More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A2372 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007643  Rru_A2372  sigma-24 (FecI)  100 
 
 
214 aa  434  1e-121  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0392872  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1978  sigma-24 (FecI-like)  56.21 
 
 
171 aa  196  3e-49  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.912668  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0656  sigma-70 region 2  57.05 
 
 
151 aa  174  6e-43  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3079  fec I like protein  48.52 
 
 
170 aa  162  4.0000000000000004e-39  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2883  fec I like protein  44.2 
 
 
172 aa  120  9.999999999999999e-27  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.200402 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4508  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  39.63 
 
 
173 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1008  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  40.34 
 
 
170 aa  106  3e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.719302  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1045  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  40.34 
 
 
170 aa  106  3e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.162254  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1007  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  40.34 
 
 
170 aa  105  4e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4216  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  38.64 
 
 
170 aa  102  6e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.947001  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4377  sigma-24 (FecI)  39.39 
 
 
172 aa  99.4  3e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.316099  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1107  sigma-70 region 2  38.69 
 
 
187 aa  98.2  7e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1438  sigma-24 (FecI)  34.78 
 
 
173 aa  91.7  7e-18  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1816  anti-FecI sigma factor, FecR  42.94 
 
 
374 aa  88.6  7e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.256693  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1286  RNA polymerase sigma-70 family protein  36.97 
 
 
180 aa  86.7  2e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1717  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  35.98 
 
 
171 aa  87.4  2e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3545  anti-FecI sigma factor, FecR  41.51 
 
 
374 aa  86.7  2e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.534763  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2192  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  41.51 
 
 
374 aa  86.3  3e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2397  sigma-24 (FecI)  35.47 
 
 
179 aa  86.3  3e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.103635  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2994  sigma-24 (FecI-like)  39.86 
 
 
183 aa  86.3  3e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0287557 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19990  RNA polymerase ECF-subfamily sigma-70 factor  35.98 
 
 
171 aa  85.5  6e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0223745  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2777  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.2 
 
 
171 aa  84.3  0.000000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.933443 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4533  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.55 
 
 
170 aa  82.8  0.000000000000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.36335 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1816  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.84 
 
 
169 aa  81.6  0.000000000000007  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1052  sigma-24 (FecI-like)  34.32 
 
 
178 aa  81.3  0.000000000000009  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.719626  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3128  sigma-24 (FecI-like)  35.14 
 
 
169 aa  79  0.00000000000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.311095 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2388  sigma-24 (FecI-like)  29.94 
 
 
185 aa  79  0.00000000000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0412661  hitchhiker  0.0000504088 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1413  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.9 
 
 
169 aa  79  0.00000000000006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.70955  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3720  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.33 
 
 
186 aa  78.6  0.00000000000006  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.344923  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2774  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.03 
 
 
167 aa  77.8  0.0000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1858  RNA polymerase sigma factor  34.81 
 
 
160 aa  77.4  0.0000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.598111  normal  0.760188 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3503  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  37.82 
 
 
203 aa  77.4  0.0000000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.707859  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2873  RNA polymerase sigma factor  35.06 
 
 
159 aa  77  0.0000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.511965  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2873  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.33 
 
 
210 aa  76.3  0.0000000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.444727 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1150  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.1 
 
 
223 aa  75.9  0.0000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.188745  normal  0.196172 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0699  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.06 
 
 
165 aa  75.9  0.0000000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.390031  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25390  RNA polymerase sigma factor, FecI family  28 
 
 
234 aa  75.5  0.0000000000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.197248  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0243  putative RNA polymerase sigma-70 factor FecI  29.61 
 
 
189 aa  75.5  0.0000000000006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6883  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.73 
 
 
214 aa  75.5  0.0000000000006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2781  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.55 
 
 
260 aa  75.1  0.0000000000008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.269223 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1442  sigma-24 (FecI-like)  30.82 
 
 
168 aa  74.7  0.0000000000009  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.558792  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3045  fec I like protein  32.22 
 
 
182 aa  73.9  0.000000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.688858  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2429  transcriptional regulator, LuxR family  35.62 
 
 
196 aa  74.7  0.000000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2212  sigma-24 (FecI-like)  31.37 
 
 
202 aa  73.6  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.255212 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0342  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.67 
 
 
196 aa  73.9  0.000000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1839  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  32.3 
 
 
169 aa  73.2  0.000000000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0342847  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1342  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.48 
 
 
198 aa  73.2  0.000000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.524179  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2387  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  35.81 
 
 
169 aa  73.2  0.000000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.572366  normal  0.608857 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6088  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.88 
 
 
181 aa  72.8  0.000000000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.13008  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03870  RNA polymerase sigma factor, FecI family  34.09 
 
