More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_0673 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008700  Sama_0673  multidrug resistance protein  100 
 
 		 354 aa  711    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1351  putative multidrug resistance protein precursor  37.39 
 
 		 357 aa  218  1e-55  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4143  RND family efflux transporter MFP subunit  37.75 
 
 		 343 aa  207  2e-52  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.478516 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01875  hypothetical protein  38.08 
 
 		 343 aa  199  3.9999999999999996e-50  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1280  putative multidrug resistance protein  36.2 
 
 		 343 aa  194  1e-48  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003811  membrane-fusion protein  34.39 
 
 		 343 aa  188  1e-46  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1511  secretion protein HlyD  36.34 
 
 		 357 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0630  RND family efflux transporter MFP subunit  34.59 
 
 		 364 aa  175  9.999999999999999e-43  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02529  putative multidrug resistance protein (substrate binding lipoprotein)  34.88 
 
 		 403 aa  174  1.9999999999999998e-42  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3664  RND family efflux transporter MFP subunit  33.33 
 
 		 370 aa  174  1.9999999999999998e-42  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2871  RND family efflux transporter MFP subunit  33.02 
 
 		 357 aa  172  7.999999999999999e-42  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05965  hypothetical protein  32.41 
 
 		 357 aa  169  6e-41  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3401  RND family efflux transporter MFP subunit  32.46 
 
 		 360 aa  167  4e-40  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.392528  hitchhiker  0.00103818 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4314  RND family efflux transporter MFP subunit  34.08 
 
 		 360 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.00180968  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0551  RND family efflux transporter MFP subunit  32.46 
 
 		 360 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.139954 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3571  RND family efflux transporter MFP subunit  32.19 
 
 		 360 aa  162  6e-39  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.239658  normal  0.276589 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1730  RND family efflux transporter MFP subunit  31.64 
 
 		 368 aa  162  7e-39  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.674972  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1279  HlyD family secretion protein  36.2 
 
 		 359 aa  161  1e-38  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0671  secretion protein HlyD  32.96 
 
 		 432 aa  160  2e-38  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3695  RND family efflux transporter MFP subunit  33.13 
 
 		 360 aa  160  3e-38  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.101272  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1352  organic solvent efflux pump precursor (periplasmic linker protein component)  34.31 
 
 		 359 aa  159  6e-38  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.896212  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1435  RND family efflux transporter MFP subunit  35.44 
 
 		 359 aa  159  6e-38  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0467  RND family efflux transporter MFP subunit  32.38 
 
 		 360 aa  159  8e-38  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.949455  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0697  RND family efflux transporter MFP subunit  32.27 
 
 		 359 aa  158  1e-37  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000228  membrane-fusion protein  30.45 
 
 		 357 aa  157  2e-37  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1418  RND family efflux transporter MFP subunit  32.64 
 
 		 384 aa  157  3e-37  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.267918  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0641  RND family efflux transporter MFP subunit  31.12 
 
 		 360 aa  156  5.0000000000000005e-37  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0664  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.12 
 
 		 360 aa  156  5.0000000000000005e-37  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3712  RND family efflux transporter MFP subunit  31.23 
 
 		 367 aa  153  2.9999999999999998e-36  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.975013  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0668  RND family efflux transporter MFP subunit  30.68 
 
 		 360 aa  153  5e-36  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1916  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.06 
 
 		 388 aa  150  2e-35  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.631291  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2567  RND family efflux transporter MFP subunit  31.27 
 
 		 331 aa  147  3e-34  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.17029 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003810  linker protein putative  32.58 
 
 		 365 aa  145  1e-33  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3992  RND efflux system membrane fusion protein  31.2 
 
 		 366 aa  145  1e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4144  RND family efflux transporter MFP subunit  33.44 
 
 		 365 aa  142  7e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.473768 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3643  RND family efflux transporter MFP subunit  30.08 
 
 		 360 aa  137  3.0000000000000003e-31  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3513  RND family efflux transporter MFP subunit  30.08 
 
 		 360 aa  137  3.0000000000000003e-31  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0849  RND family efflux transporter MFP subunit  30.08 
 
 		 360 aa  137  3.0000000000000003e-31  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.880012  normal  0.445386 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000227  periplasmic linker protein  30.48 
 
 		 353 aa  132  6e-30  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0056  secretion protein HlyD  28.07 
 
 		 354 aa  131  2.0000000000000002e-29  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01876  hypothetical protein  29.97 
 
 		 359 aa  131  2.0000000000000002e-29  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0034  secretion protein, HlyD family  28.61 
 
 		 369 aa  127  4.0000000000000003e-28  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0674  periplasmic linker protein  31.71 
 
 		 358 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1510  secretion protein HlyD  28.9 
 
 		 357 aa  119  9e-26  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1354  HlyD family secretion protein  27.27 
 
 		 364 aa  119  9e-26  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000000000336467  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0793  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.33 
 
 		 390 aa  118  9.999999999999999e-26  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3848  RND family efflux transporter MFP subunit  27.3 
 
 		 361 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.918542  normal  0.711455 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2562  RND family efflux transporter MFP subunit  28.43 
 
 		 389 aa  114  3e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.718255  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5211  HlyD family secretion protein  31.36 
 
