More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_3828 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_3828  secretion protein HlyD  100 
 
 		 430 aa  850    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1469  secretion protein HlyD  74.42 
 
 		 421 aa  606  9.999999999999999e-173  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.910926 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1839  efflux transporter, RND family, MFP subunit  79.85 
 
 		 420 aa  588  1e-167  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3883  secretion protein HlyD  72.97 
 
 		 424 aa  583  1.0000000000000001e-165  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.135938  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1847  putative efflux transporter  66.67 
 
 		 421 aa  543  1e-153  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4226  RND family efflux transporter MFP subunit  67.75 
 
 		 426 aa  528  1e-149  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.499264  normal  0.926991 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2825  efflux transporter, RND family, MFP subunit  50.41 
 
 		 476 aa  310  4e-83  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.292175  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0080  RND family efflux transporter MFP subunit  40.76 
 
 		 414 aa  262  1e-68  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.95759  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5358  efflux transporter, RND family, MFP subunit  43.36 
 
 		 396 aa  233  3e-60  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3412  secretion protein HlyD  43.89 
 
 		 443 aa  232  9e-60  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0866166  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3561  efflux transporter, RND family, MFP subunit  43.06 
 
 		 420 aa  229  8e-59  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.306068  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1908  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.56 
 
 		 407 aa  124  3e-27  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3255  efflux transporter, RND family, MFP subunit  38.1 
 
 		 410 aa  116  6.9999999999999995e-25  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.524735  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3531  secretion protein HlyD  25 
 
 		 400 aa  115  2.0000000000000002e-24  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.445744  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1621  secretion protein HlyD  28 
 
 		 407 aa  114  5e-24  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0838  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.69 
 
 		 432 aa  110  4.0000000000000004e-23  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0663  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.39 
 
 		 453 aa  110  6e-23  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1892  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.13 
 
 		 430 aa  108  2e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.133123 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2611  macrolide transporter subunit MacA  26.99 
 
 		 370 aa  107  3e-22  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2858  secretion protein HlyD  26.48 
 
 		 517 aa  106  7e-22  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1597  macrolide transporter subunit MacA  26.74 
 
 		 370 aa  106  8e-22  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2696  macrolide transporter subunit MacA  26.74 
 
 		 370 aa  106  8e-22  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.761507  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1695  secretion protein HlyD  28.33 
 
 		 360 aa  105  1e-21  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2203  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.16 
 
 		 419 aa  102  1e-20  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3711  RND family efflux transporter MFP subunit  24.62 
 
 		 389 aa  101  2e-20  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2823  HlyD family secretion protein  31.39 
 
 		 329 aa  101  3e-20  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3037  secretion protein HlyD  29.47 
 
 		 344 aa  101  3e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.714598  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0270  putative MacA-like membrane transport protein  27.42 
 
 		 417 aa  100  4e-20  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1340  secretion protein HlyD  27.23 
 
 		 424 aa  100  4e-20  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0830  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.59 
 
 		 390 aa  100  4e-20  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1706  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.65 
 
 		 430 aa  100  6e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.353178  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2011  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.37 
 
 		 361 aa  100  7e-20  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1814  RND family efflux transporter MFP subunit  28.12 
 
 		 432 aa  99.8  9e-20  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2811  RND family efflux transporter MFP subunit  28.12 
 
 		 444 aa  99.4  1e-19  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1672  RND family efflux transporter MFP subunit  26.05 
 
 		 429 aa  98.2  2e-19  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2100  RND family efflux transporter MFP subunit  28.38 
 
 		 379 aa  99  2e-19  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0493506  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0659  secretion protein HlyD  27.42 
 
 		 335 aa  98.2  2e-19  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.0195539 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1670  macrolide transporter subunit MacA  26.8 
 
 		 348 aa  98.6  2e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0748  putative PAS/PAC sensor protein  24.86 
 
 		 607 aa  97.8  3e-19  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2322  secretion protein HlyD  29.28 
 
 		 399 aa  98.2  3e-19  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.000000756014  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0558  secretion protein HlyD  26.98 
 
 		 360 aa  97.4  4e-19  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.177986  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2024  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.89 
 
 		 419 aa  97.1  5e-19  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000305818 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1414  secretion protein HlyD  29.39 
 
 		 430 aa  97.1  6e-19  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0487  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.91 
 
 		 360 aa  96.7  7e-19  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0976  macrolide transporter subunit MacA  26.33 
 
 		 372 aa  96.7  8e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_07032  hypothetical protein  29.31 
 
 		 349 aa  96.7  8e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8104  secretion protein HlyD family protein  27.65 
 
 		 354 aa  95.5  1e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2865  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.75 
 
 		 478 aa  96.3  1e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0716848 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0942  macrolide transporter subunit MacA  25.82 
 
 		 372 aa  95.5  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2533  RND family efflux transporter MFP subunit  26.06 
 
 		 343 aa  95.5  1e-18  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.66716  normal  0.672833 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1039  macrolide transporter subunit MacA  25.82 
 
