204 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rleg2_4804 on replicon NC_011368
Organism: Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011368  Rleg2_4804  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  100 
 
 
219 aa  449  1e-125  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.127624  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3323  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  37.8 
 
 
204 aa  112  3e-24  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.130474 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2781  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.71 
 
 
260 aa  105  4e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.269223 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25660  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  39.61 
 
 
159 aa  95.1  6e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4244  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  35.48 
 
 
176 aa  95.1  8e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.799752  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3810  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  36.48 
 
 
176 aa  93.2  3e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.775772  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1623  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  37.74 
 
 
176 aa  93.2  3e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.710991  normal  0.111836 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33260  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  35.09 
 
 
187 aa  92.8  4e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00268823  normal  0.037283 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4047  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  34.18 
 
 
244 aa  92  6e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.750975  normal  0.908185 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3563  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  37.11 
 
 
176 aa  90.9  1e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.661708  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2827  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  34.5 
 
 
187 aa  90.1  2e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.833111  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3941  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  34.84 
 
 
184 aa  88.2  9e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.664668  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2133  RNA polymerase sigma-70 family protein  35.03 
 
 
178 aa  85.9  4e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.787877  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1943  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  35.03 
 
 
178 aa  85.9  4e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.467339  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4063  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  32.73 
 
 
223 aa  84.3  0.000000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.806814 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1191  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  35.44 
 
 
207 aa  83.6  0.000000000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2076  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  34.81 
 
 
237 aa  83.2  0.000000000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.370816  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4778  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  32.95 
 
 
218 aa  82.8  0.000000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.310601  normal  0.199717 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1634  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  34.81 
 
 
237 aa  83.2  0.000000000000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0463569  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0297  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  34.81 
 
 
237 aa  83.2  0.000000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.330584  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1917  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  34.81 
 
 
237 aa  83.2  0.000000000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.693788  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1931  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  34.81 
 
 
237 aa  83.2  0.000000000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.385484  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0864  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  34.81 
 
 
237 aa  83.2  0.000000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0195971  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1607  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  33.33 
 
 
222 aa  82  0.000000000000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.483087  normal  0.0648127 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1152  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  33.33 
 
 
222 aa  82  0.000000000000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0103149  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1529  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  33.33 
 
 
222 aa  82  0.000000000000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.77026  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1632  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  33.33 
 
 
222 aa  82  0.000000000000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.281996  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1550  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  33.33 
 
 
222 aa  82  0.000000000000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.362931  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0517  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  31.87 
 
 
223 aa  80.9  0.00000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1606  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  32.69 
 
 
215 aa  81.3  0.00000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000842587 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1839  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  34.59 
 
 
169 aa  80.1  0.00000000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0342847  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2427  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  34.18 
 
 
237 aa  79.7  0.00000000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.773332  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2777  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  25.93 
 
 
171 aa  69.3  0.00000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.933443 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5732  sigma factor  28.79 
 
 
207 aa  67.8  0.0000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25290  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  31.1 
 
 
166 aa  67.8  0.0000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3752  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.18 
 
 
181 aa  66.6  0.0000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.401428  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3737  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.72 
 
 
177 aa  65.1  0.0000000008  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.189895 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1500  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.96 
 
 
170 aa  62.4  0.000000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2397  sigma-24 (FecI)  31.13 
 
 
179 aa  60.5  0.00000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.103635  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2873  RNA polymerase sigma factor  28.19 
 
 
159 aa  60.1  0.00000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.511965  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3603  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  27.5 
 
 
173 aa  58.9  0.00000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.324027 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2188  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.08 
 
 
167 aa  58.9  0.00000006  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.652193  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2372  sigma-24 (FecI)  29.55 
 
 
214 aa  58.9  0.00000006  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0392872  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2873  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  25.95 
 
 
210 aa  58.5  0.00000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.444727 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4508  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.57 
 
 
173 aa  57.8  0.0000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3079  fec I like protein  28.92 
 
 
170 aa  57  0.0000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1978  sigma-24 (FecI-like)  27.61 
 
 
171 aa  57  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.912668  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3780  RNA polymerase sigma factor  30.13 
 
 
158 aa  55.8  0.0000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3315  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.82 
 
 
176 aa  56.2  0.0000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3701  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.78 
 
 
176 aa  55.8  0.0000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.266091  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2728  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.87 
 
 
165 aa  55.8  0.0000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.122387 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1734  FecI like protein  31.76 
 
 
236 aa  55.5  0.0000006  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.112021 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3316  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.93 
 
 
166 aa  55.5  0.0000006  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.685716 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3532  RNA polymerase sigma factor  27.63 
 
