213 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_4019 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_4019  hypothetical protein  100 
 
 		 907 aa  1865    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3416  hypothetical protein  88.95 
 
 		 905 aa  1653    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.484184 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0536  hypothetical protein  88.95 
 
 		 905 aa  1653    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1250  hypothetical protein  44.11 
 
 		 906 aa  776    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0622  hypothetical protein  90.85 
 
 		 905 aa  1687    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3742  hypothetical protein  91.84 
 
 		 905 aa  1705    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3060  hypothetical protein  75.5 
 
 		 908 aa  1420    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3259  hypothetical protein  93.67 
 
 		 900 aa  1734    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0649  hypothetical protein  91.29 
 
 		 905 aa  1700    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3383  superfamily I DNA/RNA helicase  37.02 
 
 		 903 aa  535  1e-150  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.352999 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1356  RAP domain-containing protein  30.63 
 
 		 1121 aa  176  1.9999999999999998e-42  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1672  superfamily I DNA/RNA helicase  32.49 
 
 		 946 aa  151  4e-35  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0720  superfamily protein I DNA/RNA helicase  27.84 
 
 		 1490 aa  139  2e-31  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1440  RAP domain protein  26.29 
 
 		 1081 aa  130  2.0000000000000002e-28  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.112962  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3050  superfamily I DNA/RNA helicase  26.99 
 
 		 1790 aa  129  2.0000000000000002e-28  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.266706 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3166  hypothetical protein  27.95 
 
 		 1652 aa  129  2.0000000000000002e-28  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0014  putative DNA helicase  25 
 
 		 925 aa  128  4.0000000000000003e-28  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0834  hypothetical protein  28.43 
 
 		 1474 aa  127  7e-28  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.551019  hitchhiker  0.0000399315 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0591  DNA helicase, putative  28.04 
 
 		 1629 aa  126  2e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011673  PHATRDRAFT_44767  predicted protein  32 
 
 		 1557 aa  126  2e-27  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1574  superfamily I DNA/RNA helicase  28.76 
 
 		 1575 aa  123  1.9999999999999998e-26  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.173807  normal  0.305759 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2871  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  26.21 
 
 		 1203 aa  123  1.9999999999999998e-26  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2725  protein of unknown function DUF559  27.65 
 
 		 1489 aa  122  3e-26  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.602171 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0577  superfamily I DNA and RNA helicase subunits-like protein  26.47 
 
 		 1630 aa  121  7e-26  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1306  DNA helicase  26.14 
 
 		 1410 aa  120  9.999999999999999e-26  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1974  DNA helicase, putative  28.32 
 
 		 1649 aa  120  1.9999999999999998e-25  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.915196 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0920  superfamily I DNA/RNA helicase  27.49 
 
 		 1622 aa  119  3e-25  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2521  DNA helicase, putative  28.3 
 
 		 1697 aa  117  1.0000000000000001e-24  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2845  DNA helicase, putative  28.77 
 
 		 1523 aa  116  2.0000000000000002e-24  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.914274 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3588  DNA helicase  23 
 
 		 1002 aa  115  4.0000000000000004e-24  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.430381  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2421  hypothetical protein  25.9 
 
 		 1724 aa  114  1.0000000000000001e-23  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.220469  normal  0.974769 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0317  superfamily I DNA/RNA helicase  28.28 
 
 		 1973 aa  112  3e-23  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1991  superfamily I DNA/RNA helicase  30.28 
 
 		 1387 aa  112  3e-23  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2940  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  23.2 
 
 		 1196 aa  111  6e-23  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.408455  hitchhiker  0.000165978 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0991  superfamily I DNA/RNA helicase  28.28 
 
 		 2622 aa  110  2e-22  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3745  superfamily I DNA/RNA helicase  26.11 
 
 		 1694 aa  108  5e-22  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1201  conserved hypothetical protein, putative DNA helicase  25.65 
 
 		 1959 aa  99.8  2e-19  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.725251  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0803  putative DNA helicase  28.88 
 
 		 2125 aa  100  2e-19  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0818  putative DNA helicase  28.88 
 
 		 2125 aa  100  2e-19  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.0544273 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4423  hypothetical protein  29.57 
 
 		 2016 aa  99.4  3e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5757  Superfamily I DNA and RNA helicase and helicase subunits-like protein  28.62 
 
 		 1363 aa  99  3e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0774  ATP-binding protein  25.26 
 
 		 904 aa  98.6  5e-19  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.00601607  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2281  putative DNA helicase  25.85 
 
 		 928 aa  97.8  7e-19  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0277  superfamily I DNA helicase  32.55 
 
 		 1296 aa  97.4  1e-18  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3665  putative DNA helicase  29.11 
 
 		 2005 aa  95.9  3e-18  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.18389  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0996  Superfamily I DNA and RNA helicase and helicase subunits-like protein  26.05 
 
 		 1312 aa  95.9  3e-18  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3691  DNA helicase-related protein  28.65 
 
 		 2207 aa  95.5  4e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00449824 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1940  DNA helicase-related protein  27.44 
 
 		 1803 aa  95.5  4e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0861  putative DNA helicase  25.66 
 
 		 1958 aa  95.1  5e-18  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1222  superfamily I DNA/RNA helicase  24.49 
 
 		 1950 aa  94.4  1e-17  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3247  superfamily I DNA/RNA helicase  25.9 
 
