More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shel_28270 on replicon NC_013165
Organism: Slackia heliotrinireducens DSM 20476



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013165  Shel_28270  transcriptional regulator  100 
 
 		 205 aa  418  1e-116  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.188874 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1606  TetR family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 225 aa  97.4  1e-19  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.912424  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00750  transcriptional regulator  31.63 
 
 		 197 aa  95.5  4e-19  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.935342  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1939  transcriptional regulator, TetR family  32.38 
 
 		 206 aa  88.6  6e-17  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.640559  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4031  transcriptional regulator, TetR family  40.3 
 
 		 203 aa  87.8  9e-17  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1489  transcriptional regulator, TetR family  31.58 
 
 		 212 aa  87.8  1e-16  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_23110  transcriptional regulator  30.92 
 
 		 203 aa  86.7  2e-16  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0337  transcriptional regulator, TetR family  28.85 
 
 		 204 aa  87  2e-16  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_24090  transcriptional regulator  35.04 
 
 		 209 aa  85.1  7e-16  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4628  transcriptional regulator, TetR family  27.27 
 
 		 206 aa  82.8  0.000000000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000955982  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_27950  transcriptional regulator  25.13 
 
 		 207 aa  82  0.000000000000006  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.00827834  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0312  transcriptional regulator, TetR family  39.16 
 
 		 203 aa  77  0.0000000000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.041978  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1601  TetR family transcriptional regulator  35.42 
 
 		 215 aa  74.7  0.000000000001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0339  TetR family transcriptional regulator  27.81 
 
 		 205 aa  73.6  0.000000000002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2627  TetR family transcriptional regulator  24.02 
 
 		 202 aa  72.4  0.000000000004  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.00000108473  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1953  TetR family transcriptional regulator  25.37 
 
 		 213 aa  67.4  0.0000000002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.957288  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_03670  transcriptional regulator  32.33 
 
 		 230 aa  66.6  0.0000000002  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.00912022  hitchhiker  0.0085588 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2311  transcriptional regulator, TetR family  29.85 
 
 		 235 aa  65.9  0.0000000004  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_25680  transcriptional regulator  34.82 
 
 		 203 aa  64.7  0.0000000009  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2316  transcriptional regulator, TetR family  30.53 
 
 		 220 aa  63.9  0.000000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.166278  normal  1 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5087  TetR family transcriptional regulator  43.28 
 
 		 196 aa  62  0.000000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.305126  normal  0.842071 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0820  TetR family transcriptional regulator  25.25 
 
 		 219 aa  59.7  0.00000003  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0110693  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6580  transcriptional regulator, TetR family  45 
 
 		 242 aa  57  0.0000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.603144 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0298  TetR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 198 aa  56.6  0.0000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0312  transcriptional regulator, TetR family  46.55 
 
 		 206 aa  56.6  0.0000003  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  unclonable  0.00000000380117  normal  0.28635 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0788  TetR family transcriptional regulator  42.19 
 
 		 221 aa  56.2  0.0000003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.796627 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3944  putative transcriptional regulator, TetR family  28.67 
 
 		 183 aa  56.6  0.0000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.000137534  hitchhiker  0.00939559 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10080  Transcriptional regulator, TetR family  37.14 
 
 		 217 aa  55.5  0.0000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.530554  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2373  TetR family transcriptional regulator  35.87 
 
 		 205 aa  55.5  0.0000006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0696  TetR family transcriptional regulator  41.94 
 
 		 194 aa  55.1  0.0000007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1526  transcriptional regulator, TetR family  31.03 
 
 		 189 aa  55.1  0.0000007  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.0000234923  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3838  transcriptional regulator TetR family  45.1 
 
 		 230 aa  55.1  0.0000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.606304  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6328  transcriptional regulator, TetR family  38.46 
 
 		 199 aa  54.7  0.0000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00138827  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4385  TetR family transcriptional regulator  45.1 
 
 		 201 aa  54.7  0.000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51850  Transcriptional regulatory protein, TetR family  50.94 
 
 		 186 aa  54.3  0.000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1225  TetR family transcriptional regulator  46.3 
 
 		 208 aa  54.3  0.000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.657492  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1101  TetR family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 188 aa  54.3  0.000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.205673  normal  0.0164026 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1426  transcriptional regulator, TetR family  40.74 
 
 		 190 aa  53.9  0.000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.620095 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47520  putative transcriptional regulator  45.76 
 
 		 197 aa  54.3  0.000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG1181  TetR family transcriptional regulator  28.78 
 
 		 199 aa  53.9  0.000002  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2256  TetR family transcriptional regulator  33.6 
 
 		 207 aa  53.5  0.000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0681818  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1569  putative transcriptional regulator  25.93 
 
 		 212 aa  53.9  0.000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4115  transcriptional regulator, TetR family  29.1 
 
 		 194 aa  53.1  0.000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.1417 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2291  transcriptional regulator, TetR family  26.53 
 
 		 205 aa  53.9  0.000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.857741  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1751  TetR family transcriptional regulator  45.76 
 
 		 206 aa  53.9  0.000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1969  TetR family transcriptional regulator  40 
 
 		 205 aa  53.5  0.000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0320964 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4225  TetR family transcriptional regulator  28.89 
 
 		 244 aa  53.5  0.000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.127157  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6341  TetR family transcriptional regulator  45.76 
 
 		 206 aa  53.9  0.000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0497044  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06672  hypothetical protein  36.67 
 
