More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_3959 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_3959  diguanylate cyclase  100 
 
 		 227 aa  444  1.0000000000000001e-124  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.269646  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1237  diguanylate cyclase  64.37 
 
 		 227 aa  226  2e-58  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1448  diguanylate cyclase  59.57 
 
 		 252 aa  226  3e-58  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1425  GGDEF domain-containing protein  70.11 
 
 		 247 aa  225  4e-58  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4653  diguanylate cyclase  61.46 
 
 		 242 aa  219  1.9999999999999999e-56  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6847  diguanylate cyclase  63.33 
 
 		 242 aa  219  1.9999999999999999e-56  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0905  diguanylate cyclase  43.01 
 
 		 239 aa  145  6e-34  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0585872 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2568  diguanylate cyclase  42.11 
 
 		 254 aa  129  3e-29  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0094  diguanylate cyclase  40 
 
 		 451 aa  119  3e-26  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0050  putative diguanylate cyclase  37.22 
 
 		 696 aa  116  3e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.315879  normal  0.219682 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0829  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  44.87 
 
 		 994 aa  116  3e-25  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0509  diguanylate cyclase  39.62 
 
 		 498 aa  112  4.0000000000000004e-24  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00480754 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0489  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  40.76 
 
 		 817 aa  112  4.0000000000000004e-24  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4776  diguanylate cyclase  44.23 
 
 		 403 aa  112  6e-24  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1834  diguanylate cyclase  40.88 
 
 		 525 aa  111  9e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.245567  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0495  diguanylate cyclase  40.66 
 
 		 574 aa  111  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.355875  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4585  diguanylate cyclase  40.12 
 
 		 281 aa  110  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.704428  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2679  diguanylate cyclase  41.48 
 
 		 459 aa  109  3e-23  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2687  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  40.94 
 
 		 792 aa  109  3e-23  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0299536  normal  0.27507 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0785  diguanylate cyclase with GAF sensor  39.39 
 
 		 367 aa  109  4.0000000000000004e-23  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1293  diguanylate cyclase  40.65 
 
 		 432 aa  109  4.0000000000000004e-23  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.32079e-19 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1356  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  41.88 
 
 		 469 aa  109  4.0000000000000004e-23  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0103903  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4748  diguanylate cyclase  42.61 
 
 		 377 aa  108  6e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3523  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  38.99 
 
 		 1079 aa  108  6e-23  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3606  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45 
 
 		 757 aa  108  7.000000000000001e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6915  diguanylate cyclase  43.67 
 
 		 202 aa  108  9.000000000000001e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.322303  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3168  diguanylate cyclase  40.79 
 
 		 362 aa  107  1e-22  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1211  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  43.79 
 
 		 587 aa  108  1e-22  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.0242812 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0836  diguanylate cyclase  35.39 
 
 		 487 aa  107  1e-22  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.975884  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2517  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.09 
 
 		 614 aa  107  1e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.655073  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0146  diguanylate cyclase  36.67 
 
 		 645 aa  106  3e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.369767  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1737  diguanylate cyclase  36.02 
 
 		 390 aa  106  3e-22  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0222793  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4658  hypothetical protein  39.51 
 
 		 818 aa  106  3e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.142401  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2021  PAS sensor diguanylate cyclase/phophodiesterase  38.55 
 
 		 811 aa  106  3e-22  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0144  diguanylate cyclase  37.84 
 
 		 642 aa  106  3e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2805  diguanylate cyclase  38.75 
 
 		 236 aa  106  3e-22  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.726204  normal  0.387546 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3440  diguanylate cyclase  42.11 
 
 		 557 aa  106  3e-22  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0125075  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1789  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.85 
 
 		 794 aa  105  4e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.993763  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53140  hypothetical protein  39.51 
 
 		 823 aa  105  4e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.807959  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0589  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.2 
 
 		 305 aa  105  4e-22  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.352095  hitchhiker  0.000774187 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2681  putative sensor protein  34.67 
 
 		 1117 aa  105  5e-22  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.968854 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2350  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  43.95 
 
 		 1000 aa  105  6e-22  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.521127 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0266  GGDEF  37.27 
 
 		 690 aa  105  6e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1369  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.87 
 
 		 302 aa  105  7e-22  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.975059  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49160  putative sensor protein  41.72 
 
 		 1120 aa  105  7e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000588584 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0356  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.31 
 
 		 667 aa  105  8e-22  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.589026  normal  0.448313 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0100  diguanylate cyclase  37.44 
 
 		 446 aa  104  9e-22  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.246337  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0683  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.2 
 
 		 664 aa  104  9e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0129  GGDEF domain-containing protein  35.68 
 
