180 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mpop_2359 on replicon NC_010725
Organism: Methylobacterium populi BJ001



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010172  Mext_2400  GAF domain-containing protein  93.95 
 
 		 628 aa  1148    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2359  putative phytochrome sensor protein  100 
 
 		 627 aa  1248    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0618  putative phytochrome sensor protein  38.75 
 
 		 615 aa  385  1e-105  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1341  putative phytochrome sensor protein  36.46 
 
 		 612 aa  356  8.999999999999999e-97  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0926  GAF domain-containing protein  34.57 
 
 		 614 aa  345  2e-93  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2177  GAF domain-containing protein  35.89 
 
 		 611 aa  328  2.0000000000000001e-88  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.266529 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3236  GAF domain-containing protein  29.24 
 
 		 578 aa  236  7e-61  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.604941 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1408  membrane-fusion protein-like  29.89 
 
 		 631 aa  209  1e-52  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.382309  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2199  membrane-fusion protein-like protein  28.54 
 
 		 619 aa  184  3e-45  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.291447 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2055  hypothetical protein  27.27 
 
 		 442 aa  63.9  0.000000008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3700  secretion protein HlyD  28.29 
 
 		 381 aa  60.1  0.0000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1636  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.16 
 
 		 383 aa  58.9  0.0000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.372421  normal  0.934491 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0389  hypothetical protein  25.48 
 
 		 439 aa  58.2  0.0000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.478293  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3297  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.76 
 
 		 336 aa  58.5  0.0000004  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000138483  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0473  hypothetical protein  26.19 
 
 		 442 aa  58.2  0.0000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.796891  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0299  hypothetical protein  21.22 
 
 		 450 aa  57.4  0.0000007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.251177  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0568  hypothetical protein  25.4 
 
 		 442 aa  57.4  0.0000008  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1706  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.96 
 
 		 430 aa  57.4  0.0000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.353178  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2973  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.98 
 
 		 448 aa  57.4  0.0000008  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2559  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.72 
 
 		 349 aa  57.4  0.0000009  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.99545  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2759  hypothetical protein  22.26 
 
 		 681 aa  57  0.0000009  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.172121  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2818  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.08 
 
 		 349 aa  55.8  0.000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1023  RND family efflux transporter MFP subunit  28.3 
 
 		 378 aa  55.1  0.000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.866452  normal  0.121232 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1892  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25 
 
 		 430 aa  55.1  0.000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.133123 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4327  HlyD family secretion protein  26.4 
 
 		 372 aa  55.1  0.000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0372  RND family efflux transporter MFP subunit  26.4 
 
 		 372 aa  55.1  0.000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1951  hypothetical protein  23.49 
 
 		 1097 aa  54.7  0.000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.00270024  hitchhiker  0.000836755 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01077  HlyD family secretion protein  25.76 
 
 		 376 aa  53.9  0.000008  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3406  secretion protein HlyD family protein  28.21 
 
 		 358 aa  53.5  0.00001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0524  HlyD family secretion protein  27.54 
 
 		 301 aa  53.1  0.00002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4149  RND family efflux transporter MFP subunit  25.1 
 
 		 372 aa  52.8  0.00002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.815582  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1309  efflux protein  27.17 
 
 		 364 aa  53.1  0.00002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01736  HlyD family secretion protein  25 
 
 		 349 aa  52.8  0.00002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5410  hypothetical protein  25.86 
 
 		 449 aa  53.1  0.00002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.288703  normal  0.36048 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2298  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.39 
 
 		 663 aa  52.4  0.00002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3968  hypothetical protein  25.26 
 
 		 727 aa  52  0.00003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0475594  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0341  RND family efflux transporter MFP subunit  25.21 
 
 		 375 aa  52  0.00003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.666034  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4616  secretion protein HlyD  23.71 
 
 		 414 aa  51.6  0.00004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3361  RND efflux system membrane fusion protein  27.37 
 
 		 395 aa  51.6  0.00004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0631452  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3509  secretion protein HlyD family protein  24.84 
 
 		 351 aa  51.6  0.00004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1021  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.8 
 
 		 390 aa  52  0.00004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0159772  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1921  RND family efflux transporter MFP subunit  24.87 
 
 		 340 aa  51.6  0.00004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00271277  normal  0.413551 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1194  acriflavin resistance periplasmic protein  29.95 
 
 		 380 aa  51.6  0.00004  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0523  secretion protein HlyD family protein  24.84 
 
 		 351 aa  51.6  0.00005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0418  membrane-fusion protein  25.25 
 
 		 436 aa  51.6  0.00005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.989546 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3531  secretion protein HlyD  27.81 
 
 		 400 aa  51.2  0.00006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.445744  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02540  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.16 
 
 		 481 aa  51.2  0.00006  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0229793  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2282  secretion protein HlyD  27.88 
 
 		 467 aa  50.8  0.00008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0767  RND family efflux transporter MFP subunit  25.35 
 
 		 372 aa  50.8  0.00008  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00075698  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3268  HlyD family secretion protein  25.31 
 
 		 372 aa  50.4  0.00008  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1847  putative efflux transporter  27.64 
 
 		 421 aa  50.4  0.00009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1999  RND family efflux transporter MFP subunit  25.43 
 
