More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_0003 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_0003  tRNA modification GTPase TrmE  100 
 
 		 419 aa  814    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.398511  normal  0.940122 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1230  tRNA modification GTPase TrmE  50.58 
 
 		 428 aa  376  1e-103  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2891  tRNA modification GTPase TrmE  50.58 
 
 		 428 aa  374  1e-102  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2667  tRNA modification GTPase TrmE  50.35 
 
 		 428 aa  367  1e-100  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0398705  normal  0.380735 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3454  tRNA modification GTPase TrmE  49.42 
 
 		 429 aa  361  1e-98  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2864  tRNA modification GTPase TrmE  46.87 
 
 		 428 aa  335  7.999999999999999e-91  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.234827 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1284  tRNA modification GTPase TrmE  46.21 
 
 		 451 aa  323  3e-87  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2964  tRNA modification GTPase TrmE  46.33 
 
 		 438 aa  308  8e-83  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0098  tRNA modification GTPase TrmE  44.91 
 
 		 456 aa  305  1.0000000000000001e-81  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.0727899 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1411  tRNA modification GTPase TrmE  47.73 
 
 		 437 aa  304  2.0000000000000002e-81  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.03827 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2587  tRNA modification GTPase TrmE  44.47 
 
 		 448 aa  303  3.0000000000000004e-81  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.147171 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0297  tRNA modification GTPase TrmE  46.21 
 
 		 441 aa  298  1e-79  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1029  tRNA modification GTPase TrmE  46.36 
 
 		 434 aa  298  2e-79  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.111023  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0429  tRNA modification GTPase TrmE  44.78 
 
 		 462 aa  297  2e-79  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0858  tRNA modification GTPase TrmE  43.31 
 
 		 442 aa  296  4e-79  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1982  tRNA modification GTPase TrmE  42.73 
 
 		 442 aa  296  5e-79  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.535641  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2062  tRNA modification GTPase TrmE  42.5 
 
 		 442 aa  296  6e-79  Brucella suis 1330  Bacteria  decreased coverage  0.00847213  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0164  tRNA modification GTPase TrmE  46.28 
 
 		 445 aa  295  9e-79  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.364073  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1580  tRNA modification GTPase TrmE  46.33 
 
 		 444 aa  293  3e-78  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.183316 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1833  tRNA modification GTPase TrmE  46.1 
 
 		 431 aa  291  1e-77  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0890064  normal  0.0768704 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0291  tRNA modification GTPase TrmE  45.62 
 
 		 449 aa  291  2e-77  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0199  tRNA modification GTPase TrmE  44.32 
 
 		 426 aa  290  4e-77  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.649237 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4390  tRNA modification GTPase TrmE  41.34 
 
 		 436 aa  290  4e-77  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1272  tRNA modification GTPase TrmE  46.58 
 
 		 438 aa  286  7e-76  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.803467 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1859  tRNA modification GTPase TrmE  46.67 
 
 		 444 aa  283  4.0000000000000003e-75  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.517365 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0392  tRNA modification GTPase TrmE  43.61 
 
 		 460 aa  283  5.000000000000001e-75  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.379406 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3472  tRNA modification GTPase TrmE  42.05 
 
 		 442 aa  281  1e-74  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0106  tRNA modification GTPase TrmE  44.12 
 
 		 457 aa  281  2e-74  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.446893  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1940  tRNA modification GTPase TrmE  43.39 
 
 		 435 aa  280  3e-74  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.704243  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1658  tRNA modification GTPase TrmE  45.66 
 
 		 444 aa  277  2e-73  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.844134  normal  0.296272 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4081  tRNA modification GTPase TrmE  44.47 
 
 		 441 aa  276  5e-73  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0162579 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2407  tRNA modification GTPase TrmE  43.62 
 
 		 433 aa  276  7e-73  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0002  tRNA modification GTPase TrmE  38.33 
 
 		 455 aa  275  2.0000000000000002e-72  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp3073  tRNA modification GTPase TrmE  37.83 
 
