More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dbac_1341 on replicon NC_013173
Organism: Desulfomicrobium baculatum DSM 4028



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013173  Dbac_1341  putative phytochrome sensor protein  100 
 
 		 612 aa  1229    Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0618  putative phytochrome sensor protein  48.31 
 
 		 615 aa  505  9.999999999999999e-143  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0926  GAF domain-containing protein  38.1 
 
 		 614 aa  383  1e-105  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2400  GAF domain-containing protein  37.48 
 
 		 628 aa  374  1e-102  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2359  putative phytochrome sensor protein  36.46 
 
 		 627 aa  369  1e-101  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2177  GAF domain-containing protein  37.23 
 
 		 611 aa  345  1e-93  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.266529 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3236  GAF domain-containing protein  32.24 
 
 		 578 aa  283  7.000000000000001e-75  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.604941 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1408  membrane-fusion protein-like  32.49 
 
 		 631 aa  225  1e-57  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.382309  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2199  membrane-fusion protein-like protein  29.91 
 
 		 619 aa  172  1e-41  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.291447 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1636  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.79 
 
 		 383 aa  82.8  0.00000000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.372421  normal  0.934491 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1036  RND family efflux transporter MFP subunit  32.35 
 
 		 354 aa  75.1  0.000000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01736  HlyD family secretion protein  31.73 
 
 		 349 aa  70.9  0.00000000007  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3140  secretion protein HlyD  31.22 
 
 		 360 aa  68.9  0.0000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.203317  normal  0.359518 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3323  secretion protein HlyD  28.08 
 
 		 459 aa  67.4  0.0000000007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.665109  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1921  RND family efflux transporter MFP subunit  29.02 
 
 		 340 aa  67  0.000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00271277  normal  0.413551 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3700  secretion protein HlyD  30.65 
 
 		 381 aa  65.9  0.000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1999  RND family efflux transporter MFP subunit  25.96 
 
 		 390 aa  64.7  0.000000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00132105  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3371  secretion protein HlyD  32.66 
 
 		 370 aa  63.9  0.000000009  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.165029  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0901  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.63 
 
 		 351 aa  63.2  0.00000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.470272  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2261  secretion protein HlyD family protein  31.37 
 
 		 408 aa  63.5  0.00000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0232169  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6178  RND family efflux transporter MFP subunit  30.6 
 
 		 367 aa  62.8  0.00000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.19288  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2381  RND family efflux transporter MFP subunit  26.13 
 
 		 357 aa  62.4  0.00000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_13031  membrane fusion protein  23.92 
 
 		 353 aa  61.2  0.00000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.560639  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1815  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.85 
 
 		 388 aa  61.2  0.00000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.100454  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0119  secretion protein HlyD family protein  25.73 
 
 		 287 aa  61.2  0.00000006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.940377  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1951  hypothetical protein  23.46 
 
 		 1097 aa  60.8  0.00000006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.00270024  hitchhiker  0.000836755 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2973  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.94 
 
 		 448 aa  60.8  0.00000007  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4421  secretion protein HlyD family protein  26.14 
 
 		 287 aa  60.5  0.00000008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1985  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.04 
 
 		 429 aa  59.7  0.0000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3990  secretion protein HlyD family protein  30.46 
 
 		 383 aa  60.1  0.0000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.302523  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0307  RND family efflux transporter MFP subunit  27.94 
 
 		 413 aa  59.7  0.0000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0899354  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3803  RND family efflux transporter MFP subunit  27.59 
 
 		 376 aa  59.7  0.0000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.591559 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1057  RND family efflux transporter MFP subunit  29.07 
 
 		 373 aa  60.1  0.0000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.347653 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1765  secretion protein HlyD family protein  29.83 
 
 		 541 aa  60.1  0.0000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.186436  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3073  hypothetical protein  28.45 
 
 		 448 aa  59.7  0.0000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.880129  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0161  RND family efflux transporter MFP subunit  30.18 
 
 		 380 aa  60.5  0.0000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3495  RND family efflux transporter MFP subunit  28.77 
 
 		 365 aa  60.1  0.0000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0930  RND family efflux transporter MFP subunit  26.34 
 
 		 366 aa  59.3  0.0000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3513  RND family efflux transporter MFP subunit  26.87 
 
 		 360 aa  58.9  0.0000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4233  secretion protein HlyD family protein  25.73 
 
 		 287 aa  59.3  0.0000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0849  RND family efflux transporter MFP subunit  26.87 
 
 		 360 aa  58.9  0.0000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.880012  normal  0.445386 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1989  RND family efflux transporter MFP subunit  25.98 
 
 		 379 aa  59.3  0.0000002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3977  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.49 
 
 		 512 aa  59.3  0.0000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4281  secretion protein HlyD family protein  25.73 
 
 		 287 aa  59.3  0.0000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3643  RND family efflux transporter MFP subunit  26.87 
 
 		 360 aa  58.9  0.0000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2818  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.41 
 
 		 349 aa  59.3  0.0000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0767  RND family efflux transporter MFP subunit  25.37 
 
 		 372 aa  59.7  0.0000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00075698  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4050  Cd(II)/Pb(II)-responsive transcriptional regulator  28.87 
 
 		 517 aa  58.5  0.0000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3889  RND family efflux transporter MFP subunit  28.36 
 
 		 364 aa  58.9  0.0000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0870  acriflavin resistance periplasmic protein  25.89 
 
