More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_3392 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc3114  general secretory pathway D transmembrane protein  65.71 
 
 		 805 aa  863    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.442209  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7395  general secretion pathway protein D  50.78 
 
 		 717 aa  639    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.103776  normal  0.699876 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3229  type II and III secretion system protein:NolW-like  78.59 
 
 		 804 aa  1098    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.151962  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3392  type II and III secretion system protein  100 
 
 		 783 aa  1559    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0849213  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3052  general secretion pathway protein D  64.35 
 
 		 803 aa  865    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3399  general secretion pathway protein D  63.18 
 
 		 807 aa  872    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0007  general secretion pathway protein D  50.85 
 
 		 757 aa  634  1e-180  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2662  general secretion pathway protein D  50.71 
 
 		 757 aa  633  1e-180  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3518  general secretion pathway protein D  50.71 
 
 		 757 aa  633  1e-180  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0007  general secretion pathway protein D  50.85 
 
 		 757 aa  634  1e-180  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2786  general secretion pathway protein D  50.71 
 
 		 757 aa  633  1e-180  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.136433  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0220  general secretion pathway protein D  50.85 
 
 		 750 aa  634  1e-180  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.960002  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0007  general secretion pathway protein D  50.85 
 
 		 744 aa  634  1e-180  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1890  general secretion pathway protein D  50.71 
 
 		 757 aa  633  1e-180  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.189433  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0062  general secretion pathway protein D  51.35 
 
 		 771 aa  628  1e-178  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3070  general secretion pathway protein D  51.2 
 
 		 787 aa  626  1e-178  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00279328 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0052  general secretion pathway protein D  49.48 
 
 		 777 aa  627  1e-178  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5697  general secretion pathway protein D  47.54 
 
 		 787 aa  608  1e-173  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0549216 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1329  type II and III secretion system protein  48.11 
 
 		 747 aa  610  1e-173  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3427  general secretion pathway protein D  50 
 
 		 753 aa  606  9.999999999999999e-173  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000756806 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0756  general secretion pathway protein D  46.61 
 
 		 738 aa  605  1.0000000000000001e-171  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.2147 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3136  general secretion pathway protein D  51.56 
 
 		 736 aa  603  1.0000000000000001e-171  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.81817  hitchhiker  0.003504 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0646  general secretion pathway protein D  49.38 
 
 		 781 aa  599  1e-170  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0255398  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3529  general secretion pathway protein D  47.81 
 
 		 740 aa  596  1e-169  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.22216  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0667  general secretion pathway protein D  49.17 
 
 		 781 aa  596  1e-169  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.509623 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1073  general secretion pathway protein D  48.78 
 
 		 774 aa  577  1.0000000000000001e-163  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1902  type II and III secretion system protein  46.25 
 
 		 789 aa  555  1e-156  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0584402  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2529  general secretion pathway protein D  45.86 
 
 		 728 aa  542  1e-153  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.151487  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4825  putative type II secretion system protein  44.95 
 
 		 803 aa  511  1e-143  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0565778  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55450  putative type II secretion system protein  44.35 
 
 		 803 aa  511  1e-143  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.0000555876  normal  0.092125 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2211  general secretion pathway protein D  44.01 
 
 		 793 aa  505  1e-141  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.971398  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3175  type II and III secretion system protein  42.43 
 
 		 783 aa  491  1e-137  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.114854  normal  0.0336738 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0225  general secretion pathway protein D  34.88 
 
 		 655 aa  363  6e-99  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2401  general secretion pathway protein D  35.54 
 
 		 673 aa  362  1e-98  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.539176  hitchhiker  0.000473161 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0917  general secretion pathway protein D  54.44 
 
 		 810 aa  346  8e-94  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.460737  normal  0.382842 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0081  general secretion pathway protein D  51.74 
 
 		 780 aa  337  7e-91  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3244  type II and III secretion system protein  47.61 
 
 		 781 aa  336  1e-90  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.549479 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0063  general secretion pathway protein D  49.71 
 
 		 775 aa  330  5.0000000000000004e-89  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0542  type II and III secretion system protein  53.7 
 
 		 702 aa  328  3e-88  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0141  general secretion pathway protein D  34.35 
 
 		 725 aa  327  6e-88  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1954  type II and III secretion system protein  33.43 
 
 		 750 aa  327  6e-88  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0109975  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0008  Type II secretion system gspD  47.79 
 
 		 774 aa  322  9.999999999999999e-87  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0062  general secretion pathway protein D  47.79 
 
 		 774 aa  322  9.999999999999999e-87  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.348368  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4501  putative general secretory pathway protein D  59.93 
 
 		 814 aa  317  4e-85  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.322148 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0231  general secretion pathway protein D  31.42 
 
 		 689 aa  311  2e-83  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2027  general secretion pathway protein D  34.38 
 
 		 649 aa  311  2.9999999999999997e-83  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_40320  secretion protein XqhA  32.45 
 
 		 776 aa  307  6e-82  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.386319  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0683  general secretion pathway protein D  33.59 
 
 		 641 aa  306  8.000000000000001e-82  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00528314  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3420  general secretion pathway protein D  33.06 
 
 		 758 aa  306  1.0000000000000001e-81  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.454827  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2927  general secretion pathway protein D  33.58 
 
 		 645 aa  304  5.000000000000001e-81  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.319356  normal  0.290619 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3936  general secretion pathway protein D  60.29 
 
