203 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_1940 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010627  Bphy_7588  DNA helicase related protein  53.36 
 
 
2204 aa  1789    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.279157 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3691  DNA helicase-related protein  87.19 
 
 
2207 aa  3214    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00449824 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1572  hypothetical protein  55.65 
 
 
2198 aa  1996    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2598  putative DNA helicase  42.86 
 
 
1945 aa  778    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.0444969 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0909  putative DNA helicase  47.27 
 
 
2002 aa  750    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.331081  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1940  DNA helicase-related protein  100 
 
 
1803 aa  3673    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0240  putative DNA helicase  54.88 
 
 
1754 aa  832    Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.610605  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3040  DNA helicase related protein  52.46 
 
 
2222 aa  1838    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3080  putative DNA helicase  47.69 
 
 
1983 aa  727    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0715277 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0317  superfamily I DNA/RNA helicase  46.74 
 
 
1973 aa  847    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1222  superfamily I DNA/RNA helicase  44.81 
 
 
1950 aa  771    Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4517  conserved hypothetical protein, putative DNA helicase  48.29 
 
 
1986 aa  748    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0861  putative DNA helicase  44.71 
 
 
1958 aa  803    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1211  putative DNA helicase  48.16 
 
 
1991 aa  687    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.455109 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2107  superfamily I DNA and RNA helicase and helicase subunit  44.47 
 
 
1958 aa  763    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4673  putative DNA helicase  49.58 
 
 
1980 aa  760    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.736151  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3784  DNA helicase related protein  52.01 
 
 
2197 aa  1791    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.650978 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4423  hypothetical protein  54.37 
 
 
2016 aa  1653    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1201  conserved hypothetical protein, putative DNA helicase  42.79 
 
 
1959 aa  666    Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.725251  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2061  putative DNA helicase  38.91 
 
 
2013 aa  565  1.0000000000000001e-159  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0087  superfamily I DNA/RNA helicase  40.9 
 
 
1622 aa  456  1.0000000000000001e-126  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2544  hypothetical protein  42.4 
 
 
1888 aa  451  1e-125  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0808  hypothetical protein  37.05 
 
 
1854 aa  446  1e-123  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6903  putative DNA helicase related protein  34.91 
 
 
1593 aa  438  1e-121  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.130907  normal  0.263192 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1773  hypothetical protein  34.58 
 
 
1575 aa  432  1e-119  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.396183  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4744  putative superfamily I DNA and RNA helicase protein  35.23 
 
 
1877 aa  429  1e-118  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.994907 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3695  hypothetical protein  41.05 
 
 
1904 aa  427  1e-117  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.932942 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0753  DNA/RNA helicase  34.23 
 
 
1559 aa  424  1e-117  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2058  putative superfamily I DNA and RNA helicase protein  38.28 
 
 
1861 aa  422  1e-116  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_3225  type III restriction protein res subunit  42.39 
 
 
2759 aa  420  9.999999999999999e-116  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3286  hypothetical protein  35.28 
 
 
1589 aa  419  9.999999999999999e-116  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.268742 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3679  hypothetical protein  37.08 
 
 
1328 aa  414  1e-114  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0470  hypothetical protein  40.45 
 
 
2045 aa  415  1e-114  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2764  putative DNA/RNA helicase  36.11 
 
 
1589 aa  417  1e-114  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1227  hypothetical protein  35.36 
 
 
1589 aa  415  1e-114  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.354813  hitchhiker  0.000000158554 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0829  putative DNA helicase related protein  41.13 
 
 
1571 aa  411  1e-113  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0276092 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1970  putative superfamily I DNA and RNA helicase protein  40.61 
 
 
1853 aa  413  1e-113  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.525095 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3149  hypothetical protein  40.54 
 
 
1722 aa  407  1e-111  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.65917 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1952  superfamily I DNA/RNA helicase  38.8 
 
 
2096 aa  401  9.999999999999999e-111  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.447363 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0990  putative DNA helicase related protein  37.69 
 
 
1559 aa  395  1e-108  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.649093 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1108  putative superfamily I DNA and RNA helicase protein  33.99 
 
 
1867 aa  395  1e-108  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0948182  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_24040  hypothetical protein  34.77 
 
 
1823 aa  393  1e-107  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.80248 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1438  hypothetical protein  35.33 
 
 
1572 aa  384  1e-105  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.241805  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0803  putative DNA helicase  34.68 
 
 
2125 aa  366  2e-99  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0818  putative DNA helicase  34.68 
 
 
2125 aa  366  2e-99  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.0544273 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3203  superfamily I DNA/RNA helicase  40.54 
 
 
2123 aa  363  1e-98  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3665  putative DNA helicase  42.94 
 
 
2005 aa  352  6e-95  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.18389  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2942  hypothetical protein  40.33 
 
 
1801 aa  340  1.9999999999999998e-91  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000139053 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1551  Superfamily I DNA and RNA helicase and helicase subunits-like protein  39.34 
 
 
1403 aa  336  3e-90  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1349  hypothetical protein  36.13 
 
 
1822 aa  261  8e-68  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1770  WGR  35.25 
 
 
1838 aa  250  2e-64  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.286151  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2163  DNA helicase  30.91 
 
