181 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_3236 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_3236  GAF domain-containing protein  100 
 
 		 578 aa  1176    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.604941 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0926  GAF domain-containing protein  33.22 
 
 		 614 aa  288  2e-76  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1341  putative phytochrome sensor protein  31.6 
 
 		 612 aa  256  1.0000000000000001e-66  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0618  putative phytochrome sensor protein  32.41 
 
 		 615 aa  252  1e-65  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2400  GAF domain-containing protein  28.93 
 
 		 628 aa  229  8e-59  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2359  putative phytochrome sensor protein  28.91 
 
 		 627 aa  229  1e-58  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2177  GAF domain-containing protein  29.85 
 
 		 611 aa  208  2e-52  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.266529 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1408  membrane-fusion protein-like  26.8 
 
 		 631 aa  174  3.9999999999999995e-42  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.382309  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2199  membrane-fusion protein-like protein  28.27 
 
 		 619 aa  150  8e-35  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.291447 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3968  hypothetical protein  25.5 
 
 		 727 aa  83.6  0.00000000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0475594  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2759  hypothetical protein  24.14 
 
 		 681 aa  74.3  0.000000000005  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.172121  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1636  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.77 
 
 		 383 aa  72.4  0.00000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.372421  normal  0.934491 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2973  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.43 
 
 		 448 aa  70.9  0.00000000006  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2055  hypothetical protein  24.33 
 
 		 442 aa  68.2  0.0000000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_12131  membrane fusion protein  25.19 
 
 		 356 aa  67  0.000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  0.502636 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0764  RND family efflux transporter MFP subunit  26.97 
 
 		 385 aa  63.5  0.00000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1951  hypothetical protein  24.04 
 
 		 1097 aa  63.2  0.00000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.00270024  hitchhiker  0.000836755 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3073  hypothetical protein  24.62 
 
 		 448 aa  62.8  0.00000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.880129  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3740  HlyD family secretion protein  28.83 
 
 		 441 aa  61.6  0.00000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2777  RND family efflux transporter MFP subunit  32.79 
 
 		 489 aa  61.2  0.00000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000000975793  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_4005  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.4 
 
 		 387 aa  60.8  0.00000007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1414  secretion protein HlyD  26.27 
 
 		 430 aa  58.9  0.0000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5410  hypothetical protein  24.73 
 
 		 449 aa  59.3  0.0000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.288703  normal  0.36048 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0568  hypothetical protein  24.08 
 
 		 442 aa  58.5  0.0000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0299  hypothetical protein  22.51 
 
 		 450 aa  58.5  0.0000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.251177  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1062  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.75 
 
 		 448 aa  58.2  0.0000004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0473  hypothetical protein  24.08 
 
 		 442 aa  58.2  0.0000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.796891  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0478  hypothetical protein  23.46 
 
 		 436 aa  57.8  0.0000006  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2261  secretion protein HlyD family protein  25 
 
 		 408 aa  57.8  0.0000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0232169  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3375  HlyD family membrane fusion protein  25.18 
 
 		 425 aa  57.4  0.0000007  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3021  RND family efflux transporter MFP subunit  25.18 
 
 		 418 aa  57.4  0.0000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0354964  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0161  RND family efflux transporter MFP subunit  27.73 
 
 		 380 aa  57  0.0000008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1695  secretion protein HlyD  28.97 
 
 		 360 aa  57  0.000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5274  RND family efflux transporter MFP subunit  28.77 
 
 		 377 aa  56.6  0.000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0726879  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0906  secretion protein HlyD  30.63 
 
 		 449 aa  56.2  0.000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.101628  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2229  RND family efflux transporter MFP subunit  25.58 
 
 		 405 aa  56.2  0.000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00325  cation efflux system protein  27.66 
 
 		 244 aa  55.8  0.000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.888841  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2381  RND family efflux transporter MFP subunit  25.94 
 
 		 357 aa  55.1  0.000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_15871  membrane fusion protein  25.1 
 
 		 357 aa  55.5  0.000003  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2132  HlyD family secretion protein  26.32 
 
 		 360 aa  54.7  0.000004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.732379  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2056  hypothetical protein  28.02 
 
 		 709 aa  55.1  0.000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0322  RND family efflux transporter MFP subunit  27.11 
 
 		 353 aa  54.3  0.000005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0619651 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0389  hypothetical protein  24.49 
 
 		 439 aa  54.3  0.000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.478293  n/a   
 
 
-
 
NC_010815  Glov_3663  hypothetical protein  24 
 
 		 343 aa  54.7  0.000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2956  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.77 
 
 		 430 aa  54.3  0.000006  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.232515 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0747  secretion protein HlyD  25.41 
 
 		 357 aa  54.3  0.000007  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.554021  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01077  HlyD family secretion protein  24.66 
 
 		 376 aa  53.9  0.000008  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1675  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.27 
 
 		 608 aa  53.5  0.000009  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3918  secretion protein HlyD  28.2 
 
 		 433 aa  53.5  0.00001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2146  RND family efflux transporter MFP subunit  29.89 
 
 		 417 aa  53.1  0.00001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0449485  normal  0.0115764 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1921  RND family efflux transporter MFP subunit  29.06 
 