 		 791 aa  303  6.000000000000001e-81  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.765741 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1274  type II protein secretion LspD  31.87 
 
 		 791 aa  303  9e-81  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3138  general secretion pathway protein D  32.43 
 
 		 686 aa  303  1e-80  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02838  GspD, hypothetical type II secretion protein  32.13 
 
 		 686 aa  301  2e-80  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.00000664316  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3247  general secretion pathway protein GspD  32.13 
 
 		 686 aa  301  2e-80  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02788  hypothetical protein  32.13 
 
 		 686 aa  301  2e-80  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.00000655056  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3427  general secretion pathway protein D  32.43 
 
 		 686 aa  302  2e-80  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2591  general secretion pathway protein D  33.23 
 
 		 682 aa  300  7e-80  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1275  type II protein secretion LspD  32.16 
 
 		 791 aa  299  1e-79  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1416  general secretion pathway protein D  34.53 
 
 		 634 aa  299  1e-79  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.67015  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0250  type II and III secretion system protein  32.94 
 
 		 703 aa  298  2e-79  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.980463  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0381  general secretion pathway protein D  32.33 
 
 		 650 aa  296  1e-78  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.693227  normal  0.206619 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23970  general secretion pathway protein D  34.05 
 
 		 658 aa  295  2e-78  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.598956  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2028  general secretion pathway protein D  33.9 
 
 		 658 aa  295  3e-78  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.547904  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4591  general secretion pathway protein D  30.55 
 
 		 697 aa  293  1e-77  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03956  general secretion pathway protein D  30.99 
 
 		 681 aa  292  2e-77  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0388  general secretion pathway protein D  32.04 
 
 		 650 aa  290  7e-77  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2924  general secretion pathway protein D  30.72 
 
 		 675 aa  290  1e-76  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0388  general secretion pathway protein D  31.89 
 
 		 654 aa  289  2e-76  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0226374 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1041  general secretion pathway protein D  31.4 
 
 		 799 aa  289  2e-76  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0180927  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3519  general secretion pathway protein D  31.84 
 
 		 654 aa  287  5.999999999999999e-76  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0147755  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0097  general secretion pathway protein D  31.82 
 
 		 662 aa  284  4.0000000000000003e-75  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.395857  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4180  general secretion pathway protein D  33.49 
 
 		 650 aa  280  6e-74  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.304265  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00601  general secretion pathway protein D  30.8 
 
 		 658 aa  280  6e-74  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2653  type II and III secretion system protein  32.45 
 
 		 748 aa  280  6e-74  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0609  general secretion pathway protein D  32.92 
 
 		 635 aa  279  1e-73  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  9.73081e-17 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0315  type II and III secretion system protein  31.54 
 
 		 732 aa  279  1e-73  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.713775 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001892  general secretion pathway protein D/type II secretion outermembrane pore forming protein (PulD)  30.58 
 
 		 672 aa  279  2e-73  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3364  type II and III secretion system protein:NolW-like  33.8 
 
 		 636 aa  275  2.0000000000000002e-72  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000168391  normal  0.0105147 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0169  type II and III secretion system protein  30.31 
 
 		 703 aa  275  3e-72  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.000616881  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3619  general secretion pathway protein D  30.57 
 
 		 707 aa  270  5e-71  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0440074  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1281  general secretion pathway protein D  31.75 
 
 		 648 aa  269  2e-70  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0121  type II and III secretion system protein  30.01 
 
 		 705 aa  267  7e-70  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00685103  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0166  general secretion pathway protein D  30.3 
 
 		 704 aa  263  6.999999999999999e-69  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4358  general secretion pathway protein D  30.07 
 
 		 724 aa  263  8.999999999999999e-69  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.000917218  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0153  general secretion pathway protein D  29.77 
 
 		 706 aa  263  1e-68  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0244288  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0730  general secretion pathway protein D  29.83 
 
 		 892 aa  261  3e-68  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.116775  normal  0.828359 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0153  general secretion pathway protein D  29.81 
 
 		 705 aa  261  4e-68  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0109917  normal  0.0543101 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4206  general secretion pathway protein D  29.39 
 
 		 705 aa  261  4e-68  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.016769  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0151  general secretion pathway protein D  29.96 
 
 		 702 aa  261  5.0000000000000005e-68  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0216761  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0149  general secretion pathway protein D  30 
 
 		 704 aa  259  1e-67  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0156  general secretion pathway protein D  29.9 
 
 		 700 aa  258  2e-67  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.00486082  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0151  general secretion pathway protein D  29.9 
 
 		 700 aa  258  2e-67  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.124297  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0329  general secretion pathway protein D, putative  32.31 
 
 		 632 aa  258  4e-67  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.989309  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0105  general secretion pathway protein D  29.4 
 
 		 710 aa  254  5.000000000000001e-66  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0144  general secretion pathway protein D  29.06 
 
 		 710 aa  254  5.000000000000001e-66  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3567  general secretion pathway protein D  29.36 
 
 		 703 aa  250  8e-65  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.00000019891  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0595  general secretion pathway protein D  30.63 
 
 		 630 aa  243  1e-62  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.788546  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2860  general secretion pathway protein D  29.31 
 
 		 640 aa  241  5e-62  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0720  general secretion pathway protein D  28.69 
 
 		 904 aa  240  8e-62  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.566529  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>