177 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gmet_3050 on replicon NC_007517
Organism: Geobacter metallireducens GS-15



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010803  Clim_0577  superfamily I DNA and RNA helicase subunits-like protein  41.28 
 
 
1630 aa  1219    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1574  superfamily I DNA/RNA helicase  32.6 
 
 
1575 aa  637    Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.173807  normal  0.305759 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0720  superfamily protein I DNA/RNA helicase  31.87 
 
 
1490 aa  650    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0920  superfamily I DNA/RNA helicase  41.59 
 
 
1622 aa  1250    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3050  superfamily I DNA/RNA helicase  100 
 
 
1790 aa  3724    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.266706 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2725  protein of unknown function DUF559  31.86 
 
 
1489 aa  618  1e-175  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.602171 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0834  hypothetical protein  28.51 
 
 
1474 aa  583  1.0000000000000001e-165  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.551019  hitchhiker  0.0000399315 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2421  hypothetical protein  29.66 
 
 
1724 aa  504  1e-141  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.220469  normal  0.974769 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1306  DNA helicase  28.7 
 
 
1410 aa  483  1e-134  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0591  DNA helicase, putative  27.28 
 
 
1629 aa  402  9.999999999999999e-111  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3745  superfamily I DNA/RNA helicase  33.66 
 
 
1694 aa  398  1e-109  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0991  superfamily I DNA/RNA helicase  39.27 
 
 
2622 aa  398  1e-109  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2845  DNA helicase, putative  40.72 
 
 
1523 aa  391  1e-107  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.914274 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1974  DNA helicase, putative  26.85 
 
 
1649 aa  391  1e-107  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.915196 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2521  DNA helicase, putative  35.1 
 
 
1697 aa  315  4.999999999999999e-84  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3166  hypothetical protein  37.75 
 
 
1652 aa  311  9e-83  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011673  PHATRDRAFT_44767  predicted protein  27.25 
 
 
1557 aa  148  8.000000000000001e-34  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1551  Superfamily I DNA and RNA helicase and helicase subunits-like protein  28.39 
 
 
1403 aa  140  3.0000000000000003e-31  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7588  DNA helicase related protein  28.48 
 
 
2204 aa  130  2.0000000000000002e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.279157 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3259  hypothetical protein  25.68 
 
 
900 aa  130  3e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4019  hypothetical protein  26.99 
 
 
907 aa  129  4.0000000000000003e-28  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0536  hypothetical protein  24.67 
 
 
905 aa  127  2e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3416  hypothetical protein  24.67 
 
 
905 aa  127  3e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.484184 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0861  putative DNA helicase  26.18 
 
 
1958 aa  127  3e-27  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3742  hypothetical protein  24.4 
 
 
905 aa  126  3e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0622  hypothetical protein  25.33 
 
 
905 aa  125  6e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3149  hypothetical protein  28.12 
 
 
1722 aa  125  9.999999999999999e-27  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.65917 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0909  putative DNA helicase  27.75 
 
 
2002 aa  124  1.9999999999999998e-26  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.331081  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3060  hypothetical protein  25.43 
 
 
908 aa  123  3e-26  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1211  putative DNA helicase  26.32 
 
 
1991 aa  122  3.9999999999999996e-26  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.455109 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0649  hypothetical protein  25.23 
 
 
905 aa  122  4.9999999999999996e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4673  putative DNA helicase  27.61 
 
 
1980 aa  122  6e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.736151  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1222  superfamily I DNA/RNA helicase  28.19 
 
 
1950 aa  121  9.999999999999999e-26  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4423  hypothetical protein  27.75 
 
 
2016 aa  121  9.999999999999999e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3784  DNA helicase related protein  26.75 
 
 
2197 aa  120  1.9999999999999998e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.650978 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2107  superfamily I DNA and RNA helicase and helicase subunit  27.93 
 
 
1958 aa  120  3e-25  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1250  hypothetical protein  24.28 
 
 
906 aa  119  7.999999999999999e-25  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3040  DNA helicase related protein  27.59 
 
 
2222 aa  117  2.0000000000000002e-24  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4744  putative superfamily I DNA and RNA helicase protein  27.5 
 
 
1877 aa  116  4.0000000000000004e-24  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.994907 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_24040  hypothetical protein  27.66 
 
 
1823 aa  116  5e-24  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.80248 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3080  putative DNA helicase  27.12 
 
 
1983 aa  115  6e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0715277 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1356  RAP domain-containing protein  25.56 
 
 
1121 aa  115  6e-24  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1970  putative superfamily I DNA and RNA helicase protein  28.76 
 
 
1853 aa  112  4.0000000000000004e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.525095 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1991  superfamily I DNA/RNA helicase  28.54 
 
 
1387 aa  112  6e-23  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2598  putative DNA helicase  26.85 
 
 
1945 aa  112  7.000000000000001e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.0444969 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0240  putative DNA helicase  25.42 
 
 
1754 aa  111  1e-22  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.610605  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0470  hypothetical protein  28.19 
 
 
2045 aa  111  1e-22  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0808  hypothetical protein  26.04 
 
 
1854 aa  111  1e-22  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1952  superfamily I DNA/RNA helicase  27.62 
 
 
2096 aa  111  2e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.447363 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0317  superfamily I DNA/RNA helicase  25.96 
 
 
1973 aa  110  2e-22  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0277  superfamily I DNA helicase  29.88 
 