 		 340 aa  53.1  0.00001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00271277  normal  0.413551 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1660  RND family efflux transporter MFP subunit  28.77 
 
 		 369 aa  52.8  0.00002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1084  RND family efflux transporter MFP subunit  23.08 
 
 		 429 aa  52.4  0.00002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1660  RND family efflux transporter MFP subunit  28.77 
 
 		 361 aa  52.4  0.00002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0694  secretion protein HlyD  29.27 
 
 		 417 aa  51.6  0.00003  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.459164  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0467  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.87 
 
 		 360 aa  52  0.00003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3531  secretion protein HlyD  26.4 
 
 		 400 aa  52  0.00003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.445744  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0795  RND family efflux transporter MFP subunit  26.98 
 
 		 411 aa  52  0.00003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2104  secretion protein HlyD family protein  31.54 
 
 		 541 aa  52  0.00003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2103  RND family efflux transporter MFP subunit  27.49 
 
 		 403 aa  51.6  0.00004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0796794  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4050  Cd(II)/Pb(II)-responsive transcriptional regulator  30.23 
 
 		 517 aa  51.6  0.00004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2024  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.49 
 
 		 419 aa  51.2  0.00005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000305818 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5035  HlyD family secretion protein  27.96 
 
 		 396 aa  51.2  0.00005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.611497 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1450  RND family efflux transporter MFP subunit  27.22 
 
 		 622 aa  51.2  0.00005  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.125039  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2151  RND family efflux transporter MFP subunit  30 
 
 		 471 aa  51.2  0.00005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.563694  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0582  RND family efflux transporter MFP subunit  26.55 
 
 		 335 aa  51.2  0.00006  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2011  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.71 
 
 		 361 aa  51.2  0.00006  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3864  ABC transporter related  25 
 
 		 418 aa  50.8  0.00006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.606554  normal  1 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3303  RND family efflux transporter MFP subunit  23.79 
 
 		 418 aa  50.8  0.00006  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.3496  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0276  transporter, putative  25.87 
 
 		 383 aa  50.8  0.00007  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1666  RND family efflux transporter MFP subunit  24.67 
 
 		 418 aa  50.4  0.00008  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1752  RND family efflux transporter MFP subunit  28.25 
 
 		 369 aa  50.4  0.00008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1129  RND family efflux transporter MFP subunit  29.07 
 
 		 407 aa  50.4  0.00008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0290  putative transporter  25.87 
 
 		 383 aa  50.4  0.00008  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.507974  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1765  secretion protein HlyD family protein  27.93 
 
 		 541 aa  50.8  0.00008  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.186436  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0166  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.36 
 
 		 379 aa  50.4  0.00009  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6340  secretion protein HlyD  28.25 
 
 		 369 aa  50.4  0.00009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.900675  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1739  RND family efflux transporter MFP subunit  28.25 
 
 		 369 aa  50.4  0.00009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.357806  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0418  membrane-fusion protein  23.77 
 
 		 436 aa  50.4  0.00009  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.989546 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0782  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.75 
 
 		 428 aa  50.4  0.00009  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00204407  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0954  RND family efflux transporter MFP subunit  27.49 
 
 		 371 aa  49.7  0.0001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2295  RND family efflux transporter MFP subunit  27.49 
 
 		 371 aa  49.7  0.0001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3127  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.77 
 
 		 416 aa  49.7  0.0001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1349  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.64 
 
 		 409 aa  50.1  0.0001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0580213 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2203  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.49 
 
 		 419 aa  49.7  0.0001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0080  RND family efflux transporter MFP subunit  24.9 
 
 		 414 aa  49.7  0.0001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.95759  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2162  RND family efflux transporter MFP subunit  27.49 
 
 		 371 aa  49.7  0.0001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0838  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.35 
 
 		 432 aa  50.1  0.0001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1520  RND family efflux transporter MFP subunit  27.7 
 
 		 370 aa  50.1  0.0001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.289277 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0567  RND family efflux transporter MFP subunit  26.55 
 
 		 335 aa  50.1  0.0001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1673  hypothetical protein  26.47 
 
 		 446 aa  49.7  0.0001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.27195  normal  0.595527 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2298  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.18 
 
 		 663 aa  48.9  0.0002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3464  secretion protein HlyD  27.37 
 
 		 335 aa  49.3  0.0002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2583  secretion protein HlyD family protein  24.42 
 
 		 437 aa  49.7  0.0002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.860708  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0767  RND family efflux transporter MFP subunit  24.77 
 
 		 372 aa  48.9  0.0002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00075698  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0816  RND family efflux transporter MFP subunit  25.55 
 
 		 385 aa  49.3  0.0002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0307  RND family efflux transporter MFP subunit  27.37 
 
 		 413 aa  48.5  0.0003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0899354  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0909  hypothetical protein  23.53 
 
 		 709 aa  48.9  0.0003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2820  RND family efflux transporter MFP subunit  23.83 
 
 		 363 aa  48.5  0.0003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0120499  normal  0.368522 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3233  RND family efflux transporter MFP subunit  29.68 
 
 		 405 aa  48.5  0.0004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000196171  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>