More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_1040 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012918  GM21_3221  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  92.37 
 
 
590 aa  1113    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.128603 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1040  multi-sensor signal transduction histidine kinase  100 
 
 
590 aa  1220    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1083  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  37.9 
 
 
986 aa  202  1.9999999999999998e-50  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0721424  decreased coverage  0.00000190438 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2853  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.25 
 
 
578 aa  193  9e-48  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1303  methyl-accepting chemotaxis protein  47.12 
 
 
494 aa  192  1e-47  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0091  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.01 
 
 
854 aa  182  1e-44  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1796  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.25 
 
 
871 aa  182  1e-44  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000183002  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1033  methyl-accepting chemotaxis protein  54.11 
 
 
533 aa  180  5.999999999999999e-44  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0149  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  47.03 
 
 
533 aa  178  2e-43  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1138  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.43 
 
 
983 aa  178  3e-43  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3063  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  47.06 
 
 
533 aa  174  5e-42  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.378908  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2127  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.02 
 
 
621 aa  167  5e-40  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0793237  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4142  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  29.92 
 
 
916 aa  165  2.0000000000000002e-39  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2979  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.12 
 
 
1340 aa  157  6e-37  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.698765 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1733  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  45.73 
 
 
823 aa  156  1e-36  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0806  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.53 
 
 
865 aa  155  2.9999999999999998e-36  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.613384  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2024  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.47 
 
 
511 aa  154  5e-36  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.648429 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0008  PAS  29.84 
 
 
1439 aa  147  6e-34  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.130257  normal  0.0574671 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1846  multi-sensor signal transduction histidine kinase  43.02 
 
 
737 aa  147  7.0000000000000006e-34  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3923  sensory box protein  43.08 
 
 
297 aa  144  4e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2672  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  47.92 
 
 
619 aa  142  1.9999999999999998e-32  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2063  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.87 
 
 
1622 aa  142  1.9999999999999998e-32  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.578386 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50630  Periplasmic hybrid histidine protein kinase, two-component  29.32 
 
 
1030 aa  140  7e-32  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.366718  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0548  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  25 
 
 
639 aa  139  1e-31  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.271418  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2151  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  34.31 
 
 
707 aa  139  1e-31  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.461641 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3580  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.24 
 
 
1428 aa  139  2e-31  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.506123  normal  0.532587 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0809  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  38.31 
 
 
532 aa  138  3.0000000000000003e-31  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.826751  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3549  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  28.14 
 
 
982 aa  137  7.000000000000001e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.288363 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1442  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.01 
 
 
781 aa  135  1.9999999999999998e-30  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.371477  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1285  sensory box sensor histidine kinase/response regulator  26.74 
 
 
772 aa  134  3e-30  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1371  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  24.17 
 
 
639 aa  134  6e-30  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0232  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.06 
 
 
1116 aa  134  6.999999999999999e-30  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2743  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  45.21 
 
 
929 aa  133  7.999999999999999e-30  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00773709  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0885  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.1 
 
 
830 aa  133  9e-30  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.118561 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1491  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  29.06 
 
 
696 aa  132  1.0000000000000001e-29  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.125145  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1292  PAS  29.37 
 
 
1209 aa  132  3e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.746783 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1871  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  27.51 
 
 
842 aa  131  3e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.464371  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1917  response regulator receiver /GGDEF/PAS/PAC domain-containing protein  48.76 
 
 
419 aa  131  4.0000000000000003e-29  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.0589316 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2744  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  41.15 
 
 
572 aa  131  4.0000000000000003e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.696609  normal  0.585687 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0777  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.95 
 
 
1019 aa  129  1.0000000000000001e-28  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1656  sensory box/response regulator  43.57 
 
 
420 aa  128  2.0000000000000002e-28  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1676  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  42.22 
 
 
1021 aa  128  2.0000000000000002e-28  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.267843  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3453  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  40.11 
 
 
532 aa  129  2.0000000000000002e-28  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0235494 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0290  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  23.78 
 
 
639 aa  128  3e-28  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.400694  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4639  signal transduction histidine kinase with CheB and CheR activity  28.98 
 
 
1453 aa  127  5e-28  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.432269  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1810  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.46 
 
 
488 aa  127  7e-28  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.081179 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2383  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  28.23 
 
 
1177 aa  127  7e-28  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.467753 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1792  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.33 
 
 
984 aa  126  1e-27  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2236  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  27.2 
 
 
839 aa  125  2e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.710267  hitchhiker  0.00000913845 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3009  hypothetical protein  44.6 
 
 
783 aa  125  3e-27  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3843  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  49.12 
 
 
407 aa  124  4e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000804532 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1977  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  50.85 
 
 
311 aa  124  4e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000486076  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3772  multi-sensor hybrid histidine kinase  28 
 
