More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_1422 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_1422  exoribonuclease II  100 
 
 		 492 aa  1001    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2925  exoribonuclease II  53.4 
 
 		 492 aa  490  1e-137  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4011  exoribonuclease II  53.42 
 
 		 490 aa  483  1e-135  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0817  ribonuclease II  47.34 
 
 		 497 aa  434  1e-120  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2281  ribonuclease II  49.27 
 
 		 489 aa  424  1e-117  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1199  ribonuclease II  46.36 
 
 		 518 aa  421  1e-116  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.548982  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1145  ribonuclease II  46.15 
 
 		 492 aa  414  1e-114  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.255734  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1386  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II:ribonuclease R  32.48 
 
 		 759 aa  209  1e-52  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000570433  normal  0.26711 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4617  ribonuclease R  30.84 
 
 		 826 aa  199  9e-50  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1485  ribonuclease R, putative  31.48 
 
 		 763 aa  199  1.0000000000000001e-49  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.36573  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0532  RNAse R  31.03 
 
 		 876 aa  196  9e-49  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0373854 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0994  ribonuclease R  30.47 
 
 		 810 aa  195  1e-48  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4936  ribonuclease R  31.11 
 
 		 857 aa  194  2e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000328048 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2972  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II:ribonuclease R  31.25 
 
 		 805 aa  195  2e-48  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2897  ribonuclease R  32.62 
 
 		 722 aa  194  2e-48  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4760  ribonuclease R  31.11 
 
 		 857 aa  194  2e-48  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.334111  normal  0.140366 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4880  ribonuclease R  31.11 
 
 		 857 aa  194  4e-48  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1976  ribonuclease R  32.6 
 
 		 755 aa  194  4e-48  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1293  ribonuclease R  31.97 
 
 		 819 aa  192  1e-47  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.611528  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0697  RNAse R  30.46 
 
 		 809 aa  191  2e-47  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00112836  hitchhiker  0.000328486 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3378  ribonuclease R  31.88 
 
 		 1055 aa  190  4e-47  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0774  ribonuclease R  32.99 
 
 		 886 aa  190  5e-47  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.223929 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1953  VacB/RNase II family 3'-5' exoribonuclease  30.06 
 
 		 735 aa  190  5e-47  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.223171  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2768  ribonuclease R  29.59 
 
 		 833 aa  189  7e-47  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4670  ribonuclease R  30.91 
 
 		 859 aa  189  9e-47  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.425963  normal  0.0849008 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1447  ribonuclease R  32.6 
 
 		 910 aa  189  1e-46  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2699  ribonuclease R  29.96 
 
 		 763 aa  189  1e-46  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0320356  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3417  ribonuclease R  30.29 
 
 		 834 aa  189  1e-46  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.148177  normal  0.629084 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3264  RNAse R  29.83 
 
 		 808 aa  188  2e-46  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000483036  decreased coverage  0.00000524837 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0683  RNAse R  29.83 
 
 		 808 aa  188  2e-46  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0668572  hitchhiker  0.000463961 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3935  ribonuclease R  29.83 
 
 		 808 aa  187  3e-46  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0643  RNAse R  30.51 
 
 		 828 aa  187  3e-46  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00135735 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0886  ribonuclease R  29.51 
 
 		 801 aa  187  4e-46  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.127406  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1526  ribonuclease R  32.74 
 
 		 857 aa  186  6e-46  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.420237  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0737  ribonuclease R  30.25 
 
 		 807 aa  186  7e-46  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.034125  hitchhiker  0.00132247 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0707  ribonuclease R  30.25 
 
 		 807 aa  186  7e-46  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.419789  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0728  ribonuclease R  30.25 
 
 		 807 aa  186  7e-46  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.14505  hitchhiker  0.000000257568 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5664  exoribonuclease RNase R  30.77 
 
 		 906 aa  186  8e-46  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1431  ribonuclease R  32.01 
 
 		 857 aa  186  1.0000000000000001e-45  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.746592  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2432  ribonuclease R  32.34 
 
 		 858 aa  185  1.0000000000000001e-45  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65200  exoribonuclease RNase R  30.04 
 
 		 907 aa  186  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3647  ribonuclease R  30.25 
 
 		 807 aa  185  2.0000000000000003e-45  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0028274  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3355  ribonuclease R  30.19 
 
 		 829 aa  185  2.0000000000000003e-45  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.334074  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0351  ribonuclease R  31.16 
 
 		 803 aa  185  2.0000000000000003e-45  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0579  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II  30.28 
 
 		 877 aa  184  3e-45  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1054  RNAse R  29.06 
 
 		 937 aa  184  3e-45  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.947842  normal  0.977325 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0608  RNAse R  29.86 
 
 		 758 aa  184  4.0000000000000006e-45  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.189937 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0767  exoribonuclease R  30.72 
 
 		 822 aa  184  4.0000000000000006e-45  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.630081  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0749  ribonuclease R  29.41 
 
 		 807 aa  182  8.000000000000001e-45  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000988982  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00085  ribonuclease R  30.27 
 