 		 358 aa  113  4.0000000000000004e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02664  putative multidrug resistance protein (substrate binding lipoprotein)  26.73 
 
 		 359 aa  112  1.0000000000000001e-23  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0150101  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0630  secretion protein HlyD  26.87 
 
 		 357 aa  112  1.0000000000000001e-23  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0232449  normal  0.116732 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1715  acriflavin resistance periplasmic protein  28.44 
 
 		 357 aa  110  4.0000000000000004e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000921401  normal  0.0591325 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3214  putative efflux protein  28.72 
 
 		 367 aa  110  5e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3130  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.58 
 
 		 377 aa  109  8.000000000000001e-23  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.645496  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2557  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.73 
 
 		 356 aa  107  3e-22  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.000000027885  normal  0.211023 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1316  secretion protein HlyD  31 
 
 		 501 aa  105  1e-21  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6340  secretion protein HlyD  29.53 
 
 		 369 aa  105  2e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.900675  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1752  RND family efflux transporter MFP subunit  28.49 
 
 		 369 aa  105  2e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1739  RND family efflux transporter MFP subunit  29.53 
 
 		 369 aa  105  2e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.357806  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2715  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.86 
 
 		 366 aa  103  3e-21  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.37732  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2293  RND family efflux transporter MFP subunit  29.41 
 
 		 371 aa  102  8e-21  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1613  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.21 
 
 		 469 aa  102  8e-21  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1660  RND family efflux transporter MFP subunit  30.42 
 
 		 361 aa  102  8e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3758  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.76 
 
 		 379 aa  102  1e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2870  RND family efflux transporter MFP subunit  29.06 
 
 		 351 aa  101  2e-20  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.551784  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1660  RND family efflux transporter MFP subunit  28.81 
 
 		 369 aa  101  2e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0730  RND family efflux transporter MFP subunit  32.33 
 
 		 350 aa  100  4e-20  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.13685  normal  0.700394 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1462  RND efflux membrane fusion protein precursor  28.03 
 
 		 367 aa  99.8  6e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16800  putative efflux transmembrane protein  28.03 
 
 		 367 aa  99.4  8e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0868415  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2690  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.55 
 
 		 360 aa  99.4  8e-20  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0139  secretion protein HlyD  28.21 
 
 		 356 aa  99.4  8e-20  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5035  HlyD family secretion protein  29.73 
 
 		 396 aa  99  1e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.611497 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0706  secretion protein HlyD  28.37 
 
 		 366 aa  97.8  2e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000331728  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3002  membrane-fusion protein, component of multidrug efflux system  30.03 
 
 		 367 aa  98.6  2e-19  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2426  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.92 
 
 		 365 aa  98.2  2e-19  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.54628  hitchhiker  0.0000000883837 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5087  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.98 
 
 		 357 aa  98.2  2e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.156095  normal  0.0832308 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1462  RND family efflux transporter MFP subunit  29.31 
 
 		 418 aa  97.8  2e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1520  RND family efflux transporter MFP subunit  28.97 
 
 		 370 aa  97.4  3e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.289277 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1206  RND family efflux transporter MFP subunit  29.86 
 
 		 385 aa  97.1  5e-19  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.427148 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4943  RND efflux membrane fusion protein precursor  29.27 
 
 		 375 aa  96.7  5e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3223  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.09 
 
 		 381 aa  96.7  6e-19  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0916  HlyD family secretion protein  25.7 
 
 		 372 aa  96.7  6e-19  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0859  HlyD family secretion protein  25.7 
 
 		 372 aa  96.3  6e-19  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.585057  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0753  secretion protein HlyD  29.47 
 
 		 370 aa  96.7  6e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2115  RND family efflux transporter MFP subunit  26.15 
 
 		 358 aa  96.7  6e-19  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.243289  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0110  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.9 
 
 		 360 aa  96.3  7e-19  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0109  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.9 
 
 		 360 aa  96.3  7e-19  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1125  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30 
 
 		 417 aa  96.3  7e-19  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0255605  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3300  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.44 
 
 		 395 aa  94.7  2e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.512251  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1079  secretion protein HlyD  28.98 
 
 		 366 aa  94.7  2e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.984606 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3495  RND family efflux transporter MFP subunit  27.92 
 
 		 365 aa  95.1  2e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2814  RND family efflux transporter MFP subunit  29.13 
 
 		 370 aa  94  3e-18  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1861  RND family efflux transporter MFP subunit  27.8 
 
 		 370 aa  94  3e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.680929  hitchhiker  0.00126667 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2117  RND family efflux transporter MFP subunit  27.8 
 
 		 370 aa  94  3e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00784562 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0746  AcrA/E family efflux transporter MFP subunit  28.32 
 
 		 366 aa  93.6  5e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.339879  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1423  RND family mulitdrug efflux protein  28.89 
 
 		 371 aa  93.6  5e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.427177  normal  0.182381 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1916  putative efflux protein  27.6 
 
 		 370 aa  93.6  5e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.164957 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2234  RND family efflux transporter MFP subunit  28.78 
 
 		 407 aa  93.2  6e-18  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.282252  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0235  RND efflux membrane fusion protein precursor  28.9 
 
 		 356 aa  92.8  9e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1122  RND family efflux transporter MFP subunit  29.52 
 
 		 366 aa  92  1e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>