210 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_3416 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_4019  hypothetical protein  88.95 
 
 		 907 aa  1653    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0622  hypothetical protein  87.26 
 
 		 905 aa  1627    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3416  hypothetical protein  100 
 
 		 905 aa  1862    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.484184 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0536  hypothetical protein  99.89 
 
 		 905 aa  1860    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1250  hypothetical protein  44.02 
 
 		 906 aa  786    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0649  hypothetical protein  87.49 
 
 		 905 aa  1638    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3742  hypothetical protein  88.37 
 
 		 905 aa  1650    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3060  hypothetical protein  75.58 
 
 		 908 aa  1419    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3259  hypothetical protein  89.21 
 
 		 900 aa  1655    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3383  superfamily I DNA/RNA helicase  37.08 
 
 		 903 aa  540  9.999999999999999e-153  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.352999 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1356  RAP domain-containing protein  31.23 
 
 		 1121 aa  170  1e-40  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1672  superfamily I DNA/RNA helicase  33.33 
 
 		 946 aa  153  2e-35  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1440  RAP domain protein  24.67 
 
 		 1081 aa  130  1.0000000000000001e-28  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.112962  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0720  superfamily protein I DNA/RNA helicase  27.38 
 
 		 1490 aa  129  2.0000000000000002e-28  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0591  DNA helicase, putative  28.09 
 
 		 1629 aa  129  3e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3050  superfamily I DNA/RNA helicase  24.67 
 
 		 1790 aa  127  1e-27  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.266706 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3166  hypothetical protein  27.92 
 
 		 1652 aa  124  9.999999999999999e-27  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1574  superfamily I DNA/RNA helicase  29.23 
 
 		 1575 aa  122  1.9999999999999998e-26  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.173807  normal  0.305759 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0577  superfamily I DNA and RNA helicase subunits-like protein  26.42 
 
 		 1630 aa  122  3e-26  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2725  protein of unknown function DUF559  28.74 
 
 		 1489 aa  121  4.9999999999999996e-26  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.602171 
 
 
-
 
NC_011673  PHATRDRAFT_44767  predicted protein  32.01 
 
 		 1557 aa  121  4.9999999999999996e-26  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0920  superfamily I DNA/RNA helicase  27.45 
 
 		 1622 aa  121  7e-26  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0834  hypothetical protein  27.23 
 
 		 1474 aa  120  9.999999999999999e-26  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.551019  hitchhiker  0.0000399315 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3588  DNA helicase  22.45 
 
 		 1002 aa  118  3.9999999999999997e-25  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.430381  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2521  DNA helicase, putative  28.1 
 
 		 1697 aa  118  5e-25  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2871  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  26.28 
 
 		 1203 aa  118  5e-25  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1974  DNA helicase, putative  27.89 
 
 		 1649 aa  118  6e-25  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.915196 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1991  superfamily I DNA/RNA helicase  31.75 
 
 		 1387 aa  117  1.0000000000000001e-24  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1306  DNA helicase  26.54 
 
 		 1410 aa  115  3e-24  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0991  superfamily I DNA/RNA helicase  28.04 
 
 		 2622 aa  108  5e-22  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0014  putative DNA helicase  29.02 
 
 		 925 aa  108  6e-22  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1455  hypothetical protein  24.83 
 
 		 758 aa  107  8e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2845  DNA helicase, putative  29.87 
 
 		 1523 aa  107  1e-21  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.914274 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0317  superfamily I DNA/RNA helicase  26.26 
 
 		 1973 aa  106  2e-21  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2421  hypothetical protein  25.46 
 
 		 1724 aa  103  1e-20  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.220469  normal  0.974769 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3745  superfamily I DNA/RNA helicase  25.61 
 
 		 1694 aa  102  3e-20  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5757  Superfamily I DNA and RNA helicase and helicase subunits-like protein  28.62 
 
 		 1363 aa  98.6  5e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0277  superfamily I DNA helicase  27.49 
 
 		 1296 aa  97.4  1e-18  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0774  ATP-binding protein  24.87 
 
 		 904 aa  96.7  2e-18  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.00601607  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4423  hypothetical protein  28.88 
 
 		 2016 aa  96.7  2e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0996  Superfamily I DNA and RNA helicase and helicase subunits-like protein  28.26 
 
 		 1312 aa  96.7  2e-18  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0803  putative DNA helicase  27.66 
 
 		 2125 aa  95.9  3e-18  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0818  putative DNA helicase  27.66 
 
 		 2125 aa  95.9  3e-18  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.0544273 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3665  putative DNA helicase  29.91 
 
 		 2005 aa  95.1  5e-18  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.18389  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0238  DNA helicase  22.87 
 
 		 922 aa  95.1  6e-18  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1940  DNA helicase-related protein  27.51 
 
 		 1803 aa  93.6  1e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1133  superfamily I DNA/RNA helicase  31.8 
 
 		 914 aa  93.6  1e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3691  DNA helicase-related protein  27.78 
 
 		 2207 aa  93.6  2e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00449824 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3247  superfamily I DNA/RNA helicase  26.95 
 
 		 1132 aa  93.2  2e-17  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00000352182  normal  0.59992 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0240  putative DNA helicase  26.65 
 
 		 1754 aa  91.7  6e-17  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.610605  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3149  hypothetical protein  28.34 
 
 		 1722 aa  91.7  6e-17  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.65917 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0861  putative DNA helicase  25.46 
 
