More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sala_2853 on replicon NC_008048
Organism: Sphingopyxis alaskensis RB2256



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008048  Sala_2853  tRNA modification GTPase TrmE  100 
 
 		 419 aa  802    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0789426 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0137  tRNA modification GTPase TrmE  56.21 
 
 		 437 aa  388  1e-106  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2845  tRNA modification GTPase TrmE  55.79 
 
 		 440 aa  334  2e-90  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0598385 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1833  tRNA modification GTPase TrmE  51.54 
 
 		 431 aa  312  7.999999999999999e-84  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0890064  normal  0.0768704 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1284  tRNA modification GTPase TrmE  49.53 
 
 		 451 aa  311  1e-83  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3205  tRNA modification GTPase TrmE  46.14 
 
 		 440 aa  305  8.000000000000001e-82  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1411  tRNA modification GTPase TrmE  48.72 
 
 		 437 aa  299  6e-80  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.03827 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3472  tRNA modification GTPase TrmE  45.07 
 
 		 442 aa  290  3e-77  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3931  tRNA modification GTPase TrmE  42.62 
 
 		 437 aa  290  4e-77  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.45905 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1580  tRNA modification GTPase TrmE  47.9 
 
 		 444 aa  286  7e-76  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.183316 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0098  tRNA modification GTPase TrmE  44.42 
 
 		 456 aa  285  1.0000000000000001e-75  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.0727899 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0858  tRNA modification GTPase TrmE  43.82 
 
 		 442 aa  284  2.0000000000000002e-75  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4390  tRNA modification GTPase TrmE  41 
 
 		 436 aa  283  3.0000000000000004e-75  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0164  tRNA modification GTPase TrmE  43.81 
 
 		 445 aa  283  3.0000000000000004e-75  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.364073  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2587  tRNA modification GTPase TrmE  44.91 
 
 		 448 aa  283  4.0000000000000003e-75  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.147171 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1940  tRNA modification GTPase TrmE  46.48 
 
 		 435 aa  282  1e-74  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.704243  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0297  tRNA modification GTPase TrmE  44 
 
 		 441 aa  279  5e-74  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1859  tRNA modification GTPase TrmE  47.66 
 
 		 444 aa  276  6e-73  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.517365 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0392  tRNA modification GTPase TrmE  44.24 
 
 		 460 aa  276  7e-73  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.379406 
 
 
-
 
NC_004310  BR2062  tRNA modification GTPase TrmE  43.12 
 
 		 442 aa  273  3e-72  Brucella suis 1330  Bacteria  decreased coverage  0.00847213  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1029  tRNA modification GTPase TrmE  47.55 
 
 		 434 aa  273  4.0000000000000004e-72  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.111023  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0429  tRNA modification GTPase TrmE  43.27 
 
 		 462 aa  272  7e-72  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1658  tRNA modification GTPase TrmE  47.78 
 
 		 444 aa  272  8.000000000000001e-72  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.844134  normal  0.296272 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1982  tRNA modification GTPase TrmE  43.12 
 
 		 442 aa  271  1e-71  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.535641  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4081  tRNA modification GTPase TrmE  47.55 
 
 		 441 aa  269  5.9999999999999995e-71  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0162579 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0291  tRNA modification GTPase TrmE  42.96 
 
 		 449 aa  269  8.999999999999999e-71  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3454  tRNA modification GTPase TrmE  42.82 
 
 		 429 aa  268  2e-70  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1272  tRNA modification GTPase TrmE  45.05 
 
 		 438 aa  267  2.9999999999999995e-70  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.803467 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2407  tRNA modification GTPase TrmE  46.54 
 
 		 433 aa  266  4e-70  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4257  tRNA modification GTPase TrmE  42.15 
 
 		 437 aa  266  5e-70  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.910878 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2964  tRNA modification GTPase TrmE  43.55 
 
 		 438 aa  261  2e-68  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0106  tRNA modification GTPase TrmE  41.76 
 
 		 457 aa  259  6e-68  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.446893  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_5023  tRNA modification GTPase TrmE  43.64 
 
