase  55.19 
 
 		 313 aa  289  3e-77  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.254392  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3980  porphobilinogen deaminase  54.55 
 
 		 313 aa  290  3e-77  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.000129404  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47600  porphobilinogen deaminase  54.07 
 
 		 314 aa  289  3e-77  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4171  porphobilinogen deaminase  51.9 
 
 		 313 aa  289  4e-77  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00534991  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0318  porphobilinogen deaminase  56.6 
 
 		 317 aa  289  5.0000000000000004e-77  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3591  porphobilinogen deaminase  53.9 
 
 		 326 aa  288  6e-77  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0220b  porphobilinogen deaminase  53.26 
 
 		 311 aa  288  1e-76  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.824174  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0388  porphobilinogen deaminase  52.7 
 
 		 315 aa  288  1e-76  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.895145  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0487  porphobilinogen deaminase  60.16 
 
 		 313 aa  288  1e-76  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002106  porphobilinogen deaminase  56.23 
 
 		 312 aa  286  2.9999999999999996e-76  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.632133  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0198  porphobilinogen deaminase  54.58 
 
 		 313 aa  286  4e-76  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00764984  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0062  porphobilinogen deaminase  54.27 
 
 		 313 aa  286  4e-76  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0536  porphobilinogen deaminase  54.58 
 
 		 313 aa  286  4e-76  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0373  porphobilinogen deaminase  53.24 
 
 		 310 aa  285  5e-76  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0256  porphobilinogen deaminase  54.03 
 
 		 313 aa  286  5e-76  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.874316 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0074  porphobilinogen deaminase  58.33 
 
 		 317 aa  285  5.999999999999999e-76  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0128  porphobilinogen deaminase  53.49 
 
 		 313 aa  285  5.999999999999999e-76  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0440  porphobilinogen deaminase  53.22 
 
 		 309 aa  285  7e-76  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03680  porphobilinogen deaminase  52.22 
 
 		 313 aa  284  1.0000000000000001e-75  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.184348  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03629  hypothetical protein  52.22 
 
 		 313 aa  284  1.0000000000000001e-75  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.193331  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4016  porphobilinogen deaminase  54.24 
 
 		 313 aa  284  2.0000000000000002e-75  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.602391  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0208  porphobilinogen deaminase  54.7 
 
 		 313 aa  283  2.0000000000000002e-75  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0186  porphobilinogen deaminase  54.7 
 
 		 313 aa  283  3.0000000000000004e-75  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2161  porphobilinogen deaminase  53.14 
 
 		 319 aa  283  3.0000000000000004e-75  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4320  porphobilinogen deaminase  51.9 
 
 		 320 aa  283  3.0000000000000004e-75  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.365174  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0211  porphobilinogen deaminase  54.03 
 
 		 313 aa  283  4.0000000000000003e-75  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.204763  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4170  porphobilinogen deaminase  51.9 
 
 		 318 aa  282  4.0000000000000003e-75  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.473943 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4174  porphobilinogen deaminase  51.9 
 
 		 320 aa  282  5.000000000000001e-75  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.31528  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4202  porphobilinogen deaminase  51.9 
 
 		 320 aa  282  5.000000000000001e-75  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0530592  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4025  porphobilinogen deaminase  51.9 
 
 		 320 aa  282  5.000000000000001e-75  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.105851  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5243  porphobilinogen deaminase  51.9 
 
 		 318 aa  281  7.000000000000001e-75  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4264  porphobilinogen deaminase  51.9 
 
 		 320 aa  281  8.000000000000001e-75  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00150  porphobilinogen deaminase  51.19 
 
 		 312 aa  280  2e-74  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.413704  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0179  porphobilinogen deaminase  56.23 
 
 		 322 aa  280  3e-74  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.00121296  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3987  porphobilinogen deaminase  51.43 
 
 		 313 aa  279  4e-74  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.293614  normal  0.143088 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0044  porphobilinogen deaminase  51.32 
 
 		 321 aa  279  4e-74  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0012  porphobilinogen deaminase  57.46 
 
 		 315 aa  278  7e-74  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.625024 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5487  porphobilinogen deaminase  55.89 
 
 		 313 aa  278  8e-74  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0388  porphobilinogen deaminase  52.22 
 
 		 310 aa  277  2e-73  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.571998  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3638  porphobilinogen deaminase  52.22 
 
 		 310 aa  277  2e-73  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.51216  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0386  porphobilinogen deaminase  52.22 
 
 		 310 aa  277  2e-73  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00551577  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA3060  porphobilinogen deaminase  52.88 
 
 		 351 aa  276  3e-73  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4313  porphobilinogen deaminase  52.22 
 
 		 310 aa  276  3e-73  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4220  porphobilinogen deaminase  51.43 
 
 		 320 aa  276  3e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.782422  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4166  porphobilinogen deaminase  51.43 
 
 		 320 aa  276  3e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000281942  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4151  porphobilinogen deaminase  51.43 
 
 		 313 aa  276  4e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4268  porphobilinogen deaminase  51.43 
 
 		 318 aa  276  4e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4327  porphobilinogen deaminase  51.43 
 
 		 313 aa  276  4e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0228  porphobilinogen deaminase  57.36 
 
 		 313 aa  276  4e-73  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3978  porphobilinogen deaminase  52.22 
 
 		 310 aa  274  1.0000000000000001e-72  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>