More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_2028 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011071  Smal_1017  alpha amylase catalytic region  64.03 
 
 		 537 aa  721    Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.487933  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2299  alpha amylase catalytic region  71.79 
 
 		 540 aa  834    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.495294  normal  0.823743 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0984  alpha amylase family protein  63.64 
 
 		 538 aa  734    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2213  oligo-1,6-glucosidase  71.97 
 
 		 540 aa  825    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0601  alpha-glucosidase  61.73 
 
 		 540 aa  719    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.642438 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2028  alpha amylase, catalytic region  100 
 
 		 557 aa  1164    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1889  alpha amylase, catalytic region  71.97 
 
 		 541 aa  825    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2133  alpha amylase, catalytic region  71.97 
 
 		 540 aa  827    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2209  alpha amylase, catalytic region  71.97 
 
 		 540 aa  828    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1788  alpha amylase, catalytic region  74.37 
 
 		 544 aa  857    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.606639  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2210  alpha amylase catalytic region  69.69 
 
 		 586 aa  815    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.408019  hitchhiker  0.00161183 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2311  alpha amylase, catalytic region  71.97 
 
 		 540 aa  839    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.679266  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1662  alpha amylase, catalytic region  75.7 
 
 		 544 aa  818    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.723863  normal  0.697753 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2086  alpha amylase catalytic region  71.61 
 
 		 540 aa  832    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4573  hypothetical protein  71.61 
 
 		 540 aa  833    Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2039  alpha amylase catalytic region  71.61 
 
 		 540 aa  832    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.535933  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2287  alpha amylase catalytic region  71.61 
 
 		 540 aa  833    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0261  alpha amylase  57.54 
 
 		 537 aa  630  1e-179  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2088  alpha amylase catalytic region  57.23 
 
 		 541 aa  622  1e-177  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.800572  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3128  alpha amylase, catalytic region  57.7 
 
 		 542 aa  620  1e-176  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.209805  normal  0.0115348 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4341  alpha amylase catalytic region  51.44 
 
 		 539 aa  609  1e-173  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3326  alpha amylase catalytic region  50.99 
 
 		 547 aa  610  1e-173  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2620  alpha amylase catalytic region  53.09 
 
 		 560 aa  607  9.999999999999999e-173  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0416  alpha amylase catalytic region  57.71 
 
 		 557 aa  598  1e-169  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2320  alpha amylase catalytic region  53.89 
 
 		 547 aa  590  1e-167  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.80263 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3300  alpha-glucosidase  51.36 
 
 		 555 aa  589  1e-167  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3325  alpha amylase catalytic region  49.55 
 
 		 556 aa  590  1e-167  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1949  alpha amylase protein  55.38 
 
 		 553 aa  586  1e-166  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.342567  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3304  alpha amylase, catalytic region  53.77 
 
 		 550 aa  580  1e-164  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.251779  normal  0.854548 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3102  alpha amylase catalytic region  51.31 
 
 		 548 aa  578  1.0000000000000001e-163  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.355967  normal  0.289712 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2833  alpha amylase catalytic region  51.87 
 
 		 548 aa  576  1.0000000000000001e-163  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.518671  normal  0.538121 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0295  alpha amylase catalytic region  49.37 
 
 		 551 aa  562  1.0000000000000001e-159  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1649  alpha-glucosidase  52.18 
 
 		 552 aa  563  1.0000000000000001e-159  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.856905  hitchhiker  0.000000195123 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0358  alpha amylase catalytic region  50.89 
 
 		 550 aa  555  1e-157  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.404275 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0390  alpha amylase catalytic region  50.89 
 
 		 550 aa  555  1e-156  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.622906  normal  0.263526 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0788  alpha-glucosidase  51.85 
 
 		 550 aa  551  1e-155  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0021  alpha amylase catalytic region  53.33 
 
 		 530 aa  546  1e-154  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.193993  normal  0.266827 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0029  alpha amylase, catalytic region  49.7 
 
 		 536 aa  540  9.999999999999999e-153  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1370  alpha amylase domain-containing protein  50.48 
 
 		 536 aa  538  1e-151  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0039  alpha amylase, catalytic region  50.48 
 
 		 536 aa  537  1e-151  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4089  alpha amylase catalytic region  49.11 
 
 		 540 aa  520  1e-146  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3112  alpha amylase protein  48.95 
 
 		 535 aa  512  1e-144  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.364914  normal  0.605124 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2736  alpha amylase, catalytic region  48.61 
 
 		 543 aa  504  1e-141  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.70509  normal  0.436177 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1891  alpha amylase, catalytic region  48.7 
 
 		 544 aa  499  1e-140  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.687574  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0184  alpha amylase, catalytic region  47.42 
 
 		 547 aa  483  1e-135  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.341726  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2954  alpha amylase catalytic region  44.75 
 
 		 549 aa  463  1e-129  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0067439 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4891  alpha amylase, catalytic region  43.71 
 
 		 538 aa  426  1e-118  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5242  alpha amylase catalytic region  43.06 
 
 		 538 aa  413  1e-114  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0107  alpha amylase catalytic region  41.28 
 
 		 543 aa  409  1e-113  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0636933  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1475  alpha amylase catalytic region  40.85 
 
 		 553 aa  409  1e-113  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0810  alpha amylase, catalytic region  42.86 
 
 		 540 aa  406  1.0000000000000001e-112  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.553058  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0835  alpha amylase catalytic region  40.75 
 