 		 351 aa  58.2  0.0000004  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1146  RND family efflux transporter MFP subunit  25.89 
 
 		 351 aa  58.5  0.0000004  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010815  Glov_3663  hypothetical protein  20.56 
 
 		 343 aa  58.5  0.0000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01614  undecaprenyl pyrophosphate phosphatase  24.06 
 
 		 285 aa  57.8  0.0000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.880107  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2820  RND family efflux transporter MFP subunit  24.88 
 
 		 363 aa  58.2  0.0000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0120499  normal  0.368522 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2104  secretion protein HlyD family protein  30.11 
 
 		 541 aa  57.8  0.0000005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01604  hypothetical protein  24.06 
 
 		 285 aa  57.8  0.0000005  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.787651  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1554  MFP family transporter  24.06 
 
 		 285 aa  57.8  0.0000006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.602347  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1610  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.78 
 
 		 372 aa  57.8  0.0000006  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1836  auxiliary transport protein, membrane fusion protein (MFP) family  24.06 
 
 		 285 aa  57.8  0.0000006  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.182346  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1855  MFP family transporter  24.06 
 
 		 285 aa  57.8  0.0000006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0284898  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1450  RND family efflux transporter MFP subunit  26.53 
 
 		 622 aa  57.8  0.0000006  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.125039  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2583  secretion protein HlyD family protein  26.64 
 
 		 437 aa  57.4  0.0000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.860708  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1083  RND family efflux transporter MFP subunit  28.14 
 
 		 359 aa  57.4  0.0000007  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0380532  normal  0.959663 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1421  HlyD family secretion protein  24.76 
 
 		 354 aa  57.4  0.0000007  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0100677  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1203  RND family efflux transporter MFP subunit  30.26 
 
 		 621 aa  57.4  0.0000008  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1996  secretion protein HlyD family protein  24.06 
 
 		 285 aa  57  0.0000009  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000694745  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1660  RND family efflux transporter MFP subunit  28.32 
 
 		 361 aa  57  0.0000009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1985  secretion protein HlyD family protein  24.06 
 
 		 285 aa  57  0.0000009  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.172504  hitchhiker  0.00138161 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1721  MFP family transporter  24.06 
 
 		 285 aa  57  0.0000009  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.336288  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0975  RND family efflux transporter MFP subunit  27.86 
 
 		 382 aa  57  0.000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0109715 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0565  CmeA  27.32 
 
 		 354 aa  56.6  0.000001  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  hitchhiker  0.000015665  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3650  secretion protein HlyD  28.02 
 
 		 397 aa  56.6  0.000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.521212 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4202  hypothetical protein  31.3 
 
 		 355 aa  56.6  0.000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2055  hypothetical protein  27.73 
 
 		 442 aa  57  0.000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0171  RND family efflux transporter MFP subunit  30.84 
 
 		 378 aa  55.8  0.000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2192  secretion protein HlyD  23.59 
 
 		 352 aa  56.2  0.000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1660  RND family efflux transporter MFP subunit  27.88 
 
 		 369 aa  55.8  0.000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8250  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.8 
 
 		 368 aa  55.8  0.000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.673804  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01077  HlyD family secretion protein  23.62 
 
 		 376 aa  56.2  0.000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0527  RND family efflux transporter MFP subunit  26.09 
 
 		 376 aa  56.2  0.000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1924  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.57 
 
 		 352 aa  55.5  0.000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.896235 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5959  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.76 
 
 		 383 aa  55.5  0.000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.42426  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3464  secretion protein HlyD  29.41 
 
 		 335 aa  55.5  0.000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4169  secretion protein HlyD family protein  32.35 
 
 		 477 aa  55.1  0.000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.00575947  hitchhiker  0.00428587 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3531  secretion protein HlyD  26.29 
 
 		 400 aa  55.5  0.000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.445744  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6340  secretion protein HlyD  28.39 
 
 		 369 aa  55.5  0.000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.900675  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2356  auxiliary transport protein, membrane fusion protein (MFP) family  23.58 
 
 		 285 aa  55.5  0.000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000721779  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1739  RND family efflux transporter MFP subunit  28.39 
 
 		 369 aa  55.5  0.000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.357806  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2781  RND family efflux transporter MFP subunit  28.21 
 
 		 372 aa  55.1  0.000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00032103  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11358  putative metal transport-related, exported protein  25.74 
 
 		 561 aa  55.1  0.000004  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.462947  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0779  RND family efflux transporter MFP subunit  26.87 
 
 		 415 aa  55.1  0.000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.521132  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1194  acriflavin resistance periplasmic protein  27.6 
 
 		 380 aa  55.1  0.000004  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1675  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.52 
 
 		 608 aa  55.1  0.000004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1209  RND family efflux transporter MFP subunit  27.04 
 
 		 381 aa  55.1  0.000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.421019  normal  0.31825 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0944  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.5 
 
 		 356 aa  54.7  0.000005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0623416  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2738  putative RND efflux membrane fusion protein  29.65 
 
 		 371 aa  54.7  0.000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.254191  normal  0.757777 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3406  secretion protein HlyD family protein  29.45 
 
 		 358 aa  54.7  0.000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5035  HlyD family secretion protein  27.88 
 
 		 396 aa  54.7  0.000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.611497 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1752  RND family efflux transporter MFP subunit  27.88 
 
 		 369 aa  54.7  0.000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2786  RND family efflux transporter MFP subunit  27.15 
 
 		 372 aa  54.3  0.000006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.000125206  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>