130 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_0680 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_0680  hypothetical protein  100 
 
 		 451 aa  903    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0908  hypothetical protein  93.35 
 
 		 451 aa  773    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2055  hypothetical protein  60.63 
 
 		 442 aa  482  1e-135  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0299  hypothetical protein  43.46 
 
 		 450 aa  363  3e-99  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.251177  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0418  membrane-fusion protein  40.6 
 
 		 436 aa  296  4e-79  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.989546 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5410  hypothetical protein  40.44 
 
 		 449 aa  291  2e-77  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.288703  normal  0.36048 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1673  hypothetical protein  36.51 
 
 		 446 aa  274  3e-72  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.27195  normal  0.595527 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0478  hypothetical protein  38.76 
 
 		 436 aa  270  5e-71  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3073  hypothetical protein  39.21 
 
 		 448 aa  267  2e-70  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.880129  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0371  hypothetical protein  36.24 
 
 		 457 aa  265  8.999999999999999e-70  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.294814  normal  0.553229 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1154  hypothetical protein  35.4 
 
 		 490 aa  263  4.999999999999999e-69  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0669  hypothetical protein  39.73 
 
 		 439 aa  260  4e-68  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0171669 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0146  hypothetical protein  37.7 
 
 		 439 aa  257  3e-67  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3181  hypothetical protein  34.83 
 
 		 446 aa  248  2e-64  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0473  hypothetical protein  35.79 
 
 		 442 aa  248  2e-64  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.796891  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0389  hypothetical protein  36.9 
 
 		 439 aa  245  9e-64  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.478293  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0568  hypothetical protein  36.87 
 
 		 442 aa  244  1.9999999999999999e-63  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3740  HlyD family secretion protein  34.55 
 
 		 441 aa  209  9e-53  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1408  membrane-fusion protein-like  23.22 
 
 		 631 aa  69.7  0.0000000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.382309  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0926  GAF domain-containing protein  24.44 
 
 		 614 aa  64.3  0.000000004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2177  GAF domain-containing protein  27.73 
 
 		 611 aa  59.3  0.0000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.266529 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1354  HlyD family secretion protein  28.73 
 
 		 364 aa  56.6  0.0000008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000000000336467  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0909  hypothetical protein  24.76 
 
 		 709 aa  56.2  0.000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0618  RND family efflux transporter MFP subunit  27.61 
 
 		 387 aa  56.2  0.000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0670  peptidase M50  27.78 
 
 		 697 aa  55.8  0.000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.726178  normal  0.0130371 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3420  secretion protein HlyD family protein  24.65 
 
 		 357 aa  53.9  0.000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0034  secretion protein, HlyD family  36.36 
 
 		 369 aa  53.5  0.000008  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0681  hypothetical protein  25.82 
 
 		 709 aa  52.8  0.00001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0753  secretion protein HlyD  27.03 
 
 		 370 aa  52.4  0.00002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001980  probable RND efflux membrane fusion protein  25.3 
 
 		 367 aa  52  0.00002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.979341  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2234  RND family efflux transporter MFP subunit  23.72 
 
 		 407 aa  52.4  0.00002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.282252  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4685  secretion protein HlyD family protein  33.86 
 
 		 429 aa  52  0.00002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.189935 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0211  secretion protein HlyD family protein  32.14 
 
 		 331 aa  52.4  0.00002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1414  secretion protein HlyD  24.62 
 
 		 430 aa  51.2  0.00003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0225  secretion protein HlyD  25 
 
 		 380 aa  51.6  0.00003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.34961  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3968  hypothetical protein  24.38 
 
 		 727 aa  50.8  0.00005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0475594  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0748  secretion protein HlyD family protein  23.68 
 
 		 343 aa  50.8  0.00005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0153902  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3236  GAF domain-containing protein  23.43 
 
 		 578 aa  50.4  0.00006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.604941 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4248  secretion protein HlyD family protein  31.61 
 
 		 397 aa  50.4  0.00006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0400018  normal  0.0754484 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3881  HlyD family secretion protein  26.45 
 
 		 346 aa  49.3  0.0001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.266197  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4144  RND family efflux transporter MFP subunit  28.28 
 
 		 365 aa  49.7  0.0001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.473768 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5441  secretion protein HlyD  25.1 
 
 		 321 aa  48.9  0.0002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0649906 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1892  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.71 
 
 		 430 aa  48.9  0.0002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.133123 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004022  membrane-fusion protein  25.64 
 
 		 369 aa  49.3  0.0002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.000000160707  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1177  RND family efflux transporter MFP subunit  28.21 
 
 		 417 aa  47.8  0.0004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3661  HlyD family secretion protein  30.65 
 
 		 389 aa  47.8  0.0004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.650458  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4145  alkaline protease secretion protein AprE  35.35 
 
 		 432 aa  47.8  0.0004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0361435  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5882  secretion protein HlyD family protein  30.71 
 
 		 357 aa  47.8  0.0004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0082  secretion protein HlyD family protein  27.27 
 
 		 437 aa  47.8  0.0004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.230236  normal  0.225984 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6207  secretion protein HlyD family protein  30.4 
 