 		 645 aa  104  1e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0339  GGDEF domain protein  36.02 
 
 		 677 aa  104  1e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1346  sensory box/GGDEF domain protein  38.41 
 
 		 425 aa  104  1e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0662  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.2 
 
 		 664 aa  104  1e-21  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0693  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.2 
 
 		 664 aa  104  1e-21  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3694  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.2 
 
 		 664 aa  104  1e-21  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3012  diguanylate cyclase  38.36 
 
 		 428 aa  104  1e-21  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000172152  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0273  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.94 
 
 		 1078 aa  103  2e-21  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0299  hypothetical protein  40.23 
 
 		 609 aa  103  2e-21  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0283  hypothetical protein  39.64 
 
 		 709 aa  103  2e-21  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1513  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.14 
 
 		 301 aa  103  2e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0153071 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2531  diguanylate cyclase  30.81 
 
 		 347 aa  103  2e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.204125  normal  0.837026 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4523  diguanylate cyclase  40.22 
 
 		 399 aa  103  2e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.114375  normal  0.753522 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0645  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 659 aa  103  2e-21  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2763  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  36.89 
 
 		 820 aa  103  2e-21  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4198  putative sensor protein  41.72 
 
 		 1105 aa  103  2e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.350673  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1577  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.89 
 
 		 314 aa  103  2e-21  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0926  diguanylate cyclase  38.32 
 
 		 494 aa  103  2e-21  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0953  diguanylate cyclase  38.32 
 
 		 494 aa  103  2e-21  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0655  diguanylate cyclase  37.11 
 
 		 172 aa  103  2e-21  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00000725118  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3631  GGDEF domain-containing protein  34.36 
 
 		 722 aa  103  3e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.770761  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1026  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  37.35 
 
 		 805 aa  103  3e-21  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.880185  normal  0.800822 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0379  diguanylate cyclase  33.91 
 
 		 540 aa  103  3e-21  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2451  putative diguanylate cyclase  40.13 
 
 		 651 aa  102  3e-21  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.20107  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1715  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.89 
 
 		 791 aa  102  3e-21  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.680174 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2652  diguanylate cyclase  38.04 
 
 		 559 aa  103  3e-21  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.261673 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0365  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.34 
 
 		 308 aa  102  4e-21  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5099  diguanylate cyclase  36.76 
 
 		 653 aa  102  4e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.873917  normal  0.160564 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0078  GGDEF domain-containing protein  33.7 
 
 		 565 aa  102  4e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3459  diguanylate cyclase  32.54 
 
 		 324 aa  102  5e-21  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0162  diguanylate cyclase  36.71 
 
 		 614 aa  102  5e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.155295  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3610  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.88 
 
 		 583 aa  102  5e-21  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3711  diguanylate cyclase  33.73 
 
 		 320 aa  102  6e-21  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.336724  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1352  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  38.92 
 
 		 818 aa  102  6e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.455203  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2409  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.1 
 
 		 729 aa  102  6e-21  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.798311  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2544  diguanylate cyclase with GAF sensor  39.11 
 
 		 376 aa  102  6e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.374361  normal  0.108185 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0712  diguanylate cyclase  28.8 
 
 		 523 aa  102  6e-21  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1396  diguanylate cyclase  36.81 
 
 		 356 aa  102  6e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.75781 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1380  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  37.59 
 
 		 715 aa  101  7e-21  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.923401  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1350  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  37.59 
 
 		 715 aa  101  7e-21  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1212  diguanylate cyclase  33.88 
 
 		 578 aa  102  7e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05729  putative diguanylate cyclase  35.56 
 
 		 323 aa  102  7e-21  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0304  diguanylate cyclase  36.42 
 
 		 464 aa  102  7e-21  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1957  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  42.48 
 
 		 975 aa  101  8e-21  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1797  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.28 
 
 		 324 aa  101  8e-21  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.504833  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0896  diguanylate cyclase with GAF sensor  42.01 
 
 		 397 aa  101  9e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.225893  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3628  diguanylate cyclase  34.59 
 
 		 388 aa  101  9e-21  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1378  diguanylate cyclase with GAF sensor  42.01 
 
 		 397 aa  101  9e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.696057  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01973  predicted diguanylate cyclase, GGDEF domain signalling protein  36.56 
 
 		 1105 aa  101  1e-20  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1761  sensory box protein/GGDEF family protein  38.32 
 
 		 973 aa  100  1e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.869454  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2360  putative sensor protein  36.56 
 
 		 1105 aa  101  1e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0570  diguanylate cyclase  32.54 
 
 		 324 aa  101  1e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>