 		 1132 aa  92.4  3e-17  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00000352182  normal  0.59992 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1133  superfamily I DNA/RNA helicase  31.69 
 
 		 914 aa  92.4  3e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0909  putative DNA helicase  27.64 
 
 		 2002 aa  92  5e-17  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.331081  normal  1 
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0432  viral phosphatase  24.94 
 
 		 1285 aa  90.9  1e-16  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2107  superfamily I DNA and RNA helicase and helicase subunit  24.04 
 
 		 1958 aa  90.9  1e-16  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4582  superfamily I DNA helicase  26.7 
 
 		 1328 aa  89.7  2e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0299  DNA helicase  25.52 
 
 		 916 aa  89.4  3e-16  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.053033  n/a   
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0671  viral phosphatase  25.59 
 
 		 1367 aa  88.6  5e-16  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1416  serine/threonine protein kinase  27.02 
 
 		 2101 aa  87.4  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.284923  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2528  hypothetical protein  28.99 
 
 		 2098 aa  87.4  0.000000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_28895  hypothetical protein  28.99 
 
 		 2098 aa  87  0.000000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.8357  hitchhiker  0.0000000156251 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6413  serine/threonine protein kinase  27.02 
 
 		 2101 aa  87.4  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.266578  normal  0.65163 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7073  serine/threonine protein kinase  27.02 
 
 		 2098 aa  86.7  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.305625  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1455  hypothetical protein  27.5 
 
 		 758 aa  86.3  0.000000000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0470  hypothetical protein  26.36 
 
 		 2045 aa  85.9  0.000000000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0744  conserved hypothetical protein, putative DNA helicase  25.45 
 
 		 932 aa  85.9  0.000000000000003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0965735 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0238  DNA helicase  25.61 
 
 		 922 aa  85.5  0.000000000000004  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2061  putative DNA helicase  26.99 
 
 		 2013 aa  85.1  0.000000000000006  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2163  DNA helicase  24.55 
 
 		 1822 aa  85.1  0.000000000000006  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.540092  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3149  hypothetical protein  27.46 
 
 		 1722 aa  84.7  0.000000000000007  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.65917 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4673  putative DNA helicase  26.7 
 
 		 1980 aa  84.7  0.000000000000007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.736151  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0240  putative DNA helicase  25.95 
 
 		 1754 aa  84.3  0.000000000000009  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.610605  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0829  putative DNA helicase related protein  25.84 
 
 		 1571 aa  84  0.00000000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0276092 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5700  serine/threonine protein kinase  27.13 
 
 		 2104 aa  84.3  0.00000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.919762  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1438  hypothetical protein  25.2 
 
 		 1572 aa  83.6  0.00000000000002  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.241805  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0901  putative DNA helicase  20 
 
 		 643 aa  82  0.00000000000004  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2544  hypothetical protein  26.5 
 
 		 1888 aa  82  0.00000000000005  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0753  DNA/RNA helicase  27.27 
 
 		 1559 aa  81.6  0.00000000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3784  DNA helicase related protein  28.34 
 
 		 2197 aa  81.6  0.00000000000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.650978 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1349  hypothetical protein  27.47 
 
 		 1822 aa  81.3  0.00000000000007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1572  hypothetical protein  29.64 
 
 		 2198 aa  81.3  0.00000000000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7588  DNA helicase related protein  26.82 
 
 		 2204 aa  80.9  0.00000000000009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.279157 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4517  conserved hypothetical protein, putative DNA helicase  27.07 
 
 		 1986 aa  80.9  0.0000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3040  DNA helicase related protein  27.95 
 
 		 2222 aa  80.5  0.0000000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2058  putative superfamily I DNA and RNA helicase protein  26.92 
 
 		 1861 aa  80.9  0.0000000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006693  CNH01780  hypothetical protein  26.74 
 
 		 2245 aa  80.1  0.0000000000002  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1770  WGR  25.95 
 
 		 1838 aa  80.1  0.0000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.286151  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1970  putative superfamily I DNA and RNA helicase protein  25.91 
 
 		 1853 aa  80.1  0.0000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.525095 
 
 
-
 
NC_009046  PICST_61353  predicted protein  21.34 
 
 		 716 aa  78.6  0.0000000000005  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_3225  type III restriction protein res subunit  24.83 
 
 		 2759 aa  78.6  0.0000000000005  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0958  AAA ATPase  27.27 
 
 		 629 aa  77.8  0.0000000000008  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4744  putative superfamily I DNA and RNA helicase protein  26.33 
 
 		 1877 aa  77.8  0.0000000000009  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.994907 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2598  putative DNA helicase  24.45 
 
 		 1945 aa  77.4  0.000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0444969 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3342  DEAD-like helicase  26.4 
 
 		 636 aa  76.3  0.000000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.182611 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1211  putative DNA helicase  27.02 
 
 		 1991 aa  77  0.000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.455109 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3203  superfamily I DNA/RNA helicase  25.63 
 
 		 2123 aa  76.6  0.000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1773  hypothetical protein  27.23 
 
 		 1575 aa  75.9  0.000000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.396183  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2942  hypothetical protein  24.48 
 
 		 1801 aa  75.5  0.000000000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000139053 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1952  superfamily I DNA/RNA helicase  26.26 
 
 		 2096 aa  75.1  0.000000000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.447363 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0693  superfamily protein I DNA/RNA helicase  24.41 
 
 		 934 aa  73.9  0.00000000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>