71 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_0473 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012880  Dd703_0478  hypothetical protein  79.19 
 
 		 436 aa  702    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0389  hypothetical protein  79.19 
 
 		 439 aa  702    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.478293  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0473  hypothetical protein  100 
 
 		 442 aa  887    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.796891  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0568  hypothetical protein  96.38 
 
 		 442 aa  808    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0146  hypothetical protein  61.31 
 
 		 439 aa  517  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0669  hypothetical protein  58.14 
 
 		 439 aa  478  1e-133  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0171669 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0418  membrane-fusion protein  36.12 
 
 		 436 aa  267  2.9999999999999995e-70  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.989546 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1154  hypothetical protein  35.19 
 
 		 490 aa  259  9e-68  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0371  hypothetical protein  37.58 
 
 		 457 aa  257  2e-67  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.294814  normal  0.553229 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2055  hypothetical protein  37.79 
 
 		 442 aa  242  7.999999999999999e-63  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3181  hypothetical protein  34.67 
 
 		 446 aa  238  2e-61  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5410  hypothetical protein  35.78 
 
 		 449 aa  238  2e-61  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.288703  normal  0.36048 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0680  hypothetical protein  37.35 
 
 		 451 aa  237  3e-61  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3073  hypothetical protein  36.24 
 
 		 448 aa  233  5e-60  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.880129  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1673  hypothetical protein  32.88 
 
 		 446 aa  232  1e-59  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.27195  normal  0.595527 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0299  hypothetical protein  31.46 
 
 		 450 aa  229  5e-59  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.251177  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0908  hypothetical protein  37.12 
 
 		 451 aa  227  3e-58  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3740  HlyD family secretion protein  31.75 
 
 		 441 aa  166  1.0000000000000001e-39  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0926  GAF domain-containing protein  30.77 
 
 		 614 aa  79.3  0.0000000000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1408  membrane-fusion protein-like  28.3 
 
 		 631 aa  68.9  0.0000000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.382309  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2177  GAF domain-containing protein  29.36 
 
 		 611 aa  59.3  0.0000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.266529 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3236  GAF domain-containing protein  24.08 
 
 		 578 aa  58.2  0.0000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.604941 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001980  probable RND efflux membrane fusion protein  25.57 
 
 		 367 aa  56.6  0.0000008  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.979341  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3968  hypothetical protein  27.9 
 
 		 727 aa  56.6  0.0000008  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0475594  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3414  RND family efflux transporter MFP subunit  26.37 
 
 		 313 aa  56.2  0.000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.100509  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2359  putative phytochrome sensor protein  25.55 
 
 		 627 aa  55.8  0.000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2199  membrane-fusion protein-like protein  28.4 
 
 		 619 aa  52  0.00002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.291447 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2400  GAF domain-containing protein  24.9 
 
 		 628 aa  50.8  0.00005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00481  hypothetical protein  23.3 
 
 		 368 aa  50.8  0.00005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0358  RND family efflux transporter MFP subunit  23.86 
 
 		 372 aa  50.4  0.00006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4149  RND family efflux transporter MFP subunit  24.43 
 
 		 372 aa  49.7  0.0001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.815582  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1256  membrane fusion protein (MFP) family auxiliary transport protein  23.79 
 
 		 397 aa  49.7  0.0001  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2177  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.45 
 
 		 381 aa  48.9  0.0002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.795187  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3091  secretion protein HlyD family protein  27.92 
 
 		 334 aa  48.5  0.0002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0514  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.23 
 
 		 393 aa  48.5  0.0002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.770818  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0454  secretion protein HlyD  27.92 
 
 		 373 aa  48.9  0.0002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.63564  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1815  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.65 
 
 		 388 aa  47.4  0.0005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.100454  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0372  RND family efflux transporter MFP subunit  25.29 
 
 		 372 aa  47  0.0006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3738  HlyD family secretion protein  29.71 
 
 		 265 aa  47  0.0006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3169  RND family efflux transporter MFP subunit  30 
 
 		 369 aa  47  0.0007  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00000000222351  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4327  HlyD family secretion protein  25.29 
 
 		 372 aa  47  0.0007  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1201  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.3 
 
 		 369 aa  46.6  0.0009  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000000118856  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3170  RND family efflux transporter MFP subunit  30.3 
 
 		 369 aa  46.6  0.0009  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000000721535  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0090  putative multidrug transporter, HlyD family  23.64 
 
 		 368 aa  46.2  0.001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1084  MacA  22.49 
 
 		 402 aa  46.2  0.001  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0618  putative phytochrome sensor protein  29.87 
 
 		 615 aa  46.2  0.001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3313  RND family efflux transporter MFP subunit  30.3 
 
 		 369 aa  46.6  0.001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00000984298  normal  0.15916 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0963  hypothetical protein  26.9 
 
 		 307 aa  45.8  0.001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4325  secretion protein HlyD family protein  41.51 
 
 		 322 aa  46.2  0.001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.107614 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2759  hypothetical protein  25.72 
 
 		 681 aa  45.4  0.002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.172121  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3268  HlyD family secretion protein  23.64 
 
 		 372 aa  45.4  0.002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3483  HlyD family secretion protein  29.01 
 
 		 369 aa  45.1  0.003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2107  secretion protein HlyD  23.55 
 
 		 509 aa  44.7  0.003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.207972  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1177  RND family efflux transporter MFP subunit  27.66 
 
 		 417 aa  45.1  0.003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2585  secretion protein HlyD  33.04 
 
 		 302 aa  45.1  0.003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.798515 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2553  hypothetical protein  24.55 
 
 		 368 aa  44.3  0.004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000355433  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004022  membrane-fusion protein  30.28 
 
 		 369 aa  44.3  0.004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.000000160707  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1279  HlyD family secretion protein  25.95 
 
 		 359 aa  44.3  0.004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3021  RND family efflux transporter MFP subunit  33.94 
 
 		 418 aa  43.9  0.005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0354964  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3362  RND family efflux transporter MFP subunit  31.25 
 
 		 358 aa  44.3  0.005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2786  RND family efflux transporter MFP subunit  28.83 
 
 		 372 aa  44.3  0.005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.000125206  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3375  HlyD family membrane fusion protein  33.33 
 
 		 425 aa  43.9  0.005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1414  secretion protein HlyD  26.88 
 
 		 430 aa  43.9  0.005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2367  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.6 
 
 		 360 aa  43.9  0.006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2000  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.6 
 
 		 360 aa  43.9  0.006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.461729  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0161  RND family efflux transporter MFP subunit  31.58 
 
 		 380 aa  43.9  0.006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3579  secretion protein HlyD family protein  43.1 
 
 		 589 aa  43.5  0.007  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.602098 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1352  organic solvent efflux pump precursor (periplasmic linker protein component)  32.65 
 
 		 359 aa  43.5  0.007  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.896212  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1856  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.83 
 
 		 316 aa  43.5  0.008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1791  secretion protein HlyD  25.29 
 
 		 402 aa  43.1  0.009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0438  hypothetical protein  28.37 
 
 		 352 aa  43.1  0.009  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.0000000000000466929  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>