 		 447 aa  259  7e-68  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0584026  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0010  tRNA modification GTPase TrmE  41.12 
 
 		 435 aa  258  1e-67  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.00000341639  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3624  tRNA modification GTPase TrmE  43.68 
 
 		 455 aa  258  2e-67  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.473452  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2891  tRNA modification GTPase TrmE  44.44 
 
 		 428 aa  246  4e-64  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1230  tRNA modification GTPase TrmE  44.21 
 
 		 428 aa  246  6e-64  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2667  tRNA modification GTPase TrmE  42.69 
 
 		 428 aa  243  3.9999999999999997e-63  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0398705  normal  0.380735 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4177  tRNA modification GTPase TrmE  38.88 
 
 		 467 aa  236  7e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.357651  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4234  tRNA modification GTPase TrmE  38.88 
 
 		 467 aa  236  7e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4070  tRNA modification GTPase TrmE  38.88 
 
 		 467 aa  236  7e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.125734  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4127  tRNA modification GTPase TrmE  38.88 
 
 		 454 aa  235  8e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.357729  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4055  tRNA modification GTPase TrmE  38.88 
 
 		 454 aa  235  8e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.765231  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0003  tRNA modification GTPase TrmE  41.65 
 
 		 419 aa  235  9e-61  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.398511  normal  0.940122 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4615  tRNA modification GTPase TrmE  38.24 
 
 		 454 aa  233  3e-60  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.394021  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5136  tRNA modification GTPase TrmE  38.83 
 
 		 454 aa  233  4.0000000000000004e-60  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.041745  normal  0.0619684 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4260  tRNA modification GTPase TrmE  38.83 
 
 		 454 aa  233  5e-60  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6055  tRNA modification GTPase TrmE  38.16 
 
 		 473 aa  233  5e-60  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4288  tRNA modification GTPase TrmE  38.83 
 
 		 454 aa  233  5e-60  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4219  tRNA modification GTPase TrmE  38.83 
 
 		 454 aa  233  5e-60  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.99545  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4073  tRNA modification GTPase TrmE  38.83 
 
 		 454 aa  233  5e-60  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.420944  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4148  tRNA modification GTPase TrmE  38.1 
 
 		 454 aa  233  6e-60  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.421634  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5298  tRNA modification GTPase TrmE  39.43 
 
 		 471 aa  233  7.000000000000001e-60  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.414752  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0027  tRNA modification GTPase TrmE  39.18 
 
 		 454 aa  233  7.000000000000001e-60  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.151422 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4263  tRNA modification GTPase TrmE  39.28 
 
 		 454 aa  232  8.000000000000001e-60  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.226045  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4292  tRNA modification GTPase TrmE  38.27 
 
 		 454 aa  232  8.000000000000001e-60  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.10556  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3456  tRNA modification GTPase TrmE  37.12 
 
 		 475 aa  232  9e-60  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03590  tRNA modification GTPase  38.6 
 
 		 454 aa  231  2e-59  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0005  tRNA modification GTPase TrmE  38.34 
 
 		 481 aa  231  2e-59  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.75194  normal  0.209412 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3920  tRNA modification GTPase TrmE  38.6 
 
 		 454 aa  231  2e-59  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.189642  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3610  tRNA modification GTPase TrmE  36.82 
 
 		 475 aa  231  2e-59  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03534  hypothetical protein  38.6 
 
 		 454 aa  231  2e-59  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.948294  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4245  tRNA modification GTPase TrmE  38.78 
 
 		 454 aa  230  3e-59  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00411948  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4183  tRNA modification GTPase TrmE  38.78 
 
 		 454 aa  230  3e-59  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000380111  normal  0.0649437 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4158  tRNA modification GTPase TrmE  38.55 
 
 		 454 aa  229  8e-59  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000196641  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4216  tRNA modification GTPase TrmE  38.37 
 
 		 454 aa  228  2e-58  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.021791  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2929  tRNA modification GTPase TrmE  37.13 
 
 		 446 aa  226  5.0000000000000005e-58  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4791  tRNA modification GTPase TrmE  38.63 
 
