More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_1245 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008700  Sama_1245  histone deacetylase/AcuC/AphA family protein  100 
 
 		 305 aa  619  1e-176  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000118499 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1815  histone deacetylase/AcuC/AphA family protein  62.33 
 
 		 304 aa  383  1e-105  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2474  histone deacetylase superfamily protein  60.67 
 
 		 300 aa  380  1e-104  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00188397 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2542  histone deacetylase superfamily protein  61 
 
 		 300 aa  380  1e-104  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00205391 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1625  histone deacetylase superfamily protein  59.67 
 
 		 302 aa  374  1e-102  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1614  histone deacetylase superfamily protein  59 
 
 		 302 aa  370  1e-101  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1648  histone deacetylase superfamily protein  59 
 
 		 302 aa  370  1e-101  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.265493 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2634  histone deacetylase superfamily protein  60 
 
 		 300 aa  369  1e-101  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00803062 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2729  histone deacetylase superfamily  58.33 
 
 		 302 aa  366  1e-100  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00182123 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2660  histone deacetylase superfamily protein  53.97 
 
 		 304 aa  351  1e-95  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2634  histone deacetylase superfamily protein  55.18 
 
 		 307 aa  344  1e-93  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2487  histone deacetylase superfamily protein  52 
 
 		 300 aa  325  5e-88  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.60651  normal  0.017573 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03035  hypothetical protein  48.86 
 
 		 307 aa  322  5e-87  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002921  histone deacetylase/AcuC/AphA family protein  48.69 
 
 		 307 aa  321  9.999999999999999e-87  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0998  hypothetical protein  51.86 
 
 		 300 aa  314  9.999999999999999e-85  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3900  histone deacetylase superfamily protein  48.17 
 
 		 305 aa  304  1.0000000000000001e-81  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0191811 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4295  histone deacetylase superfamily protein  47.67 
 
 		 305 aa  298  7e-80  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.331272  normal  0.7959 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3722  histone deacetylase superfamily protein  49.16 
 
 		 306 aa  294  1e-78  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1629  histone deacetylase/AcuC/AphA family protein  48.17 
 
 		 306 aa  293  2e-78  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000111374  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4662  histone deacetylase family protein  46.33 
 
 		 305 aa  290  2e-77  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3373  histone deacetylase family protein  47.64 
 
 		 300 aa  289  3e-77  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0543734  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0656  histone deacetylase superfamily protein  46.98 
 
 		 304 aa  284  2.0000000000000002e-75  Pseudomonas putida W619  Bacteria  unclonable  0.000000000855576  normal  0.416487 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10030  histone deacetylase superfamily  46.33 
 
 		 316 aa  283  3.0000000000000004e-75  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0971633  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4918  histone deacetylase superfamily protein  44.67 
 
 		 306 aa  282  5.000000000000001e-75  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  unclonable  0.000000000000273279  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4777  histone deacetylase superfamily protein  46.31 
 
 		 304 aa  282  5.000000000000001e-75  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000599986  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2905  histone deacetylase superfamily protein  44.52 
 
 		 308 aa  280  3e-74  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.681424  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4764  histone deacetylase superfamily  45.97 
 
 		 304 aa  279  4e-74  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  unclonable  0.0000188722  decreased coverage  0.000868257 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4639  histone deacetylase superfamily protein  45.97 
 
 		 317 aa  279  4e-74  Pseudomonas putida F1  Bacteria  unclonable  0.0000000000315852  hitchhiker  0.00689363 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1393  histone deacetylase/AcuC/AphA family protein-like  46.33 
 
 		 304 aa  270  2e-71  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.194758  normal  0.700999 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1162  histone deacetylase superfamily protein  46.13 
 
 		 306 aa  269  4e-71  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2562  Histone deacetylase  45.82 
 
 		 305 aa  267  2e-70  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.432751 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3551  histone deacetylase superfamily  45.82 
 
 		 305 aa  266  2.9999999999999995e-70  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1532  histone deacetylase superfamily  46.67 
 
