More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_2180 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011138  MADE_02745  putative TonB-dependent outer membrane receptor  42.02 
 
 		 1015 aa  672    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02748  putative TonB-dependent outer membrane receptor  48.3 
 
 		 856 aa  809    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2931  TonB-dependent receptor  62.88 
 
 		 870 aa  1054    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000063349  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2180  TonB-dependent receptor  100 
 
 		 869 aa  1764    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.225635  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3331  TonB-dependent receptor  64.66 
 
 		 867 aa  1107    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1061  TonB-dependent receptor  64.54 
 
 		 867 aa  1103    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.797975 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3096  TonB-dependent receptor  62.28 
 
 		 851 aa  1073    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3081  TonB-dependent receptor  64.91 
 
 		 857 aa  1122    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0959  TonB-dependent receptor  65.03 
 
 		 858 aa  1114    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1028  TonB-dependent receptor  64.81 
 
 		 861 aa  1107    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.518933  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3992  TonB-dependent receptor plug  56.46 
 
 		 877 aa  921    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000578647  normal  0.249271 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2896  putative TonB-dependent outer membrane receptor  51.15 
 
 		 867 aa  811    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.0000792676  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2417  TonB-dependent receptor, plug  39.06 
 
 		 823 aa  540  9.999999999999999e-153  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.599491 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1723  TonB-dependent receptor  35.66 
 
 		 868 aa  518  1.0000000000000001e-145  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.00128023  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01460  TonB-dependent receptor, putative  35.9 
 
 		 864 aa  503  1e-141  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3801  TonB-dependent receptor  34.05 
 
 		 800 aa  424  1e-117  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1378  TonB-dependent receptor  33.23 
 
 		 872 aa  414  1e-114  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.571563  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2718  TonB-dependent receptor  32.61 
 
 		 803 aa  399  1e-109  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000743296 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0517  TonB-dependent receptor  32.84 
 
 		 817 aa  397  1e-109  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.069894  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3441  TonB-dependent receptor  32.14 
 
 		 843 aa  388  1e-106  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.00117935  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3540  TonB-dependent receptor  32.27 
 
 		 812 aa  384  1e-105  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.00000560682  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0415  TonB-dependent receptor  32.27 
 
 		 812 aa  384  1e-105  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0145049  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3715  TonB-dependent receptor  32.38 
 
 		 812 aa  386  1e-105  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000223353  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2484  TonB-dependent siderophore receptor, putative  32.51 
 
 		 800 aa  380  1e-104  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.104897  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1708  TonB-dependent receptor  32.19 
 
 		 817 aa  375  1e-102  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0702  TonB-dependent receptor  31.4 
 
 		 948 aa  355  2e-96  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.861146  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2290  TonB-dependent receptor:TonB-dependent receptor  32.18 
 
 		 800 aa  353  8e-96  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000569019 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3139  TonB-dependent receptor  30.61 
 
 		 795 aa  337  5e-91  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0252363  normal  0.788798 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02222  putative TonB-dependent receptor  31.64 
 
 		 853 aa  335  2e-90  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2289  outer membrane protein  30.48 
 
 		 870 aa  333  7.000000000000001e-90  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000176254  unclonable  0.000000033388 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2818  TonB-dependent receptor  31.62 
 
 		 853 aa  328  3e-88  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.141379  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2509  TonB-dependent receptor  29.28 
 
 		 803 aa  322  9.999999999999999e-87  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0337373  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01565  putative TonB-dependent receptor  29.78 
 
 		 874 aa  319  2e-85  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0773704  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2507  TonB-dependent receptor  30.21 
 
 		 842 aa  316  9.999999999999999e-85  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3580  TonB-dependent receptor  30.69 
 
 		 835 aa  315  1.9999999999999998e-84  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01938  TonB-dependent outer membrane Receptor  30.02 
 
 		 799 aa  315  2.9999999999999996e-84  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2892  TonB-dependent receptor:TonB-dependent receptor  29.79 
 
 		 815 aa  311  4e-83  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3011  TonB-dependent sideophore receptor, putative  29.64 
 
 		 821 aa  310  5e-83  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.659574  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2657  TonB-dependent receptor plug  31.39 
 
 		 811 aa  308  2.0000000000000002e-82  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0512157  normal  0.824086 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0935  TonB-dependent receptor, plug  28.05 
 
 		 961 aa  305  2.0000000000000002e-81  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1412  TonB-dependent receptor  29.83 
 
 		 847 aa  303  1e-80  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37490  putative TonB-dependent receptor  30.39 
 
 		 883 aa  303  1e-80  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0134389  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2607  TonB-dependent siderophore receptor, putative  29.79 
 
 		 832 aa  296  1e-78  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0816697  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5926  TonB-dependent receptor  29.46 
 
 		 924 aa  294  6e-78  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.61038 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1490  TonB-dependent receptor, plug  29.14 
 
 		 948 aa  293  1e-77  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7322  TonB-dependent receptor  28.52 
 
 		 804 aa  290  6e-77  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.560264 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2320  TonB-dependent receptor  29.05 
 
 		 947 aa  289  2e-76  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.500689  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2621  TonB-dependent receptor  29.73 
 
 		 871 aa  283  7.000000000000001e-75  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2342  TonB-dependent receptor  29.59 
 
 		 795 aa  281  3e-74  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.198134  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0153  TonB-dependent receptor plug  28.99 
 
 		 918 aa  275  4.0000000000000004e-72  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2466  TonB-dependent receptor  28.04 
 
 		 887 aa  273  8.000000000000001e-72  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3152  TonB-dependent receptor  28.73 
 
