239 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_3054 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_3054  TPR repeat-containing protein  100 
 
 		 533 aa  1060    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.350986  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2139  hypothetical protein  44.11 
 
 		 530 aa  410  1e-113  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.488109  decreased coverage  0.00345429 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2887  tetratricopeptide TPR_4  41.02 
 
 		 544 aa  358  1.9999999999999998e-97  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0337019  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3802  TPR repeat-containing protein  39.35 
 
 		 522 aa  347  3e-94  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.292136  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4531  hypothetical protein  40.71 
 
 		 531 aa  330  3e-89  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.536979  normal  0.0526442 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5137  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  39.73 
 
 		 517 aa  330  5.0000000000000004e-89  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.398593  normal  0.644601 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3117  hypothetical protein  36.02 
 
 		 503 aa  258  3e-67  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.10336  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1743  TPR domain-containing protein  33.62 
 
 		 658 aa  239  9e-62  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2682  TPR repeat-containing protein  31.8 
 
 		 701 aa  225  1e-57  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000305  TPR domain protein in aerotolerance operon  28.65 
 
 		 576 aa  216  9.999999999999999e-55  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3094  TPR domain-containing protein  31.28 
 
 		 679 aa  214  3.9999999999999995e-54  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1658  TPR repeat-containing protein  32.67 
 
 		 647 aa  204  4e-51  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.95456  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1455  TPR repeat-containing protein  33.11 
 
 		 690 aa  204  4e-51  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000000112359 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2465  TPR repeat-containing protein  33.48 
 
 		 663 aa  200  7e-50  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0523  hypothetical protein  28.85 
 
 		 619 aa  195  2e-48  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2766  TPR repeat-containing protein  33.48 
 
 		 690 aa  193  5e-48  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1623  TPR repeat-containing protein  29.28 
 
 		 644 aa  193  7e-48  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000210321 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2861  TPR repeat-containing protein  33.26 
 
 		 692 aa  192  2e-47  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0393834 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1402  TPR repeat-containing protein  32.45 
 
 		 681 aa  191  2.9999999999999997e-47  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000103328 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1467  TPR repeat-containing protein  32.45 
 
 		 687 aa  191  2.9999999999999997e-47  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.510289  hitchhiker  0.00291188 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1592  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  33.33 
 
 		 692 aa  191  4e-47  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000228279 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3555  von Willebrand factor, type A  28.82 
 
 		 573 aa  188  3e-46  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0072  TPR repeat-containing protein  27.24 
 
 		 664 aa  185  1.0000000000000001e-45  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1740  hypothetical protein  28.67 
 
 		 564 aa  183  5.0000000000000004e-45  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3385  von Willebrand factor, type A  29.02 
 
 		 573 aa  183  6e-45  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.465184 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05143  hypothetical protein  29.35 
 
 		 601 aa  182  1e-44  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2173  TPR domain-containing protein  33.19 
 
 		 701 aa  182  1e-44  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.081888 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0568  von Willebrand factor, type A  29.12 
 
 		 573 aa  182  2e-44  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02706  TPR domain protein  29.01 
 
 		 667 aa  182  2e-44  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2816  TPR repeat-containing protein  30.1 
 
 		 657 aa  182  2e-44  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2786  TPR repeat-containing protein  31.62 
 
 		 693 aa  180  5.999999999999999e-44  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1524  TPR repeat-containing protein  34.18 
 
 		 691 aa  179  1e-43  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2028  TPR domain-containing protein  30.09 
 
 		 572 aa  178  2e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3714  TPR repeat-containing protein  28.35 
 
 		 572 aa  175  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.325605  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001268  TPR domain protein in aerotolerance operon  30.43 
 
 		 599 aa  174  2.9999999999999996e-42  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2933  TPR repeat-containing protein  33.33 
 
 		 588 aa  173  6.999999999999999e-42  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3032  TPR repeat-containing protein  29.46 
 
 		 650 aa  168  2.9999999999999998e-40  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.198571  normal  0.0885065 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1560  TPR repeat-containing protein  29.64 
 
 		 571 aa  167  4e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.535158 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1717  TPR repeat-containing von Willebrand factor, type A  31.76 
 
 		 572 aa  166  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_18790  tetratricopeptide (TPR) repeat and VWA domain-containing protein  34.99 
 
 		 577 aa  166  1.0000000000000001e-39  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.00254687  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3212  hypothetical protein  32.86 
 
 		 578 aa  162  1e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.190926 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1588  TPR repeat-containing protein  29.57 
 
 		 572 aa  162  2e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00107949 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3763  TPR domain protein  31.27 
 
 		 572 aa  161  3e-38  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.519367  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA3086  TPR domain-containing protein  32.83 
 
 		 579 aa  161  4e-38  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.503806  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24390  TPR domain-containing protein  34.13 
 
 		 586 aa  157  6e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00557521  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1732  TPR repeat-containing protein  26.83 
 
 		 587 aa  156  9e-37  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.966886  normal  0.26357 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2604  TPR repeat-containing protein  30.44 
 
 		 653 aa  154  2.9999999999999998e-36  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1107  hypothetical protein  29.04 
 
 		 646 aa  153  8e-36  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1949  TPR repeat-containing protein  31.16 
 
 		 612 aa  153  8.999999999999999e-36  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.931925  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2431  TPR repeat-containing protein  30.57 
 