 		 1958 aa  91.7  6e-17  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0671  viral phosphatase  26.97 
 
 		 1367 aa  89.7  2e-16  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4582  superfamily I DNA helicase  27.34 
 
 		 1328 aa  90.1  2e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1201  conserved hypothetical protein, putative DNA helicase  24.78 
 
 		 1959 aa  89  3e-16  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.725251  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0299  DNA helicase  25.96 
 
 		 916 aa  89  4e-16  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.053033  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1222  superfamily I DNA/RNA helicase  24.43 
 
 		 1950 aa  89  4e-16  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0470  hypothetical protein  26.29 
 
 		 2045 aa  88.2  6e-16  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0829  putative DNA helicase related protein  26.55 
 
 		 1571 aa  86.7  0.000000000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0276092 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2163  DNA helicase  24.74 
 
 		 1822 aa  86.3  0.000000000000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.540092  normal  1 
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0432  viral phosphatase  28.72 
 
 		 1285 aa  85.1  0.000000000000005  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2107  superfamily I DNA and RNA helicase and helicase subunit  23.98 
 
 		 1958 aa  84.7  0.000000000000006  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2940  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  26.97 
 
 		 1196 aa  84.7  0.000000000000006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.408455  hitchhiker  0.000165978 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0744  conserved hypothetical protein, putative DNA helicase  24.93 
 
 		 932 aa  84.7  0.000000000000007  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0965735 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2528  hypothetical protein  26 
 
 		 2098 aa  83.2  0.00000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7588  DNA helicase related protein  26.77 
 
 		 2204 aa  83.2  0.00000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.279157 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2061  putative DNA helicase  26.27 
 
 		 2013 aa  83.6  0.00000000000002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3784  DNA helicase related protein  25.87 
 
 		 2197 aa  83.2  0.00000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.650978 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2544  hypothetical protein  27.32 
 
 		 1888 aa  82.4  0.00000000000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1970  putative superfamily I DNA and RNA helicase protein  25.65 
 
 		 1853 aa  82.8  0.00000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.525095 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_28895  hypothetical protein  25.35 
 
 		 2098 aa  81.6  0.00000000000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.8357  hitchhiker  0.0000000156251 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0909  putative DNA helicase  26.92 
 
 		 2002 aa  81.3  0.00000000000007  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.331081  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0753  DNA/RNA helicase  26.47 
 
 		 1559 aa  81.3  0.00000000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1572  hypothetical protein  29.08 
 
 		 2198 aa  80.9  0.00000000000009  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006693  CNH01780  hypothetical protein  23.87 
 
 		 2245 aa  80.5  0.0000000000001  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0958  AAA ATPase  27.76 
 
 		 629 aa  80.5  0.0000000000001  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_3225  type III restriction protein res subunit  25.92 
 
 		 2759 aa  80.9  0.0000000000001  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1349  hypothetical protein  36.16 
 
 		 1822 aa  79.7  0.0000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1416  serine/threonine protein kinase  25.29 
 
 		 2101 aa  79.7  0.0000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.284923  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6413  serine/threonine protein kinase  25.29 
 
 		 2101 aa  79.7  0.0000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.266578  normal  0.65163 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1438  hypothetical protein  26.2 
 
 		 1572 aa  79.7  0.0000000000002  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.241805  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2058  putative superfamily I DNA and RNA helicase protein  25.64 
 
 		 1861 aa  80.1  0.0000000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3695  hypothetical protein  26.06 
 
 		 1904 aa  79.3  0.0000000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.932942 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3040  DNA helicase related protein  28.28 
 
 		 2222 aa  79  0.0000000000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4673  putative DNA helicase  26.7 
 
 		 1980 aa  79  0.0000000000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.736151  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7073  serine/threonine protein kinase  25.29 
 
 		 2098 aa  78.6  0.0000000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.305625  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2281  putative DNA helicase  28.41 
 
 		 928 aa  77.8  0.0000000000008  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3203  superfamily I DNA/RNA helicase  25.56 
 
 		 2123 aa  77.4  0.000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1211  putative DNA helicase  25.53 
 
 		 1991 aa  76.6  0.000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.455109 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5700  serine/threonine protein kinase  26.52 
 
 		 2104 aa  75.5  0.000000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.919762  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4744  putative superfamily I DNA and RNA helicase protein  23.54 
 
 		 1877 aa  75.5  0.000000000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.994907 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0693  superfamily protein I DNA/RNA helicase  25.61 
 
 		 934 aa  75.1  0.000000000006  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1770  WGR  26.24 
 
 		 1838 aa  73.9  0.00000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.286151  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_22960  hypothetical protein  24.84 
 
 		 1062 aa  72.8  0.00000000003  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.238472  normal  0.0614628 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3342  DEAD-like helicase  26.17 
 
 		 636 aa  72.4  0.00000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.182611 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0990  putative DNA helicase related protein  24.31 
 
 		 1559 aa  72.8  0.00000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.649093 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2598  putative DNA helicase  25.08 
 
 		 1945 aa  72  0.00000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0444969 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1952  superfamily I DNA/RNA helicase  25.74 
 
 		 2096 aa  72  0.00000000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.447363 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4517  conserved hypothetical protein, putative DNA helicase  26.82 
 
 		 1986 aa  72  0.00000000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2942  hypothetical protein  24.29 
 
 		 1801 aa  72  0.00000000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000139053 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>