 		 811 aa  273  1e-71  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.248093  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0399  putative TonB-dependent siderophore receptor  28.92 
 
 		 818 aa  269  1e-70  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0915  TonB-dependent receptor plug  27.92 
 
 		 842 aa  248  4e-64  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0358402  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0442  TonB-dependent receptor  33.46 
 
 		 797 aa  247  8e-64  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0126161  normal  0.466854 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0430  TonB-dependent receptor  33.46 
 
 		 797 aa  246  9.999999999999999e-64  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000261093  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0456  TonB-dependent receptor  33.08 
 
 		 797 aa  244  3.9999999999999997e-63  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.00000941597  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3884  TonB-dependent receptor  32.34 
 
 		 797 aa  240  6.999999999999999e-62  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000140414  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2160  TonB-dependent receptor, plug  33.4 
 
 		 797 aa  223  8e-57  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00475664  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1934  TonB-dependent receptor plug  26.26 
 
 		 813 aa  212  3e-53  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.860003 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0932  TonB-dependent receptor, plug  30.45 
 
 		 840 aa  211  4e-53  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3218  putative TonB-dependent receptor for Fe  28.88 
 
 		 848 aa  195  2e-48  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1342  ferric enterobactin receptor  28.52 
 
 		 793 aa  193  1e-47  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.127602  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1277  TonB-dependent receptor  28.33 
 
 		 793 aa  191  2.9999999999999997e-47  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0868326  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1344  ferric enterobactin receptor  29.51 
 
 		 788 aa  189  2e-46  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  unclonable  0.00000000120084  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01941  TonB-dependent outer membrane receptor  31.18 
 
 		 784 aa  188  4e-46  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1279  TonB-dependent receptor  29.51 
 
 		 788 aa  187  7e-46  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  unclonable  0.0000000456142  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01939  TonB-dependent outer membrane receptor  30.49 
 
 		 795 aa  186  2.0000000000000003e-45  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30590  putative outer membrane receptor protein  27.59 
 
 		 884 aa  182  2e-44  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.507511 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0349  TonB-dependent receptor  27.99 
 
 		 850 aa  177  7e-43  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2934  TonB-dependent receptor  26.48 
 
 		 987 aa  172  2e-41  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21630  TonB-dependent siderophore receptor  26.97 
 
 		 833 aa  167  5.9999999999999996e-40  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.176382  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04865  TonB-dependent outer membrane Receptor  27.62 
 
 		 811 aa  166  2.0000000000000002e-39  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1693  TonB-dependent receptor  37.86 
 
 		 858 aa  165  4.0000000000000004e-39  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.262661  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2586  TonB-dependent receptor plug  27.94 
 
 		 924 aa  164  7e-39  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.427488  normal  0.0373084 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2318  TonB-dependent receptor  24.94 
 
 		 879 aa  163  2e-38  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.488825 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3349  TonB-dependent receptor  26.97 
 
 		 815 aa  159  3e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.51089  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0393  putative TonB-dependent siderophore receptor  27.61 
 
 		 847 aa  158  4e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5287  TonB-dependent receptor  33.33 
 
 		 933 aa  154  5e-36  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.284266 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2592  TonB-dependent receptor plug  26.25 
 
 		 885 aa  145  3e-33  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.228044  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1784  TonB-dependent receptor  26.08 
 
 		 873 aa  145  4e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.942088  hitchhiker  0.0000219382 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2861  TonB-dependent receptor  24.65 
 
 		 873 aa  141  3.9999999999999997e-32  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.318133  hitchhiker  0.0000000966582 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1586  TonB-dependent receptor plug  35.94 
 
 		 816 aa  140  7.999999999999999e-32  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1691  TonB-dependent receptor  25.08 
 
 		 894 aa  138  4e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2565  TonB-dependent receptor  24.67 
 
 		 843 aa  137  9e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0458531 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2416  TonB-dependent receptor  24.68 
 
 		 842 aa  133  1.0000000000000001e-29  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1903  TonB-dependent receptor  26.56 
 
 		 855 aa  129  2.0000000000000002e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000110647  hitchhiker  0.0000976809 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2260  TonB-dependent receptor  26.84 
 
 		 852 aa  129  2.0000000000000002e-28  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2031  TonB-dependent receptor  26.95 
 
 		 849 aa  128  4.0000000000000003e-28  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2074  TonB-dependent receptor  25.04 
 
 		 836 aa  127  6e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1958  TonB-dependent receptor  24.67 
 
 		 853 aa  127  6e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0202201  normal  0.592447 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2036  TonB-dependent receptor  24.59 
 
 		 841 aa  127  1e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.519963  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2427  TonB-dependent receptor, putative  24.49 
 
 		 853 aa  124  9.999999999999999e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2276  TonB-dependent receptor plug  25.38 
 
 		 873 aa  123  9.999999999999999e-27  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2618  TonB-dependent receptor  28.67 
 
 		 849 aa  122  1.9999999999999998e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.0000702632  normal  0.386313 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2075  TonB-dependent receptor  26.78 
 
 		 855 aa  122  3e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00318528  hitchhiker  0.00256739 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0906  TonB-dependent receptor  28.61 
 
 		 875 aa  119  1.9999999999999998e-25  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1940  TonB-dependent receptor  26.91 
 
 		 838 aa  119  1.9999999999999998e-25  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0622221  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1120  TonB-dependent receptor  23.7 
 
 		 942 aa  117  7.999999999999999e-25  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00264761 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0967  TonB-dependent receptor  29.55 
 
 		 869 aa  117  1.0000000000000001e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0133332  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>