 		 304 aa  263  2e-69  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2706  histone deacetylase superfamily  47.16 
 
 		 305 aa  262  6e-69  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.000210159  unclonable  0.000000000120446 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3192  histone deacetylase superfamily protein  45.67 
 
 		 305 aa  261  1e-68  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00911775  hitchhiker  0.000717233 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1827  histone deacetylase superfamily protein  43.81 
 
 		 303 aa  255  6e-67  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009369  OSTLU_40681  predicted protein  43.38 
 
 		 323 aa  249  3e-65  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  hitchhiker  0.000252385  normal  0.188986 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0050  histone deacetylase superfamily protein  44.67 
 
 		 306 aa  246  4.9999999999999997e-64  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0204903  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1459  putative histone deacetylase/AcuC/AphA family protein  45.12 
 
 		 305 aa  244  9.999999999999999e-64  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6387  histone deacetylase superfamily protein  42.67 
 
 		 298 aa  240  2e-62  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  decreased coverage  0.006244  normal  0.830145 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0726  histone deacetylase superfamily  44.93 
 
 		 297 aa  238  5.999999999999999e-62  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3915  histone deacetylase superfamily protein  43.33 
 
 		 315 aa  236  3e-61  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1764  putative histone deacetylase/AcuC/AphA family protein  45.12 
 
 		 316 aa  235  7e-61  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.0823367 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0713  histone deacetylase superfamily protein  43.73 
 
 		 308 aa  235  7e-61  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.50552  normal  0.260718 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02968  histone deacetylase family protein  52.02 
 
 		 224 aa  234  1.0000000000000001e-60  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.510136  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2377  histone deacetylase superfamily protein  42.18 
 
 		 300 aa  232  5e-60  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.018  normal  0.544894 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4892  histone deacetylase superfamily protein  41.14 
 
 		 305 aa  232  7.000000000000001e-60  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0686  histone deacetylase superfamily  43.15 
 
 		 294 aa  231  1e-59  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.611894 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2483  Histone deacetylase  38.59 
 
 		 300 aa  230  2e-59  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.557385  normal  0.140117 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1601  histone deacetylase superfamily  40.27 
 
 		 299 aa  228  8e-59  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2789  histone deacetylase superfamily protein  42.23 
 
 		 298 aa  224  2e-57  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011671  PHATR_4821  predicted protein  39.69 
 
 		 324 aa  224  2e-57  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6780  histone deacetylase superfamily  44.85 
 
 		 298 aa  223  4.9999999999999996e-57  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2066  deacetylase  39.46 
 
 		 299 aa  221  9e-57  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.288592  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1584  histone deacetylase superfamily protein  40.47 
 
 		 298 aa  220  1.9999999999999999e-56  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3448  histone deacetylase superfamily protein  41.58 
 
 		 297 aa  218  1e-55  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.509704 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04120  Histone deacetylase superfamily protein  36.67 
 
 		 299 aa  216  2.9999999999999998e-55  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0413564  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2469  Histone deacetylase  43.11 
 
 		 305 aa  216  4e-55  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1201  histone deacetylase superfamily protein  39.26 
 
 		 323 aa  215  8e-55  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.0000000329608  normal  0.582651 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1768  Histone deacetylase  38.87 
 
 		 311 aa  212  5.999999999999999e-54  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.70732  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1507  hypothetical protein  41.05 
 
 		 324 aa  212  7e-54  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  hitchhiker  0.0000688301  normal  0.246857 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2162  histone deacetylase superfamily protein  37.72 
 
 		 302 aa  212  7e-54  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1991  histone deacetylase superfamily protein  42.2 
 
 		 318 aa  207  2e-52  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000158404 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6866  histone deacetylase superfamily  37.41 
 
 		 299 aa  206  3e-52  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.859971  normal  0.144342 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1529  histone deacetylase superfamily protein  40.73 
 
 		 299 aa  206  3e-52  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.188503  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3030  Histone deacetylase  38.38 
 
 		 299 aa  206  3e-52  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.894119  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1613  histone deacetylase superfamily  38.64 
 
