201 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_3040 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_3691  DNA helicase-related protein  52.05 
 
 		 2207 aa  2209    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00449824 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3784  DNA helicase related protein  50.7 
 
 		 2197 aa  2078    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.650978 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2598  putative DNA helicase  43.9 
 
 		 1945 aa  765    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0444969 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0909  putative DNA helicase  43.19 
 
 		 2002 aa  708    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.331081  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1940  DNA helicase-related protein  52.62 
 
 		 1803 aa  1847    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7588  DNA helicase related protein  50.75 
 
 		 2204 aa  2023    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.279157 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0240  putative DNA helicase  46.45 
 
 		 1754 aa  1012    Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.610605  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3040  DNA helicase related protein  100 
 
 		 2222 aa  4521    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3080  putative DNA helicase  42.62 
 
 		 1983 aa  692    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0715277 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4423  hypothetical protein  72.84 
 
 		 2016 aa  2832    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0317  superfamily I DNA/RNA helicase  45.49 
 
 		 1973 aa  802    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1222  superfamily I DNA/RNA helicase  45.2 
 
 		 1950 aa  783    Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2107  superfamily I DNA and RNA helicase and helicase subunit  44.37 
 
 		 1958 aa  781    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1572  hypothetical protein  55.69 
 
 		 2198 aa  2385    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0861  putative DNA helicase  47.22 
 
 		 1958 aa  843    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1211  putative DNA helicase  45.85 
 
 		 1991 aa  666    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.455109 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1201  conserved hypothetical protein, putative DNA helicase  42.05 
 
 		 1959 aa  719    Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.725251  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4517  conserved hypothetical protein, putative DNA helicase  42.95 
 
 		 1986 aa  705    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4673  putative DNA helicase  45.91 
 
 		 1980 aa  775    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.736151  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2061  putative DNA helicase  39.76 
 
 		 2013 aa  555  1e-156  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0087  superfamily I DNA/RNA helicase  39.97 
 
 		 1622 aa  447  1e-123  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4744  putative superfamily I DNA and RNA helicase protein  36.88 
 
 		 1877 aa  441  9.999999999999999e-123  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.994907 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0808  hypothetical protein  41.85 
 
 		 1854 aa  442  9.999999999999999e-123  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2544  hypothetical protein  40.74 
 
 		 1888 aa  439  1e-121  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1773  hypothetical protein  34.41 
 
 		 1575 aa  439  1e-121  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.396183  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3679  hypothetical protein  37.89 
 
 		 1328 aa  437  1e-120  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0753  DNA/RNA helicase  33.03 
 
 		 1559 aa  431  1e-118  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2764  putative DNA/RNA helicase  34.41 
 
 		 1589 aa  426  1e-117  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6903  putative DNA helicase related protein  36.19 
 
 		 1593 aa  424  1e-117  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.130907  normal  0.263192 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3286  hypothetical protein  32.57 
 
 		 1589 aa  422  1e-116  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.268742 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1227  hypothetical protein  33.91 
 
 		 1589 aa  418  9.999999999999999e-116  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.354813  hitchhiker  0.000000158554 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2058  putative superfamily I DNA and RNA helicase protein  41.86 
 
 		 1861 aa  419  9.999999999999999e-116  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_3225  type III restriction protein res subunit  43.67 
 
 		 2759 aa  419  9.999999999999999e-116  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1108  putative superfamily I DNA and RNA helicase protein  42.34 
 
 		 1867 aa  419  9.999999999999999e-116  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0948182  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0829  putative DNA helicase related protein  42.29 
 
 		 1571 aa  414  1e-114  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0276092 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3695  hypothetical protein  41.67 
 
 		 1904 aa  417  1e-114  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.932942 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1970  putative superfamily I DNA and RNA helicase protein  35.6 
 
 		 1853 aa  408  1.0000000000000001e-112  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.525095 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0470  hypothetical protein  39.23 
 
 		 2045 aa  405  1e-111  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3149  hypothetical protein  40.84 
 
 		 1722 aa  406  1e-111  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.65917 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1438  hypothetical protein  40.5 
 
 		 1572 aa  399  1e-109  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.241805  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1952  superfamily I DNA/RNA helicase  40.23 
 
 		 2096 aa  385  1e-105  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.447363 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_24040  hypothetical protein  41.95 
 
 		 1823 aa  387  1e-105  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.80248 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0803  putative DNA helicase  33.02 
 
 		 2125 aa  374  1e-101  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0990  putative DNA helicase related protein  37.28 
 
 		 1559 aa  373  1e-101  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.649093 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0818  putative DNA helicase  33.02 
 
 		 2125 aa  374  1e-101  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.0544273 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1939  DNA helicase-related protein  49.48 
 
 		 402 aa  370  1e-100  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3665  putative DNA helicase  34.06 
 
 		 2005 aa  368  1e-100  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.18389  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3203  superfamily I DNA/RNA helicase  41.1 
 
 		 2123 aa  352  5e-95  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2942  hypothetical protein  38.49 
 
 		 1801 aa  332  4e-89  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000139053 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1551  Superfamily I DNA and RNA helicase and helicase subunits-like protein  37.63 
 
 		 1403 aa  319  3e-85  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1770  WGR  37.18 
 
 		 1838 aa  280  2e-73  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.286151  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1349  hypothetical protein  35.1 
 