 		 372 aa  95.9  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.303516  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00883  macrolide transporter subunit, membrane fusion protein (MFP) component  26.29 
 
 		 371 aa  95.1  2e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00889  hypothetical protein  26.29 
 
 		 371 aa  95.1  2e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0951  macrolide transporter subunit MacA  26.29 
 
 		 371 aa  94.7  2e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0557503  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3038  secretion protein HlyD  26.5 
 
 		 403 aa  95.1  2e-18  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000167095  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0982  macrolide transporter subunit MacA  26.29 
 
 		 371 aa  94.7  2e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.44834  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2451  macrolide transporter subunit MacA  26.29 
 
 		 371 aa  94.7  2e-18  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00913289  n/a   
 
 
-
 
NC_010578  Bind_3892  secretion protein HlyD family protein  33.04 
 
 		 352 aa  95.1  2e-18  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2718  macrolide transporter subunit MacA  26.29 
 
 		 371 aa  94.7  2e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2764  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.29 
 
 		 371 aa  94.7  3e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.161658  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0779  RND family efflux transporter MFP subunit  28.07 
 
 		 415 aa  94.4  3e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.521132  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0200  secretion protein HlyD  30.88 
 
 		 365 aa  94.4  3e-18  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3522  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.3 
 
 		 421 aa  94.4  4e-18  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2282  macrolide transporter subunit MacA  26.29 
 
 		 371 aa  94.4  4e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.00000000339116  normal  0.0134871 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0942  acriflavine resistance protein E  26.07 
 
 		 374 aa  94.4  4e-18  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4041  hypothetical protein  27.46 
 
 		 366 aa  94  5e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0513022 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1636  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.85 
 
 		 383 aa  94  5e-18  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.372421  normal  0.934491 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1039  macrolide transporter subunit MacA  26.29 
 
 		 371 aa  93.6  6e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.184306  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1059  macrolide transporter subunit MacA  25.57 
 
 		 372 aa  93.6  6e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.75011  normal  0.992508 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23530  putative secretion protein  32.17 
 
 		 355 aa  92.4  1e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0127928 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1008  macrolide transporter subunit MacA  25.57 
 
 		 372 aa  92.8  1e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.622007  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3233  RND family efflux transporter MFP subunit  26.99 
 
 		 405 aa  92.8  1e-17  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000196171  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2584  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.82 
 
 		 421 aa  92.8  1e-17  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0067  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.94 
 
 		 453 aa  92.8  1e-17  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0431  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.55 
 
 		 368 aa  92.8  1e-17  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0496  RND family efflux transporter MFP subunit  26.34 
 
 		 402 aa  92  2e-17  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1992  putative secretion protein  32.17 
 
 		 344 aa  91.7  2e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4150  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.3 
 
 		 397 aa  92  2e-17  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00923789  hitchhiker  0.000000297953 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1395  macrolide transporter subunit MacA  27.41 
 
 		 371 aa  91.7  2e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.458807  normal  0.0347786 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1178  RND family efflux transporter MFP subunit  24.87 
 
 		 390 aa  91.3  3e-17  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0782  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.18 
 
 		 428 aa  90.9  4e-17  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00204407  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3454  secretion protein HlyD family protein  30.8 
 
 		 380 aa  90.5  5e-17  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2370  secretion protein HlyD  25.63 
 
 		 405 aa  90.5  5e-17  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000467489 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3250  hypothetical protein  28.21 
 
 		 337 aa  90.1  7e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1398  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.39 
 
 		 504 aa  90.1  7e-17  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.463842 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1521  hypothetical protein  28.15 
 
 		 342 aa  90.1  7e-17  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0176899  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0979  transporter, putative  30.81 
 
 		 253 aa  89.7  9e-17  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0482  secretion protein HlyD family protein  29.15 
 
 		 352 aa  89.4  1e-16  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1721  RND family efflux transporter MFP subunit  26.63 
 
 		 431 aa  89  1e-16  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3927  RND family efflux transporter MFP subunit  26.42 
 
 		 392 aa  89.7  1e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1830  secretion protein HlyD  25.94 
 
 		 449 aa  89  1e-16  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.223746  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0725  HlyD family secretion protein  26.05 
 
 		 397 aa  88.6  2e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.897812  normal  0.118835 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3060  secretion protein HlyD family protein  27.05 
 
 		 353 aa  88.2  2e-16  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2861  secretion protein, HlyD family  27.61 
 
 		 345 aa  89  2e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3411  secretion protein HlyD  27.89 
 
 		 363 aa  88.2  2e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.591463  normal  0.695679 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3265  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.34 
 
 		 404 aa  88.6  2e-16  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2482  secretion protein HlyD family protein  27.61 
 
 		 345 aa  89  2e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2920  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.41 
 
 		 505 aa  88.6  2e-16  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.214189 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1985  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.47 
 
 		 429 aa  88.2  2e-16  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0179  secretion protein HlyD  26.46 
 
 		 334 aa  88.6  2e-16  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.235811  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>