More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_0248 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010505  Mrad2831_3640  extracellular solute-binding protein  54.75 
 
 		 615 aa  665    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.133111 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0289  extracellular solute-binding protein  53.54 
 
 		 632 aa  659    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7054  oligopeptide ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  54.84 
 
 		 614 aa  647    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.334122  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0515  extracellular solute-binding protein family 5  54.42 
 
 		 626 aa  638    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1771  extracellular solute-binding protein  53.93 
 
 		 625 aa  657    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.235807  normal  0.0344403 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3728  extracellular solute-binding protein  53.06 
 
 		 621 aa  650    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0248  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 626 aa  1277    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3534  extracellular solute-binding protein  54.37 
 
 		 626 aa  642    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.173833  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0379  extracellular solute-binding protein  53.25 
 
 		 628 aa  656    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1615  extracellular solute-binding protein  52.84 
 
 		 627 aa  652    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.316028 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4213  extracellular solute-binding protein family 5  54.35 
 
 		 621 aa  658    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.238618  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0422  extracellular solute-binding protein family 5  52.62 
 
 		 625 aa  632  1e-180  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.175563  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3914  extracellular solute-binding protein family 5  50.32 
 
 		 630 aa  621  1e-176  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0343  extracellular solute-binding protein  52.62 
 
 		 624 aa  616  1e-175  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0388  extracellular solute-binding protein family 5  52.46 
 
 		 624 aa  617  1e-175  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.420489  normal  0.698142 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2633  extracellular solute-binding protein  50.95 
 
 		 629 aa  612  9.999999999999999e-175  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.350381  normal  0.525149 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3358  extracellular solute-binding protein  50.94 
 
 		 636 aa  609  1e-173  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0726814  normal  0.160875 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0597  extracellular solute-binding protein  46.45 
 
 		 633 aa  538  9.999999999999999e-153  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2274  extracellular solute-binding protein  46.19 
 
 		 600 aa  538  9.999999999999999e-153  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4083  twin-arginine translocation pathway signal  48.08 
 
 		 626 aa  523  1e-147  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0249  extracellular solute-binding protein  46.91 
 
 		 670 aa  517  1.0000000000000001e-145  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0014  extracellular solute-binding protein  44.35 
 
 		 615 aa  518  1.0000000000000001e-145  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.498204  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0009  putative ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  43.04 
 
 		 615 aa  508  9.999999999999999e-143  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.193969  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2060  extracellular solute-binding protein  45.98 
 
 		 615 aa  506  9.999999999999999e-143  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.163136  normal  0.391933 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1348  extracellular solute-binding protein family 5  45.49 
 
 		 603 aa  505  1e-141  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0798387  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0009  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  43.12 
 
 		 604 aa  501  1e-140  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1946  extracellular solute-binding protein  43.58 
 
 		 611 aa  499  1e-140  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.185407  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3472  extracellular solute-binding protein  44.95 
 
 		 611 aa  497  1e-139  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0180  extracellular solute-binding protein family 5  45.07 
 
 		 607 aa  493  9.999999999999999e-139  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0115715  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3719  extracellular solute-binding protein  44.31 
 
 		 611 aa  493  9.999999999999999e-139  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0280101  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3166  extracellular solute-binding protein  44.25 
 
 		 615 aa  494  9.999999999999999e-139  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1718  extracellular solute-binding protein  43.77 
 
 		 611 aa  489  1e-137  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.359306  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4147  peptide ABC transporter, periplamic peptide-binding protein  43.44 
 
 		 611 aa  486  1e-136  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2181  extracellular solute-binding protein  43.74 
 
 		 613 aa  488  1e-136  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2182  extracellular solute-binding protein  43.62 
 
 		 610 aa  485  1e-136  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3716  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  44.22 
 
 		 609 aa  483  1e-135  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1759  extracellular solute-binding protein  42.9 
 
 		 609 aa  484  1e-135  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.358749  normal  0.29946 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1538  extracellular solute-binding protein  42.91 
 
 		 609 aa  482  1e-135  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3471  extracellular solute-binding protein  43.78 
 
 		 609 aa  480  1e-134  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.640162  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29650  oligopeptide ABC transporter, periplasmic substrate binding protein  42.83 
 
 		 613 aa  479  1e-134  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.000703906  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4146  peptide ABC transporter, periplamic peptide-binding protein  43.45 
 
 		 609 aa  476  1e-133  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3717  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  43.02 
 
 		 618 aa  475  1e-133  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0526  extracellular solute-binding protein  43.91 
 
 		 643 aa  476  1e-133  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0241638  normal  0.268494 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2061  extracellular solute-binding protein  43.54 
 
 		 616 aa  475  1e-133  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.409615  normal  0.170665 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41130  putative binding protein component of ABC transporter  43.07 
 
 		 615 aa  477  1e-133  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3486  ABC transporter periplasmic binding protein  42.55 
 
 		 615 aa  476  1e-133  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1719  extracellular solute-binding protein  43.45 
 
 		 646 aa  477  1e-133  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.244782  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29640  oligopeptide ABC transporter, periplasmic substrate binding protein  43.35 
 
 		 609 aa  473  1e-132  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.113024  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1758  extracellular solute-binding protein  43.52 
 
 		 618 aa  473  1e-132  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.316004  normal  0.0569954 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3718  extracellular solute-binding protein  43.55 
 
 		 590 aa  475  1e-132  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.357391  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0289  ABC transporter extracellular solute-binding protein  40.6 
 