 		 357 aa  48.1  0.0004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.19774 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000228  membrane-fusion protein  24.19 
 
 		 357 aa  47.8  0.0005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2199  membrane-fusion protein-like protein  24.34 
 
 		 619 aa  47.4  0.0005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.291447 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0438  hypothetical protein  24.23 
 
 		 352 aa  47.4  0.0006  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.0000000000000466929  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_48100  alkaline protease secretion protein AprE  34.34 
 
 		 432 aa  47  0.0007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00322213 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4508  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.8 
 
 		 361 aa  47  0.0007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.50904  normal  0.396278 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0508  RND family efflux transporter MFP subunit  32 
 
 		 363 aa  47  0.0007  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4376  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.8 
 
 		 361 aa  47  0.0007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.264009  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1847  putative efflux transporter  32.58 
 
 		 421 aa  47  0.0008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3643  RND family efflux transporter MFP subunit  26.34 
 
 		 455 aa  46.6  0.0009  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.384349  normal  0.340778 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0736  major facilitator superfamily multidrug efflux pump membrane fusion protein  47.56 
 
 		 375 aa  46.2  0.001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1030  RND family efflux transporter MFP subunit  23.18 
 
 		 365 aa  46.2  0.001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.000000101532  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4226  RND family efflux transporter MFP subunit  24.41 
 
 		 426 aa  46.6  0.001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.499264  normal  0.926991 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0618  putative phytochrome sensor protein  26.81 
 
 		 615 aa  46.6  0.001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0838  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.77 
 
 		 432 aa  46.6  0.001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03337  predicted HlyD family secretion protein  26.71 
 
 		 355 aa  45.8  0.002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0227  secretion protein HlyD family protein  26.71 
 
 		 355 aa  45.8  0.002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5654  secretion protein HlyD  28.96 
 
 		 362 aa  45.4  0.002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0706  secretion protein HlyD  22.22 
 
 		 366 aa  45.4  0.002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000331728  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2191  HlyD family secretion protein  52.83 
 
 		 373 aa  45.8  0.002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.201005  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1183  leukotoxin secretion protein-like  23.84 
 
 		 317 aa  45.8  0.002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1757  secretion protein HlyD  28.79 
 
 		 448 aa  45.1  0.002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.071428 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2426  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.27 
 
 		 365 aa  45.4  0.002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.54628  hitchhiker  0.0000000883837 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03289  hypothetical protein  26.71 
 
 		 355 aa  45.8  0.002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0500  secretion protein HlyD family protein  37.84 
 
 		 502 aa  45.8  0.002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3686  MFP family transporter  26.71 
 
 		 355 aa  45.8  0.002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0228  secretion protein HlyD family protein  26.71 
 
 		 355 aa  45.8  0.002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3776  MFP family transporter  26.71 
 
 		 355 aa  45.8  0.002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1571  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.19 
 
 		 435 aa  45.4  0.002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.334008  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0247  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25 
 
 		 380 aa  45.8  0.002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5028  secretion protein HlyD family protein  41.05 
 
 		 396 aa  45.4  0.002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.826607  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3960  secretion protein HlyD family protein  27.22 
 
 		 355 aa  45.8  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1940  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.73 
 
 		 377 aa  45.4  0.002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.69897  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4832  auxiliary transport protein, membrane fusion protein (MFP) family  26.71 
 
 		 355 aa  45.4  0.002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2687  HlyD family secretion protein  29.03 
 
 		 357 aa  45.1  0.003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0171  secretion protein HlyD  29.37 
 
 		 356 aa  44.7  0.003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4503  secretion protein HlyD family protein  41.05 
 
 		 396 aa  44.7  0.003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3127  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.83 
 
 		 416 aa  44.7  0.003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0673  multidrug resistance protein  26.49 
 
 		 354 aa  44.7  0.003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0472  secretion protein HlyD  24.03 
 
 		 359 aa  44.7  0.003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  decreased coverage  0.000402153  normal  0.138011 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1122  RND family efflux transporter MFP subunit  28.19 
 
 		 366 aa  44.7  0.003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2204  RND family efflux transporter MFP subunit  40.98 
 
 		 411 aa  45.1  0.003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0311908 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1943  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.77 
 
 		 450 aa  44.7  0.003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2359  putative phytochrome sensor protein  26.04 
 
 		 627 aa  44.7  0.003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0567  peptidase M50  26.63 
 
 		 701 aa  44.7  0.003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1407  M50 family peptidase  41.43 
 
 		 720 aa  44.3  0.004  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0287  secretion protein HlyD family protein  29.67 
 
 		 275 aa  44.7  0.004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2348  RND family efflux transporter MFP subunit  30.96 
 
 		 384 aa  44.7  0.004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.829127  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3170  RND family efflux transporter MFP subunit  25.9 
 
 		 369 aa  44.3  0.004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000000721535  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2786  RND family efflux transporter MFP subunit  24.85 
 
 		 372 aa  44.7  0.004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.000125206  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3169  RND family efflux transporter MFP subunit  25.9 
 
 		 369 aa  44.3  0.004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00000000222351  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>