 		 198 aa  53.9  0.000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1738  TetR family transcriptional regulator  45.76 
 
 		 206 aa  53.9  0.000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11567  transcriptional regulator  27.27 
 
 		 225 aa  53.5  0.000002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3457  TetR family transcriptional regulator  43.64 
 
 		 238 aa  53.9  0.000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2329  TetR family transcriptional regulator  40.32 
 
 		 186 aa  53.5  0.000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000143879 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3938  transcriptional regulator, TetR family  41.38 
 
 		 231 aa  53.1  0.000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.00284915  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1578  regulatory protein TetR  27.83 
 
 		 231 aa  52.8  0.000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.358729  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3443  TetR family transcriptional regulator  50 
 
 		 212 aa  53.1  0.000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.61751 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0806  transcriptional regulator, TetR family  34.65 
 
 		 202 aa  53.1  0.000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.265645  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1428  TetR family transcriptional regulator  44.64 
 
 		 204 aa  52.8  0.000003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.530378  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4897  TetR family transcriptional regulator  43.64 
 
 		 231 aa  52.8  0.000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.043246  normal  0.757086 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2796  TetR family transcriptional regulator  45.1 
 
 		 231 aa  53.1  0.000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.252593 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2740  TetR family transcriptional regulator  47.27 
 
 		 257 aa  53.1  0.000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.933804 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1185  TetR family transcriptional regulator  43.08 
 
 		 223 aa  53.1  0.000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.273145  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0107  TetR family transcriptional regulator  45.1 
 
 		 199 aa  53.1  0.000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.267531  normal  0.797255 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0171  TetR family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 189 aa  52.8  0.000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1404  transcriptional regulator, TetR family  47.92 
 
 		 193 aa  52.8  0.000004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0402  transcriptional regulator, TetR family  45.28 
 
 		 219 aa  52.8  0.000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.67084  normal  0.0771341 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1486  TetR family transcriptional regulator  40 
 
 		 201 aa  52.4  0.000004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.260636  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1015  transcriptional regulator, TetR family  31.68 
 
 		 201 aa  52.8  0.000004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2897  TetR family transcriptional regulator  45.28 
 
 		 194 aa  52.4  0.000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0136  TetR family transcriptional regulator  40 
 
 		 201 aa  52.4  0.000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.563717  normal  0.436061 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2910  TetR family transcriptional regulator  48.28 
 
 		 215 aa  52.8  0.000004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6080  transcriptional regulator, TetR family  25.37 
 
 		 199 aa  52.8  0.000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0944  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  35.71 
 
 		 217 aa  52  0.000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1116  TetR family transcriptional regulator  45.61 
 
 		 209 aa  52.4  0.000005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.863597  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6560  transcriptional regulator, TetR family  35.29 
 
 		 203 aa  52.4  0.000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4587  transcriptional regulator, TetR family  42.86 
 
 		 199 aa  52  0.000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.358268  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2686  regulatory protein TetR  42.19 
 
 		 222 aa  52.4  0.000005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.340781  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2085  transcriptional regulator, TetR family  39.66 
 
 		 210 aa  52  0.000005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2669  transcriptional regulator, TetR family  46.15 
 
 		 226 aa  52  0.000006  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00411812  normal  0.199475 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2781  regulatory protein TetR  41.54 
 
 		 222 aa  52  0.000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.83276  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1602  transcriptional regulator, TetR family  32.05 
 
 		 191 aa  52  0.000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1987  TetR family transcriptional regulator  41.27 
 
 		 211 aa  52  0.000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.15936  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6204  transcriptional regulator, TetR family  40 
 
 		 199 aa  51.6  0.000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.308886  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0824  TetR family transcriptional regulator  44.64 
 
 		 206 aa  51.6  0.000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0444  TetR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 220 aa  51.6  0.000008  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.275459  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0303  TetR family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 228 aa  51.6  0.000008  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.402109  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0925  TetR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 207 aa  51.6  0.000008  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5710  TetR family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 222 aa  51.6  0.000008  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.572132  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4440  transcriptional regulator, TetR family  41.94 
 
 		 220 aa  51.6  0.000008  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6913  putative transcriptional regulator, TetR family  40.32 
 
 		 183 aa  51.6  0.000009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.128918  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0265  TetR family transcriptional regulator  37.74 
 
 		 200 aa  51.2  0.00001  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.00630944 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1941  transcriptional regulator, TetR family  40.35 
 
 		 189 aa  51.2  0.00001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.842083  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2034  TetR family transcriptional regulator  44.23 
 
 		 216 aa  51.2  0.00001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.480509  normal  0.0875613 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1061  transcriptional regulator, TetR family  39.02 
 
 		 196 aa  50.8  0.00001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0250707  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_18080  TetR family transcriptional regulator  25.46 
 
 		 212 aa  50.8  0.00001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1626  TetR family transcriptional regulator  33.72 
 
 		 222 aa  50.8  0.00001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0432632 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3432  TetR family transcriptional regulator  31.93 
 
 		 211 aa  50.8  0.00001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0339823  normal  0.853068 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3129  transcriptional regulator, TetR family  40 
 
 		 191 aa  50.8  0.00001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1293  TetR family transcriptional regulator  25.37 
 
 		 199 aa  51.2  0.00001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2441  TetR family transcriptional regulator  45.83 
 
 		 193 aa  50.8  0.00001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.264842  normal  0.509096 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>