216 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_3383 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_3383  superfamily I DNA/RNA helicase  100 
 
 		 903 aa  1783    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.352999 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3060  hypothetical protein  38.85 
 
 		 908 aa  544  1e-153  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3416  hypothetical protein  37.08 
 
 		 905 aa  540  9.999999999999999e-153  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.484184 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3259  hypothetical protein  37.02 
 
 		 900 aa  539  9.999999999999999e-153  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0536  hypothetical protein  37.19 
 
 		 905 aa  539  1e-151  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1250  hypothetical protein  35.35 
 
 		 906 aa  538  1e-151  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4019  hypothetical protein  37.02 
 
 		 907 aa  535  1e-150  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3742  hypothetical protein  36.4 
 
 		 905 aa  529  1e-149  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0622  hypothetical protein  36.22 
 
 		 905 aa  526  1e-148  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0649  hypothetical protein  36.2 
 
 		 905 aa  526  1e-148  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1672  superfamily I DNA/RNA helicase  39.53 
 
 		 946 aa  164  9e-39  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1356  RAP domain-containing protein  28.45 
 
 		 1121 aa  162  2e-38  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1440  RAP domain protein  26.24 
 
 		 1081 aa  149  2.0000000000000003e-34  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.112962  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2940  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  26.13 
 
 		 1196 aa  145  4e-33  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.408455  hitchhiker  0.000165978 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3588  DNA helicase  24.31 
 
 		 1002 aa  125  3e-27  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.430381  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0014  putative DNA helicase  24.29 
 
 		 925 aa  125  3e-27  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2871  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  30.19 
 
 		 1203 aa  124  7e-27  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2725  protein of unknown function DUF559  30.25 
 
 		 1489 aa  118  5e-25  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.602171 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0720  superfamily protein I DNA/RNA helicase  28.77 
 
 		 1490 aa  117  8.999999999999998e-25  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0238  DNA helicase  25.37 
 
 		 922 aa  115  3e-24  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5757  Superfamily I DNA and RNA helicase and helicase subunits-like protein  28.99 
 
 		 1363 aa  111  6e-23  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0834  hypothetical protein  23.83 
 
 		 1474 aa  109  2e-22  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.551019  hitchhiker  0.0000399315 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0803  putative DNA helicase  29.5 
 
 		 2125 aa  109  2e-22  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0818  putative DNA helicase  29.5 
 
 		 2125 aa  109  2e-22  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.0544273 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3050  superfamily I DNA/RNA helicase  26.2 
 
 		 1790 aa  109  3e-22  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.266706 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0299  DNA helicase  25.89 
 
 		 916 aa  108  3e-22  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.053033  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0920  superfamily I DNA/RNA helicase  29.28 
 
 		 1622 aa  105  4e-21  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1574  superfamily I DNA/RNA helicase  28.43 
 
 		 1575 aa  105  6e-21  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.173807  normal  0.305759 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0577  superfamily I DNA and RNA helicase subunits-like protein  30.13 
 
 		 1630 aa  104  1e-20  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_28895  hypothetical protein  31.71 
 
 		 2098 aa  103  2e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.8357  hitchhiker  0.0000000156251 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2528  hypothetical protein  31.71 
 
 		 2098 aa  103  2e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1991  superfamily I DNA/RNA helicase  28.54 
 
 		 1387 aa  102  3e-20  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011673  PHATRDRAFT_44767  predicted protein  29.74 
 
 		 1557 aa  102  4e-20  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2281  putative DNA helicase  26.08 
 
 		 928 aa  101  8e-20  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3166  hypothetical protein  27.66 
 
 		 1652 aa  98.2  5e-19  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0744  conserved hypothetical protein, putative DNA helicase  24.86 
 
 		 932 aa  98.6  5e-19  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0965735 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0591  DNA helicase, putative  27.16 
 
 		 1629 aa  97.8  8e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0277  superfamily I DNA helicase  28.53 
 
 		 1296 aa  96.7  2e-18  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4582  superfamily I DNA helicase  32.8 
 
 		 1328 aa  96.7  2e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1974  DNA helicase, putative  27.71 
 
 		 1649 aa  95.9  3e-18  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.915196 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5700  serine/threonine protein kinase  29.14 
 
 		 2104 aa  95.1  5e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.919762  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3665  putative DNA helicase  29.53 
 
 		 2005 aa  94.4  8e-18  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.18389  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2845  DNA helicase, putative  31.79 
 
 		 1523 aa  94  1e-17  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.914274 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1416  serine/threonine protein kinase  29.31 
 
 		 2101 aa  92.8  2e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.284923  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6413  serine/threonine protein kinase  29.31 
 
 		 2101 aa  92.8  2e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.266578  normal  0.65163 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7073  serine/threonine protein kinase  29.31 
 
 		 2098 aa  93.6  2e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.305625  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1455  hypothetical protein  27.53 
 
 		 758 aa  92.4  3e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2521  DNA helicase, putative  28.46 
 
 		 1697 aa  91.7  5e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0996  Superfamily I DNA and RNA helicase and helicase subunits-like protein  30.38 
 
 		 1312 aa  89.4  3e-16  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1306  DNA helicase  25.35 
 
 		 1410 aa  88.6  4e-16  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1551  Superfamily I DNA and RNA helicase and helicase subunits-like protein  25.69 
 
 		 1403 aa  87.8  8e-16  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_3225  type III restriction protein res subunit  28.01 
 