 		 1822 aa  270  2e-70  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2163  DNA helicase  32.61 
 
 		 1822 aa  259  3e-67  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.540092  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5757  Superfamily I DNA and RNA helicase and helicase subunits-like protein  33.96 
 
 		 1363 aa  227  2e-57  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4582  superfamily I DNA helicase  35.06 
 
 		 1328 aa  218  9.999999999999999e-55  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0277  superfamily I DNA helicase  32.61 
 
 		 1296 aa  216  4.9999999999999996e-54  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2528  hypothetical protein  32.85 
 
 		 2098 aa  194  2e-47  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_28895  hypothetical protein  31.98 
 
 		 2098 aa  191  1e-46  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.8357  hitchhiker  0.0000000156251 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1416  serine/threonine protein kinase  31.86 
 
 		 2101 aa  181  2e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.284923  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5700  serine/threonine protein kinase  30.92 
 
 		 2104 aa  181  2e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.919762  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6413  serine/threonine protein kinase  31.86 
 
 		 2101 aa  181  2e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.266578  normal  0.65163 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7073  serine/threonine protein kinase  31.49 
 
 		 2098 aa  179  5e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.305625  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0996  Superfamily I DNA and RNA helicase and helicase subunits-like protein  33.96 
 
 		 1312 aa  167  2.0000000000000002e-39  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0671  viral phosphatase  28.18 
 
 		 1367 aa  163  3e-38  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_30630  hypothetical protein  28.16 
 
 		 1413 aa  162  5e-38  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.196712  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0830  hypothetical protein  27.29 
 
 		 1506 aa  146  4e-33  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0591  DNA helicase, putative  27.49 
 
 		 1629 aa  141  1e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0432  viral phosphatase  28.39 
 
 		 1285 aa  139  6.0000000000000005e-31  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2725  protein of unknown function DUF559  30.11 
 
 		 1489 aa  136  6e-30  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.602171 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2819  hypothetical protein  28.43 
 
 		 1392 aa  134  2.0000000000000002e-29  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.568772  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2868  hypothetical protein  28.91 
 
 		 1407 aa  124  3e-26  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.85474  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0920  superfamily I DNA/RNA helicase  28.3 
 
 		 1622 aa  122  6e-26  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0899  DNA helicase  26.16 
 
 		 1412 aa  122  9e-26  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.403081  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1974  DNA helicase, putative  28.41 
 
 		 1649 aa  121  9.999999999999999e-26  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.915196 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2575  hypothetical protein  27.58 
 
 		 1400 aa  122  9.999999999999999e-26  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000000181544 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3050  superfamily I DNA/RNA helicase  27.59 
 
 		 1790 aa  119  5e-25  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.266706 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1974  hypothetical protein  26.71 
 
 		 1499 aa  119  8.999999999999998e-25  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1306  DNA helicase  28.12 
 
 		 1410 aa  116  5e-24  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3166  hypothetical protein  27.52 
 
 		 1652 aa  115  1.0000000000000001e-23  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0577  superfamily I DNA and RNA helicase subunits-like protein  30.96 
 
 		 1630 aa  115  1.0000000000000001e-23  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2521  DNA helicase, putative  27.11 
 
 		 1697 aa  113  3e-23  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0720  superfamily protein I DNA/RNA helicase  28 
 
 		 1490 aa  113  4.0000000000000004e-23  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0834  hypothetical protein  26.22 
 
 		 1474 aa  113  5e-23  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.551019  hitchhiker  0.0000399315 
 
 
-
 
NC_011025  MARTH_orf701  putative ATP-binding helicase  22.71 
 
 		 1050 aa  109  7e-22  Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1076  hypothetical protein  34.13 
 
 		 194 aa  105  7e-21  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.000229233  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1574  superfamily I DNA/RNA helicase  27.02 
 
 		 1575 aa  102  7e-20  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.173807  normal  0.305759 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_16460  hypothetical protein  25.7 
 
 		 1254 aa  96.3  5e-18  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_24380  hypothetical protein  26.61 
 
 		 1670 aa  95.1  1e-17  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.694198  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3340  hypothetical protein  55.06 
 
 		 237 aa  95.1  1e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1356  RAP domain-containing protein  26.05 
 
 		 1121 aa  94.7  2e-17  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2421  hypothetical protein  28.7 
 
 		 1724 aa  94  3e-17  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.220469  normal  0.974769 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2845  DNA helicase, putative  26.98 
 
 		 1523 aa  89.7  6e-16  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.914274 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1991  superfamily I DNA/RNA helicase  25.72 
 
 		 1387 aa  87  0.000000000000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1250  hypothetical protein  28.91 
 
 		 906 aa  87  0.000000000000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011673  PHATRDRAFT_44767  predicted protein  27.06 
 
 		 1557 aa  85.9  0.000000000000008  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3259  hypothetical protein  27.65 
 
 		 900 aa  84  0.00000000000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3342  DEAD-like helicase  28.9 
 
 		 636 aa  83.6  0.00000000000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.182611 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4019  hypothetical protein  28.21 
 
 		 907 aa  82.8  0.00000000000007  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0649  hypothetical protein  28.62 
 
 		 905 aa  82.8  0.00000000000007  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1672  superfamily I DNA/RNA helicase  29 
 
 		 946 aa  82.4  0.00000000000008  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>