 
158 aa  55.5  0.0000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.997042 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4377  sigma-24 (FecI)  29.45 
 
 
172 aa  55.1  0.0000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.316099  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33800  RNA polymerase sigma factor  33.33 
 
 
159 aa  55.1  0.0000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.0000282652  hitchhiker  0.00445082 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5953  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.36 
 
 
169 aa  55.1  0.0000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0123978 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1816  anti-FecI sigma factor, FecR  31.13 
 
 
374 aa  55.1  0.0000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.256693  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06180  RNA polymerase sigma factor  26.63 
 
 
172 aa  54.7  0.0000009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.281942  normal  0.0383866 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2428  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  27.63 
 
 
203 aa  54.3  0.000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0553683  normal  0.487095 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3563  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  27.95 
 
 
182 aa  54.7  0.000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0235301  normal  0.0117443 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0667  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  35.45 
 
 
178 aa  53.9  0.000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2381  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.28 
 
 
195 aa  53.5  0.000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.599454  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2192  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  28.3 
 
 
374 aa  53.1  0.000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3545  anti-FecI sigma factor, FecR  28.3 
 
 
374 aa  53.1  0.000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.534763  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3959  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  29.77 
 
 
185 aa  53.5  0.000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.925362  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1052  sigma-24 (FecI-like)  25.32 
 
 
178 aa  53.1  0.000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.719626  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4091  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  26.09 
 
 
175 aa  53.1  0.000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.539187  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4736  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  25.79 
 
 
161 aa  53.1  0.000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4761  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  25.16 
 
 
174 aa  52.8  0.000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0480  sigma-24 (FecI-like)  30.17 
 
 
182 aa  52.4  0.000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0637094  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0578  RNA polymerase sigma factor  26.28 
 
 
172 aa  52.4  0.000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1438  sigma-24 (FecI)  29.73 
 
 
173 aa  52  0.000006  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64700  RNA polymerase sigma factor  29.41 
 
 
178 aa  52  0.000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00208026  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1969  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.51 
 
 
187 aa  52  0.000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.874493 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47400  RNA polymerase ECF-subfamily sigma-70 factor  24.84 
 
 
175 aa  52  0.000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00498189  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1107  sigma-70 region 2  27.85 
 
 
187 aa  51.6  0.000009  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3786  sigma-24 (FecI)  25 
 
 
166 aa  51.6  0.000009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.682097 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0883  sigma-24 (FecI)  27.08 
 
 
171 aa  51.6  0.000009  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10480  ECF sigma factor, FecI family  25.47 
 
 
194 aa  51.2  0.00001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.609538  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1858  RNA polymerase sigma factor  26.25 
 
 
160 aa  51.2  0.00001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.598111  normal  0.760188 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40230  RNA polymerase sigma factor, FecI family  24.06 
 
 
169 aa  51.2  0.00001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0856  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  25.95 
 
 
165 aa  50.1  0.00002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2018  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.4 
 
 
228 aa  50.8  0.00002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.865187  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1108  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.28 
 
 
173 aa  50.8  0.00002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4216  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.82 
 
 
170 aa  50.8  0.00002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.947001  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4608  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  25.83 
 
 
191 aa  50.1  0.00003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1076  sigma-24 (FecI-like)  28.21 
 
 
182 aa  50.1  0.00003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.525306  normal  0.461788 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2219  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  25 
 
 
176 aa  49.7  0.00003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0934432  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3271  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.03 
 
 
168 aa  50.1  0.00003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.24577  normal  0.0205939 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2067  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  26.53 
 
 
168 aa  49.7  0.00003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0477  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  26.82 
 
 
376 aa  49.3  0.00004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4467  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  25.83 
 
 
194 aa  49.7  0.00004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2217  sigma-24 (FecI-like)  28.83 
 
 
183 aa  49.3  0.00004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.10129  normal  0.130898 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5893  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.69 
 
 
171 aa  49.3  0.00004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.830728  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03904  putative RNA polymerase sigma-70 factor FecI  26.32 
 
 
196 aa  49.3  0.00004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.1461  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2918  putative extracytoplasmic function sigma factor (IRON-regulated) transcription regulator protein  24.46 
 
 
174 aa  48.9  0.00005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.611118 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0656  sigma-70 region 2  27.4 
 
 
151 aa  49.3  0.00005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2205  sigma-24 (FecI-like)  25.19 
 
 
193 aa  49.3  0.00005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.367222  normal  0.070332 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0380  RNA polymerase sigma factor  26.28 
 
 
172 aa  48.9  0.00005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.30331  normal  0.23383 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>