 		 2759 aa  87.4  0.000000000000001  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2421  hypothetical protein  27.42 
 
 		 1724 aa  87  0.000000000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.220469  normal  0.974769 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2544  hypothetical protein  28.92 
 
 		 1888 aa  87  0.000000000000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0958  AAA ATPase  31.67 
 
 		 629 aa  85.1  0.000000000000005  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0671  viral phosphatase  25.24 
 
 		 1367 aa  84.7  0.000000000000006  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2061  putative DNA helicase  28.73 
 
 		 2013 aa  84.3  0.000000000000009  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1133  superfamily I DNA/RNA helicase  28.73 
 
 		 914 aa  84  0.00000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0901  putative DNA helicase  24.12 
 
 		 643 aa  83.6  0.00000000000001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1349  hypothetical protein  26.63 
 
 		 1822 aa  82.4  0.00000000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0470  hypothetical protein  28.46 
 
 		 2045 aa  81.6  0.00000000000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1222  superfamily I DNA/RNA helicase  24.94 
 
 		 1950 aa  80.5  0.0000000000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3247  superfamily I DNA/RNA helicase  24.5 
 
 		 1132 aa  80.1  0.0000000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00000352182  normal  0.59992 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3203  superfamily I DNA/RNA helicase  26.5 
 
 		 2123 aa  79.7  0.0000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4348  superfamily I DNA and RNA helicase  28.97 
 
 		 622 aa  79.3  0.0000000000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1201  conserved hypothetical protein, putative DNA helicase  26.05 
 
 		 1959 aa  79.3  0.0000000000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.725251  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0056  AAA ATPase  28.68 
 
 		 606 aa  79  0.0000000000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.414788  normal  0.844584 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0774  ATP-binding protein  29.47 
 
 		 904 aa  78.6  0.0000000000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.00601607  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0317  superfamily I DNA/RNA helicase  27.32 
 
 		 1973 aa  78.6  0.0000000000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2107  superfamily I DNA and RNA helicase and helicase subunit  24.49 
 
 		 1958 aa  78.2  0.0000000000006  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4216  superfamily I DNA/RNA helicase  29.63 
 
 		 619 aa  77.8  0.0000000000009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.120406  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4371  superfamily I DNA and RNA helicase  28.62 
 
 		 622 aa  77.4  0.000000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.438014  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4744  putative superfamily I DNA and RNA helicase protein  27.43 
 
 		 1877 aa  76.6  0.000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.994907 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1108  putative superfamily I DNA and RNA helicase protein  27.94 
 
 		 1867 aa  76.3  0.000000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0948182  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0940  DNA helicase  22.78 
 
 		 650 aa  75.9  0.000000000003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.686303  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1438  hypothetical protein  28.28 
 
 		 1572 aa  76.3  0.000000000003  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.241805  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3149  hypothetical protein  26.46 
 
 		 1722 aa  75.5  0.000000000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.65917 
 
 
-
 
NC_011025  MARTH_orf701  putative ATP-binding helicase  26.37 
 
 		 1050 aa  75.5  0.000000000004  Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2785  Superfamily I DNA and RNA helicase and helicase subunits-like protein  24.08 
 
 		 1477 aa  75.9  0.000000000004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.464639 
 
 
-
 
NC_009068  PICST_81113  DEAD-box type RNA helicase  23.23 
 
 		 1999 aa  75.5  0.000000000004  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1970  putative superfamily I DNA and RNA helicase protein  25.55 
 
 		 1853 aa  74.7  0.000000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.525095 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3679  hypothetical protein  31.9 
 
 		 1328 aa  74.3  0.000000000009  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0909  putative DNA helicase  25.98 
 
 		 2002 aa  74.3  0.00000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.331081  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3080  type III restriction protein res subunit  28.37 
 
 		 636 aa  73.9  0.00000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0432  viral phosphatase  26.78 
 
 		 1285 aa  73.9  0.00000000001  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6903  putative DNA helicase related protein  27.06 
 
 		 1593 aa  74.3  0.00000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.130907  normal  0.263192 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0991  superfamily I DNA/RNA helicase  29.71 
 
 		 2622 aa  73.2  0.00000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008738  Maqu_4249  superfamily I DNA/RNA helicase  27.03 
 
 		 1185 aa  73.2  0.00000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0918  putative DNA helicase  25.88 
 
 		 650 aa  73.6  0.00000000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0808  hypothetical protein  27.2 
 
 		 1854 aa  72.8  0.00000000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4517  conserved hypothetical protein, putative DNA helicase  25.71 
 
 		 1986 aa  72.8  0.00000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1770  WGR  34.78 
 
 		 1838 aa  72.8  0.00000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.286151  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4423  hypothetical protein  26.35 
 
 		 2016 aa  72.8  0.00000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3695  hypothetical protein  27.51 
 
 		 1904 aa  72  0.00000000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.932942 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0861  putative DNA helicase  26.6 
 
 		 1958 aa  72  0.00000000004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009364  OSTLU_37931  predicted protein  26.95 
 
 		 486 aa  72  0.00000000004  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.310178  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2598  putative DNA helicase  25.76 
 
 		 1945 aa  72  0.00000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0444969 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1059  helicase  26.53 
 
 		 986 aa  72  0.00000000005  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1556  DNA helicase  25.32 
 
 		 611 aa  71.6  0.00000000006  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.274637  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0240  putative DNA helicase  24.88 
 
 		 1754 aa  71.6  0.00000000007  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.610605  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>