238 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_1133 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_1455  hypothetical protein  65.47 
 
 		 758 aa  976    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0774  ATP-binding protein  67.52 
 
 		 904 aa  1214    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.00601607  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1133  superfamily I DNA/RNA helicase  100 
 
 		 914 aa  1890    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0014  putative DNA helicase  36.77 
 
 		 925 aa  449  1.0000000000000001e-124  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0744  conserved hypothetical protein, putative DNA helicase  35.08 
 
 		 932 aa  386  1e-106  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0965735 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0238  DNA helicase  35.33 
 
 		 922 aa  385  1e-105  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0299  DNA helicase  34.72 
 
 		 916 aa  385  1e-105  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.053033  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2281  putative DNA helicase  36 
 
 		 928 aa  370  1e-101  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4019  hypothetical protein  25.84 
 
 		 907 aa  115  5e-24  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2871  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  25.75 
 
 		 1203 aa  113  1.0000000000000001e-23  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2940  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  23.89 
 
 		 1196 aa  110  2e-22  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.408455  hitchhiker  0.000165978 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1250  hypothetical protein  25.57 
 
 		 906 aa  109  3e-22  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3259  hypothetical protein  25.25 
 
 		 900 aa  108  3e-22  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3060  hypothetical protein  24.58 
 
 		 908 aa  108  6e-22  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3416  hypothetical protein  25.65 
 
 		 905 aa  107  1e-21  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.484184 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0536  hypothetical protein  25.65 
 
 		 905 aa  107  1e-21  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0649  hypothetical protein  25.63 
 
 		 905 aa  103  2e-20  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3742  hypothetical protein  25.96 
 
 		 905 aa  101  6e-20  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0622  hypothetical protein  25.96 
 
 		 905 aa  100  1e-19  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2845  DNA helicase, putative  27.71 
 
 		 1523 aa  92  4e-17  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.914274 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1672  superfamily I DNA/RNA helicase  31.1 
 
 		 946 aa  91.3  7e-17  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3588  DNA helicase  24.67 
 
 		 1002 aa  86.3  0.000000000000003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.430381  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0958  AAA ATPase  28.85 
 
 		 629 aa  85.1  0.000000000000006  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011673  PHATRDRAFT_44767  predicted protein  28.19 
 
 		 1557 aa  84  0.00000000000001  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1440  RAP domain protein  23.41 
 
 		 1081 aa  84.3  0.00000000000001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.112962  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3383  superfamily I DNA/RNA helicase  28.73 
 
 		 903 aa  84  0.00000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.352999 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0577  superfamily I DNA and RNA helicase subunits-like protein  27.5 
 
 		 1630 aa  82.8  0.00000000000003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_22960  hypothetical protein  27.25 
 
 		 1062 aa  82  0.00000000000004  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.238472  normal  0.0614628 
 
 
-
 
NC_011730  PCC7424_5558  superfamily I DNA/RNA helicase  26.86 
 
 		 958 aa  82  0.00000000000004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2111  DNA replication factor Dna2  28.73 
 
 		 934 aa  80.5  0.0000000000001  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0591  DNA helicase, putative  32.22 
 
 		 1629 aa  80.9  0.0000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1356  RAP domain-containing protein  28.25 
 
 		 1121 aa  80.1  0.0000000000002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0834  hypothetical protein  29.55 
 
 		 1474 aa  80.1  0.0000000000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.551019  hitchhiker  0.0000399315 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3247  superfamily I DNA/RNA helicase  26.24 
 
 		 1132 aa  79.3  0.0000000000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00000352182  normal  0.59992 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1306  DNA helicase  32.56 
 
 		 1410 aa  79  0.0000000000004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0893  phospholipase D/transphosphatidylase  27.94 
 
 		 975 aa  77.8  0.0000000000009  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00370965 
 
 
-
 
NC_011025  MARTH_orf701  putative ATP-binding helicase  23.44 
 
 		 1050 aa  77  0.000000000001  Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2111  superfamily I DNA/RNA helicase  26.21 
 
 		 1408 aa  76.3  0.000000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0455  DNA replication factor Dna2  26.87 
 
 		 902 aa  75.5  0.000000000004  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0901  putative DNA helicase  26.28 
 
 		 643 aa  75.1  0.000000000005  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2061  putative DNA helicase  37.84 
 
 		 2013 aa  74.7  0.000000000007  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1698  DNA replication factor Dna2  30.86 
 
 		 901 aa  73.9  0.00000000001  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1574  superfamily I DNA/RNA helicase  29.17 
 
 		 1575 aa  73.2  0.00000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.173807  normal  0.305759 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4366  superfamily I DNA/RNA helicase  30.04 
 
 		 651 aa  72.4  0.00000000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.158459 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5347  DNA topoisomerase  26.73 
 
 		 1335 aa  72.4  0.00000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.195498 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0861  putative DNA helicase  29.96 
 
 		 1958 aa  72.4  0.00000000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5757  Superfamily I DNA and RNA helicase and helicase subunits-like protein  24.47 
 
 		 1363 aa  72  0.00000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0087  superfamily I DNA/RNA helicase  29.69 
 
 		 1622 aa  72.4  0.00000000004  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1059  helicase  26.1 
 
 		 986 aa  71.6  0.00000000006  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2916  DNA replication factor Dna2  26.86 
 
 		 902 aa  71.6  0.00000000007  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0920  superfamily I DNA/RNA helicase  26.99 
 