 		 335 aa  205  7e-52  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  hitchhiker  0.000964161  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3902  histone deacetylase superfamily protein  35.93 
 
 		 357 aa  204  1e-51  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  decreased coverage  0.000000251706  normal  0.03889 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1941  histone deacetylase superfamily  38.19 
 
 		 334 aa  204  1e-51  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  0.00172119  hitchhiker  0.00484876 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1152  histone deacetylase superfamily protein  39.27 
 
 		 301 aa  204  1e-51  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0905584  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0323  deacetylase  34.67 
 
 		 300 aa  200  3e-50  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1393  histone deacetylase superfamily  39.6 
 
 		 299 aa  197  1.0000000000000001e-49  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1606  hypothetical protein  40.35 
 
 		 323 aa  196  3e-49  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00000378797  normal  0.732235 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2116  histone deacetylase superfamily protein  34.33 
 
 		 305 aa  195  8.000000000000001e-49  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3500  Histone deacetylase  38.57 
 
 		 311 aa  192  6e-48  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2043  Histone deacetylase  34.47 
 
 		 299 aa  190  2.9999999999999997e-47  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0169314  hitchhiker  0.0046378 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3087  histone deacetylase superfamily protein  37.91 
 
 		 337 aa  185  7e-46  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00000151146  normal  0.0282587 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2506  histone deacetylase superfamily  35.4 
 
 		 296 aa  182  6e-45  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1420  histone deacetylase superfamily protein  36.11 
 
 		 306 aa  180  2.9999999999999997e-44  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.0496164 
 
 
-
 
NC_009369  OSTLU_40492  predicted protein  35.1 
 
 		 350 aa  179  4.999999999999999e-44  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.0423597 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1613  histone deacetylase superfamily protein  37.13 
 
 		 333 aa  178  1e-43  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  unclonable  0.000000152208  normal  1 
 
 
-
 
NC_011669  PHATRDRAFT_9278  predicted protein  35.59 
 
 		 294 aa  176  6e-43  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0533  histone deacetylase superfamily protein  31.06 
 
 		 348 aa  116  5e-25  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  0.072372 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0834  histone deacetylase superfamily  29.9 
 
 		 378 aa  114  2.0000000000000002e-24  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3565  Histone deacetylase  31.28 
 
 		 393 aa  112  1.0000000000000001e-23  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0963  Histone deacetylase  29.8 
 
 		 378 aa  108  8.000000000000001e-23  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.469516  normal  0.273215 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0112  histone deacetylase superfamily  31.79 
 
 		 378 aa  108  1e-22  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.833129  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1212  histone deacetylase superfamily  32.96 
 
 		 306 aa  105  1e-21  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1012  Histone deacetylase  27.92 
 
 		 351 aa  103  2e-21  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2162  histone deacetylase superfamily  34.83 
 
 		 404 aa  102  9e-21  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.654849  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3345  histone deacetylase superfamily protein  32.46 
 
 		 407 aa  100  2e-20  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0246  histone deacetylase superfamily protein  31.25 
 
 		 392 aa  101  2e-20  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0467298  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3268  histone deacetylase superfamily  32.79 
 
 		 411 aa  100  3e-20  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0684517  normal  0.0460373 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0109  histone deacetylase superfamily  28.26 
 
 		 334 aa  100  3e-20  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  0.39401 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1739  histone deacetylase superfamily protein  29.14 
 
 		 385 aa  100  4e-20  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.558289 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1825  histone deacetylase superfamily protein  29.18 
 
 		 389 aa  99.4  7e-20  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  decreased coverage  0.0000197961  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1790  histone deacetylase superfamily protein  29.18 
 
 		 389 aa  99.4  7e-20  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.252673  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1461  histone deacetylase superfamily protein  31.3 
 
 		 393 aa  99  9e-20  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.111852  normal  0.224977 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2732  histone deacetylase superfamily  30 
 
 		 396 aa  98.2  1e-19  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3143  histone deacetylase superfamily  31.56 
 
 		 403 aa  98.2  1e-19  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.170732 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>