More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_4511 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_4511  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 255 aa  511  1e-144  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0764519  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1400  helix-turn-helix domain-containing protein  98.04 
 
 		 255 aa  501  1e-141  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.113749  normal  0.478615 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4017  AraC family transcriptional regulator  90.98 
 
 		 255 aa  462  1e-129  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00173287 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3800  AraC family transcriptional regulator  81.18 
 
 		 257 aa  418  1e-116  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000600898 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1474  AraC family transcriptional regulator  66.93 
 
 		 254 aa  333  2e-90  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.705391  normal  0.109317 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22580  AraC family transcriptional regulator  59.45 
 
 		 254 aa  281  8.000000000000001e-75  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000567306  hitchhiker  0.000118862 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1906  putative transcriptional regulator  59.06 
 
 		 254 aa  278  8e-74  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1820  AraC family transcriptional regulator  58.54 
 
 		 248 aa  258  7e-68  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.167781  normal  0.742207 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4739  proline utilization regulator  35.98 
 
 		 250 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.284133  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54190  proline utilization regulator  35.98 
 
 		 250 aa  119  3e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1225  AraC family transcriptional regulator  33.19 
 
 		 249 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.615855  normal  0.0441463 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0168  AraC/XylS family transcriptional regulator  33.74 
 
 		 287 aa  111  9e-24  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000293268  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4719  AraC family transcriptional regulator  34.39 
 
 		 255 aa  110  3e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0083  transcriptional regulator, AraC family  35.6 
 
 		 240 aa  110  3e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1250  AraC family transcriptional regulator  34.17 
 
 		 263 aa  108  8.000000000000001e-23  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0091  transcriptional regulator, AraC family  34.8 
 
 		 240 aa  105  5e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.994797 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0820  HTH-type transcriptional regulator, AraC-family  31.38 
 
 		 259 aa  105  6e-22  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2613  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 255 aa  102  5e-21  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2475  AraC family transcriptional regulator  33.73 
 
 		 255 aa  102  8e-21  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001016  transcriptional regulator AraC/XylS family  29.73 
 
 		 270 aa  102  8e-21  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0540486  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0908  hypothetical protein  33.73 
 
 		 255 aa  101  1e-20  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_07095  hypothetical protein  30.49 
 
 		 270 aa  101  1e-20  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4881  AraC family transcriptional regulator  31.13 
 
 		 263 aa  100  2e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.000645238  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4383  AraC family transcriptional regulator  30.92 
 
 		 257 aa  99  7e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.122442  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0553  AraC family transcriptional regulator  32.94 
 
 		 255 aa  97.8  1e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.169968  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0234  transcription regulator protein  33.73 
 
 		 248 aa  93.6  3e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.942813 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4427  helix-turn-helix domain-containing protein  26.94 
 
 		 257 aa  93.6  3e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0910  helix-turn-helix, AraC type  31.02 
 
 		 243 aa  91.3  1e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5558  AraC family transcriptional regulator  29.96 
 
 		 255 aa  90.9  2e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3735  AraC family transcriptional regulator  29.96 
 
 		 255 aa  90.5  2e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.724419  normal  0.587123 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6833  transcriptional regulator, AraC family  29.92 
 
 		 259 aa  88.6  1e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.540277 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2872  AraC family transcriptional regulator  29.92 
 
 		 259 aa  87.8  2e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.895019 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4906  AraC family transcriptional regulator  27.84 
 
 		 256 aa  87  3e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.209639  hitchhiker  0.0012176 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3690  AraC family transcriptional regulator  31.18 
 
 		 257 aa  86.3  5e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.278242 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4528  AraC family transcriptional regulator  31.18 
 
 		 257 aa  86.3  5e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3835  AraC family transcriptional regulator  31.18 
 
 		 257 aa  86.3  5e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0110424  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2748  AraC family transcriptional regulator  27.2 
 
 		 275 aa  84.7  0.000000000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.195621  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2262  AraC family transcriptional regulator  29.46 
 
 		 257 aa  84.7  0.000000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.302077  normal  0.0338598 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6085  AraC family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 243 aa  83.2  0.000000000000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010517  Mrad2831_6428  AraC family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 243 aa  83.2  0.000000000000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal  0.980502 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1747  transcriptional regulator, AraC family  29.55 
 
 		 231 aa  80.9  0.00000000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.49476  normal  0.0537138 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1861  helix-turn-helix domain-containing protein  31.6 
 
 		 259 aa  80.9  0.00000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0711253  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3309  AraC family transcriptional regulator  30.45 
 
 		 239 aa  78.2  0.0000000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4886  transcriptional regulator, AraC family  33.47 
 
 		 237 aa  77  0.0000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1157  AraC family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 248 aa  76.6  0.0000000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4042  helix-turn-helix domain-containing protein  31.97 
 
 		 263 aa  76.6  0.0000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1434  AraC family transcriptional regulator  41.41 
 
 		 312 aa  76.6  0.0000000000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.458798  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1506  helix-turn-helix domain-containing protein  24.89 
 
 		 240 aa  73.9  0.000000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3653  helix-turn-helix domain-containing protein  26.61 
 
 		 240 aa  73.6  0.000000000003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38040  AraC family transcriptional regulator  32.7 
 
 		 329 aa  72.4  0.000000000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.110886  hitchhiker  0.0035496 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1287  AraC family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 260 aa  72.4  0.000000000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.400393 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4602  AraC family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 279 aa  72  0.000000000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0287774  normal  0.364439 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0516  PAS sensor protein  37.23 
 