 		 830 aa  182  1e-44  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0511  ribonuclease R  30.04 
 
 		 817 aa  182  1e-44  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01238  ribonuclease R  31.77 
 
 		 842 aa  182  1e-44  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0752  exoribonuclease II  31.25 
 
 		 833 aa  182  1e-44  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000040627  hitchhiker  0.00244525 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4935  ribonuclease R  29.27 
 
 		 877 aa  181  2e-44  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0091  hypothetical protein  29.74 
 
 		 726 aa  182  2e-44  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3067  exoribonuclease II  29.89 
 
 		 808 aa  182  2e-44  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.802811  normal  0.171629 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0106  hypothetical protein  29.74 
 
 		 726 aa  181  2.9999999999999997e-44  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07620  ribonuclease R  30.12 
 
 		 861 aa  181  2.9999999999999997e-44  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2700  ribonuclease R  31.46 
 
 		 796 aa  181  2.9999999999999997e-44  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.749256  normal  0.419976 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03463  ribonuclease R  31.16 
 
 		 805 aa  181  2.9999999999999997e-44  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0205  ribonuclease R  30.83 
 
 		 710 aa  181  4e-44  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3289  ribonuclease R  29.17 
 
 		 824 aa  180  4e-44  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.457006  hitchhiker  0.0018456 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1263  ribonuclease R  30.09 
 
 		 812 aa  181  4e-44  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3602  exoribonuclease R  30.66 
 
 		 818 aa  181  4e-44  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1798  ribonuclease R  29.72 
 
 		 838 aa  180  4e-44  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0807236  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0145  ribonuclease R  29.72 
 
 		 838 aa  180  4e-44  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0667377  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1021  ribonuclease R  29.72 
 
 		 838 aa  180  4e-44  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.204339  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1970  ribonuclease R  29.72 
 
 		 896 aa  180  4.999999999999999e-44  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1747  ribonuclease R  29.72 
 
 		 896 aa  180  4.999999999999999e-44  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.906345  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1816  ribonuclease R  29.72 
 
 		 886 aa  180  4.999999999999999e-44  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0207  ribonuclease R  30.63 
 
 		 710 aa  180  4.999999999999999e-44  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4217  ribonuclease R  30.39 
 
 		 826 aa  180  5.999999999999999e-44  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.997198  hitchhiker  0.000734426 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2177  ribonuclease R  30.08 
 
 		 821 aa  180  5.999999999999999e-44  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000855619  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1490  ribonuclease R  31.77 
 
 		 818 aa  180  7e-44  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1468  ribonuclease R  29.91 
 
 		 817 aa  179  7e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.136516  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1626  ribonuclease R  31.13 
 
 		 840 aa  179  8e-44  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0588631  normal  0.0102881 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1447  ribonuclease R  29.91 
 
 		 817 aa  179  9e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0788  exoribonuclease R  29.87 
 
 		 819 aa  179  1e-43  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2237  ribonuclease R  28.69 
 
 		 770 aa  179  1e-43  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2101  RNAse R  28.35 
 
 		 771 aa  178  2e-43  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000122542  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2388  ribonuclease R  30.91 
 
 		 815 aa  178  2e-43  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0868  ribonuclease R  30.41 
 
 		 838 aa  178  2e-43  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0986  exoribonuclease II  30.24 
 
 		 836 aa  177  3e-43  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0580  ribonuclease R  29.9 
 
 		 758 aa  177  4e-43  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000000747077 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2420  ribonuclease R  28.14 
 
 		 770 aa  177  5e-43  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.173356  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1625  ribonuclease R  29.77 
 
 		 737 aa  177  5e-43  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0460  ribonuclease R  31.39 
 
 		 1182 aa  177  5e-43  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.893993  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5695  exoribonuclease R  29.86 
 
 		 813 aa  177  5e-43  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1066  ribonuclease R  29.92 
 
 		 827 aa  176  6e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.152985  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0438  exoribonuclease R  29.38 
 
 		 828 aa  177  6e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.845016  unclonable  0.0000000698245 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1522  ribonuclease R  29.92 
 
 		 827 aa  176  6e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.351431  normal  0.0857248 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1546  ribonuclease R  29.92 
 
 		 827 aa  176  6e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0569328  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3814  VacB and RNase II family 3'-5' exoribonuclease  29.86 
 
 		 813 aa  176  7e-43  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4688  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II/ribonuclease R  29.92 
 
 		 828 aa  176  7e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00492754  normal  0.623158 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2519  ribonuclease R  29.35 
 
 		 895 aa  176  7e-43  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00000714577  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04046  exoribonuclease R, RNase R  29.86 
 
 		 813 aa  176  8e-43  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.765624  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3445  exoribonuclease R  29.66 
 
 		 818 aa  176  8e-43  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.866643  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04008  hypothetical protein  29.86 
 
 		 813 aa  176  8e-43  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.863156  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3590  ribonuclease R  29.74 
 
 		 819 aa  176  9.999999999999999e-43  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0101048  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4786  exoribonuclease R  30.08 
 
 		 812 aa  175  9.999999999999999e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.717168 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>