 
188 aa  72  0.000000000007  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.943844  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3759  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  37.06 
 
 
180 aa  70.1  0.00000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.512296  normal  0.170794 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3786  sigma-24 (FecI)  31.85 
 
 
166 aa  70.1  0.00000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.682097 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3532  RNA polymerase sigma factor  33.12 
 
 
158 aa  70.1  0.00000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.997042 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4054  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  37.06 
 
 
180 aa  70.1  0.00000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4791  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  27.44 
 
 
182 aa  69.7  0.00000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0414375  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3780  RNA polymerase sigma factor  32.48 
 
 
158 aa  69.3  0.00000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0428  RNA polymerase sigma factor SigX  29.65 
 
 
181 aa  68.9  0.00000000005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4015  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  38.35 
 
 
166 aa  68.9  0.00000000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.346038 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1645  RNA polymerase sigma factor  31.85 
 
 
158 aa  68.9  0.00000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1760  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.52 
 
 
205 aa  68.9  0.00000000006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.431195 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1734  FecI like protein  31.45 
 
 
236 aa  68.6  0.00000000006  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.112021 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2051  fec I like protein  35 
 
 
176 aa  68.9  0.00000000006  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33800  RNA polymerase sigma factor  34.39 
 
 
159 aa  68.6  0.00000000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.0000282652  hitchhiker  0.00445082 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6032  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.67 
 
 
199 aa  68.6  0.00000000007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.40169 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4313  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.25 
 
 
162 aa  68.6  0.00000000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.737925  normal  0.0110749 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2100  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.79 
 
 
178 aa  68.6  0.00000000007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06180  RNA polymerase sigma factor  30.95 
 
 
172 aa  67.8  0.0000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.281942  normal  0.0383866 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0865  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.25 
 
 
161 aa  67  0.0000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.622636  normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG0162  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  31.76 
 
 
193 aa  67  0.0000000002  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0895  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.25 
 
 
165 aa  67  0.0000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.248298 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5953  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.81 
 
 
169 aa  67  0.0000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0123978 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4835  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  33.93 
 
 
181 aa  66.6  0.0000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6157  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.71 
 
 
188 aa  66.6  0.0000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.200683 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0655  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  37.12 
 
 
189 aa  67.4  0.0000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3603  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.75 
 
 
173 aa  67  0.0000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.324027 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55550  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  32.53 
 
 
181 aa  66.2  0.0000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0813524 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4013  RNA polymerase sigma-70 factor  29.89 
 
 
193 aa  66.2  0.0000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03904  putative RNA polymerase sigma-70 factor FecI  30.06 
 
 
196 aa  66.6  0.0000000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.1461  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4244  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  31.41 
 
 
176 aa  66.2  0.0000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.799752  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0326  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  29.34 
 
 
192 aa  66.2  0.0000000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0883  sigma-24 (FecI)  33.33 
 
 
171 aa  65.9  0.0000000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0909  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.63 
 
 
165 aa  66.2  0.0000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0619138 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0578  RNA polymerase sigma factor  30.36 
 
 
172 aa  65.9  0.0000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4736  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.08 
 
 
161 aa  65.5  0.0000000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3316  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.05 
 
 
171 aa  65.9  0.0000000005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00587435 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1629  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.33 
 
 
175 aa  65.9  0.0000000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.459809 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1741  sigma-24 (FecI-like)  31.21 
 
 
180 aa  65.5  0.0000000006  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.0218052 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2217  sigma-24 (FecI-like)  33.33 
 
 
183 aa  65.5  0.0000000006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.10129  normal  0.130898 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4208  RNA polymerase sigma factor  33.75 
 
 
158 aa  65.1  0.0000000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.506383  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0480  sigma-24 (FecI-like)  31.01 
 
 
182 aa  65.1  0.0000000008  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0637094  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2918  putative extracytoplasmic function sigma factor (IRON-regulated) transcription regulator protein  30 
 
 
174 aa  64.7  0.0000000009  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.611118 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0894  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30 
 
 
165 aa  64.7  0.0000000009  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.588251  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3835  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.38 
 
 
188 aa  64.7  0.0000000009  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02250  RNA polymerase sigma factor, FecI family  31.33 
 
 
167 aa  64.7  0.000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3563  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  31.41 
 
 
176 aa  64.3  0.000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.661708  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1969  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.94 
 
 
187 aa  64.3  0.000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.874493 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25660  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  30.63 
 
 
159 aa  64.3  0.000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3316  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.06 
 
 
166 aa  63.9  0.000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.685716 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3810  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  31.41 
 
 
176 aa  63.9  0.000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.775772  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3174  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  25.45 
 
 
191 aa  63.9  0.000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.192899  normal  0.919129 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>