 		 255 aa  71.2  0.00000000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2576  AraC-like transcriptional regulator  40.91 
 
 		 313 aa  71.2  0.00000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.289552 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0889  transcriptional regulator, AraC family  32.8 
 
 		 239 aa  71.6  0.00000000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4765  AraC family transcriptional regulator  39.36 
 
 		 312 aa  70.9  0.00000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.485121  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0193  helix-turn-helix, AraC type:AraC-type transcriptional regulator, N-terminal  41.38 
 
 		 305 aa  69.7  0.00000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2310  AraC family transcriptional regulator  37.31 
 
 		 256 aa  69.7  0.00000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.141971  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1432  transcriptional regulator, AraC family  35.34 
 
 		 387 aa  69.7  0.00000000005  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.185359  normal  0.618503 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2054  two component transcriptional regulator, AraC family  38.95 
 
 		 1201 aa  69.3  0.00000000005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.695732  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2465  AraC family transcriptional regulator  40.23 
 
 		 313 aa  68.9  0.00000000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1477  AraC family transcriptional regulator  38.3 
 
 		 214 aa  68.9  0.00000000007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.698473  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3759  AraC family transcriptional regulator  35.66 
 
 		 320 aa  68.9  0.00000000008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.831602  hitchhiker  0.00901781 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5186  putative AraC-like transcription regulator  37.23 
 
 		 335 aa  68.6  0.00000000009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0167126 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0773  AraC family transcriptional regulator  27.57 
 
 		 237 aa  68.6  0.00000000009  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1806  helix-turn-helix domain-containing protein  24.69 
 
 		 243 aa  68.2  0.0000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.851329  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0330  AraC family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 242 aa  68.2  0.0000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4131  AraC family transcriptional regulator  35.77 
 
 		 260 aa  68.6  0.0000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.696726  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2797  transcriptional regulator  39.78 
 
 		 315 aa  68.2  0.0000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.558867 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3170  transcriptional regulator, AraC family  31.96 
 
 		 332 aa  68.2  0.0000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.777646  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3601  transcriptional regulator, AraC family  40.91 
 
 		 304 aa  67.4  0.0000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.565461  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3379  transcriptional regulator  35.48 
 
 		 337 aa  67.4  0.0000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.949377  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_17740  DNA-binding domain-containing protein, AraC-type  29.06 
 
 		 322 aa  67.4  0.0000000002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.743146  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3240  putative transcriptional regulator  42.05 
 
 		 310 aa  67.4  0.0000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.246308  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1054  AraC family transcriptional regulator  40.91 
 
 		 311 aa  67  0.0000000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.597722 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1820  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 284 aa  67  0.0000000003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0583  AraC family transcriptional regulator  35.42 
 
 		 312 aa  66.2  0.0000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.98908  normal  0.54842 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4538  AraC family transcriptional regulator  44.19 
 
 		 323 aa  65.9  0.0000000007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.302174  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3159  AraC family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 296 aa  65.5  0.0000000007  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1753  AraC family transcriptional regulator  45.98 
 
 		 322 aa  65.9  0.0000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.143469  normal  0.226934 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4465  AraC family transcriptional regulator  40.22 
 
 		 309 aa  65.5  0.0000000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.320825  normal  0.923094 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1036  AraC family transcriptional regulator  39.77 
 
 		 306 aa  65.5  0.0000000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.280924  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2399  AraC family transcriptional regulator  33.64 
 
 		 323 aa  65.5  0.0000000009  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.33789 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1395  AraC family transcriptional regulator  43.21 
 
 		 306 aa  65.1  0.000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4417  AraC family transcriptional regulator  43.21 
 
 		 306 aa  65.1  0.000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.756326  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4328  AraC-like transcriptional regulator  43.21 
 
 		 306 aa  65.1  0.000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.421083 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4258  AraC family transcriptional regulator  38.71 
 
 		 327 aa  65.1  0.000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3238  AraC family transcriptional regulator  42.53 
 
 		 290 aa  65.1  0.000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.996927 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1175  AraC family transcriptional regulator  37.23 
 
 		 322 aa  64.7  0.000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.253072 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1453  AraC family transcriptional regulator  36.55 
 
 		 299 aa  65.1  0.000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0278  AraC family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 253 aa  65.1  0.000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1745  AraC family transcriptional regulator  34.39 
 
 		 331 aa  64.7  0.000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.334108  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3735  AraC-like transcriptional regulator  29.03 
 
 		 302 aa  64.7  0.000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.00901057  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1829  AraC family transcriptional regulator  32.64 
 
 		 319 aa  64.7  0.000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.362007  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4929  transcriptional regulator, AraC family  45.98 
 
 		 322 aa  65.1  0.000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.202383  normal  0.326932 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2799  AraC family transcriptional regulator  41.38 
 
 		 365 aa  64.7  0.000000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.469303  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1744  AraC-like transcriptional regulator  29.34 
 
 		 299 aa  64.7  0.000000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00012602  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0937  transcriptional regulator, AraC family  32.63 
 
 		 291 aa  64.7  0.000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.440102  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2212  AraC family transcriptional regulator  21.88 
 
 		 302 aa  64.3  0.000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5449  AraC family transcriptional regulator  38.64 
 
 		 307 aa  63.9  0.000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0109166 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>