 
1296 aa  110  3e-22  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3383  superfamily I DNA/RNA helicase  26.2 
 
 
903 aa  108  9e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.352999 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4517  conserved hypothetical protein, putative DNA helicase  26.85 
 
 
1986 aa  107  2e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1572  hypothetical protein  24.78 
 
 
2198 aa  107  2e-21  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0990  putative DNA helicase related protein  27.98 
 
 
1559 aa  106  3e-21  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.649093 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0087  superfamily I DNA/RNA helicase  25.56 
 
 
1622 aa  105  7e-21  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3679  hypothetical protein  28.21 
 
 
1328 aa  105  1e-20  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2942  hypothetical protein  22.97 
 
 
1801 aa  103  3e-20  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000139053 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1940  DNA helicase-related protein  26.81 
 
 
1803 aa  102  6e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2058  putative superfamily I DNA and RNA helicase protein  25.73 
 
 
1861 aa  102  9e-20  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3695  hypothetical protein  27.06 
 
 
1904 aa  101  1e-19  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.932942 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3691  DNA helicase-related protein  26.57 
 
 
2207 aa  100  2e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00449824 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2544  hypothetical protein  26.44 
 
 
1888 aa  100  2e-19  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1201  conserved hypothetical protein, putative DNA helicase  26.9 
 
 
1959 aa  101  2e-19  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.725251  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6903  putative DNA helicase related protein  26.95 
 
 
1593 aa  100  3e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.130907  normal  0.263192 
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0671  viral phosphatase  23.84 
 
 
1367 aa  98.2  1e-18  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0803  putative DNA helicase  27.54 
 
 
2125 aa  97.1  2e-18  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0818  putative DNA helicase  27.54 
 
 
2125 aa  97.1  2e-18  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.0544273 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1438  hypothetical protein  26.29 
 
 
1572 aa  97.1  3e-18  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.241805  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2871  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  24.81 
 
 
1203 aa  95.1  9e-18  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5757  Superfamily I DNA and RNA helicase and helicase subunits-like protein  24.94 
 
 
1363 aa  95.1  1e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0753  DNA/RNA helicase  25.17 
 
 
1559 aa  94  3e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4582  superfamily I DNA helicase  29.19 
 
 
1328 aa  92.8  6e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_28895  hypothetical protein  25.49 
 
 
2098 aa  92.4  7e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.8357  hitchhiker  0.0000000156251 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0829  putative DNA helicase related protein  25.79 
 
 
1571 aa  91.7  1e-16  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0276092 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2061  putative DNA helicase  26.54 
 
 
2013 aa  91.3  1e-16  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3203  superfamily I DNA/RNA helicase  24.89 
 
 
2123 aa  91.7  1e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2528  hypothetical protein  25.49 
 
 
2098 aa  92  1e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1773  hypothetical protein  27.46 
 
 
1575 aa  90.1  3e-16  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.396183  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1672  superfamily I DNA/RNA helicase  29.59 
 
 
946 aa  90.5  3e-16  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_3225  type III restriction protein res subunit  24.17 
 
 
2759 aa  89.4  6e-16  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2940  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  26.67 
 
 
1196 aa  88.2  0.000000000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.408455  hitchhiker  0.000165978 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3665  putative DNA helicase  27.34 
 
 
2005 aa  84.3  0.00000000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.18389  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1349  hypothetical protein  23.81 
 
 
1822 aa  82.4  0.00000000000008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3286  hypothetical protein  24.95 
 
 
1589 aa  81.6  0.0000000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.268742 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1227  hypothetical protein  24.69 
 
 
1589 aa  81.6  0.0000000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.354813  hitchhiker  0.000000158554 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2764  putative DNA/RNA helicase  25.21 
 
 
1589 aa  81.6  0.0000000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2163  DNA helicase  25.08 
 
 
1822 aa  79.7  0.0000000000005  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.540092  normal 
 
 
-
 
NC_009068  PICST_81113  DEAD-box type RNA helicase  26.87 
 
 
1999 aa  79.7  0.0000000000005  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1440  RAP domain protein  24.08 
 
 
1081 aa  79.3  0.0000000000006  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.112962  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7073  serine/threonine protein kinase  25.15 
 
 
2098 aa  77.4  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.305625  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2605  hypothetical protein  22.76 
 
 
1680 aa  77.8  0.000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.6809  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_22960  hypothetical protein  27.59 
 
 
1062 aa  77  0.000000000003  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.238472  normal  0.0614628 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1416  serine/threonine protein kinase  23.15 
 
 
2101 aa  76.6  0.000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.284923  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6413  serine/threonine protein kinase  23.15 
 
 
2101 aa  76.6  0.000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.266578  normal  0.65163 
 
 
-
 
NC_008738  Maqu_4249  superfamily I DNA/RNA helicase  28.01 
 
 
1185 aa  77  0.000000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0893  phospholipase D/transphosphatidylase  29.62 
 
 
975 aa  76.3  0.000000000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00370965 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4746  superfamily I DNA helicase  28.48 
 
 
1171 aa  74.3  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.140962 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1108  putative superfamily I DNA and RNA helicase protein  25.69 
 
 
1867 aa  74.7  0.00000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0948182  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5700  serine/threonine protein kinase  24.54 
 
 
2104 aa  73.6  0.00000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.919762  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>