More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_2889 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004347  SO_2889  sensory box histidine kinase  100 
 
 
869 aa  1783    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1632  multi-sensor signal transduction histidine kinase  81.72 
 
 
872 aa  1412    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.101573 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2600  multi-sensor signal transduction histidine kinase  39.14 
 
 
870 aa  642    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0842783  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1680  putative PAS/PAC sensor protein  64.52 
 
 
879 aa  1159    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.85517  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2510  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  61.93 
 
 
876 aa  1117    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.459167  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1812  multi-sensor signal transduction histidine kinase  61.93 
 
 
878 aa  1115    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.886471 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1768  multi-sensor signal transduction histidine kinase  61.93 
 
 
878 aa  1117    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.760455  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1775  multi-sensor signal transduction histidine kinase  61.81 
 
 
878 aa  1112    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.826107  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1565  multi-sensor signal transduction histidine kinase  81.7 
 
 
872 aa  1410    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.973248 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1640  multi-sensor signal transduction histidine kinase  82.18 
 
 
872 aa  1419    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00754009 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2472  putative PAS/PAC sensor protein  36.43 
 
 
866 aa  605  1.0000000000000001e-171  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.451981  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2065  putative PAS/PAC sensor protein  37.18 
 
 
872 aa  551  1e-155  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.768773  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2218  signal transduction histidine kinase regulating citrate/malate metabolism  36.37 
 
 
879 aa  524  1e-147  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.116111 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1955  sensory box histidine kinase  35.57 
 
 
849 aa  482  1e-134  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.941314  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4948  sensory box protein  30.87 
 
 
921 aa  213  2e-53  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0569  GGDEF domain-containing protein  26.87 
 
 
678 aa  186  2.0000000000000003e-45  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000729555  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2678  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  27.7 
 
 
665 aa  124  7e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0770699  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2601  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  27.7 
 
 
665 aa  123  9.999999999999999e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000150661  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1781  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Cache sensor  27.7 
 
 
665 aa  123  9.999999999999999e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0252457  hitchhiker  0.0000048768 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2563  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  27.7 
 
 
665 aa  123  9.999999999999999e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00274337  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0719  Signal transduction histidine kinase sensor  23.06 
 
 
785 aa  120  9.999999999999999e-26  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.00268576  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1767  multi-sensor signal transduction histidine kinase  23.06 
 
 
785 aa  116  2.0000000000000002e-24  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.0937227 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0118  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  35.37 
 
 
661 aa  110  1e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01620  Signal transduction histidine kinase  39.04 
 
 
806 aa  102  3e-20  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003904  sensor histidine kinase  35.94 
 
 
806 aa  90.5  1e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.397449  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2738  putative PAS/PAC sensor protein  31.38 
 
 
2077 aa  87.4  0.000000000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3294  multi-sensor signal transduction histidine kinase  22.97 
 
 
714 aa  86.7  0.000000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.523166 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3549  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  22.34 
 
 
982 aa  84.3  0.000000000000008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.288363 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2825  PAS:GGDEF  28.49 
 
 
548 aa  81.6  0.00000000000006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.067576  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1982  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.85 
 
 
1355 aa  80.9  0.0000000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2554  chemotaxis sensory transducer  24.49 
 
 
663 aa  79.7  0.0000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.486048 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2762  PAS sensor protein  30.86 
 
 
1135 aa  79.7  0.0000000000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.449168  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0835  multi-sensor hybrid histidine kinase  22.04 
 
 
1165 aa  77.8  0.0000000000009  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1424  sensor histidine kinase  36.94 
 
 
736 aa  77.4  0.000000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2287  histidine kinase  23.45 
 
 
770 aa  77.4  0.000000000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.709847  normal  0.24871 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2336  signal transduction histidine kinase  24.52 
 
 
3706 aa  76.3  0.000000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2604  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  21.21 
 
 
1254 aa  75.9  0.000000000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.545668  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1744  Signal transduction histidine kinase  20.78 
 
 
893 aa  75.5  0.000000000004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.410742  normal  0.243263 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3237  methyl-accepting chemotaxis protein  24.08 
 
 
771 aa  73.6  0.00000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0091  multi-sensor signal transduction histidine kinase  23.08 
 
 
854 aa  71.6  0.00000000006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1441  PAS  23.7 
 
 
794 aa  70.9  0.0000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.876573  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1608  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  27.68 
 
 
1015 aa  70.5  0.0000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00363686 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4251  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  28.12 
 
 
603 aa  70.1  0.0000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2587  PAS  33.05 
 
 
671 aa  70.1  0.0000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.187407  normal  0.694957 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0920  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.97 
 
 
655 aa  69.7  0.0000000002  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.301008  decreased coverage  0.000022653 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4639  signal transduction histidine kinase with CheB and CheR activity  25.72 
 
 
1453 aa  70.1  0.0000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.432269  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1040  multi-sensor signal transduction histidine kinase  22.51 
 
 
590 aa  69.7  0.0000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2177  multi-sensor signal transduction histidine kinase  20.67 
 
 
885 aa  69.7  0.0000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1575  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.42 
 
 
683 aa  69.3  0.0000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.539969  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2590  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.91 
 