 		 549 aa  407  1.0000000000000001e-112  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0917  alpha amylase, catalytic region  42.49 
 
 		 542 aa  403  1e-111  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3687  alpha amylase, catalytic region  41.35 
 
 		 540 aa  402  1e-111  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5528  alpha amylase catalytic region  40.19 
 
 		 545 aa  397  1e-109  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.283745  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5769  alpha amylase catalytic region  40 
 
 		 535 aa  395  1e-109  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3169  alpha amylase, catalytic region  42.08 
 
 		 530 aa  389  1e-107  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0307  alpha amylase catalytic subunit  41.99 
 
 		 525 aa  388  1e-106  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4274  alpha amylase catalytic region  41.24 
 
 		 529 aa  387  1e-106  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0921  alpha amylase  40.32 
 
 		 568 aa  385  1e-105  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0194055 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1931  alpha amylase, catalytic region  40.23 
 
 		 541 aa  379  1e-104  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.126366  normal  0.0171494 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0777  alpha amylase catalytic region  39.12 
 
 		 532 aa  377  1e-103  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.876516  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5238  alpha amylase catalytic region  39.76 
 
 		 524 aa  379  1e-103  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0394755 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0672  alpha amylase, catalytic region  39.53 
 
 		 533 aa  377  1e-103  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.227468 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3863  alpha amylase catalytic region  40.04 
 
 		 541 aa  375  1e-103  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00249861  normal  0.684332 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1969  alpha amylase catalytic region  39.69 
 
 		 536 aa  375  1e-102  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.786718  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5268  alpha amylase catalytic region  40.56 
 
 		 540 aa  372  1e-102  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0942  oligo-1,6-glucosidase, putative  38.68 
 
 		 539 aa  370  1e-101  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2294  Alpha amylase, catalytic region  41.6 
 
 		 542 aa  371  1e-101  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.960991  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3077  alpha amylase catalytic region  39.76 
 
 		 535 aa  366  1e-100  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0346516 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2303  alpha amylase catalytic region  42.11 
 
 		 448 aa  365  2e-99  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.190789 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0226  alpha amylase catalytic region  40 
 
 		 537 aa  359  8e-98  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.547651 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0356  alpha amylase, catalytic region  36.65 
 
 		 564 aa  357  2.9999999999999997e-97  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.171609  normal  0.628947 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1988  alpha amylase catalytic region  40.51 
 
 		 546 aa  356  5.999999999999999e-97  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3310  alpha amylase, catalytic region  36.16 
 
 		 575 aa  354  2.9999999999999997e-96  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1595  alpha amylase catalytic region  38.06 
 
 		 528 aa  351  2e-95  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0451037 
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3898  alpha amylase catalytic region  39.84 
 
 		 526 aa  348  2e-94  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.237178 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1621  alpha,alpha-phosphotrehalase  36.41 
 
 		 563 aa  344  2e-93  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.459004  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4167  alpha amylase catalytic region  37.27 
 
 		 574 aa  345  2e-93  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.718668  hitchhiker  0.00459901 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0601  alpha amylase catalytic region  38.3 
 
 		 554 aa  338  1.9999999999999998e-91  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000000199149  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01206  hypothetical protein  37.66 
 
 		 561 aa  337  2.9999999999999997e-91  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1251  Alpha amylase, catalytic region  36.36 
 
 		 561 aa  336  7.999999999999999e-91  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004234  trehalose-6-phosphate hydrolase  37.43 
 
 		 561 aa  335  1e-90  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0161937  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09460  alpha amylase catalytic region  35.93 
 
 		 563 aa  333  4e-90  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0188478  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2553  alpha,alpha-phosphotrehalase  35.35 
 
 		 563 aa  333  6e-90  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1406  alpha amylase catalytic region  37.25 
 
 		 555 aa  331  2e-89  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0526  alpha amylase catalytic region  34.72 
 
 		 562 aa  331  2e-89  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0828  trehalose-6-phosphate hydrolase  37.01 
 
 		 556 aa  328  2.0000000000000001e-88  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.0959378  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7974  alpha amylase catalytic region  35.41 
 
 		 547 aa  328  2.0000000000000001e-88  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0354  alpha amylase catalytic region  35.48 
 
 		 554 aa  325  1e-87  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4140  oligo-1,6-glucosidase  34.66 
 
 		 558 aa  324  2e-87  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000871956  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4034  oligo-1,6-glucosidase  34.3 
 
 		 558 aa  323  4e-87  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2302  alpha amylase catalytic region  35.69 
 
 		 518 aa  323  4e-87  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4121  oligo-1,6-glucosidase  34.55 
 
 		 558 aa  322  9.999999999999999e-87  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00158128  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3924  oligo-1,6-glucosidase  34.12 
 
 		 558 aa  322  9.999999999999999e-87  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.12031  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3756  oligo-1,6-glucosidase  34.12 
 
 		 558 aa  322  9.999999999999999e-87  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000260004  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1118  oligo-1,6-glucosidase  34.66 
 
 		 558 aa  322  9.999999999999999e-87  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00264328  normal  0.397885 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4231  oligo-1,6-glucosidase  34.12 
 
 		 558 aa  322  9.999999999999999e-87  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.24722  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0523  trehalose-6-phosphate hydrolase  35.96 
 
 		 560 aa  321  1.9999999999999998e-86  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0352  alpha amylase catalytic region  35.92 
 
 		 554 aa  321  1.9999999999999998e-86  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00857994  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>