More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_4616 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_4616  secretion protein HlyD  100 
 
 		 414 aa  821    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3608  secretion protein HlyD  79.29 
 
 		 400 aa  619  1e-176  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.221607  normal  0.363906 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1955  efflux transporter, RND family, MFP subunit  75.94 
 
 		 400 aa  592  1e-168  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.159137  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2372  secretion protein HlyD  50.54 
 
 		 392 aa  362  1e-98  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.753301 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3361  RND efflux system membrane fusion protein  50.64 
 
 		 395 aa  358  9.999999999999999e-98  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0631452  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1141  RND efflux system membrane fusion protein  51.95 
 
 		 394 aa  354  2e-96  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.814411  normal  0.55527 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3750  secretion protein HlyD  48.37 
 
 		 401 aa  343  4e-93  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4618  RND family efflux transporter MFP subunit  48.37 
 
 		 401 aa  343  4e-93  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.343268  normal  0.223248 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5686  RND family efflux transporter MFP subunit  48.1 
 
 		 401 aa  341  1e-92  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.214167 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2097  RND family efflux transporter MFP subunit  50.57 
 
 		 391 aa  327  2.0000000000000001e-88  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.902105  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1967  RND family efflux transporter MFP subunit  49.71 
 
 		 391 aa  323  3e-87  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0310111  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4651  RND family efflux transporter MFP subunit  43.01 
 
 		 402 aa  294  2e-78  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.611035  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3414  efflux transporter, RND family, MFP subunit  42.86 
 
 		 1462 aa  283  3.0000000000000004e-75  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2849  efflux transporter, RND family, MFP subunit  43.53 
 
 		 421 aa  281  1e-74  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0325844 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5203  efflux transporter, RND family, MFP subunit  40.1 
 
 		 455 aa  273  5.000000000000001e-72  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.755082  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1436  efflux transporter, RND family, MFP subunit  45.63 
 
 		 393 aa  272  8.000000000000001e-72  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4363  RND efflux system membrane fusion protein  41.31 
 
 		 467 aa  270  2.9999999999999997e-71  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.234106  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1392  RND efflux system membrane fusion protein  40.41 
 
 		 419 aa  266  4e-70  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0449025  normal  0.0986293 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1502  secretion protein HlyD  43.67 
 
 		 478 aa  266  4e-70  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.184777  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6327  RND family efflux transporter MFP subunit  43.67 
 
 		 478 aa  266  4e-70  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0452278  normal  0.980568 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6991  RND family efflux transporter MFP subunit  43.67 
 
 		 472 aa  266  7e-70  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.231557 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0123  RND family efflux transporter MFP subunit  39.08 
 
 		 417 aa  260  4e-68  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.713324 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7211  RND family efflux transporter MFP subunit  42.82 
 
 		 419 aa  259  7e-68  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5741  RND family efflux transporter MFP subunit  40.78 
 
 		 455 aa  249  8e-65  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.814041  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0359  efflux transporter, RND family, MFP subunit  40.22 
 
 		 401 aa  248  2e-64  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5985  RND family efflux transporter MFP subunit  40 
 
 		 455 aa  247  3e-64  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1817  secretion protein HlyD  39.84 
 
 		 405 aa  246  8e-64  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00656691  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0177  hypothetical protein  36.91 
 
 		 406 aa  245  9.999999999999999e-64  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1749  secretion protein HlyD  41.37 
 
 		 398 aa  244  1.9999999999999999e-63  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.145441 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0078  hypothetical protein  38.35 
 
 		 381 aa  244  3e-63  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6521  RND family efflux transporter MFP subunit  37.85 
 
 		 410 aa  242  7.999999999999999e-63  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.745567  normal  0.0817001 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2071  RND efflux system membrane fusion protein  36.97 
 
 		 407 aa  241  1e-62  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.226746  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2584  CzcB subfamily membrane fusion protein  35.81 
 
 		 409 aa  236  5.0000000000000005e-61  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5875  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36 
 
 		 407 aa  235  1.0000000000000001e-60  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0955286  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2717  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.23 
 
 		 393 aa  232  7.000000000000001e-60  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.374816  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1276  secretion protein HlyD  35.33 
 
 		 553 aa  225  9e-58  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4313  RND family efflux transporter MFP subunit  40 
 
 		 409 aa  222  9.999999999999999e-57  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.583259 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1727  HlyD family secretion protein  36.22 
 
 		 409 aa  221  1.9999999999999999e-56  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0767982  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4188  RND family efflux transporter MFP subunit  36.36 
 
 		 410 aa  218  1e-55  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0941549  normal  0.890181 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3820  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.49 
 
 		 437 aa  218  1e-55  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0567  RND family efflux transporter MFP subunit  37.74 
 
 		 424 aa  219  1e-55  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4897  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.49 
 
 		 437 aa  218  1e-55  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.51776 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3710  RND family efflux transporter MFP subunit  35.71 
 
 		 410 aa  216  5e-55  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2953  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.13 
 
 		 425 aa  212  7.999999999999999e-54  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.104314 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2552  secretion protein HlyD  35.61 
 
 		 451 aa  210  3e-53  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.603084  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3225  RND family efflux transporter MFP subunit  37.3 
 
 		 392 aa  209  7e-53  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.376119  normal  0.122741 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4074  secretion protein HlyD  37.3 
 
 		 392 aa  209  7e-53  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.119469  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4292  RND family efflux transporter MFP subunit  37.3 
 
 		 392 aa  209  7e-53  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4164  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.9 
 