 		 693 aa  151  3e-35  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0167557 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3163  TPR domain-containing protein  28.07 
 
 		 690 aa  150  8e-35  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.185864  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0853  TPR repeat-containing protein  33.55 
 
 		 680 aa  147  7.0000000000000006e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2066  hypothetical protein  33.11 
 
 		 585 aa  142  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02344  tetratricopeptide repeat domain protein  30.77 
 
 		 607 aa  141  3e-32  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3231  TPR repeat-containing protein  31.19 
 
 		 612 aa  140  7.999999999999999e-32  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.439888  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1205  hypothetical protein  34.57 
 
 		 304 aa  134  6e-30  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2767  hypothetical protein  28.83 
 
 		 310 aa  131  4.0000000000000003e-29  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2913  hypothetical protein  28.53 
 
 		 310 aa  127  4.0000000000000003e-28  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1206  TPR repeat-containing protein  36.45 
 
 		 220 aa  103  6e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5483  von Willebrand factor type A  30.19 
 
 		 320 aa  97.4  6e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0649  von Willebrand factor, type A  23.75 
 
 		 471 aa  94  6e-18  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1122  von Willebrand factor type A  26.42 
 
 		 335 aa  92.8  1e-17  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.51147  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2395  von Willebrand factor type A  29.66 
 
 		 611 aa  90.5  8e-17  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.850853  normal  0.642372 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0720  von Willebrand factor, type A  34.07 
 
 		 344 aa  89  2e-16  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.799777  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02145  hypothetical protein  25.33 
 
 		 346 aa  86.7  9e-16  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0657  von Willebrand factor, type A  23.03 
 
 		 595 aa  86.3  0.000000000000001  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.676457  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1482  von Willebrand factor type A  26.47 
 
 		 344 aa  86.3  0.000000000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.428182  normal  0.250576 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2318  von Willebrand factor type A  30.04 
 
 		 339 aa  86.3  0.000000000000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0099  von Willebrand factor, type A  29.77 
 
 		 651 aa  83.6  0.000000000000008  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0073  von Willebrand factor, type A  31.33 
 
 		 349 aa  79.7  0.0000000000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1318  von Willebrand factor type A  32.49 
 
 		 318 aa  76.3  0.000000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.598912  normal  0.213186 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0906  von Willebrand factor type A  25.23 
 
 		 345 aa  75.9  0.000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.519509  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0441  von Willebrand factor type A  34.93 
 
 		 339 aa  75.9  0.000000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.126065  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1538  von Willebrand factor type A  26.52 
 
 		 347 aa  73.6  0.000000000009  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.634535  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2455  von Willebrand factor type A  27.68 
 
 		 338 aa  71.2  0.00000000004  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4900  von Willebrand factor type A  28.8 
 
 		 337 aa  71.2  0.00000000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1583  batB protein  28.33 
 
 		 339 aa  70.9  0.00000000006  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0796  von Willebrand factor type A  26.29 
 
 		 328 aa  70.1  0.00000000008  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.000000000131986  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0523  von Willebrand factor type A  28.23 
 
 		 344 aa  70.5  0.00000000008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2495  von Willebrand factor type A  27.27 
 
 		 316 aa  70.1  0.00000000008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.142903  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1812  von Willebrand factor type A  30.81 
 
 		 318 aa  69.7  0.0000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1481  von Willebrand factor type A  24.39 
 
 		 332 aa  68.9  0.0000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.587986  normal  0.160763 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1908  hypothetical protein  31.16 
 
 		 319 aa  68.9  0.0000000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.137204 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2455  hypothetical protein  31.6 
 
 		 335 aa  68.6  0.0000000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.16032  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1659  von Willebrand factor, type A  30.58 
 
 		 343 aa  68.6  0.0000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.863974  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2438  von Willebrand factor type A  31.14 
 
 		 315 aa  68.6  0.0000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2500  hypothetical protein  31.6 
 
 		 335 aa  68.6  0.0000000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.672748  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2492  hypothetical protein  31.6 
 
 		 335 aa  68.6  0.0000000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.882923  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0719  von Willebrand factor, type A  26.67 
 
 		 334 aa  68.2  0.0000000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.887647  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1403  von Willebrand factor, type A  25.8 
 
 		 338 aa  67.8  0.0000000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.520734  hitchhiker  0.0000232326 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1887  von Willebrand factor, type A  28 
 
 		 334 aa  67.4  0.0000000006  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.615946  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1797  von Willebrand factor type A  29.91 
 
 		 315 aa  67.4  0.0000000006  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.152806  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1456  von Willebrand factor, type A  25.44 
 
 		 338 aa  66.6  0.000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000144994 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1247  von Willebrand factor, type A  31.67 
 
 		 319 aa  66.2  0.000000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.513072 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2765  von Willebrand factor type A  27.02 
 
 		 339 aa  64.7  0.000000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.644793  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2291  von Willebrand factor type A  31.05 
 
 		 340 aa  64.3  0.000000005  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3038  von Willebrand factor type A  32.97 
 
 		 319 aa  64.3  0.000000005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2147  hypothetical protein  28.81 
 
 		 321 aa  63.9  0.000000006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.130278  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2464  von Willebrand factor, type A  26.15 
 
 		 339 aa  63.5  0.000000008  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1777  von Willebrand factor type A  27.54 
 
 		 754 aa  63.5  0.000000008  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.582496  normal  0.264323 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>