 		 446 aa  274  2.0000000000000002e-72  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2929  tRNA modification GTPase TrmE  39.07 
 
 		 446 aa  274  2.0000000000000002e-72  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4257  tRNA modification GTPase TrmE  43.94 
 
 		 437 aa  273  4.0000000000000004e-72  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.910878 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3931  tRNA modification GTPase TrmE  41.95 
 
 		 437 aa  269  5.9999999999999995e-71  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.45905 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4148  tRNA modification GTPase TrmE  38.63 
 
 		 454 aa  268  1e-70  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.421634  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0060  tRNA modification GTPase TrmE  38.43 
 
 		 439 aa  268  2e-70  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.646746  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4260  tRNA modification GTPase TrmE  38.19 
 
 		 454 aa  266  4e-70  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5136  tRNA modification GTPase TrmE  38.19 
 
 		 454 aa  266  4e-70  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.041745  normal  0.0619684 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4288  tRNA modification GTPase TrmE  38.19 
 
 		 454 aa  266  4e-70  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4219  tRNA modification GTPase TrmE  38.19 
 
 		 454 aa  266  4e-70  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.99545  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4073  tRNA modification GTPase TrmE  38.19 
 
 		 454 aa  266  4e-70  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.420944  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03590  tRNA modification GTPase  38.94 
 
 		 454 aa  266  5e-70  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03534  hypothetical protein  38.94 
 
 		 454 aa  266  5e-70  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.948294  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3920  tRNA modification GTPase TrmE  38.94 
 
 		 454 aa  266  5e-70  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.189642  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0027  tRNA modification GTPase TrmE  38.85 
 
 		 454 aa  265  8e-70  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.151422 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002017  GTPase and tRNA-U34 5-formylation enzyme TrmE  37.53 
 
 		 453 aa  264  2e-69  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0189213  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4216  tRNA modification GTPase TrmE  38.72 
 
 		 454 aa  263  4e-69  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.021791  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4484  tRNA modification GTPase TrmE  39 
 
 		 459 aa  263  4e-69  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000179125 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2124  tRNA modification GTPase TrmE  37.33 
 
 		 452 aa  263  4.999999999999999e-69  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0137  tRNA modification GTPase TrmE  41.44 
 
 		 437 aa  263  4.999999999999999e-69  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0199  tRNA modification GTPase TrmE  37.33 
 
 		 473 aa  263  6e-69  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00435  tRNA modification GTPase TrmE  37.31 
 
 		 453 aa  262  6.999999999999999e-69  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4070  tRNA modification GTPase TrmE  37.75 
 
 		 467 aa  261  1e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.125734  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3086  tRNA modification GTPase TrmE  38.22 
 
 		 458 aa  262  1e-68  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.924716  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4263  tRNA modification GTPase TrmE  37.86 
 
 		 454 aa  261  1e-68  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.226045  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4177  tRNA modification GTPase TrmE  37.75 
 
 		 467 aa  261  1e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.357651  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4127  tRNA modification GTPase TrmE  37.75 
 
 		 454 aa  261  1e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.357729  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4055  tRNA modification GTPase TrmE  37.75 
 
 		 454 aa  261  1e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.765231  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2515  tRNA modification GTPase TrmE  37.74 
 
 		 464 aa  261  1e-68  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000310293  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4234  tRNA modification GTPase TrmE  37.75 
 
 		 467 aa  261  1e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0010  tRNA modification GTPase TrmE  39.05 
 
 		 435 aa  262  1e-68  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.00000341639  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3205  tRNA modification GTPase TrmE  40.64 
 
 		 440 aa  261  2e-68  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5133  tRNA modification GTPase TrmE  38.46 
 
 		 456 aa  261  2e-68  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4292  tRNA modification GTPase TrmE  38.05 
 
 		 454 aa  261  2e-68  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.10556  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4615  tRNA modification GTPase TrmE  38.63 
 