 		 390 aa  50.4  0.00009  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00132105  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1161  RND family efflux transporter MFP subunit  26.94 
 
 		 404 aa  50.1  0.0001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0203325  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3969  secretion protein HlyD family protein  24.67 
 
 		 352 aa  50.1  0.0001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0276  transporter, putative  26.27 
 
 		 383 aa  50.1  0.0001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4297  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.08 
 
 		 397 aa  50.4  0.0001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.430357  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2229  RND family efflux transporter MFP subunit  23.83 
 
 		 405 aa  50.1  0.0001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0522  secretion protein HlyD family protein  24.84 
 
 		 351 aa  50.1  0.0001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.889598  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3171  RND family efflux transporter MFP subunit  23.5 
 
 		 416 aa  50.1  0.0001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.000000224755  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0290  putative transporter  26.27 
 
 		 383 aa  50.1  0.0001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.507974  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0345  RND family efflux transporter MFP subunit  25 
 
 		 360 aa  49.7  0.0002  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0426386  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3787  secretion protein HlyD family protein  24.67 
 
 		 352 aa  49.3  0.0002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1985  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25 
 
 		 429 aa  49.3  0.0002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0567  RND family efflux transporter MFP subunit  25.51 
 
 		 424 aa  49.7  0.0002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4041  hypothetical protein  26.63 
 
 		 366 aa  49.3  0.0002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0513022 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3843  secretion protein HlyD family protein  24.67 
 
 		 352 aa  49.3  0.0002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0836  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.22 
 
 		 363 aa  49.7  0.0002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0935853  normal  0.864756 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1681  RND family efflux transporter MFP subunit  28.57 
 
 		 434 aa  48.5  0.0003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0776882  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1354  HlyD family secretion protein  27.01 
 
 		 364 aa  48.5  0.0003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000000000336467  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1273  membrane fusion protein of the hefABC efflux system HefB  24.69 
 
 		 245 aa  48.5  0.0003  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0109811  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4226  RND family efflux transporter MFP subunit  25.53 
 
 		 426 aa  48.9  0.0003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.499264  normal  0.926991 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0901  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.66 
 
 		 351 aa  48.5  0.0004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.470272  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0478  hypothetical protein  25.4 
 
 		 436 aa  48.5  0.0004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2808  membrane fusion protein; cation efflux system protein  25.14 
 
 		 353 aa  48.1  0.0004  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1815  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.26 
 
 		 388 aa  48.1  0.0005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.100454  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1203  RND family efflux transporter MFP subunit  28.48 
 
 		 621 aa  48.1  0.0005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0482  secretion protein HlyD family protein  24.67 
 
 		 352 aa  47.8  0.0006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4169  secretion protein HlyD family protein  30.88 
 
 		 477 aa  47.8  0.0006  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.00575947  hitchhiker  0.00428587 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3828  secretion protein HlyD  25.45 
 
 		 430 aa  47.4  0.0007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2552  secretion protein HlyD  25.59 
 
 		 451 aa  47.4  0.0007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.603084  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0883  RND family efflux transporter MFP subunit  28.24 
 
 		 363 aa  47.8  0.0007  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11358  putative metal transport-related, exported protein  25.25 
 
 		 561 aa  47.8  0.0007  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.462947  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2428  RND family efflux transporter MFP subunit  28.12 
 
 		 361 aa  47.8  0.0007  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00201655  decreased coverage  0.00000151053 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0438  hypothetical protein  25.25 
 
 		 352 aa  47.4  0.0008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.0000000000000466929  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0466  RND family efflux transporter MFP subunit  24.87 
 
 		 372 aa  47.4  0.0009  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.808341  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2257  HlyD family secretion protein  26.85 
 
 		 341 aa  47  0.001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.105446  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2284  secretion protein HlyD  29.06 
 
 		 403 aa  47  0.001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.831641  normal  0.154042 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1955  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.84 
 
 		 400 aa  47  0.001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.159137  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2243  RND family efflux transporter MFP subunit  25.35 
 
 		 376 aa  47.4  0.001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0878  secretion protein HlyD  22.13 
 
 		 263 aa  47  0.001  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0949246  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0499  secretion protein HlyD family protein  24.84 
 
 		 364 aa  47  0.001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0472  secretion protein HlyD  26.79 
 
 		 359 aa  47  0.001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  decreased coverage  0.000402153  normal  0.138011 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1456  RND family efflux transporter MFP subunit  24.32 
 
 		 405 aa  46.6  0.001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3735  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.34 
 
 		 362 aa  47  0.001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.532617  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0849  RND family efflux transporter MFP subunit  28.06 
 
 		 360 aa  45.8  0.002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.880012  normal  0.445386 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3265  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.9 
 
 		 404 aa  46.2  0.002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3883  secretion protein HlyD  25.4 
 
 		 424 aa  45.8  0.002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.135938  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2570  hypothetical protein  25.13 
 
 		 370 aa  46.2  0.002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.295981  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0832  RND family efflux transporter MFP subunit  25 
 
 		 416 aa  46.2  0.002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000487508  normal  0.99457 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3513  RND family efflux transporter MFP subunit  28.06 
 
 		 360 aa  45.8  0.002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>