 
1959 aa  69.3  0.0000000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0694001 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0139  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  21.18 
 
 
745 aa  68.9  0.0000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.233978  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4069  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  22.11 
 
 
1284 aa  67.8  0.0000000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.92301  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0128  putative PAS/PAC sensor protein  29.53 
 
 
433 aa  67.8  0.000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2356  multi-sensor signal transduction histidine kinase  19.42 
 
 
900 aa  67  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0113546  normal  0.244783 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3384  multi-sensor signal transduction histidine kinase  20.55 
 
 
898 aa  67.4  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1919  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.98 
 
 
862 aa  66.6  0.000000002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.592004  normal  0.385421 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3109  multi-sensor signal transduction histidine kinase  20.34 
 
 
901 aa  66.2  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.143082 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4301  signal transduction histidine kinase  28.89 
 
 
2693 aa  65.9  0.000000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5000  multi-sensor signal transduction histidine kinase  19.52 
 
 
893 aa  65.9  0.000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.546026 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0244  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  19.76 
 
 
1066 aa  65.5  0.000000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1492  GAF sensor signal transduction histidine kinase  26.35 
 
 
453 aa  65.1  0.000000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.609505  normal  0.551578 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0532  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  23.58 
 
 
814 aa  64.7  0.000000007  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.202889  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1810  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  21.38 
 
 
488 aa  64.7  0.000000007  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.081179 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0835  two component system histidine kinase  24.76 
 
 
831 aa  63.9  0.00000001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3789  aerobic respiration control sensor protein ArcB  21.9 
 
 
779 aa  63.5  0.00000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00874982  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3631  aerobic respiration control sensor protein ArcB  22.6 
 
 
779 aa  63.9  0.00000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.330412  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0315  multi-sensor hybrid histidine kinase  19.33 
 
 
757 aa  63.9  0.00000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3221  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  22.29 
 
 
590 aa  63.9  0.00000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.128603 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2867  GAF sensor signal transduction histidine kinase  26.35 
 
 
453 aa  63.9  0.00000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1781  multi-sensor signal transduction histidine kinase  22.49 
 
 
430 aa  63.9  0.00000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2884  GAF sensor signal transduction histidine kinase  25.68 
 
 
453 aa  63.2  0.00000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.260369  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0285  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Cache sensor  27.03 
 
 
717 aa  63.5  0.00000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2578  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  23.32 
 
 
689 aa  63.2  0.00000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.800994 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3013  GAF sensor signal transduction histidine kinase  26.35 
 
 
453 aa  63.5  0.00000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.644967 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2109  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  28 
 
 
599 aa  62.4  0.00000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.161845  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0647  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  26.53 
 
 
1741 aa  62.8  0.00000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.294056 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1549  multi-sensor hybrid histidine kinase  22.83 
 
 
1199 aa  62.4  0.00000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4665  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  24.29 
 
 
670 aa  62.4  0.00000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1442  multi-sensor signal transduction histidine kinase  22.35 
 
 
781 aa  62.4  0.00000004  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.371477  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1160  putative sensor protein gacS  24.27 
 
 
808 aa  62  0.00000004  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0119  PAS sensor protein  28.86 
 
 
1561 aa  62.4  0.00000004  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0129  multi-sensor hybrid histidine kinase  20.05 
 
 
752 aa  62  0.00000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3354  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  22.73 
 
 
1242 aa  62  0.00000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1302  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.17 
 
 
1090 aa  61.6  0.00000006  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0842919  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0912  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  26.39 
 
 
903 aa  61.6  0.00000006  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.644945  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2579  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Cache sensor  21.89 
 
 
678 aa  61.6  0.00000006  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1273  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.17 
 
 
1090 aa  61.6  0.00000007  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3623  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.39 
 
 
583 aa  60.8  0.0000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.0877329 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0384  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  22.11 
 
 
644 aa  60.5  0.0000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2865  Signal transduction histidine kinase-like protein  20 
 
 
2213 aa  60.5  0.0000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000726448 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0734  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  28.35 
 
 
881 aa  60.5  0.0000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.702942  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3600  multi-sensor signal transduction histidine kinase  20.34 
 
 
900 aa  60.5  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.182555  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0198  multi-sensor hybrid histidine kinase  21.68 
 
 
1344 aa  59.7  0.0000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.592297 
 
 
-
 
NC_011777  BCAH820_B0253  sensor histidine kinase  23.17 
 
 
455 aa  58.9  0.0000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.16897e-16 
 
 
-
 
NC_005707  BCE_A0214  sensor histidine kinase  23.17 
 
 
455 aa  58.9  0.0000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.178766  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1152  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.43 
 
 
1120 aa  59.3  0.0000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4029  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  30.53 
 
 
630 aa  59.7  0.0000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2373  putative PAS/PAC sensor protein  28.3 
 
 
424 aa  59.3  0.0000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0322633  normal  0.629706 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2714  multi-sensor signal transduction histidine kinase  24.68 
 
 
1168 aa  58.9  0.0000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1343  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  27.14 
 
 
859 aa  58.9  0.0000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0844288  hitchhiker  0.00464954 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>