 
934 aa  124  6e-27  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0961  multi-sensor hybrid histidine kinase  26.26 
 
 
1611 aa  123  8e-27  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.100608  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1418  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.75 
 
 
444 aa  123  8e-27  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0140272  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1482  sensory box histidine kinase/response regulator  29.31 
 
 
1213 aa  123  9e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4119  multi-sensor hybrid histidine kinase  25.58 
 
 
1331 aa  122  9.999999999999999e-27  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3363  PAS/PAC sensor Signal transduction histidine kinase  29.97 
 
 
515 aa  123  9.999999999999999e-27  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4310  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  28.3 
 
 
631 aa  123  9.999999999999999e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.917762  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4200  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.3 
 
 
678 aa  123  9.999999999999999e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.679083  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0160  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  26.84 
 
 
729 aa  122  1.9999999999999998e-26  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.401412  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1200  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.62 
 
 
619 aa  122  1.9999999999999998e-26  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.645678 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3024  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.81 
 
 
572 aa  121  3e-26  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0537  sensory box/GGDEF family protein  42.75 
 
 
682 aa  121  3.9999999999999996e-26  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1953  histidine kinase  25.71 
 
 
661 aa  120  6e-26  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3771  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.07 
 
 
1391 aa  120  6e-26  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2270  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  25.34 
 
 
661 aa  120  7e-26  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2100  two-component sensor protein  27.59 
 
 
1211 aa  119  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.349009  normal  0.142111 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1948  aerobic respiration control sensor protein ArcB  24.04 
 
 
785 aa  119  9.999999999999999e-26  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000151303  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2025  two component sensor histidine kinase  28.15 
 
 
613 aa  119  1.9999999999999998e-25  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.199641  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1162  two-component sensor  29.38 
 
 
1215 aa  118  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3161  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  27.06 
 
 
437 aa  119  1.9999999999999998e-25  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.838045  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4549  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.54 
 
 
1060 aa  119  1.9999999999999998e-25  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0965  sensory box sensor histidine kinase/response regulator  26.7 
 
 
1331 aa  118  3e-25  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0835  multi-sensor hybrid histidine kinase  27.23 
 
 
1165 aa  117  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1057  histidine kinase  23.98 
 
 
673 aa  118  3.9999999999999997e-25  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.0263803 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1208  multi-sensor signal transduction histidine kinase  39.13 
 
 
619 aa  117  6e-25  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0242207  normal  0.0474084 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3399  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.16 
 
 
680 aa  117  6.9999999999999995e-25  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3639  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  27.38 
 
 
1210 aa  117  6.9999999999999995e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.847136  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4783  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  27.2 
 
 
680 aa  117  7.999999999999999e-25  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.302794  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3046  two-component sensor histidine kinase  28.18 
 
 
515 aa  117  7.999999999999999e-25  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.3846  normal  0.30289 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4329  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.95 
 
 
683 aa  117  8.999999999999998e-25  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.213628  n/a   
 
 
-
 
NC_013924  Nmag_4101  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.42 
 
 
786 aa  116  1.0000000000000001e-24  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2079  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.6 
 
 
1260 aa  116  1.0000000000000001e-24  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.8885299999999995e-20 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2113  PAS  28.47 
 
 
1206 aa  115  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.819255  normal  0.387177 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1858  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.2 
 
 
1191 aa  115  2.0000000000000002e-24  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4928  multi-sensor hybrid histidine kinase  27.02 
 
 
889 aa  115  2.0000000000000002e-24  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.338102 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0987  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  30.97 
 
 
451 aa  115  2.0000000000000002e-24  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0332728  normal  0.408822 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1972  signal transduction histidine kinase  45 
 
 
815 aa  115  2.0000000000000002e-24  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000691031  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1451  multi-sensor hybrid histidine kinase  27.74 
 
 
877 aa  115  2.0000000000000002e-24  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5151  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.08 
 
 
636 aa  114  3e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.300471  normal  0.605559 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1435  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  29.46 
 
 
512 aa  115  3e-24  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004463  aerobic respiration control sensor protein ArcB  24.14 
 
 
784 aa  114  4.0000000000000004e-24  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.135915  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0735  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  26.74 
 
 
841 aa  114  4.0000000000000004e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.310558  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0493  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.15 
 
 
431 aa  114  4.0000000000000004e-24  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000431095 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2865  Signal transduction histidine kinase-like protein  26.13 
 
 
2213 aa  114  4.0000000000000004e-24  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000726448 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0476  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.22 
 
 
431 aa  114  5e-24  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1221  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  24.93 
 
 
637 aa  114  5e-24  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0706  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.39 
 
 
611 aa  114  6e-24  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.174577  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0555  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  26.79 
 
 
416 aa  114  7.000000000000001e-24  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.564143 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>