 		 482 aa  226  6e-58  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2515  tRNA modification GTPase TrmE  36.57 
 
 		 464 aa  226  6e-58  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000310293  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3612  tRNA modification GTPase TrmE  35.59 
 
 		 455 aa  226  7e-58  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009042  PICST_56161  predicted protein  32.9 
 
 		 478 aa  224  2e-57  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp3073  tRNA modification GTPase TrmE  37.02 
 
 		 446 aa  224  3e-57  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3755  tRNA modification GTPase TrmE  38.57 
 
 		 481 aa  223  3e-57  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4138  tRNA modification GTPase TrmE  38.62 
 
 		 486 aa  224  3e-57  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.619376  normal  0.415942 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_4034  tRNA modification GTPase TrmE  38.18 
 
 		 453 aa  223  4e-57  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.461545  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0008  tRNA modification GTPase TrmE  35.54 
 
 		 453 aa  223  4e-57  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.185087  hitchhiker  0.000721309 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0001  tRNA modification GTPase TrmE  35.08 
 
 		 453 aa  223  7e-57  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.201746  hitchhiker  0.00000000323985 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3865  tRNA modification GTPase TrmE  34.98 
 
 		 453 aa  223  7e-57  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000363316 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3456  tRNA modification GTPase TrmE  38.57 
 
 		 481 aa  222  8e-57  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4062  tRNA modification GTPase TrmE  35.23 
 
 		 453 aa  221  9.999999999999999e-57  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.112278  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2195  tRNA modification GTPase TrmE  36.16 
 
 		 475 aa  221  1.9999999999999999e-56  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0132  tRNA modification GTPase TrmE  36.04 
 
 		 452 aa  221  1.9999999999999999e-56  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.849325  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_4031  tRNA modification GTPase TrmE  34.85 
 
 		 453 aa  221  1.9999999999999999e-56  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.608873  hitchhiker  0.001302 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0003  tRNA modification GTPase TrmE  34.85 
 
 		 457 aa  220  3e-56  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0005  tRNA modification GTPase TrmE  34.85 
 
 		 453 aa  221  3e-56  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.135343  hitchhiker  0.00000014804 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3939  tRNA modification GTPase TrmE  34.85 
 
 		 453 aa  220  3e-56  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000114268 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4256  tRNA modification GTPase TrmE  34.4 
 
 		 453 aa  220  3.9999999999999997e-56  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.257081  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4378  tRNA modification GTPase TrmE  35.15 
 
 		 453 aa  220  3.9999999999999997e-56  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0292979  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4112  tRNA modification GTPase TrmE  37.69 
 
 		 478 aa  220  3.9999999999999997e-56  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.712648  normal  0.105122 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2757  tRNA modification GTPase TrmE  36.81 
 
 		 446 aa  220  3.9999999999999997e-56  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4520  tRNA modification GTPase TrmE  35.15 
 
 		 453 aa  219  6e-56  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.30842  hitchhiker  0.000795549 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4928  tRNA modification GTPase TrmE  34.68 
 
 		 453 aa  219  7.999999999999999e-56  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0035842  hitchhiker  0.00000248868 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_4001  tRNA modification GTPase TrmE  34.85 
 
 		 453 aa  218  1e-55  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.73411  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA3038  tRNA modification GTPase TrmE  36.84 
 
 		 448 aa  218  2e-55  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.38062  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4379  tRNA modification GTPase TrmE  34.69 
 
 		 479 aa  218  2e-55  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000434128  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4324  tRNA modification GTPase TrmE  34.69 
 
 		 453 aa  218  2e-55  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0616134  unclonable  0.00000000000430527 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0199  tRNA modification GTPase TrmE  34.17 
 
 		 473 aa  218  2e-55  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4310  tRNA modification GTPase TrmE  35 
 
 		 460 aa  218  2e-55  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.671502  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2124  tRNA modification GTPase TrmE  34.17 
 
 		 452 aa  217  2.9999999999999998e-55  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3495  tRNA modification GTPase TrmE  38.14 
 
 		 467 aa  217  2.9999999999999998e-55  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>