More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_0533 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010682  Rpic_0546  diguanylate cyclase  95.63 
 
 		 499 aa  894    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0533  diguanylate cyclase  100 
 
 		 480 aa  978    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5179  diguanylate cyclase  67.83 
 
 		 504 aa  625  1e-178  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.466605 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5514  diguanylate cyclase  62.75 
 
 		 493 aa  575  1.0000000000000001e-163  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.333875  normal  0.197216 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6264  diguanylate cyclase  64.16 
 
 		 502 aa  574  1.0000000000000001e-162  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.291677  normal  0.150603 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6431  diguanylate cyclase  63.94 
 
 		 502 aa  573  1.0000000000000001e-162  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6666  diguanylate cyclase  63.94 
 
 		 502 aa  573  1.0000000000000001e-162  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6048  diguanylate cyclase  61.93 
 
 		 506 aa  553  1e-156  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.423069 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6345  diguanylate cyclase  61.71 
 
 		 506 aa  552  1e-156  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.155718  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1127  GGDEF domain-containing protein  61.33 
 
 		 572 aa  524  1e-147  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00567617  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0638  diguanylate cyclase  45.71 
 
 		 524 aa  365  1e-100  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0484455 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0410  diguanylate cyclase  41.92 
 
 		 516 aa  334  2e-90  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1025  diguanylate cyclase  41.5 
 
 		 492 aa  331  1e-89  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6347  diguanylate cyclase  40.93 
 
 		 507 aa  330  3e-89  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.197089 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1901  diguanylate cyclase  41.28 
 
 		 492 aa  330  4e-89  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6178  diguanylate cyclase  41.28 
 
 		 492 aa  330  4e-89  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.837587  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1924  diguanylate cyclase  41.06 
 
 		 492 aa  330  5.0000000000000004e-89  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.268801  normal  0.495061 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4694  diguanylate cyclase  42.38 
 
 		 492 aa  329  7e-89  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1021  diguanylate cyclase  41.28 
 
 		 492 aa  328  1.0000000000000001e-88  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0128107  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3188  diguanylate cyclase  41.15 
 
 		 529 aa  325  1e-87  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.210299 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4944  diguanylate cyclase  41.94 
 
 		 520 aa  325  1e-87  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0582678 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5496  diguanylate cyclase  41.72 
 
 		 520 aa  324  2e-87  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.414779  hitchhiker  0.000876281 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4565  diguanylate cyclase  40.71 
 
 		 521 aa  324  2e-87  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.267028  normal  0.0465187 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1598  diguanylate cyclase  38.85 
 
 		 492 aa  322  7e-87  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0273825  normal  0.888834 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0028  diguanylate cyclase  39.78 
 
 		 527 aa  319  6e-86  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.789293 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5189  diguanylate cyclase  39.82 
 
 		 521 aa  316  6e-85  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5670  diguanylate cyclase  39.82 
 
 		 521 aa  316  6e-85  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0236259 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4297  diguanylate cyclase  40.93 
 
 		 522 aa  311  1e-83  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0491288  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4503  diguanylate cyclase  39.51 
 
 		 492 aa  306  4.0000000000000004e-82  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4045  diguanylate cyclase  39.29 
 
 		 492 aa  303  5.000000000000001e-81  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2825  GGDEF domain-containing protein  39.69 
 
 		 487 aa  302  9e-81  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.819973  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2397  diguanylate cyclase  40.4 
 
 		 510 aa  301  2e-80  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5084  diguanylate cyclase  38.85 
 
 		 503 aa  301  3e-80  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.494089  normal  0.0445442 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2678  diguanylate cyclase  39.47 
 
 		 487 aa  300  3e-80  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3807  diguanylate cyclase  41.41 
 
 		 510 aa  300  4e-80  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.417307 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0097  GGDEF domain-containing protein  39.47 
 
 		 487 aa  300  4e-80  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1257  diguanylate cyclase  39.47 
 
 		 487 aa  300  4e-80  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0115  diguanylate cyclase  39.47 
 
 		 487 aa  300  4e-80  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.418458  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1535  diguanylate cyclase  39.47 
 
 		 487 aa  300  4e-80  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1077  GGDEF domain-containing protein  39.47 
 
 		 528 aa  300  5e-80  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.918636  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3714  diguanylate cyclase  41.19 
 
 		 510 aa  300  6e-80  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.28391  normal  0.0412955 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4649  diguanylate cyclase  41.19 
 
 		 510 aa  300  6e-80  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0401  GGDEF domain-containing protein  39.13 
 
 		 507 aa  297  2e-79  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5454  diguanylate cyclase  40.53 
 
 		 510 aa  294  2e-78  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.488047  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS04801  hypothetical protein  38.77 
 
 		 505 aa  294  3e-78  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0299872 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5012  diguanylate cyclase  41.36 
 
 		 510 aa  293  4e-78  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1125  GGDEF  39.5 
 
 		 509 aa  293  6e-78  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.394023  normal  0.376452 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0175  diguanylate cyclase  38.68 
 
 		 516 aa  291  2e-77  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS00826  putative transmembrane protein  39.74 
 
 		 488 aa  288  1e-76  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.61367  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4666  diguanylate cyclase  39.39 
 
 		 501 aa  289  1e-76  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0421428  normal  0.479047 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4104  diguanylate cyclase  38.32 
 