 		 454 aa  261  2e-68  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.394021  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0005  tRNA modification GTPase TrmE  37.39 
 
 		 453 aa  260  3e-68  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.135343  hitchhiker  0.00000014804 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_4031  tRNA modification GTPase TrmE  37.39 
 
 		 453 aa  260  4e-68  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.608873  hitchhiker  0.001302 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04098  tRNA modification GTPase  37.07 
 
 		 462 aa  259  6e-68  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5443  tRNA modification GTPase TrmE  38.82 
 
 		 456 aa  259  8e-68  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3939  tRNA modification GTPase TrmE  37.39 
 
 		 453 aa  258  9e-68  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000114268 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0005  tRNA modification GTPase TrmE  39.74 
 
 		 456 aa  258  1e-67  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.273487  hitchhiker  0.00022418 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5742  tRNA modification GTPase TrmE  38.63 
 
 		 456 aa  258  1e-67  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.206283  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3612  tRNA modification GTPase TrmE  37.88 
 
 		 455 aa  258  1e-67  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_4034  tRNA modification GTPase TrmE  39.08 
 
 		 453 aa  258  1e-67  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.461545  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5308  tRNA modification GTPase TrmE  39.74 
 
 		 456 aa  258  1e-67  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.832252  normal  0.0803697 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5212  tRNA modification GTPase TrmE  39.38 
 
 		 456 aa  257  2e-67  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4158  tRNA modification GTPase TrmE  37.31 
 
 		 454 aa  257  3e-67  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000196641  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4183  tRNA modification GTPase TrmE  37.31 
 
 		 454 aa  257  3e-67  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000380111  normal  0.0649437 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0008  tRNA modification GTPase TrmE  37.92 
 
 		 453 aa  257  3e-67  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.185087  hitchhiker  0.000721309 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3774  tRNA modification GTPase TrmE  38.55 
 
 		 466 aa  257  3e-67  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0161001  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2881  tRNA modification GTPase TrmE  41.08 
 
 		 444 aa  257  3e-67  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.470737  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_73400  tRNA modification GTPase TrmE  39.74 
 
 		 455 aa  257  3e-67  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.000503354  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0003  tRNA modification GTPase TrmE  37.25 
 
 		 457 aa  256  4e-67  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2775  tRNA modification GTPase TrmE  37.05 
 
 		 452 aa  256  5e-67  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0132  tRNA modification GTPase TrmE  36.81 
 
 		 452 aa  256  5e-67  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.849325  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5611  tRNA modification GTPase TrmE  38.16 
 
 		 456 aa  256  6e-67  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4245  tRNA modification GTPase TrmE  37.31 
 
 		 454 aa  256  6e-67  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00411948  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3624  tRNA modification GTPase TrmE  42.2 
 
 		 455 aa  256  6e-67  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.473452  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2195  tRNA modification GTPase TrmE  38.03 
 
 		 475 aa  254  2.0000000000000002e-66  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0717  tRNA modification GTPase TrmE  44.48 
 
 		 550 aa  254  3e-66  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0032  tRNA modification GTPase TrmE  37.3 
 
 		 441 aa  253  5.000000000000001e-66  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_4001  tRNA modification GTPase TrmE  36.46 
 
 		 453 aa  252  8.000000000000001e-66  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.73411  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4062  tRNA modification GTPase TrmE  37.03 
 
 		 453 aa  252  8.000000000000001e-66  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.112278  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0001  tRNA modification GTPase TrmE  36.73 
 
 		 453 aa  252  9.000000000000001e-66  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.201746  hitchhiker  0.00000000323985 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2930  tRNA modification GTPase TrmE  33.55 
 
 		 458 aa  251  1e-65  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.137366  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_5023  tRNA modification GTPase TrmE  42.79 
 
 		 447 aa  251  2e-65  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0584026  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_52440  tRNA modification GTPase TrmE  39.47 
 
 		 455 aa  251  2e-65  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>