 		 438 aa  207  2e-52  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.444201  normal  0.22934 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4314  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.36 
 
 		 438 aa  207  2e-52  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.544766  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3855  RND family efflux transporter MFP subunit  36.62 
 
 		 438 aa  207  4e-52  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.336679  normal  0.260987 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5198  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.35 
 
 		 366 aa  206  8e-52  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.197197  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2445  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.2 
 
 		 424 aa  205  1e-51  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0377313 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0225  RND family efflux transporter MFP subunit  35.85 
 
 		 461 aa  205  1e-51  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.540049  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS02155  putative transport transmembrane protein  35.11 
 
 		 421 aa  204  3e-51  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.58284 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2877  RND family efflux transporter MFP subunit  32.64 
 
 		 435 aa  203  4e-51  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.200442 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2692  RND family efflux transporter MFP subunit  34.63 
 
 		 424 aa  189  5.999999999999999e-47  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  decreased coverage  0.00769313  normal  0.142754 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1526  RND family efflux transporter MFP subunit  31.4 
 
 		 423 aa  154  2.9999999999999998e-36  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.692168  normal  0.0164989 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0257  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.58 
 
 		 376 aa  146  8.000000000000001e-34  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0635655  hitchhiker  0.00588714 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4286  RND family efflux transporter MFP subunit  28.83 
 
 		 361 aa  138  2e-31  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.749975  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2582  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.87 
 
 		 379 aa  135  9.999999999999999e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000000306136  normal  0.19553 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2615  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.52 
 
 		 380 aa  130  3e-29  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.909785  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2558  secretion protein HlyD  29.95 
 
 		 451 aa  128  2.0000000000000002e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0355119  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4014  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.03 
 
 		 362 aa  125  1e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0181773  normal  0.127593 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3160  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.98 
 
 		 1460 aa  124  2e-27  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0460  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.96 
 
 		 380 aa  122  8e-27  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1721  RND family efflux transporter MFP subunit  27.94 
 
 		 431 aa  122  9.999999999999999e-27  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28820  secretion protein, HlyD family  28.66 
 
 		 441 aa  121  3e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.20411  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3309  RND family efflux transporter MFP subunit  29.64 
 
 		 430 aa  120  3.9999999999999996e-26  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.717365 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1161  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.73 
 
 		 376 aa  120  7e-26  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.444348  normal  0.334679 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4319  RND family efflux transporter MFP subunit  28.48 
 
 		 460 aa  119  7.999999999999999e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0569861 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3492  RND family efflux transporter MFP subunit  28.65 
 
 		 405 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.474299  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1458  RND family efflux transporter MFP subunit  29.43 
 
 		 422 aa  117  3.9999999999999997e-25  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.235103  hitchhiker  0.000537348 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1523  secretion protein HlyD  29.25 
 
 		 457 aa  117  3.9999999999999997e-25  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.116484 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1513  secretion protein HlyD  29.6 
 
 		 404 aa  117  3.9999999999999997e-25  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.461504  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0225  secretion protein HlyD  29.57 
 
 		 380 aa  116  6e-25  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.34961  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2431  RND family efflux transporter MFP subunit  28.01 
 
 		 435 aa  116  6e-25  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0638771  normal  0.904192 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2427  RND family efflux transporter MFP subunit  31.8 
 
 		 380 aa  116  7.999999999999999e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.412114  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1127  RND family efflux transporter MFP subunit  28.39 
 
 		 395 aa  113  6e-24  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.295973  unclonable  0.0000000230672 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1700  secretion protein HlyD  25.8 
 
 		 417 aa  112  1.0000000000000001e-23  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.696744  normal  0.370784 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0247  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.82 
 
 		 380 aa  112  2.0000000000000002e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31870  putative RND efflux membrane fusion protein precursor  26.51 
 
 		 426 aa  112  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0505  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.88 
 
 		 349 aa  110  3e-23  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3552  multidrug efflux system subunit MdtA  27.3 
 
 		 413 aa  110  3e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2708  RND efflux membrane fusion protein precursor  26.2 
 
 		 426 aa  110  5e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0286088  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3513  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.45 
 
 		 398 aa  109  8.000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2957  secretion protein HlyD  27.46 
 
 		 389 aa  109  8.000000000000001e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0178504  normal  0.933874 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2569  secretion protein HlyD  29.34 
 
 		 462 aa  109  8.000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.103631 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2684  multidrug efflux system subunit MdtA  27.13 
 
 		 411 aa  109  9.000000000000001e-23  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3808  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.7 
 
 		 398 aa  109  1e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0283024  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2902  secretion protein HlyD  28.78 
 
 		 464 aa  109  1e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.56576  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0450  RND family efflux transporter MFP subunit  25.8 
 
 		 407 aa  108  1e-22  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.825026 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3604  secretion protein HlyD  27.57 
 
 		 422 aa  109  1e-22  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.105186  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4296  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.48 
 
 		 462 aa  108  2e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3539  RND family efflux transporter MFP subunit  28.27 
 
 		 392 aa  108  2e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3440  secretion protein HlyD  29.26 
 
 		 415 aa  108  2e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4184  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.48 
 
 		 462 aa  108  2e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.267577  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01755  hypothetical protein  27.36 
 
 		 378 aa  108  2e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS03141  putative resistance transmembrane protein  26.03 
 
 		 449 aa  107  3e-22  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.704547  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3610  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.94 
 
 		 388 aa  107  3e-22  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.479598  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>