 
1822 aa  239  4e-61  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.540092  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5757  Superfamily I DNA and RNA helicase and helicase subunits-like protein  37.61 
 
 
1363 aa  231  8e-59  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2528  hypothetical protein  32.44 
 
 
2098 aa  208  7e-52  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_28895  hypothetical protein  31.5 
 
 
2098 aa  207  1e-51  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.8357  hitchhiker  0.0000000156251 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5700  serine/threonine protein kinase  32.02 
 
 
2104 aa  203  3e-50  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.919762  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1416  serine/threonine protein kinase  32.77 
 
 
2101 aa  202  3.9999999999999996e-50  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.284923  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6413  serine/threonine protein kinase  32.77 
 
 
2101 aa  202  3.9999999999999996e-50  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.266578  normal  0.65163 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0277  superfamily I DNA helicase  36.31 
 
 
1296 aa  202  6e-50  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4582  superfamily I DNA helicase  33.26 
 
 
1328 aa  201  7.999999999999999e-50  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7073  serine/threonine protein kinase  32.58 
 
 
2098 aa  201  1.0000000000000001e-49  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.305625  normal 
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0671  viral phosphatase  29.09 
 
 
1367 aa  173  3e-41  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0996  Superfamily I DNA and RNA helicase and helicase subunits-like protein  31.69 
 
 
1312 aa  167  2.0000000000000002e-39  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0432  viral phosphatase  27.34 
 
 
1285 aa  156  4e-36  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_30630  hypothetical protein  28.01 
 
 
1413 aa  155  5e-36  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.196712  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0830  hypothetical protein  29.27 
 
 
1506 aa  150  3e-34  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3340  hypothetical protein  71.91 
 
 
237 aa  144  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0591  DNA helicase, putative  27.88 
 
 
1629 aa  139  6.0000000000000005e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2575  hypothetical protein  27.62 
 
 
1400 aa  136  3.9999999999999996e-30  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000000181544 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2868  hypothetical protein  28.21 
 
 
1407 aa  135  6.999999999999999e-30  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.85474  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0720  superfamily protein I DNA/RNA helicase  30.39 
 
 
1490 aa  134  1.0000000000000001e-29  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2819  hypothetical protein  27.07 
 
 
1392 aa  132  4.0000000000000003e-29  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.568772  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0899  DNA helicase  26.1 
 
 
1412 aa  126  3e-27  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.403081  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1974  hypothetical protein  25.47 
 
 
1499 aa  125  8e-27  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2725  protein of unknown function DUF559  30.48 
 
 
1489 aa  124  1.9999999999999998e-26  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.602171 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1574  superfamily I DNA/RNA helicase  28.51 
 
 
1575 aa  124  1.9999999999999998e-26  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.173807  normal  0.305759 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1974  DNA helicase, putative  28.64 
 
 
1649 aa  122  4.9999999999999996e-26  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.915196 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2521  DNA helicase, putative  26.8 
 
 
1697 aa  121  1.9999999999999998e-25  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0834  hypothetical protein  27.6 
 
 
1474 aa  118  1.0000000000000001e-24  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.551019  hitchhiker  0.0000399315 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0577  superfamily I DNA and RNA helicase subunits-like protein  28.6 
 
 
1630 aa  117  3e-24  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011025  MARTH_orf701  putative ATP-binding helicase  25.75 
 
 
1050 aa  114  2.0000000000000002e-23  Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0920  superfamily I DNA/RNA helicase  28.45 
 
 
1622 aa  111  1e-22  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3166  hypothetical protein  27.42 
 
 
1652 aa  109  6e-22  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1306  DNA helicase  27.64 
 
 
1410 aa  104  1e-20  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3050  superfamily I DNA/RNA helicase  26.81 
 
 
1790 aa  102  6e-20  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.266706 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_16460  hypothetical protein  24.63 
 
 
1254 aa  100  3e-19  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_24380  hypothetical protein  27.71 
 
 
1670 aa  99.8  4e-19  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.694198  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2845  DNA helicase, putative  27.91 
 
 
1523 aa  99  7e-19  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.914274 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0622  hypothetical protein  28.06 
 
 
905 aa  99  7e-19  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2421  hypothetical protein  28.11 
 
 
1724 aa  99  8e-19  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.220469  normal  0.974769 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1991  superfamily I DNA/RNA helicase  27.5 
 
 
1387 aa  98.6  9e-19  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1250  hypothetical protein  30.33 
 
 
906 aa  96.7  4e-18  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0649  hypothetical protein  28.9 
 
 
905 aa  96.3  5e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3259  hypothetical protein  27.18 
 
 
900 aa  96.3  5e-18  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4019  hypothetical protein  27.44 
 
 
907 aa  95.5  7e-18  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3742  hypothetical protein  25.83 
 
 
905 aa  95.5  7e-18  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3745  superfamily I DNA/RNA helicase  27.1 
 
 
1694 aa  95.1  1e-17  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3416  hypothetical protein  27.51 
 
 
905 aa  94  3e-17  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.484184 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0536  hypothetical protein  27.51 
 
 
905 aa  93.6  3e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1076  hypothetical protein  32.93 
 
 
194 aa  92.4  8e-17  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.000229233  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>