 		 505 aa  286  5e-76  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.340706 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3991  diguanylate cyclase  38.32 
 
 		 505 aa  286  5e-76  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.613369 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1840  putative transmembrane transcriptional sensor regulator  38.48 
 
 		 506 aa  285  1.0000000000000001e-75  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0399375  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1755  diguanylate cyclase  38.48 
 
 		 499 aa  284  2.0000000000000002e-75  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0315  GGDEF domain-containing protein  38.48 
 
 		 484 aa  284  2.0000000000000002e-75  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.237701  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0250  GGDEF domain-containing protein  38.48 
 
 		 489 aa  284  2.0000000000000002e-75  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.164767  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0390  GGDEF domain-containing protein  38.48 
 
 		 499 aa  284  2.0000000000000002e-75  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.817676  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1346  GGDEF domain-containing protein  38.48 
 
 		 499 aa  284  2.0000000000000002e-75  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0669442  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1305  GGDEF domain protein  38.24 
 
 		 502 aa  284  3.0000000000000004e-75  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.620212  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0984  GGDEF domain-containing protein  38.48 
 
 		 489 aa  283  5.000000000000001e-75  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.184695  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3598  diguanylate cyclase  40.53 
 
 		 510 aa  283  5.000000000000001e-75  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0518  diguanylate cyclase  39.61 
 
 		 506 aa  280  4e-74  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1122  GGDEF domain-containing protein  38.13 
 
 		 506 aa  279  6e-74  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.014859  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4395  diguanylate cyclase  39.96 
 
 		 498 aa  275  2.0000000000000002e-72  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2420  diguanylate cyclase  38.9 
 
 		 532 aa  273  7e-72  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.499921  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1243  diguanylate cyclase  37.99 
 
 		 510 aa  272  8.000000000000001e-72  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.624606  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2492  diguanylate cyclase  37.14 
 
 		 474 aa  271  1e-71  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.379327 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2715  diguanylate cyclase  36.92 
 
 		 508 aa  267  2.9999999999999995e-70  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.271597  normal  0.533444 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0821  diguanylate cyclase  39.17 
 
 		 496 aa  266  5.999999999999999e-70  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.605291  normal  0.227561 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0798  GGDEF domain-containing protein  39.08 
 
 		 496 aa  264  2e-69  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.412232  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS00828  putative transmembrane protein  38.05 
 
 		 512 aa  264  2e-69  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.33694  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6958  diguanylate cyclase  39.38 
 
 		 502 aa  264  3e-69  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0985  diguanylate cyclase  37.95 
 
 		 508 aa  262  1e-68  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0832  diguanylate cyclase  39.56 
 
 		 496 aa  261  2e-68  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4536  diguanylate cyclase  34.15 
 
 		 503 aa  257  3e-67  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.221207  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0766  diguanylate cyclase  35.75 
 
 		 501 aa  246  9.999999999999999e-64  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3328  GGDEF  32.68 
 
 		 548 aa  244  3e-63  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00921167 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0868  GGDEF domain-containing protein  34.59 
 
 		 494 aa  240  4e-62  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.796056  normal  0.69001 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0954  diguanylate cyclase  34.06 
 
 		 502 aa  239  5.999999999999999e-62  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0641916  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2597  diguanylate cyclase  37.39 
 
 		 506 aa  239  1e-61  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.938839 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02019  Putative signal protein with GGDEF domain  34.17 
 
 		 494 aa  223  4.9999999999999996e-57  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5691  diguanylate cyclase  32.91 
 
 		 512 aa  218  2e-55  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2295  diguanylate cyclase  32.55 
 
 		 503 aa  209  9e-53  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2297  diguanylate cyclase  33.05 
 
 		 533 aa  206  6e-52  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.777078  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3068  diguanylate cyclase  30 
 
 		 516 aa  203  7e-51  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.608977 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2667  diguanylate cyclase  32.83 
 
 		 522 aa  203  7e-51  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.548675  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4491  diguanylate cyclase  37.44 
 
 		 531 aa  202  9.999999999999999e-51  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3800  diguanylate cyclase  31.24 
 
 		 553 aa  196  9e-49  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.223141 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4321  diguanylate cyclase  31.76 
 
 		 534 aa  191  4e-47  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2519  diguanylate cyclase  31.6 
 
 		 522 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.926429  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1348  diguanylate cyclase  28 
 
 		 515 aa  184  3e-45  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3242  GGDEF domain-containing protein  31.6 
 
 		 522 aa  183  6e-45  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.564089  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2281  GGDEF  30.39 
 
 		 555 aa  179  8e-44  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000303682  normal  0.0271008 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2591  GGDEF domain protein  30.21 
 
 		 528 aa  177  5e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.200767  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2930  diguanylate cyclase  27.88 
 
 		 515 aa  174  2.9999999999999996e-42  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.827018  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3172  diguanylate cyclase  32.43 
 
 		 518 aa  174  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.211888 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3174  diguanylate cyclase  32.75 
 
 		 530 aa  164  3e-39  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.258431  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1149  diguanylate cyclase  29.36 
 
 		 495 aa  159  9e-38  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2109  diguanylate cyclase  49.4 
 
 		 630 aa  155  2e-36  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.843932  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0948  EAL/GGDEF domain-containing protein  30.45 
 
 		 786 aa  154  2.9999999999999998e-36  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.239012  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>