 		 1622 aa  70.9  0.0000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0277  superfamily I DNA helicase  31.71 
 
 		 1296 aa  70.1  0.0000000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2421  hypothetical protein  27.95 
 
 		 1724 aa  70.1  0.0000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.220469  normal  0.974769 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3166  hypothetical protein  28.42 
 
 		 1652 aa  70.1  0.0000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3698  RecB family nuclease, putative  28.68 
 
 		 1082 aa  69.3  0.0000000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3149  hypothetical protein  35.48 
 
 		 1722 aa  68.6  0.0000000006  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.65917 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2725  protein of unknown function DUF559  28.06 
 
 		 1489 aa  67.4  0.000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.602171 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2408  Superfamily I DNA and RNA helicase and helicase subunits-like protein  26.06 
 
 		 1428 aa  67  0.000000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4216  superfamily I DNA/RNA helicase  25.97 
 
 		 619 aa  67.8  0.000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.120406  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2554  superfamily I DNA/RNA helicase  27.43 
 
 		 1653 aa  67  0.000000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.237962  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0940  DNA helicase  24.52 
 
 		 650 aa  67.4  0.000000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.686303  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0918  putative DNA helicase  24.52 
 
 		 650 aa  67  0.000000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2058  putative superfamily I DNA and RNA helicase protein  25.55 
 
 		 1861 aa  66.6  0.000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2278  NERD domain protein  27.42 
 
 		 1585 aa  67  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.468792  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3050  superfamily I DNA/RNA helicase  29.32 
 
 		 1790 aa  66.2  0.000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.266706 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0893  putative DNA helicase  23.57 
 
 		 633 aa  66.6  0.000000002  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2126  ATPase  27.42 
 
 		 1585 aa  67  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.561278  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4348  superfamily I DNA and RNA helicase  25.32 
 
 		 622 aa  66.6  0.000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1572  hypothetical protein  23.33 
 
 		 2198 aa  65.9  0.000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0753  DNA/RNA helicase  25.7 
 
 		 1559 aa  66.2  0.000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0056  AAA ATPase  25.75 
 
 		 606 aa  66.2  0.000000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.414788  normal  0.844584 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4371  superfamily I DNA and RNA helicase  25.25 
 
 		 622 aa  65.9  0.000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.438014  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3691  DNA helicase-related protein  27.49 
 
 		 2207 aa  65.5  0.000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00449824 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0955  DNA helicase  21.85 
 
 		 655 aa  65.9  0.000000004  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4582  superfamily I DNA helicase  26.67 
 
 		 1328 aa  65.5  0.000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2107  superfamily I DNA and RNA helicase and helicase subunit  28.02 
 
 		 1958 aa  65.5  0.000000005  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4746  superfamily I DNA helicase  26.62 
 
 		 1171 aa  65.1  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.140962 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1784  hypothetical protein  27.8 
 
 		 1118 aa  65.1  0.000000005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.424401  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1940  DNA helicase-related protein  27.59 
 
 		 1803 aa  65.1  0.000000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_3225  type III restriction protein res subunit  26.6 
 
 		 2759 aa  65.1  0.000000006  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011671  PHATR_43802  predicted protein  28.19 
 
 		 1189 aa  64.7  0.000000007  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.327125  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0909  putative DNA helicase  31.16 
 
 		 2002 aa  64.7  0.000000008  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.331081  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1291  AAA ATPase  24.84 
 
 		 1099 aa  64.7  0.000000008  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0205527  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1201  conserved hypothetical protein, putative DNA helicase  29.89 
 
 		 1959 aa  64.3  0.000000009  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.725251  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2072  DNA helicase  23.67 
 
 		 769 aa  64.3  0.000000009  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0720  superfamily protein I DNA/RNA helicase  29.73 
 
 		 1490 aa  64.3  0.000000009  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11277  hypothetical protein  27.21 
 
 		 1139 aa  64.3  0.000000009  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.72071 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1222  superfamily I DNA/RNA helicase  26.41 
 
 		 1950 aa  63.9  0.00000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3665  putative DNA helicase  28.12 
 
 		 2005 aa  63.9  0.00000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.18389  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0828  putative DNA helicase  25.53 
 
 		 633 aa  63.5  0.00000002  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2528  hypothetical protein  36.59 
 
 		 2098 aa  63.5  0.00000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3080  putative DNA helicase  35.42 
 
 		 1983 aa  63.2  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0715277 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5304  AAA ATPase  27.21 
 
 		 1153 aa  63.5  0.00000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1974  DNA helicase, putative  28.47 
 
 		 1649 aa  63.2  0.00000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.915196 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1438  hypothetical protein  41.25 
 
 		 1572 aa  63.5  0.00000002  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.241805  normal  1 
 
 
-
 
NC_009068  PICST_81113  DEAD-box type RNA helicase  28.67 
 
 		 1999 aa  63.2  0.00000002  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4517  conserved hypothetical protein, putative DNA helicase  26.55 
 
 		 1986 aa  63.5  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4673  putative DNA helicase  36 
 
 		 1980 aa  62.4  0.00000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.736151  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0996  Superfamily I DNA and RNA helicase and helicase subunits-like protein  24.52 
 
 		 1312 aa  62.4  0.00000003  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3080  type III restriction protein res subunit  27.59 
 
 		 636 aa  62  0.00000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>