 		 606 aa  466  9.999999999999999e-131  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0655  ABC peptide transporter  43.25 
 
 		 633 aa  464  1e-129  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3639  extracellular solute-binding protein  42.37 
 
 		 641 aa  462  1e-129  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.294463  normal  0.053682 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2359  extracellular solute-binding protein  43.31 
 
 		 645 aa  465  1e-129  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0844875  normal  0.182874 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2153  extracellular solute-binding protein  43.28 
 
 		 597 aa  459  9.999999999999999e-129  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.453344 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0704  ABC peptide transporter, substrate binding protein  43.05 
 
 		 645 aa  462  9.999999999999999e-129  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.49782  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41110  putative solute-binding protein  41.53 
 
 		 609 aa  455  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0342  extracellular solute-binding protein  43.05 
 
 		 637 aa  450  1e-125  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0387  extracellular solute-binding protein family 5  43.05 
 
 		 637 aa  451  1e-125  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.111911  normal  0.651599 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3485  putative solute-binding protein  41.23 
 
 		 626 aa  450  1e-125  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0421  extracellular solute-binding protein family 5  42.43 
 
 		 641 aa  444  1e-123  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.427516  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37880  putative binding protein component of ABC transporter  42.01 
 
 		 602 aa  441  9.999999999999999e-123  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00173754  normal  0.230207 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1807  extracellular solute-binding protein  41.9 
 
 		 665 aa  437  1e-121  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.625712  normal  0.143321 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0378  extracellular solute-binding protein  40.47 
 
 		 659 aa  438  1e-121  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.296975  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0288  extracellular solute-binding protein  40.25 
 
 		 631 aa  435  1e-120  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1616  extracellular solute-binding protein  42.47 
 
 		 621 aa  430  1e-119  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.320311 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3535  twin-arginine translocation pathway signal  43.7 
 
 		 631 aa  430  1e-119  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.10202  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3093  extracellular solute-binding protein  39.34 
 
 		 640 aa  428  1e-118  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.311181 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0514  extracellular solute-binding protein family 5  42.02 
 
 		 617 aa  428  1e-118  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.772903  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2632  extracellular solute-binding protein  42.02 
 
 		 638 aa  427  1e-118  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.267737 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1770  extracellular solute-binding protein  42.44 
 
 		 635 aa  423  1e-117  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.235807  normal  0.035612 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4084  extracellular solute-binding protein  40.48 
 
 		 622 aa  424  1e-117  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2741  extracellular solute-binding protein family 5  41.19 
 
 		 598 aa  422  1e-116  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.982648  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3863  extracellular solute-binding protein  39.44 
 
 		 643 aa  420  1e-116  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3729  extracellular solute-binding protein  42.76 
 
 		 605 aa  419  1e-116  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2773  extracellular solute-binding protein  40.83 
 
 		 600 aa  417  9.999999999999999e-116  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4214  extracellular solute-binding protein family 5  41.94 
 
 		 631 aa  419  9.999999999999999e-116  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.159532  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0393  extracellular solute-binding protein family 5  41.15 
 
 		 658 aa  416  9.999999999999999e-116  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.305694  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0448  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  38.64 
 
 		 628 aa  417  9.999999999999999e-116  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0189227  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0015  extracellular solute-binding protein  38.8 
 
 		 622 aa  414  1e-114  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.440164  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2941  extracellular solute-binding protein family 5  40.78 
 
 		 626 aa  413  1e-114  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1918  extracellular solute-binding protein family 5  40.44 
 
 		 624 aa  409  1e-113  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.141115  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1810  extracellular solute-binding protein  40.96 
 
 		 624 aa  412  1e-113  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0607685  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7055  oligopeptide ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  40.39 
 
 		 614 aa  406  1.0000000000000001e-112  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0391894  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0535  putative peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  38.86 
 
 		 611 aa  408  1.0000000000000001e-112  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1645  extracellular solute-binding protein family 5  37.25 
 
 		 602 aa  408  1.0000000000000001e-112  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.819399  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2128  extracellular solute-binding protein  39.86 
 
 		 603 aa  407  1.0000000000000001e-112  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.603606  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0010  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  37.58 
 
 		 622 aa  404  1e-111  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.427067  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3204  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  39.97 
 
 		 650 aa  403  1e-111  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0292064  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1607  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  39.97 
 
 		 650 aa  403  1e-111  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  0.00266452  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4132  extracellular solute-binding protein family 5  39.93 
 
 		 610 aa  403  1e-111  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2547  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  40.31 
 
 		 650 aa  403  1e-111  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.524722  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2493  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  40.31 
 
 		 650 aa  403  1e-111  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.409062  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5371  ABC transporter, periplasmic ligand binding protein  40.58 
 
 		 623 aa  404  1e-111  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.970504 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1383  extracellular solute-binding protein  38.46 
 
 		 640 aa  405  1e-111  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.138715  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1382  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  39.97 
 
 		 650 aa  403  1e-111  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.417398  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1916  extracellular solute-binding protein family 5  36.92 
 
 		 602 aa  403  1e-111  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4446  extracellular solute-binding protein family 5  40.27 
 
 		 610 aa  402  1e-111  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.215863  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3254  extracellular solute-binding protein  39.36 
 
 		 643 aa  401  9.999999999999999e-111  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2635  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  40.41 
 
 		 686 aa  402  9.999999999999999e-111  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.63534  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>